二月十七日（乙卯），任承恩奏言：拿获奸细僧人西叶、心向、新法三名，讯供：『林爽文因攻府城不开，闻得鹿仔港又有兵到，恐大里杙一带失去，随领伙众由诸罗、斗六门绕回内山。于十三日到大里杙，就差我等前来探听信息，并约会陈泮等招集党伙，分抗官兵。不料就被盘获』。当将该犯等正法。一面差人探知林爽文潜回属实，因派游击海亮、穆腾额、署都司张奉廷领兵八百名，至马鸣山一路，防御大里杙贼匪；又派都司马元勋、守备常万雄带兵七百名，留住埔心庄，防范虎仔坑一路；余兵七百名留为防守鹿仔港海口，及四路设卡应用。随据哨报，贼匪扰及头卡，枪伤防卡外委兵丁数人。当饬该游击等速往堵御。据禀：『二十二日率兵至柴坑仔，遇贼，施放枪炮将贼打退，追至田中央，贼众齐出抗敌。官兵用枪炮打倒手执红、黑大旗二贼，割获首级一颗，杀贼数十名，烧毁贼庄，余贼退走大肚溪东岸。因路径窄狭，天色将晚，随将官兵撤回。行至■〈艹〈束刂〉〉仔尾，有贼匪从竹围里突出，冲散把路乡勇，乘势拥前。千总叶荣、吴联贵奋勇抵御，被贼枪伤阵亡。游击等见贼势逼近，枪炮难施，即督藤牌兵丁奋力格杀，贼众溃散；夺获贼人大小铳鸟枪等项。至阵亡带伤兵丁及损失军械，另容查实具报』等情。查贼匪虽连被官兵杀退，但首恶未擒，潜归巢穴，暗通匪党，恐致蔓延，必须合兵扑灭。鹿仔港为内渡要口，各处难民纷纷屯聚，尤须多兵防守。已咨报督臣移咨水师提臣会筹办理。
同日，黄仕简奏言：附郡沿山各处，有贼匪蜂拥甚多，随命官兵先赴四路搜追堵御，保固府城。缘匪党聚散靡常，闻风各窜，臣随复遣两路官兵进剿。北路游击杨起麟等，十八日由铁线桥行至下加冬地方，见有贼匪百余人，随即奋力追杀，生擒贼匪郑发等六名；并夺获刀械等项；审明正法。又拿获贼伙王鉴等六名。南路总兵郝壮猷，于十九日过大湖一带地方，有贼匪数千人前来御敌，随督率弁兵施放枪炮，自巳刻至申刻，打死贼匪三百余人；官兵奋勇追赶，生擒贼伙二十五人，讯明正法。昏暮扎营，贼匪复来扑营，被官兵枪炮打死百余人，贼伙退遁。又据北路总兵柴大纪咨报：正月二十一日，在外山部竹地方，枪炮打死贼匪甚多，生擒伪护驾大将军廖东一名，贼徒陈模、黄启、吴章等二十一名。二十二日巳时，抵田洋，生获贼匪林老并番妇留娘等共八十二名，拿获伪军师候辰一名，并夺获枪炮、火药、铅子、马匹、刀械等项。守备邱能成攻开城门，贼匪由北门而逸，随将城内贼匪搜拿净尽。该总兵亲往街市安民，俟搜捕近庄事毕，即统兵前往彰属，剿洗大里杙。又郝壮猷咨报，正月二十一日，探得贼匪约有三、四千人窝聚在西园庄地方，随派令游击蔡攀龙、参将瑚图里、副将丁朝雄等，分三路夹攻，用连环枪打死贼匪三百余人，贼即奔逃。抢获枪炮、器械、旗单等项；随将贼巢草寮数百间焚毁。查南路凤山一带，山径错杂，该总兵带领官兵由中路之大湖进剿，而东路之大冈山、小冈山尤为贼匪屯聚之薮，必须添兵前进，方为得力。二十三日，督臣调委汀州镇总兵普吉保同兴化协副将格绷额复带水师提标兵丁六百名到台。臣即于二十四日遣发将弁带领前赴大、小冈山，听总兵郝壮猷调度，务将南路贼匪迅行剿除，并将首匪各要犯严速擒解，不使一名漏网。臣现在南北之要冲，随时应援。
同日，常青奏言：准陆路提臣任承恩咨报：『拿获奸细僧人西叶等三名，讯知林爽文已潜回大里杙庄，随派令游击海亮等设卡防守。及二十二日该游击等堵御杀贼，并首恶未擒，恐致蔓延，必须添兵进剿。伏思贼人退守巢穴，匪类自必众多，若非合兵剿洗，计出万全，则贼众兵单不能得力』。臣正在揆度机宜，飞咨妥办，旋准水师提臣黄仕简来咨：『总兵柴大纪进剿北路，擒获贼伙，收复诸罗县城。总兵郝壮猷进兵南路，屡得胜仗，现至大湖进剿，尚须添兵前进』。查该提臣黄仕简派拨官兵，分路收剿，未及旬日之间，既已收复诸罗，即可直达彰化，与陆路提臣声势相援。而南路之凤山，又经总兵郝壮猷将贼匪攻散，恢复已在指日。至内地派出官兵，惟徐鼎士所带之千五百名，屡因风阻，现在据报陆续前赴淡北。其续调之延、建、福宁等营官兵二千名，此时俱可先后抵台，兵力已厚，定可迅速蒇功。再粤省拨赴潮州兵二千名，臣因漳州一带地方紧要，暂请留驻。今台地已报有捷音，内境均极宁谧，潮州之兵，似可无庸再行留驻，已咨会两广督臣，一并饬令归伍。均奏入。
上命军机大臣传谕常青、黄仕简、任承恩曰：任承恩既深知贼首林爽文潜回巢穴，自应多带弁兵亲往擒捕。乃分派游击都司等零星堵御，杀贼甚少；而千总叶荣等转被贼枪伤阵亡，更属不成事体。从来行军制胜，合则势强，分则势弱。况闽人性本剽轻，若令零星打仗，轻于尝试、转恐挫失气馁。朕屡降谕旨甚明，任承恩岂不之知？而乃轻分兵力，以致损失威重乎。前此，署都司易连、署守备陈邦光以微末员弁，尚能督率兵民乡勇等多杀贼众，收复鹿仔港、彰化、竹堑等处。任承恩到彼后，惟就已得之处驻扎观望，仅以派员堵御了事，是诚何心？任承恩著严行申饬。至黄仕简前以所奏南北二路杀获贼匪情形，亦系接据总兵柴大纪、郝壮猷咨报，并未躬率士卒，迅速追剿。黄仕简所办何事？大非向日嘉予期望之意，亦着严行申饬。伊二人俱不免迟延观望，而任承恩为尤甚！恐于剿捕不能得力，常青速渡台湾，遵照节次所降谕旨，实力督拿，以期一举蒇事。朕于军务，从来赏罚严明，其奋勇出力者，必优加甄录；面畏葸退缩者，亦必重治示惩。黄仕简、任承恩等，宁未闻知，岂可自蹈重愆，以致百身莫赎乎？并着常青详悉谕知该提督等，俾各知儆惕，以期带罪图功，奋勉集事。
上又命军机大臣传谕李侍尧、常青曰：贼匪廖东、侯辰，俱受林爽文伪封名号，看来贼首林爽文肆逆不法，或竟有自称为王及僭立年号之事。林爽文胆敢纠众戕官，占夺县城，已属罪大恶极；若果有此等伪僭名号，该督即应据实奏闻，正可明正其罪，无所用其讳饰也。所有现获之廖东、侯辰二犯，着即派委妥员解京审办。守备邱能成奋勇当先，攻开诸罗城门，并将城内余匪歼尽，甚属可嘉！着该督于事竣后，送部引见。此次柴大纪于官兵未到之先，能督率兵民极力守御郡城；现在带兵赴北路搜剿，又能多歼贼众，收复县城，并生获要犯，甚属出力；着常青抵台湾后，先行嘉奖。惟是台湾系该镇专管地方，今有此贼匪聚众不法之事，该镇本有应得之咎。若能及此时勇往剿捕，岂止可以将功抵过，朕必将伊从优议叙。至任承恩正值年富力强，且自请前往剿贼，乃亦逡巡观望，并着常青到彼察访实际情形，如任承恩尚知出力，或有需该提督在彼协剿之处，即令任承恩暂留台湾，随同搜捕；俟事竣后，再核其功过，据实具奏。倘于剿捕不能得力，即遵照前旨，一面令其来京升见；一面据实参奏。常青固不必因有此旨，过事吹求，亦不可稍存瞻徇回护，致令幸免。其功过大概，朕已知悉，常青亦不能欺朕也。
同日，徐嗣曾奏言：臣前因官兵阻风未渡，辄亲赴闽安查催，实属知识短浅，不权事理轻重。现在两提臣分投搜剿，贼匪自必立就歼灭。此时沿海各口岸，尤宜吃紧防范，实臣分内应办最要之事，节经谆饬严缉。本日据署漳浦县罗泽坤盘获匪犯陈傍（即陈榜），供认在台从逆，因病潜回。现解赴督臣究办。查该县前曾获犯陈樵，经督臣审明正法；今又拿获陈榜一名，可见贼匪窜回自必不少。现复严饬文武员弁，加意堵截查拿，不致稍有疏忽，自干重咎。至臣前准督臣札会，审办逆匪高文麟等犯，究出起会根由，系平和人严烟（即庄烟）过台兴起。嘱臣一体留心密查；严烟籍隶漳州，恐其已回原籍。当即密饬查拿，尚未报获。现又严饬密速访缉，仍令不动声色，妥协办理。再，现据漳浦县访获天地会匪黄断等十二犯，虽据讯称系纠约资助葬费，并无为匪不法情事，但有无不实不尽，现已提省严行究办。兹又接准两广督臣咨会，拿获匪犯许阿协等，究出该犯等先后到漳，经平和县人赖阿边、龙溪县人梁阿步等，纠其入会。臣已密札汀漳道朱芫会留心访缉，镇静妥办，毋使兔脱。奏入。
上命军机大臣传谕徐嗣曾曰：前因台湾贼匪滋事之初，督臣既经前往泉州驻扎，该抚自当在省静镇弹压。乃徐嗣曾有前往闽安之奏，是以降旨申饬。今台湾贼匪业经两提臣会兵搜剿，县城早经收复，贼匪纷纷溃散，大局已定；偷越内地余匪，正复不少。则此时情形，又与前日不同，严拿逸匪最为紧要。该抚又应往来沿海各口岸，亲自督率擒拿，不使一名漏网，方合机要。况省城距厦门一带不远，就近往来，仍可回省办理一切，两不致误。乃徐嗣曾拘泥前旨，将搜捕余匪等事，仅委之文武员弁，该抚转安坐省城，何总不知事体轻重缓急若此？徐嗣曾著再传旨申饬。该抚接奉此旨，即速赴海口一带，亲自往来查察，务将偷越余匪严密截拿，勿稍留余孽。
臣等谨按事有轻重缓急，贵于变通随时。林爽文起事之初，内地民人自必闻风疑惧，我皇上于抚臣徐嗣曾前往闽安之奏，深责其非。盖以过涉张皇，恐致民情惶惑也。及两提督渡台，贼匪纷纷逃散，此信播闻，即愚民皆知贼伙之易除，不复更有他虑。得抚臣亲往海口督拿逸匪，自必更为得力。圣天子揆几度务，随时变通，指授机宜，不设成心，惟期其是。益见圣谟广运，悉协时中也。
十八日（丙辰），蓝元枚奏言：二月初五日，督臣常青等咨称，逆匪林爽文等，南北蔓延，派拨官兵分路剿捕。经柴大纪获贼黄余等四名，审明正法；杨起麟在下加冬地方，生擒贼匪郑发等六名；又郝壮猷在大湖一带地方，杀贼匪四百人，生擒二十五人，讯明正法。理合奏明。
同日，徐嗣曾奏言：黄仕简拿获伪将军廖东等，收复诸罗。林爽文现已潜回大里杙庄。柴大纪收复诸罗之后，即可前赴彰化一带，与提臣任承恩并力夹攻。而南路凤山一带，现又经提臣黄仕简添派总兵普吉保带兵驰赴大、小冈山，听总兵郝壮猷调度。不日亦可得有收复信息。臣严饬沿海地方，实力堵拿，不使一名窜逸漏网。均奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、常青、徐嗣曾曰：本日蓝元枚、徐嗣曾奏到各折，皆系常青、黄仕简等业经奏到之事，乃各用六百里驰奏，徒劳驿站，甚属无谓。嗣后，该提督等拿获逸犯等事，应行奏闻者，仍令专折具奏外，若不过接准台湾提领咨报搜剿情形，业经督臣、提臣驰奏者，均毋庸重复声叙由驿奏报，以省烦扰。至常青此时自已亲渡台湾督率镇、将等，实力搜剿。但常青已经调任湖广总督，今以钦差前往督办，一切题升调补，若专俟本省总督李侍尧办理，则所统将弁等见常青不能专主，或心中以为：即奋勉出力，亦不能即邀拔擢，未免稍生懈怠。着传谕常青，现在台湾将弁被贼戕害，多有悬缺未补者，常青到彼即应于剿贼弁兵内，核其实在出力者，官则酌予升擢；兵则招补十把；一面具奏，一面知会李侍尧。俾常青得有事权，以便策励将卒，呼应较灵，可期迅速集事。
臣等谨案将帅之整肃戎行，因事权之专一也。督臣常青以湖广总督督师台湾，使一切提升调补，必咨明本省督臣办理，将弁等见其不能专主，必致心生懈怠。皇上曲体人情，明无不瞩，特降谕旨，令常青于军营悬缺，皆得酌升补，不使少有掣肘，真鼓励人才之要道也。
十九日（丁巳），上谕内阁曰：福建台湾逆匪林爽文等聚众滋事一案，节经该提、镇等奏报剿捕情形，折内据称贼匪蜂拥团聚，各有万余及数千不等，竟似现在贼众已不下数万。而所奏每次打仗杀贼之数，或称数百，或称无数，又似被杀之贼已不下数千。贼人仓猝起事，其纠约党羽及沿途被胁入伙者，何能即至数万之多？此必绿营将弁畏惧无能，捏词多报，即可掩其恇怯，又借以冒功。不知被杀之贼，俱有首级、耳纪、尸身可验；而党羽之多寡，将来生擒林爽文等亦无难跟究确数。着常青于剿捕事竣后，务将所报贼数与所杀、所拿贼数，详细核查，据实具奏，毋任朦混。至林爽文等攻犯城池，戕害官民，罪大恶极，不特首要各犯罪应寸磔，即入其党伙者，均属法无可贷。但现在贼众虽未必如该提、镇等所报之多，而林爽文等到处煽惑纠结，为日稍久，看此情形，人数亦当有万余。其中被贼逼胁附从者，想亦不少，若概予骈诛，朕心有所不忍。着常青于官兵剿捕时，临阵痛加歼戮不计外，其续行搜获暨贼党畏惧缚献乞降之犯，着该督逐加审明。此内如受贼伪职及曾戕害抗拒官兵者，仍当即行正法；其止于被胁随行并未与官兵打仗者，尚可免其一死，量予远徙。该督其恪遵妥办，以副朕仰体上天好生之德，法外施仁至意。
臣等谨案台匪滋事，焚掠村庄，到处胁从，遂至蜂屯蚁聚。论以叛逆之条，皆属法所难宥者。我皇上不忍概予骈诛，特命于搜获乞降之犯，分别其未受伪职及未与官兵打仗者，免死发遣。皇仁浩荡，于万无可贷之中，尚求其一线可生之路，容保无疆，非所谓与天合德者欤？
上又命军机大臣传谕常青、李侍尧曰：现在台湾剿捕官兵，节据常青奏报，先后调派共计一万二千余名，军威已极壮盛。任承恩等并不亲临行阵，仅派委将弁零星打仗，致首恶潜匿稽诛，转以贼势蔓延，必须添兵进剿为词。可见任承恩懦怯无能，不过借此以掩饰其迁延观望之咨，昨已降旨严行申饬。着再传谕常青于到台湾时，遵照前旨留心查察，据实严参，无得稍有瞻徇。计此时兵力已足，更无庸再议添兵。至现在大兵四路会剿，贼人势在危急，其有擒获贼目、割取首级呈献及临阵乞降者，已谕常青分别查辨。果系被贼胁从，尚可宽以一线，分别发遣新疆等处，给厄鲁特兵丁为奴。但此时贼党尚多，此等匪徒目前冀缓诛戮，恐有挟诈伪降情事，尤应严密防范，并着常青察看确情，慎重办理，毋得稍有疏忽。所谓「受降如受敌」，不可不知也。
上又谕内阁曰：台湾贼匪林爽文滋事一案，署都司事守备易连、守备邱能成、署守备事千总陈邦光，于克复诸罗生擒要犯，及保护鹿仔港、新庄等处，俱能率领兵民奋勇出力，甚属可嘉！所有现出台湾镇标中营游击耿世文员缺，即着易连补授；左营游击李中扬员缺，即着邱能成补授；北路协都司王宗武员缺，即着陈邦光补授。伊等率众争先收复、擒拿，是以逾格超擢，用示优奖。其台湾北路协副将赫生额及诸罗守备郝辉龙员缺，仍着常青于带兵各员内，择其功绩最著者，酌量奏请升补，以昭奖劝。