正月二十七日（丙申），常青奏言：遵旨仍驻蚶江、厦门一带调度策应，务期镇静，不敢少动声色。时饬沿海文武员弁慎密巡查；并与抚臣晓谕居民，悬立重赏，遇有贼匪潜逃回籍，捕获首报，总不使余孽得以漏网。又南澳总兵陆廷柱自愿赴台剿贼，固属急公勇往，但南澳地方紧接台湾，关系紧要；今粤省之兵，既已派有李化龙带领，陆廷柱自可毋庸再往，应饬令速回本任。
同日徐嗣曾奏言：林爽文本系积贼，因被拿情急，起意抗拒，而游手无赖之徒，乘机附和，乌合遂多。兹据报提臣任承恩于正月初四日放洋，副将徐鼎士等系正月初八日放洋；到台即有先后，要亦不过数日之间。提臣黄仕简系十二月二十八日放洋，先由南路鹿耳门进发，直抵府城。计其统辖之兵，陆续已四千八百余名，兵力已厚。又鹿仔港、北淡水两路之兵，接续前进。虽闽人不免剽轻，而兵威愈壮，三路夹攻，必可蒇事。至贼匪林爽文，系漳州人，恐漳人因此自疑。今蒙圣明指示，无论何处民人，从贼者，即系伙党，自应按名骈戮；果能应募拒贼，即系良民，自应加以奖赏，不应预存岐视。臣现已札饬该道府等，榜示城乡，明白关导。现据漳浦县罗泽坤禀报，拿获匪犯陈樵，讯系贼匪遣回探听官兵消息，业经督臣常青就近提审。臣以贼匪遣人探信，所遣必不止一人，并亦不止一处，严饬各属慎密查拿。此后窜逃偷渡回家，亦必不少，并饬加意防范，仍悬赏格谕令亲属邻右捕拿首报。至一应军行供支粮饷火药等项，督同司道妥速办理，不敢稍有忽误。又闻黄仕简抵台后，剿捕贼匪，开炮打死二千余人，贼俱星散奔逃内山，合并陈明。再，漳浦县知县罗泽坤、浦城县知县钮琨，均经部议降调。查漳浦县滨临海洋，所辖旧镇一澳与彰化县之七鲲山相对，民俗刁悍，稽查不易；浦城县为上游入境首站，有稽察文报之事，该二县均不便骤易生手。又莆田县亦系滨海要区，候补知县郭廷魁历署繁缺，俱能办理裕如，臣现在委令前往署理；但亦已缘事降调。恳准将罗泽坤、钮琨暂留漳浦、浦城之任，郭廷魁暂署莆田县事，候剿匪事竣，再行交卸。又，闽安协副将徐鼎士，亦缘事降调，臣现令其带印领兵，由闽安出口，前赴淡水八里坌剿捕贼匪。均奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、常青、徐嗣曾曰：现在该省兵差往来，正需熟手，所有降调人员，自应留本任，以资驾轻就熟。但该省似此等降调人员，自必尚有，李侍尧到闽后，应于剿捕事竣，会同徐嗣曾核其功过，分别办理。此时，祗须汇总咨部存案，亦可毋庸逐员特奏也。又，徐嗣曾奏：拿获匪犯陈樵，讯系贼匪遣回探听官兵消息，恐所遣不止一人，亦不止一处，现经督臣提犯审讯等语。此应留心者，该督等务须严饬各属慎密查拿，加意防范，毋任窜逸偷渡。
同日孙士毅奏言：现在接准闽浙督臣常青咨称，天地会根源起于粤东，有和尚洪二房及朱姓人住居后溪凤花亭，不知何俯何县地方？该犯杨咏等现已解京，令臣密查办理等因。查天地会名目起于逆犯林爽文，而根源由于该二犯平日必系素为众匪信奉亲近之人，实系何府何县人氏，伙犯断无不知之理。臣一面饬属密速查拿，一面札覆常青，如再获有他犯，将洪、朱二犯籍贯究讯明确，立即移知到臣，查拿更易。就臣臆见，总不离惠、潮二府民人。缘潮郡民人赴台贸易者多，惠郡次之，煽惑入伙，事所应有。臣于上年腊底，即严饬惠、潮二府州县密查平日曾经赴台贸易之人，此时曾否回家？有无别项诡秘踪迹？现据地方官拿获数人，未经究有端倪。今思洪姓、朱姓，此时或现在台湾抗拒官兵，或已潜回粤东，惟有即于此项贸易人内，切实追求，自不难由影响而得实际。臣已就近严谕潮属州县上紧设法侦拿。此案逆犯将来窜逸必多，必须大员专司督办。已飞札臬司姚棻星速赴潮，不动声色，专办缉拿匪犯一事。省城现无紧要案件，藩司许祖京可以料理；抚臣图萨布二月中旬，即可回任，为期亦属不远。又派赴厦门听候调遣之南澳右营及澄海、海门营之兵丁五百名，分作两起先行。其碣石镇标之五百名，现亦到齐，接续前进。计正月初十至十六日，所有水师一千名，俱全数入闽省境。
同日左翼镇总兵李化龙奏言：抵闽粤交界之黄冈地方，经督臣孙士毅会同署提臣彭承尧将派拨水师战兵一千名，配足军火器械，裹带一月口粮，分作四起，自初十日起，间日行走；计十六日俱可入闽省诏安县境。臣察看弁兵，俱各精壮踊跃。臣即定于十六日自黄冈起程，统领前往，听候闽浙督臣调遣。均奏入，报闻。
二十八日（丁酉），常青奏言：闻提臣黄仕简、总兵郝壮猷、副将丁朝雄等所带兵船，俱于初三日自澎湖开驾，初四日进鹿耳门登岸。提臣任承恩统领各营官兵船只，于初六日齐抵鹿仔港。查台湾郡城，前经差探，固守无虞。其鹿仔港一路，署守备陈邦光率同目兵义民四处搜捕，焚毁贼巢；复擒获贼伙简鸠，刘实、张文、林天球、林耽、朱开六名。并闻北淡水署都司易连、新庄巡检王增錞统领弁兵，招集义民，屡次杀贼。惟淡水同知程峻、竹堑巡检张芝馨，均已被害。又厦门同知刘嘉会禀称，贼人已知大兵将到，纷纷散去等语。伏思贼匪本属么■〈麻上骨下〉乌合，今两提臣俱经到台，南北两路会合搜剿，定可克期歼灭。臣惟严饬内地沿海各口岸，加紧巡查，以防窜逸。并飞提获解匪犯到泉究审办理。又浙、粤二省，前经抚臣徐嗣曾咨请酌拨战兵，原系预为准备，俾资策应。旋准两广督臣孙士毅以台地远隔重洋，风汛靡定，先拨官兵一千由陆来厦。现在尚未到齐。臣计两提臣捷音亦不日可到，应否再令前往，俟得有确信，随宜斟酌。其余浙、粤备拨兵丁，仍咨明该督抚各于本境暂驻，毋庸遽行赴闽，致滋跋涉。至逆首林爽文籍属漳人，臣因虑漳民或有勾串情事。但匪徒纠众，岂必定为何处之人，若漳、泉民人果能应募拒贼，即系良民。臣惟有核其顺逆，分别诛赏，断不存岐视之见，少露形迹，以致漳民疑惧。奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、常青曰：昨据徐嗣曾奏称，黄仕简到台后，开炮打死贼匪二千余人，贼俱星散奔逃内山等语。内山系生番巢穴，向闻遇有内地民人到彼，即行杀害。但现在贼匪被官兵追剿，穷蹙逃窜，明知一经官兵擒获，万无生理，或将所掠财物，贿结生番，容留藏匿；或恃其人众胁制生番，而生番畏其凶恶，任听窜处。并恐将来撤兵后，贼匪等转勾结生番，潜出滋扰，更为可虑。犹不可不预行筹办，净其萌孽。现在水陆两提督带领多兵，在台会剿，自应乘此兵力，搜剿歼除，勿令贼匪得以逃匿负嵎。但黄仕简与任承恩均系提督，一同带兵在彼办理，体制不相上下；且水陆各有所辖，难以统摄。常青于办理善后事宜，自不如李侍尧之谙练；而督率搜剿，则常青为优。着李侍尧抵闽后，即驻扎蚶江，常青即亲自渡台，督同黄仕简统领官弁，将窜入内山贼匪余党，尽数搜捕，务净根株。仍不得因追捕贼匪，或致扰动生番，方为妥善。其任承恩于常青抵台后，即令先回本任，以资弹压。如此，庶事权归一，有所责成。现在湖广有舒常署理督篆，常青无须急赴新任，惟当督同黄仕简悉心妥办，镇戢海疆，以为一劳永逸之计。再台湾地方，前闻杨景素在道员任内，设立土牛分别内外地界，其是否办理妥协？并着常青会同黄仕简于剿捕事竣后，亲往履勘，斟酌妥善，归于善后事宜内，一并妥办。
二十九日（戊戌），常青奏言：官兵登舟之后，虽因风阻不能迅速直达，但节次探明台湾郡城固守无虞。其鹿仔港及台北之艋舺等境，均有官兵及义民人等互相保护，较之从前朱一贵滋事，全台失陷一案，情形已属不同。且两提臣俱经率师前往，更易办理。臣已传知该提臣等务须并力合攻，以期一举蒇事。一俟得有收复各县及歼匪情形，即将拿获首伙各犯，该处迅速正法。并将一切善后事宜，留交黄仕简办理。奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、常青曰：本日，常青由六百里加紧奏到一折，以为剿灭台湾逆贼之信，及至拆看，祗系覆奏事件，又何必由驿驰递，徒劳驿马乎！常青何不知事体轻重若此。前曾有旨，令蓝元枚赴闽署理陆路提督，并谕常青探听台地消息，一俟蒇功，即可传知，蓝元枚行抵何处，速回江南本任。今思任承恩在台统兵会剿，于该处情形皆所目击，而松江提督已有人署理，现无紧要应办之事。着常青自抵台后，即令任承恩迅速驰驿来京，候朕面加询问一切。其福建陆路提督着蓝元枚仍行署理，毋须即回江南本任。至林爽文、王芬二犯，系此案首恶渠魁，如经官兵生获，着该督等派委妥干员弁解京审办；并饬该委员等沿途小心，加意防范，毋得稍有疏虞，致干咎戾。
二月初一日（巳亥），徐嗣曾奏言：闻淡水守备董得魁招集泉民，剿捕贼匪。十二月十八日，有原署淡水同知程峻之幕友寿同春，用计退贼，会同俸满巡检李生椿及堑城书院掌教之原任榆林县知县孙让，率励义勇，收复竹堑，追获贼匪王作等三十余人正法。
该守备驰往堑城，协同守御。又署淡水都司易连、新庄巡检王增錞于十二月二十三及二十六、七、八等日，分路剿杀大姑坑等处贼匪，官兵、义民各皆奋勇，杀贼百余人、数十人不等；先后擒获陈轩等十名正法；夺获旗杆器械。义民间有受伤。贼匪虽屡经剿杀，旋散，旋聚。现闻提臣黄仕简、总兵郝壮猷皆于初四日由鹿耳门登岸，贼匪知大兵已到，纷纷散去。黄仕简定于十三日前往收复诸罗。陆路提臣任承恩初六日抵鹿仔港登岸，亦定于十三日分兵进剿。查鹿仔港、鹿耳门相距颇远，两提臣先后进口，皆克期于十三日剿贼，正与圣训相符。而鹿仔港署守备陈邦光，于提臣任承恩未到之先，又擒获贼匪简鸠等六名。鹿仔港与北淡水相去较近，徐鼎士等兵抵北淡水，又复适当其时，三路围攻，自必一举蒇事。此时沿海一带，犹宜严密截拿，防其窜逸。但贼匪内窜，必不敢由正口径入，自漳、泉、兴化至福州、福宁滨海各县，■〈氵义〉港纷岐，在在皆可偷渡。臣先已严饬文武员弁选拨兵役，于凡可偷渡之处，罗织巡查。现复通饬，以贼匪洗荡在即，加意堵防，毋使一名漏网。至郡城既保守无虞，而彰化、淡水等处，又有乡勇、义民协同剿御：大兵一到，贼即纷纷逃溃。不但无须邻省策应，即本省官兵亦不值多为调派。臣知识短浅，身亲其事，不能辨晰，实深感愧！奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、常青、徐嗣曾曰：此等么■〈麻上骨下〉贼匪，原不过一时乌合，现在黄仕简、任承恩督兵会合搜剿，自无难立时扑灭。前因徐嗣曾轻离省城，恐致人心疑骇，曾降旨饬谕。此时人情大定，非同前比；且大兵抵台，三路围攻，贼匪自必四散溃窜；恐有逃至原籍及内地者，犹应于各口岸严密截拿。徐嗣曾不妨视其地方紧要，间一亲往各处搜查。前有旨令：李侍尧抵闽后，即驻扎蚶江，督办一切；常青亲自渡台督同黄仕简等搜剿贼匪。着传谕该督等遵照妥协办理。常青抵台后，即令任承恩迅速驰驿来京。该提督轻于举动，未免迹涉张皇，然究属遇事勇往，尚无不是。今令其来京，不过欲面询台地事宜，常青可告知该提督，毋庸心生疑惧。
臣等谨案兵贵先声制人，两提臣于到台之始，贼匪即已望风惊溃，小丑技俩，于兹可见。若能两路定期会剿，直如摧枯拉朽；乃观望迁延，遂使乌合之众，得乘暇广为纠集，愈肆鸱张，实属有负任使。赖我皇上神几远烛，罚不旋踵，是以天威震叠，即当迅扫贼氛也。
初二日（庚子），徐嗣曾奏言：遣将调兵，本应督臣主政。乃臣于派兵赴淡水一节，因巡检王增錞禀请救援迫切，急求集事，竟一面奏派，一面咨会督臣，未及札商办理。事后，扪心自讼，实属过涉张皇，近于越俎，咎无可辞。至督臣遇有公事，悉皆开诚剖示，总以协力同心，相为期勉。即如臣调兵赴淡水，未及待督臣咨覆，臣之错谬，已难自解，而督臣并不因此稍存意见，惟以公事为重，虚衷斟酌。将所调省兵留省弹压，改用延、建之兵，由陆赴厦，悉皆往返札商，议归画一。至军需口粮、盐菜及裹带战粮、军火、器械、船只、人夫等项，先经与督臣酌定章程，一切水陆运送，均无遗误。本日，据厦防同知刘嘉会禀报，官兵到台，贼匪纷纷散去。定于十三日会剿，收复诸罗等处。郡城内外，今已照旧生理，民情安堵等语。官兵克期剿捕，自必立就扑灭。诚如圣谕，此时总以镇静内地、严拿逸匪为要。臣复又严饬沿海文武员弁，实力堵拿，毋使窜逸。
同日，松江提督蓝元枚奏言：正月初八日，自松江起身，昼夜兼程趱赴，已于十九日驰抵福州省城。随访探台匪情形，自官兵陆续渡台以后，贼众即纷纷溃散。现在郡城保守无虞，两提臣克期会剿，自可即日蒇事。但恐贼匪四出窜逸，逃入内山与生番勾结引藏，搜捕不免有需时日。若偷渡，各处海面山箐捷便之路，无不可通，犹属稽捕不易。而台湾语音与广东之潮州相同，此时北风当令，海道赴粤极顺，恐逆匪等犹易于窜往。臣现晤抚臣徐嗣曾，询知闽省各处口岸，已经设法严密侦缉。臣抵泉后，再当与督臣常青实力查拿。一面飞咨两广督抚提臣等，并札饬文武员弁加意防缉，不致一名漏网。至臣自入闽境以后，察看一路民情，俱各宁谧；以乡语咨询，俱似不知有台湾用兵之事。省城亦极宁帖。均奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、常青、蓝元枚、徐嗣曾曰：现在两提督厚集兵力，克期会剿，自必立时扑灭。惟前据徐嗣曾奏，黄仕简到台后，开炮打死贼匪一千余人，贼俱奔逃内山。而本日蓝元枚亦奏及贼匪窜入内山与生番勾结，将来搜捕需时等语。内山虽系生番巢穴，但贼匪穷蹙无归，或以贿结、或以势胁生番容留藏匿，将来大兵撤后，潜出滋扰，犹属不成事体。该督等务须乘此兵力，上紧搜捕，俾尽根株，以靖海疆。至贼首林爽文、王芬二犯，及此外有名头目，如经官兵生获，即选派员弁解京审办，以彰宪典。再前已降旨，令任承恩俟常青抵台后，即驰驿来京陛见，询问该处情形；其陆路提督着蓝元枚署理。现在江南提督署理有人，蓝元枚俟任承恩回任后，再回江南本任。
初四日（壬寅），柴大纪奏言：彰属贼匪林爽文、王芬攻陷诸、彰二邑，恃众分路来攻郡城。自本月初九至十三，连日堵御，杀退贼匪。十四日子刻，接据台湾道永福来札，知凤山又被贼陷。随饬游击蔡攀龙带兵七百名，守备邱能成带兵三百名，往南剿捕，以复凤山。乃出城未远，即遇贼众来犯郡城。当此盗贼蜂起，南北交迫，郡城为全台根本，倘有疏失，恢复更难。查郡城并无墙围，惟以木栅■〈艹〈束刂〉〉竹环绕，实不能固守，必离城稍远于各总口扼其要害，方克有济。臣相形度势，南则桶盘栈地方，距城十里余，可截南路贼众，兼可以应大、小东门，饬游击蔡攀龙带兵七百名，并南路参将瑚图里就此扎营；东则旧万寿亭，离城五里，可御中路之贼，亦可以援大、小南门，饬守备邱能成带兵三百名，李步云带兵二百名，就此扎营。其沿海一带，饬守备林球带兵二百名，把守三鲲身；署守备张时泰驾船把守港口；并提标金门等标载班兵哨船六只，俱饬驶在大港协守，则安平既严，西门亦固。至北路贼匪虽多，臣仍扎盐埕桥，独当一面；倘东南门有急，俱可随时应援。署游击王天植、参将宋鼎同道府厅县等督率兵民，坚守四门；游击郑嵩在城弹压巡查。前此，城内民人闻风恐惧，自盐埕连日战胜，莫不踊跃鼓舞，共奋义勇，出城助战。似此四面严守，虽南北贼势猖獗，郡城可保无虞。俟内地兵到，随即长驱前往，力图恢复。奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、常青、徐嗣曾曰：前贼匪滋扰凤山时，瑚图里纵马由南而去，不知下落。朕以该参将之不能抵御，由于兵散独力难支，与临阵退缩者不同，曾谕令常青俟事定后，核其功罪，分别办理。今该参将业已回至郡城，率兵堵御，如果奋勉杀贼，则功过尚足相抵。着常青俟事竣后，秉公核实具奏，并给咨送京，候询问台地一切情形。再，柴大纪折内称郡城并无墙围，惟以木栅■〈艹〈束刂〉〉竹环绕，官兵难以固守等语。前曾谕令李侍尧于台匪荡平后，将是否可以建城之处，酌量办理。今阅柴大纪所奏，体察情形，彰化等三县一厅应否改建城垣，尚可俟筹办善后事宜时，确实勘估绘图妥议，请旨办理。至郡城为全台根本，即应速建城垣，以资保障。着李侍尧、常青一俟事竣，即熟商妥议，一面奏闻，一面兴工办理。
初五日（癸卯），上命军机大臣传谕李侍尧曰：从前办理缅匪时，曾调福建水师兵二千名，随同进剿。该兵丁等沿途滋事，鞭责夫役；甚至将民夫双耳割去。当将首犯正法，以示惩儆。及随京兵打仗时，又复怯懦，竟有闻枪炮声恐惧战憟，欲泅水逃避者。可见该省兵丁勇于私斗，怯于公战之习，牢不可破，皆由该省将弁平日不能认真训练，以致军无纪律。着李侍尧于剿捕台匪事竣后，实心训练，申明军律，随时惩创，俾各弁兵共凛法纪，有勇知方，痛改从前积习，以作士气而励戎行，方为有备无患。该督不可惟知办理地方事件为重，而转置军旅专责于不问也。
同日，常青奏言：现在水陆两提臣俱经到台，内地加调官兵亦接续继进，兵力已属厚集。虽未接该提臣等报有进剿情形，已据厦门同知刘嘉会差丁自台回厦称，上年十二月二十六至三十等日，官兵屿贼打仗，杀死贼人甚多，收夺器械无数。正月初四日，黄仕简官兵到台，贼匪纷纷散去。闻大兵现定十二、三等日，长驱会剿。郡城内外照旧生理，民情安堵。又据蚶江船户张淡等禀称，陆路提督于正月初六日到鹿仔港上岸，十一日杀死贼人七名祭旗各等语。是该督臣等到台之后，已自相度情形，会齐进剿，以期一举蒇事。正与不用零星打仗，轻于尝试之谕旨相符。再臣与抚臣徐嗣曾，共事日久，一切地方公务，无不和衷办理。今台湾远隔重洋，匪徒窃发，恨不灭此朝食！臣与徐嗣曾俱有同心。祗因臣驻扎泉州，距省较远，以致续调官兵稍有参差，并非各存意见。况军务犹关紧要，臣不敢因此生嫌。至该此商民等保护地方，率先向义，洵属可嘉！已咨水师提臣黄仕简于事竣后，逐一查办。又提讯盘获匪犯陈樵，据供：籍隶漳浦，乾隆五十一年六月渡台，在彰化县大肚地方宰猪营生，与林爽文会党许溪熟识，许溪邀入天地会，陈樵应允。十一月初二日该犯同郭盏、吴带、陈榜、吴汴、李积、郭却、阮择、薛指、林倚、赵荣、林载生等共十二人，齐赴麻园庄王芬家内入会，嗣林爽文攻破大墩营盘，杀害官兵，该犯系带竹篙枪在场附和。林爽文等惧内地发兵往剿，经许溪付给该犯番银十圆，嘱令搭船内渡，探听官兵。十二月初二日，陈樵赴大安港搭船，于二十八日飘至漳浦古利僻处上岸。听闻各处查拿严紧，不敢回家，躲匿附近之陆鳌山内。于五十二年正月初三日，经漳浦县兵役拿获；至天地会名色，不知起自何时等语。审明后，即将该犯正法。其家属财产及在台匪伙，分饬严拿照例办理。至漳浦县罗泽坤，于陈樵上岸潜匿，即经会营拿获，应请免议。其台湾失察偷渡之文武各职名，仍俟查明另参。又弹压台湾府城参将宋鼎、游击郑嵩等，因防守小北门把总高大捷逃赴鹿耳门，觅船内渡，随差外委郑廷栋前往锁解到郡诘问。据供，惧贼势猖獗，欲赴内地。随将高大捷即行正法。办理尚属妥协。奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、常青、徐嗣曾曰：现在大兵已到，贼匪望风胆落，溃逃四散。黄仕简、任承恩统领官兵，克期分路进剿，捷音何以至今迟滞未到？林爽文等于光天化日之下，纠众不法，攻占城池，戕害文武官弁，实属罪大恶极，神人共愤！所有逆恶渠魁及有名头目，务须按名擒拿歼戮；如经官兵生获，即选派员弁解京，尽法处冶；不可任其逸入内山，搜捕需时。该督等更须穷究党羽，按名从严办理，务使净尽，以靖海疆，方为妥善。
上又谕内阁曰：绿营恇怯积习，最为可恶！在兵丁临阵脱逃，已属大干军纪；况高大捷身系把总，当台匪滋事之时，带兵防守，辄敢擅离郡城，首先逃避，情罪更重；自应立正典刑，以肃军令。该参将宋鼎等，一闻高大捷逃赴鹿耳门之信，立即锁解到郡，会同讯明正法，所办甚是。武职中参游等官，虽非专阃大员，于例不应专戮，但行军之际，非寻常无事时可比，该参将等能知事体轻重，一经讯明脱逃属实，即会同该道将高大捷先行正法，使在事兵弁咸知儆畏，甚属能事，可嘉！宋鼎、郑嵩、左渊、王天植，俱交部议叙；仍着事竣后，俱给咨送部引见。向来逃兵拿获，尚且即行正法；况高大捷以武弁委城脱逃，犹为可恶！虽已正法，尚不足蔽辜，着该督查明伊子奏闻，发遣。并将办理缘由，着各督抚通行晓谕绿营弁兵，使知避贼潜逃，希图幸免，不但戮及其身，即其子嗣亦难邀宽宥，庶惩一儆百，不敢后蹈恇怯恶习。