二月十三日（辛亥），任承恩奏言：统领官兵于十二月十三日开行，因风雨阻滞，直至正月初四夜放洋，于初六日全抵鹿仔港。登岸后，正分派小船拨渡兵械，忽起风暴，小船不能摆渡，延至初十日始能全行上岸安营。连日审察地方形势，侦探贼匪情形，林爽文等仍分屯诸罗县城及铁线桥地方，阻截南北道路。署鹿仔港守备陈邦光纠约鹿仔港义民林凑等，乘虚擒捉贼目，收复鹿仔港、彰化。而贼目陈泮、吴领等，仍复拥众踞住彰属东南山之虎仔坑、万丹城一带地方，勾结内山生番，日扰四处村庄。又彰属大里杙等处，系林爽文等住居起事之地，其中匪伙时出滋扰。臣伏思鹿仔港为台北咽喉要口，居民稠密，现今各处避难人民群集杂处，奸匪亦遂混迹其间，人心时觉惊惶；又逼近虎仔坑、大里杙贼巢，必须先行扫荡，俾要口得以宁辑。臣即于十一日分派游击穆腾额、守备潘国材带兵五百名，由员林进剿中路南投各庄；游击海亮带兵三百名并乡勇、熟番人等，进剿南路嵌顶各庄；守备常万雄带兵三百名、并乡勇等，进剿北路北投各庄，以次会剿虎仔坑等处。并派都司马元勋带兵三百名，驻扎大加冬，防范浊水溪后路。兹游击穆腾额于十二日至许厝察、上湳仔、下湳仔等庄，贼匪闻风逃遁，当将贼庄三处尽行焚毁。十三日带兵登山，行至半岭，遇贼。即行占住左山梁，用枪横击，打死贼人甚多。随即饬令署守备沉勇云带兵分往林厝仔、施厝坪，搜毁贼庄。贼众蜂拥迎拒，官兵用枪炮进攻，贼人四散逃窜，计烧毁贼庄六处、杀贼首级八伙、夺获藤牌、枪炮等械。又游击海亮十三日进攻嵌顶，贼匪数百人踞住山梁，用石打下。即令藤牌前攩，枪炮伏后，扒山仰攻，打死贼匪十余名，贼始退走。官兵追赶上山，将及三条仑地方，贼匪又复拒敌。随用枪炮打毙贼人甚众，余贼奔窜，经官兵民番奋勇追杀，割献首级、耳、辫，夺获枪、刀等械，共烧毁内湾、竹脚寮、宫下仔、粗坑头、三条仑、松柏坑、竹仔坑七处贼庄。又守备常万雄十三日进攻北投庄，枪炮打死十余人，贼匪败退。进至月眉庄，贼匪又来抵拒，当即督兵枪毙四人，杀死二人，夺获枪、箭等械，焚毁上茄老、下茄老、月眉庄、北投、林仔头、溪舟等处贼庄各等情 。又连日，据各庄义民、兵役、社番人等，擒献贼伪号将军林里生、并贼伙高玉等十三名，并呈缴渠贼王芬首级一伙。讯据林里生供称：林爽文封做扫北大将军，曾经攻破竹堑城。又伙贼高玉等随同林爽文，或攻彰化县，或攻诸罗县，俱各供认不讳。因林里生一犯，现患病沉重，当即凌迟处死。其余各犯概行处斩。又王芬首级，讯之贼党林里生等合认属实。铺户、居民无不称快。臣将该犯首级并林里生首级，一同枭示。其呈缴擒献之各庄贡生张明义、生员张植槐、民人钱凌碧、邱景厂、蔡运世、施烜光、大肚社熟番通事乌肉典、岸里社熟番通事潘明慈、贡生潘士兴、兵丁方得章、陈论、林世忠等，均行分别奖赏。又据运粮官黄嘉训访有彰化县兵房书办刘志贤，曾受林爽文伪封鹿仔港同知，公然到任，鞭扑平民，擅收盐课，需索船规。即亲率跟役拿获，讯供不讳，即日解送督臣审办。更访得在港居民，有乘机抢夺之徒，未便姑容，致滋骚扰，当饬参将福兰泰拿获杨礼等十一犯，挑断脚筋，以示惩创。臣仍严督将备将虎仔坑一带贼庄，克日剿平；陈泮、吴领二犯，务期拿获。再将官兵调赴大里杙一带，搜剿林爽文贼巢净尽后，臣即当亲统官兵南下，会同水师提臣黄仕简商酌机宜，同心并力迅擒首逆，尽歼匪党。又到港后，据被害台湾府知府孙景燧家人丁寿呈缴台湾府印信一颗，又被害彰化县知县俞峻家人毛荣呈缴彰化县印信一颗，又鹿仔港被害巡检冯启宗之子冯廷玉呈缴鹿仔港巡检印信一伙，并佥称：各故员未经被害之前，手将印信交付收藏，并言：『我死是该当，印系官物，未敢遗失，你速带去逃避，等大兵到日呈缴』各等语。随将印信三颗验明封固，统候克复诸罗之后，委员賫交台湾道永福收贮。仍即飞咨督抚二臣查办。首级，一同枭示。其呈缴擒献之各庄贡生张明义、生员张植槐、民人钱凌碧、邱景厂、蔡运世、施烜光、大肚社熟番通事乌肉典、岸里社熟番通事潘明慈、贡生潘士兴、兵丁方得章、陈论、林世忠等，均行分别奖赏。又据运粮官黄嘉训访有彰化县兵房书办刘志贤，曾受林爽文伪封鹿仔港同知，公然到任，鞭扑平民，擅收盐课，需索船规。即亲率跟役拿获，讯供不讳，即日解送督臣审办。更访得在港居民，有乘机抢夺之徒，未便姑容，致滋骚扰，当饬参将福兰泰拿获杨礼等十一犯，挑断脚筋，以示惩创。臣仍严督将备将虎仔坑一带贼庄，克日剿平；陈泮、吴领二犯，务期拿获。再将官兵调赴大里杙一带，搜剿林爽文贼巢净尽后，臣即当亲统官兵南下，会同水师提臣黄仕简商酌机宜，同心并力迅擒首逆，尽歼匪党。又到港后，据被害台湾府知府孙景燧家人丁寿呈缴台湾府印信一颗，又被害彰化县知县俞峻家人毛荣呈缴彰化县印信一颗，又鹿仔港被害巡检冯启宗之子冯廷玉呈缴鹿仔港巡检印信一伙，并佥称：各故员未经被害之前，手将印信交付收藏，并言：『我死是该当，印系官物，未敢遗失，你速带去逃避，等大兵到日呈缴』各等语。随将印信三颗验明封固，统候克复诸罗之后，委员賫交台湾道永福收贮。仍即飞咨督抚二臣查办。首级，一同枭示。其呈缴擒献之各庄贡生张明义、生员张植槐、民人钱凌碧、邱景厂、蔡运世、施烜光、大肚社熟番通事乌肉典、岸里社熟番通事潘明慈、贡生潘士兴、兵丁方得章、陈论、林世忠等，均行分别奖赏。又据运粮官黄嘉训访有彰化县兵房书办刘志贤，曾受林爽文伪封鹿仔港同知，公然到任，鞭扑平民，擅收盐课，需索船规。即亲率跟役拿获，讯供不讳，即日解送督臣审办。更访得在港居民，有乘机抢夺之徒，未便姑容，致滋骚扰，当饬参将福兰泰拿获杨礼等十一犯，挑断脚筋，以示惩创。臣仍严督将备将虎仔坑一带贼庄，克日剿平；陈泮、吴领二犯，务期拿获。再将官兵调赴大里杙一带，搜剿林爽文贼巢净尽后，臣即当亲统官兵南下，会同水师提臣黄仕简商酌机宜，同心并力迅擒首逆，尽歼匪党。又到港后，据被害台湾府知府孙景燧家人丁寿呈缴台湾府印信一颗，又被害彰化县知县俞峻家人毛荣呈缴彰化县印信一颗，又鹿仔港被害巡检冯启宗之子冯廷玉呈缴鹿仔港巡检印信一伙，并佥称：各故员未经被害之前，手将印信交付收藏，并言：『我死是该当，印系官物，未敢遗失，你速带去逃避，等大兵到日呈缴』各等语。随将印信三颗验明封固，统候克复诸罗之后，委员賫交台湾道永福收贮。仍即飞咨督抚二臣查办。峻家人毛荣呈缴彰化县印信一颗，又鹿仔港被害巡检冯启宗之子冯廷玉呈缴鹿仔港巡检印信一伙，并佥称：各故员未经被害之前，手将印信交付收藏，并言：『我死是该当，印系官物，未敢遗失，你速带去逃避，等大兵到日呈缴』各等语。随将印信三颗验明封固，统候克复诸罗之后，委员賫交台湾道永福收贮。仍即飞咨督抚二臣查办。峻家人毛荣呈缴彰化县印信一颗，又鹿仔港被害巡检冯启宗之子冯廷玉呈缴鹿仔港巡检印信一伙，并佥称：各故员未经被害之前，手将印信交付收藏，并言：『我死是该当，印系官物，未敢遗失，你速带去逃避，等大兵到日呈缴』各等语。随将印信三颗验明封固，统候克复诸罗之后，委员賫交台湾道永福收贮。仍即飞咨督抚二臣查办。
同日，黄仕简奏言：台湾五方杂处，逆匪胆敢恣行不法，罪大恶极。其间或被迫胁随行者，自必不少，是欲歼其渠魁，必亟散其党羽。臣先经飞檄示知台地民人，现在带领官兵进剿，凡被贼匪迫胁随行者，速须解散，无致悉被刑诛，严切晓示在案。先闻贼匪于正月初四、五等日，要来再攻郡城，迨臣统领官兵到台，初四、五等日，逆贼不敢复来迫攻。缘郡城最关紧要，臣随将到台官兵，先即一面四路堵御，一面相度机宜，发兵进剿。日内陆路提臣任承恩亦即续带官兵及金门、南澳、铜山等标营兵丁到台，自可调度分发，南北夹攻。均奏入。
上命军机大臣传谕常青曰：本日据任承恩奏到，派拨官兵于鹿仔港一带焚毁贼庄、擒杀匪伙一折，所办虽略有头绪，但杀贼甚少。前经降旨谕令任承恩俟常青到台湾后，即驰驿来京升见。但此时任承恩正在带兵剿捕，着常青于到日察看情形，如果任承恩奋勉得力，即令其在彼率领将弁追捕贼匪，以期迅速蒇事；若伊在彼不甚得力，即据实具奏，仍遵照前旨饬令赴京升见，候朕面讯一切。现在该处领兵大员，尚有总兵柴大纪、郝壮猷、普吉保三人，足资带兵剿捕也。
上又命军机大臣传谕李侍尧、常青曰：任承恩派兵分路进剿，共有千四百名，又有乡勇等帮同剿捕，而所杀贼人首级、割取耳记，为数甚少。前此，署守备陈邦光以微末员弁，尚能督率兵民多杀贼众，并擒要犯高文麟等四名，出力可嘉，任承恩等转不及该弁，宁不之愧乎？现在，贼众既分屯诸罗县城及铁线桥地方，黄仕简、任承恩二人，务宜亲督弁兵，南北夹攻，以期一举集事，勿再迟延。至折内所称各庄生监义民人等，擒献贼目，并呈缴逆渠王芬首级一颗。此等擒献贼匪之生监义民，如官兵未到之先，本未从贼，及见官兵到彼，即擒贼来献，自应优加奖赏；若先被贼逼胁观望附从，后见官兵势盛，惧而擒献，只可免其治罪，不得令其幸功。着常青于到台湾后，查明分别核办。至林爽文、王芬，系此案首犯，今王芬虽已歼毙，若林爽文复临阵被戮，或情急自戕，转使逆首幸逃，宪典无以示惩；着常青于到台湾时，务须设法将林爽文生擒解京，方为妥善。其呈出之王芬首级，并着覆验明确，查明系何人所杀；若此时不能详加辨认，设将来又有王芬其人，尚复成何事体？该督不可不慎也！刘志贤身充书吏，竟敢受贼伪职，公然到任，实属罪大恶极。凡应行缘坐者，一概不可宽宥，该督于讯供后，一并派员妥速解京。至拿获乘机抢夺之杨礼等十一犯，虽已挑断脚筋，但该犯等辄敢乘机抢夺，骚扰良善，即与贼匪无异，仅以挑断脚筋完结，不足示儆；并着常青查明抢夺属实，即将该犯正法示众。再据黄仕简奏，欲歼其渠魁，必先散其党羽等语。所奏非是。此等办法，或因起事之初，兵少贼多，为一时权宜之计则可；今军威壮盛，自应趁此兵力荡洗贼巢，勿使转留余孽。若党羽既散，将来如何按名究辨；况大兵一撤，贼伙散而复聚，岂不更烦兵力？此皆伊等平日将就完案之见。此次，林爽文等纠聚滋事，即由从前姑息养廱所致。今该犯等肆逆至此，岂可不歼戮净尽，以绝根株。且现据任承恩奏，贼人勾结内山生番，日出滋扰，可见贼人自知罪在必死，负嵎煽聚，非痛加剿洗，势必仍行肆扰。现在兵力既盛，亦不难将所结之生番等，一并剿办。上年戕害同知潘凯一案，即系生番滋事，倘能趁此剪除，将来内山等处俱成熟 番，不更一劳永逸乎。着传谕常青即遵照节次所降谕旨，相机妥办，总以剿贼务尽，勿留后患为要。
同日，海坛镇总兵郝壮猷奏言：承准督臣常青照会，令挑派粗壮兵丁四百名，配足军装、器械，齐集闽安，前赴进剿。随即派兵起程，于十二月十五日到闽安。适副将丁朝雄、参将那穆素里管带督标海坛、闽安烽火兵丁共一千五百名，陆续亦到；臣即令分配船只，于十二月十九日由闽安开驾，到平海放洋。缘连日风暴，至五十二年正月初三夜，抵鹿耳门。水师提臣黄仕简船只亦到，初四日一同登岸进城。即将到台官兵分派各要隘处所，严加堵截。一面会商水师提督臣黄仕简，相机带兵进剿。奏入。
上谕内阁曰：据郝壮猷奏，奉派带兵起程到台湾日期一折，所奏甚不明晰。该总兵经总督派令前往进剿逆匪，既已率领官兵于初四日登岸，自应奋勉出力，迅速剿捕；并将贼匪现在情形，详悉声叙，方得窽要。乃折内并未叙明，祗将起程及行抵台湾日期，敷衍陈奏，于剿贼事宜，全无头绪，郝壮猷着传旨严行申饬。该总兵接奉此旨，务须奋勇杀贼，毋得稍有疏懈，致干咎戾。
上又谕内阁曰：台湾逆匪林爽文纠众滋事，现据任承恩奏，台湾府知府孙景燧、彰化县知县俞峻、鹿仔港巡检冯启宗，同时被害，各将印信令家属呈缴等语。孙景燧等守御城池，猝被戕害，殊堪怜悯！着交部从优议恤。
十四日（壬子），上谕内阁曰：此次台湾逆匪林爽文等纠众谋逆，到处抢掠，义民乡勇人等随同官兵奋勇杀贼，守御郡城，甚属可嘉！业经降旨令该督等查明优赏。惟念逆匪滋事之初，经过地方，百姓田庐牲畜被其蹂躏劫掠，及避贼迁徒流离者，殊为可悯！亦宜一体加恩，普施惠泽。所有台湾府全属五十二年应征地丁钱粮，悉行蠲免，以副朕优加轸恤之至意。并着该督抚接奉此旨，即日誊黄遍谕各处。该部遵谕速行。
臣等谨按台湾一岁三熟，比户盈宁，久享升平之福。兹猝被林爽文肆虐，各处村庄受其蹂躏者不少。我皇上于该处乡勇、义民，已捐税锡衔，恩施广被。复以贼匪所过地方，被其劫掠及兵燹流离者，情殊可悯，如伤在抱，巽命载申，于台湾府全属五十二年钱粮，悉行蠲免。海外编氓，无一不在皇仁涵煦之中，真与天同量矣。
同日，常青奏言：二月初一日申刻，准提臣任承恩咨称：『统领各兵船于正月初十日全行上岸，及派拨官兵、乡勇、熟番分路进剿。据游击穆腾额、海亮、守备常万雄等禀报：「于十二、十三日进攻各庄，枪炮打死贼人甚多，各有夺获军械并焚毁各处贼庄」。俟搜剿贼巢余匪后，即统兵南下与水师提督会商剿捕』等因。查该提臣自抵鹿仔港即已分兵剿捕，焚毁贼巢，使匪徒无顿身之地。现在南北两路，可互壮声援，并力搜洗。且首逆林爽文，前据台湾镇禀报，访闻被炮打伤，早阴褫其魄；而王芬系助恶大憝，又经义民人等割献首级；其余逆伙定可不日歼除。再臣前委署理台湾府厅及各县员缺，因印信尚无下落，饬将府经县丞等印信、关防暂行给用。今据孙景燧家人呈缴台湾府印信一颗、俞峻家人呈缴彰化县印信一颗，又鹿仔港巡检冯启宗之子呈缴鹿仔港巡检印信一颗，俱经验明封固，賫交台湾道收贮；随饬知该道分给各署员备用，将借给内地印信、关防缴回。仍查追理番诸罗、凤山各厅县被失关防、印信及武职关防，务获。奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、常青、黄仕简、任承恩曰：本日常青奏，接据陆路提督咨报剿贼情形一折，皆系任承恩业经奏闻之事，何用六百里加紧，徒劳驿站。林爽文系此案首犯，必须生擒解京，尽法惩治，方足以申国法，而快人心。据称该镇访闻林爽文被炮打伤之语，毕竟有何确据？大里杙等处，即系贼人巢穴，林爽文又逃往何处？若因林爽文有被炮打伤之语，将弁等不能将首犯生擒，或又捏报因伤身死，希图将就完结，致首逆重犯幸逃显戮；设将来又有林爽文复出，非独黄仕简、任承恩罪无可宽，即常青亦恐不能当此重戾。至王芬一犯，据义民等将首级呈缴，亦恐不足深信，昨有旨着常青等确查覆奏。若此时未经验明确据，将来他处又有王芬其人，一经发觉，惟常青等是问。
同日，孙士毅奏言：上年十二月接准闽省咨文，挑备战兵，以资策应。臣才庸识浅，不知轻重缓急，惑于漳、潮接壤，民情疑恐，亲赴弹压，兹自知错谬，不禁惭悚交集！现在，已于正月二十一日起，先将督标官兵陆续撤回归伍；其先赴闽省之水师一千名，昨接闽、浙督臣知会，现在暂驻漳州，用资弹压；其驻扎黄罔等处水陆兵丁，现与署提臣彭承尧商酌，俟再得闽省剿贼确信，亦即分起撤回。惟粤省惠、潮民人入天地会者，谅复不少；此种匪会，非别项邪教止图诓骗钱财者可比，必须彻底查办，净绝根株。臬可姚棻现已行调来潮，专司督缉。署提臣彭承尧仍暂驻潮州，督率料理。臣即于正月二十六日起程回省。奏入。
上命军机大臣传谕孙士毅曰：前因孙士毅接准闽省咨文立即调发弁兵亲赴潮州，不过见其遇事急公，而不权事理之轻重缓急；且恐粤东内地民人心怀疑惑，是以降旨饬谕。现在黄仕简、任承恩齐抵台湾，分路进剿，贼匪四散逃窜，各庄生监义民擒献贼目、贼伙，并割取贼渠王芬首级呈缴，大兵会剿，余党自可即日荡平。此时大局已定，孙士毅又当亲往稽查弹压；况惠、潮民人入天会匪会者不少，其从外窜逃入境及内地勾引入会之人，均应逐一搜捕，不留余孽。若孙士毅往来督缉，岂不较总兵彭承尧及道府等更为有益。乃该督率行回省，全不知事体缓急，因时制宜，何以拘泥错谬若此？着传旨申饬。该督接奉此旨，即仍前往潮州一带督率办理。
十六日（甲寅），上命军机大臣传谕李侍尧曰：前据常青奏，黄仕简等带兵登舟开驾以后，屡被风信阻回，朕当即于次日清晨，斋心默祷，叩天虔告，以祈神佑。嗣据该提督等节次奏报，风水顺利，所带官兵船只于二月初三、初六等日，先后俱抵台湾，克期进剿。可见诚敬感孚，聿昭灵应，朕欣慰之余，益生寅凛。着李侍尧即亲诣天后宫，虔申报谢，以答神庥。