土鲁番，地处火州西部一百里，离哈密有一千多里，离嘉峪关有二千六百里远。汉代该地是车师前王的地盘。隋代该地是高昌国。唐代灭了高昌国，设置西州和交河县，该地就是交河县的安乐城所在地。宋代该地又称为高昌，被回鹘人所占领，曾向朝廷进过贡。元代在此设置了万户府。
永乐四年(1406)明朝廷派官员出使别失八里，路过土鲁番，便将彩币赐给他们。其万户长赛因帖木儿便派使者向明朝廷贡献玉璞，第二年抵达京城。六年(1408)，土鲁番的僧人清来率领自己的徒弟法泉等人向朝廷献贡。皇帝想通过他们来转化和引导番族人的习俗，便授予清来灌顶慈慧圆智普通国师的称号，让他的徒弟七人都做土鲁番僧界的司官，给予他们优厚的赏赐。自此以后，清来的徒弟来京城向朝廷献贡的不绝，向朝廷贡献的多是名马、海青和其他物品，天子亦数次派遣官员前去奖赏慰劳他们。
二十年(1422)，土鲁番的首领尹吉儿察和哈密首领一起共向朝廷贡献马一千三百匹，皇帝给他们加以赏赐。不久尹吉儿察被别失八里的首领歪思所驱逐，逃到京城来。天子怜悯他，任命他为都督佥事，派人将他遣送回故乡。尹吉儿察感激中国，于洪熙元年(1425)亲自率部落里的人前来朝贡。宣德元年(1426)也如此。天子对他们礼遇甚厚，尹吉儿察回国后病逝。三年(1428)，他的儿子满哥帖木儿前来朝贡。不久都督锁恪的弟弟猛哥帖木儿也来京城朝贡，朝廷任命他为指挥佥事。五年(1430)，都指挥佥事也先帖木儿前来朝贡。正统六年(1441)，朝廷大臣说土鲁番已经长期未来献贡了，正好碰上米昔儿的使臣要回去，皇帝便让该使臣带上钞币顺便替朝廷赏赐给土鲁番的首领巴剌麻儿。第二年土鲁番就派使者向朝廷献贡品了。
当初之时，因土鲁番介于于阗、别失八里等大国之间，势力甚为微弱。后来他们侵夺了火州和柳城，将这两个地方并入自己的版图内，于是土鲁番的势力一日强于一日，其首领也密力火者也私自称王了。景泰三年(1452)，土鲁番的首领偕同他的妻子和其部下的头目都各派使者向朝廷献贡品。天顺三年(1459)他们又来献贡物，朝廷给他们的二十四名使臣封官进秩。朝廷还先后派指挥白全、都指挥桑斌等人出使过土鲁番。
成化元年(1465)，礼部大臣姚夔等人提议规定，土鲁番三年或五年献贡一次，献贡的使者不能超过十人。五年(1469)土鲁番派使者来献贡，其首领阿力自称为速檀，上奏请求朝廷给他们赐予海青、马鞍、绣有蟒纹的官服、彩币和其他器物。礼部大臣说他们所要求的东西大多违反禁令，不能全部答应他们，只给他们赐予彩币和布帛。第二年他们又来献贡，上奏要求朝廷赐予忽拨思筝、鼓锣、革占镫和高丽布等物。朝廷大臣们商量后没有答应。
此时的土鲁番日益强盛，而哈密因没有王主持政务势力得到削弱，阿力就想吞并哈密。九年(1473)春天，阿力率兵攻破哈密城，绑架了哈密忠顺王的母亲，抢走金印，安置了守卫的军队之后才离开哈密。朝廷任命李文等人前去经略哈密事务，结果是无功而返。阿力依然对朝廷修贡如故，一年之中派使者向朝廷献贡三次，朝廷仍然善待他们，未曾对他们说过一句严厉的话。这样土鲁番的使者更加傲慢，要求朝廷给他们赐驯象。兵部大臣说象是为礼仪和战备做准备的，按礼制规定只有进献没有向朝廷求索的，于是拒绝了他们的请求。他们又说土鲁番已夺得了哈密的城池，拥有瓦剌部落奄檀王的一万人马，又收捕了曲先和亦思渴的头目倒剌火只，请求朝廷派使者打通道路，以便土鲁番与中国之间和好往来。皇帝说：“往西的道路畅通无阻，不需要派遣官员去打通。阿力如果诚心向朝廷献贡，朝廷不计较他此前所犯的过失，仍会礼待他。”土鲁番的使者又说赤斤等卫所，素来与土鲁番有仇，请求朝廷派将士护送他们回去，并说阿力虽然夺得哈密，只是拿哈密的物产来充当贡品，他们愿意把自己的家属作为人质抵押在边境，让朝廷给他们颁赐敕令，好让他们回去后谕告他们的王，让其向朝廷献运哈密城的官印。皇帝同意派将士护送他们回去，颁敕令给他们带回去谕告阿力，让阿力把哈密城的官印和忠顺王的母亲献出来，立刻就与他和好如初。这批使臣回去后，土鲁番又派遣另外的使臣再次到京城向朝廷献贡，就是不归还所占领的哈密。
十二年(1476)八月，甘州的守卫大臣上奏说土鲁番的使者声称忠顺王的母亲已去世，哈密城的印信都保存着，一旦得到朝廷的敕谕即送还给朝廷。皇帝此前已拒绝土鲁番的献贡使者进入中国，一听到这个消息后便又让他们进入京城。此时朝廷的大臣对土鲁番一意姑息，致使远方的小丑无所顾忌。
十四年(1478)，阿力去世，他的儿子阿黑麻承袭了速檀的职位，派使者向朝廷献贡。十八年(1482)，哈密的都督罕慎悄悄地带兵直捣哈密，战胜了土鲁番的守军。贼将牙兰逃走。阿黑麻对此颇为惊惧。朝廷大臣提议罕慎有功，可立他为哈密的忠顺王。阿黑麻听说后，愤怒地说：“罕慎又不是忠顺王的族人，怎么能立他为忠顺王！”于是便假装与罕慎联姻结亲。
弘治元年(1488)阿黑麻亲自到哈密城下，引诱罕慎出来与他结盟，罕慎中计被阿黑麻抓住杀死，哈密又被土鲁番占据。阿黑麻派使者向朝廷献贡，声称自己已与罕慎联姻结亲，请求朝廷赐予蟒纹官服和九龙浑金膝衤阑等物。他所派遣的使者到甘州时，罕慎被杀的消息已经传到朝廷，朝廷也没怪罪他们，只让其使者回去谕告阿黑麻，将所侵占的地方归还给中国。土鲁番的贼人知道中国容易对付，并不遵奉朝廷的命令，又派使者前来献贡。礼部大臣建议减少给他们的赐予，拘留他们的使臣，这样番贼才稍为有所忌惧。
三年(1490)春，土鲁番偕同撒马儿罕向朝廷贡献狮子，表示愿意将哈密城的官印献还给朝廷，朝廷也即释放了所拘留的使臣。礼部大臣请求不要接纳他们的贡品，皇帝不听。等到他们的使臣回去时，皇帝命令宦官张芾护送他们，并谕告内阁草拟一份敕文。内阁大臣刘吉等人上奏说：“阿黑麻辜负和背叛了朝廷所给予他的恩泽，竟然杀死朝廷所立的罕慎，应派大将率军直捣他的巢穴，消灭他们的种族，这样才足以洗泄中国的怨愤。或者即使不马上征讨他们，亦应当像古代帝王所做的那样封闭玉门关，拒绝他们的献贡使臣进入国内，这也还不失大体。可是现在皇上既宠幸他们的使臣，对他们待以厚礼，还派宦官为使者伴送他们回去，这是什么道理啊？陛下做事都应遵守制定的宪法，现却无缘无故地把番族人召进宫殿看戏狮子，对他们大加赏赐宫廷用品，让他们夸耀着出去。众人听说此事后都大为惊骇叹息，说祖宗以来，从来没有发生过这样的事情，不知皇上为何委屈自己作为万乘之主的尊严，去玩奇兽，让异言异服之人，杂沓清静庄严的地方。况且土鲁番的使臣满剌土儿是罕慎的妻舅，竟然忘却主人服侍仇人，这是违反天道之人所做的事。而且阿黑麻现在正聚集人马，图谋侵犯肃州，名义上打着向朝廷献贡的旗号，其意图实在是无法预测。兵部大臣提议将其使臣拘留起来，正合事宜。如果皇上不停止张芾的使命，那么土鲁番的使臣回国后，阿黑麻必然认为中国的皇帝是可以用希罕的宠物来打动的。大臣们为国家出谋划策，而天子则不听，这使我们又有什么办法！长番贼的志气，损我们天朝威风的事，莫过于此了。”这份疏章送到皇帝手上后，皇帝制止了张芾的使命，并向内阁大臣询问兴兵征讨和封关绝贡之事。刘吉等人认为现在兴兵征讨和封关绝贡都还不到时候，只请求皇上减少对他们的赏赐。并说饲养狮子每天要用二只羊，十年下来就要用去七千二百只羊；守卫狮子一天要用五十名校尉，一年就要花去一万八千个人工。如果能停止喂养，听任狮子自己倒毙而亡，这可作为传之千载的美谈。皇帝没有采纳这个意见。
同年秋天，土鲁番又派遣使者从海路向朝廷贡献狮子，朝廷命令地方官员拒绝，其使者却偷偷地到达京城。礼部大臣请求皇帝追究沿途有关官员的罪责，同时拒绝接见其使者，皇帝同意。正当此时，中外都太平无事，大臣马文升、耿裕等人，了解本国情况，多次裁减土鲁番献贡使者的进京人数和给予他们的赏赐品，阿黑麻这才稍为了解中国还是有人的。四年(1491)秋天，土鲁番派使者再次向朝廷贡献狮子，并表示愿意归还所掠去的金印和十一座城市。边防大臣将此上报朝廷，朝廷答应让他们献贡，他们果然归还了哈密城的金印。第二年朝廷册封陕巴为忠顺王，把陕巴安置在哈密，对阿黑麻的使臣给予优厚的赏赐，先前所留的土鲁番使者也全部予以释放。
六年(1493)春天，土鲁番所派的前一批使臣二十七人回去，还未出国境，后一批使者三十九人还留在京城，阿黑麻就又袭击并攻陷了哈密，把陕巴绑架走了。皇帝任命侍郎张海等人去经略西域事务，优待土鲁番的使臣，让他们到京城来进见皇帝。礼部大臣耿裕等人进谏道：“朝廷驾驭外番之国，应当珍惜大体。土鲁番使臣去年就已经进入京都，皇上却久不宣召他们进见，而今年三月以来，皇上却一再宣召他们进宫，给他们赐予币帛羊酒，而这正是他们的轻视谩骂文书投进朝廷之时，这些小人们不知内情，将会认为朝廷此时对待他们比往昔更加优待，是怕他们的缘故。此事关系到国体，不可不慎重处理。况且阿黑麻倔强无礼，早已蓄谋了与朝廷的对抗之心。所派遣的使臣，一定是他的亲信心腹，现在让他们在宫殿进出，对他们毫无防备。万一奸宄之徒窥探时机，使其逆谋得逞，则后悔也来不及了。现在招待其使臣写亦满速儿等人的宴席和赏赐都已完毕，他们还不肯离去，说是怕朝廷又宣召他们进宫，若不以远方之物为宝，则远方之人自会有分寸。狮子原本是野兽，不足为奇，何至于麻烦陛下您屡次视察，致使荒僻之地的小人得以觐见您的圣颜，藉为自己的口实。”该疏章传到皇帝手上后，皇帝即把土鲁番使者遣送回去。张海等人抵达甘肃，遵照朝廷的决定，拒绝他们的贡品，将他们前任所派的使臣一百七十二人拘留在边境，封闭了嘉峪关，永远断绝这条进贡的道路。同时巡抚许进等人又悄悄地出兵直捣哈密，赶走了牙兰，这样阿黑麻才渐渐有所畏惧。他们的邻邦无法向朝廷献贡，也全埋怨阿黑麻。十年(1497)冬天，土鲁番将陕巴送还朝廷，叩关请求通贡，朝廷决定答应他们。十二年(1499)，因土鲁番使臣再次请求，朝廷下令将已安置到广东的前土鲁番使者全部释放回国。
十七年(1504)，阿黑麻去世，他的各位儿子争权互相仇杀。不久，他的长子满速儿承袭速檀职位，向朝廷修贡如故。第二年，忠顺王陕巴去世，他的儿子拜牙即继承王位。但是拜牙即昏愚失道，哈密国内更加动乱。而满速儿的桀黠狡诈比他的父亲阿黑麻有过之而无不及，于是又有吞并哈密之心。
正德四年(1509)，满速儿的弟弟真帖木儿居住在甘州。土鲁番的献贡使臣请求把真帖木儿还给土鲁番，朝廷决定不答应他们，后来因甘州的守卫大臣也上奏请求，才把真帖木儿送还给土鲁番。真帖木儿一回去就把我国的边境情况告诉其兄，与其兄满速儿一起共谋违逆朝廷。九年(1514)他们诱使科牙即叛变朝廷，又占领了哈密。朝廷派彭泽去经略哈密事务，彭泽用财物将哈密城和金印赎了回来。不久满速儿的部下他只丁又占领了哈密，并引导满速儿进犯肃州。从此，哈密便没有再回到中国，而且其祸患还延到甘肃中部。此时朝廷大臣内部又互相倾轧，番族首领窥探到这种内情后，更加放肆地进谗言挑拨离间，使得贼人的心腹得以服侍天子，于是中国的国体大为损伤，贼人的气焰更加炽盛。
十五年(1520)朝廷又允许土鲁番前来进贡。甘肃巡按潘仿说：“番贼违犯朝廷成命，杀戮百姓，剽掠财物，其造成的悲惨之状不可胜言。现在他们虽然表示悔罪，但这能赎回他们前段时间所犯罪行的万分之一吗？数年来，我们虽然对他们封闭了关隘，但没有对他们追究罪责。现今他们因国内物资困惫请求与我们通贡，并想窥探我们的意向，打探我们的虚实情况，延缓我们的计划，以重利引诱我们。如果我们不在此时稍追究一下他们的罪责，将会更加招致他们对我们的轻视怠慢之心，致使他们反复向我们挑衅，这不是使中国为尊以便驾驭外番之国的良策。况且他们的番族文书中用的是难以顺从之词，表达的是敢于抗拒朝廷的情状。现在正是他们悔罪请求通贡之日，就有如此侮辱、怠慢、不恭敬之语，其中的权变奸诈已经显而易见。如果说来者不拒，是驾驭番国的常理，那么将他们所干的坏事全部略去不谈，而接纳他们的求和使臣，必将会使他们的使臣贪冒朝廷的恩礼，饱受朝廷的赏赐，再到市场上私自贩卖，满载而归。他们的欲望已经满足之后，其骄横之志必然又会萌发，稍不顺心，动辄寻找借口，反复向我们挑衅，这就是在目前将会发生的事。他们背叛朝廷，没被朝廷加罪，反而获得了掳掠之利；他们向朝廷献贡，未必会遭朝廷的拒绝，又能得到皇帝赏赐的荣耀，这种事他们有何惧怕而不去做呢？我认为现在应乘他们处于窘迫之机，暂设让他们有所畏惧而屈服的计策。虽然我们接受他们的悔过之词，但暂时拒绝他们的使者前来献贡，降赦令谴责他们违反朝廷成命的行为，仍向他们索讨未交还过来的人质。对其番族文书中有疑问的地方，详加究问，让他们了解中国的尊严，朝廷的天威不容冒犯，这样或许其背反之志不萌发，向朝廷的归顺服从可能长久。”此时王琼竭力主张与土鲁番通和，没有接纳潘仿的意见。
第二年，世宗登上皇帝位，贼人的心腹写亦虎仙被朝廷诛杀，贼人失去依靠后，再次图谋侵犯边境地区。嘉靖三年(1524)贼人进犯肃州，劫掠甘州；四年(1525)又侵犯肃州，但这二次都失败而归。于是他们又卑词向朝廷请求通贡。此时正碰上张璁、桂萼等人兴封疆之狱，于是他们暗地里庇护满速儿，允许他们向朝廷献贡。贼人的同党牙兰，本是曲先人氏，年幼时被番人掳掠而去，长大后既狡黠又健壮，阿力便将自己的妹妹嫁给他，让他掌握兵权，长期以来一直成为西部边境地区的祸患。到此时他得罪了其主人满速儿，便于七年(1528)夏天率鲁番，土鲁番每年从他那里征调妇女和牛马，他因不胜土鲁番的侵暴，也率领自己的族属数千帐人前来归附朝廷，边关大臣全将他们安置在内地。
满速儿为此很愤怒，让他的部下虎力纳咱儿勾引瓦剌部落侵犯肃州，结果没有获胜，他便又派使臣前来请求献贡。总督王琼请求朝廷答应他们，而詹事霍韬则说：“番人自从攻陷哈密以来，朝廷大臣中有提议允许他们献贡的，也有提议拒绝他们献贡的，皇帝的圣谕是必须要有他们用番文书写的悔罪文书交上来才答应他们的要求。现在王琼翻译后送上来的土鲁番文书，都是满速儿部下小人们的话语，没有印信可作凭据。如果我们匆匆忙忙地答应他们的要求，恐怕他们会更加骄横，以后就更难驾驭他们了。这是值得担忧的第一件事情。哈密的城池虽然已经在口头上献还出来了，但没有真实凭据可以相信，怎么能够兴复哈密国？有的大臣提议对哈密弃置不问算了，这样，他们就愈益得志，必定会再劫掠我们的罕东卫所，引诱我们的赤斤卫所，掳掠我们的瓜州、沙州，对外他们与瓦剌联结在一起，对内则骚扰我们的河西地区，如此一来，边疆地区的警报便永远不会停息了。这是值得担忧的第二件事情。牙兰是土鲁番满速儿的心腹，率领众人前来投奔我们，而土鲁番那边则说不知他的去向，我们怎么知道他不是假装投降来诱骗我们呢？日后土鲁番侵犯我们的边境，理由是我们接纳了他们的叛臣。如果我们不把他们的叛臣交还给他们，他们就不归还我们的哈密。从此以后西部边境多战事，而哈密则永无兴复的日子了。这是值得担忧的第三件事情。牙兰到来后，每天要供给他们粮食，所花的费用实在不少，还说这是羁縻政策收不到的效果。倘若土鲁番的首领率人来叩关，索讨他们的叛徒，我们是交给他们呢还是拒绝他们呢？或者要是牙兰包藏祸心，在边境内发动变乱，与边境外的贼人协调呼应，我们如何抵御他们？这是值得担忧的第四件事。有的大臣说现在陕西被饥馑所困，甘肃孤悬在边境很危险，哈密可以放弃了。我则认为保哈密就可以保甘肃和陕西，保甘肃也就是保陕西了。如果认为哈密难以守卫就放弃哈密，那么甘肃难守也将放弃甘肃吗？昔日文皇之所以扶立哈密，是因为元朝留在哈密的残余力量能够自立，这才扶立他们的。他们假借其名，我们朝廷则分享其利。现在忠顺王的王位已经三次无人继承了，这是上天废除他们，谁又能兴复呢？为今之计还是在诸夷族人之中，寻求那自身雄杰能够守卫哈密的人，把金印托付给他，让他与诸番族人和睦相处，带领他们作为我们中国的藩蔽，这样就可以了。如果一定要寻求到忠顺王的后裔才扶立为王，这就显得太顽固了。”
霍韬的疏章呈送给皇帝后，皇帝很欣赏他如此留心边境事务，便交给兵部去确切讨论。尚书胡世宁等人竭力主张不能抛弃牙兰，也不必再去兴复哈密，请求朝廷一心一意考虑自治之策，皇帝便接受了他们的建议。从此朝廷允许土鲁番的首领前来进贡，而对哈密城和金印以及忠顺王的存亡等不再过问，这样河西地区就稍为获得一些安宁，百姓得到一些休息，而满速儿则更加桀骜不驯了。
十二年(1533)满速儿派使臣向朝廷上奏三件事：其一，请求追究巡抚陈九畴的罪行；其二，请求朝廷派官前去议和；其三，请求朝廷将叛徒牙兰交还给他们。该奏章中的语言大多是悖逆傲慢之词，朝廷无法治他们的罪，只好告诫他们修职献贡时不能说狂妄之言。但自从写亦虎仙被杀，他只丁阵亡，牙兰又投降朝廷之后，满速儿也丧失了他所依靠的力量，其势力也渐渐孤单，手下的各部也各为雄长，自己称王向朝廷献贡的竟多达十五人，其政权也不统一了。
十五年(1536)，甘肃巡抚赵载陈述边境事务时说：“土鲁番屡次顺服又屡次反叛，朝廷对他们安抚太多，太信任他们，这更助长了他们的奸诈狡猾。今后他们一旦前来侵犯，应杀死他们所派来的使臣，把使臣的随从迁徙到两粤，封关拒绝与他们往来。即使他们悔改自己的罪过，也只允许他们向朝廷献贡，不可一动就将所拘留的随从交还给他们。让他们内部有所牵挂，对外有所畏惧，这样就不敢轻易侵犯我们边境了。”皇帝采纳了他的意见。
二十四年(1545)，满速儿去世，他的长子沙继嗣为速檀，他的弟弟马黑麻也自称速檀，占据了哈密。不久兄弟俩相互仇杀，马黑麻为了与其兄抗衡便与瓦剌部落联姻结亲，并在沙州垦荒种田，图谋进犯中国。他的部下前来向边关的守卫大臣报告，马黑麻便到边境叩关请求向朝廷献贡，并要求朝廷在边境以内的地区安置他。边关守卫大臣劝谕并制止了他的图谋，他便回到自己的故乡，与其兄长一起生活。总督张珩将此情况上报朝廷，皇帝下诏允许他们向朝廷献贡。二十六年(1547)规定让他们每五年献一次贡。后来他们按规定日期献贡，只是献贡的使者人数越来越多。到世宗末年时，他们所呈送给朝廷的番字文书已有二百四十八道之多。朝廷难违他们的盛情，全给他们有所赏赐。
隆庆四年(1570)马黑麻继承了其兄的职位，派遣使臣向朝廷谢恩。马黑麻的弟弟琐非等三人，亦各自自称为速檀，各派使者向朝廷献贡。礼部大臣请求裁减给他们的犒劳和赏赐，让他们的使者附在马黑麻使臣群中一起献贡，皇帝同意。一直到万历朝时，他们都向朝廷奉贡不绝。