七月二十三日（戊子），存泰、图萨布同奏言：初四、初五两日，会同副都统臣博清额、柏廷翰，传集满汉八旗及水师旗营各驻防官兵，逐加挑选，共足一千五百名。察看各官兵，年力俱属强壮勇往，必能出力剿贼。随照例散给俸赏、行装、盐菜银两，备足军火器械，派定协领、佐领、防御等官共三十三员，分作四起行走，以三百七十五名为一起。七月初七，头起自省启行，按日接连前进。副都统臣博清额统领第四起官兵起程，由水路昼夜兼行，至龙川县起岸，过山，仍由水路至潮，从黄冈入闽境。现在河水通达，船只便利迅速。至官兵自省起程，臣等督同藩司许祖京及府、县等亲赴河干照料登舟。至龙川起岸至清溪，派委肇罗道阿章阿支给人夫，随路弹压。由清溪下船，至潮州，派委惠潮嘉道图毕赫拨给船只，接替护送。仍飞咨督臣孙士毅照料出境。其官兵日逐应需口粮，俱饬各府、州、县预备，随到随发，免致停留。至此次驻防各官兵应支分例，先于司库动项支给，容俟汇案造报。
同日，图萨布又奏言：粤东所属州、县地方，内多滨临洋海，而附近省城沿海各隘口，尤关紧要。臣节次与督臣孙士毅檄饬文武，慎密严查。现在添调官兵赴台协剿，诚恐地方稍有疏懈、奸匪乘机窜逸，臣现饬各州、县会同营汛，于沿海隘口加紧巡查。凡船只收泊港澳，遇有踪迹可疑，其船户梢水，若非本处歇家行店素相认识，难保无台湾逸匪及洋面奸徒，一经盘查得实，即行拘拿解究；务须不动声色，严密办理，使匪踪无所潜伏，以靖海疆。再与藩司许祖京酌商，将库贮上年潮属解存谷价内洋钱十四万九千余两拨出凑解，将饷银扣存司库抵补谷价。并于省城、佛山二处市铺公平兑换，凑足全数。现在已将洋钱七万八千圆。于本月初六日委员先行批解起程。此后，赶紧易换，定于本月内全行委解，不致迟误。均奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、孙士毅、图萨布曰：台湾与粤省毗连，非江浙辽远者可比，保无有匪犯窜逸，自应严密查拿。但贩货商人俱系家道殷实，岂肯藏匿匪徒，自取重戾？该督抚等遇有形迹可疑者，必须留心盘诘。若遇到口商船概行查讯，则商贩等闻风裹足，将来商贩不通，百货腾贵，于闾阎民食大有关系。着李侍尧、孙士毅、图萨布饬属不动声色，设法妥办，毋得纷纷误拿，徒滋扰累。
二十四日（己丑），上命军机大臣传谕李侍尧曰：前据常青等奏，参将瑚图里自山猪毛带领官兵、义民来营，所办错谬之极，已将常青、恒瑞严行申饬。今反覆思之，常青等于此一事，愈觉其办理失当。虽已谕令常青等将办理错误缘由，传旨晓谕义民，令其速回本处，自为守御，并令瑚图里亲自带兵护送，以安其心，而劝来者。但前降谕旨，到彼尚需时日，已恐无及。若贼匪等乘义民远离本庄，已将其家属房产焚劫残毁，以致义民等受累灰心，并致他处义民闻风裹足，不肯踊跃投效，是皆由常青等措置乖张，贻误事机，朕必当将常青等从重治罪。着传谕李侍尧将此事情形是否如此，其意以为何如，就其所见据实密陈。此事勿得稍有宣露，令常青等闻知心怀疑惧，更于事无益也。
臣等谨按，将军常青等留广东庄义民在营助剿，并不先将愿留之故奏明。我皇上以义民既留大营，其本庄无人守御，必致遭贼扰害。既严加申饬，指示其措置之乖方，而犹虑及护送归庄事或无及。圣天子念切民依，痌瘝在抱，厥后粤庄义民始终出力不倦，固因能知大义，亦由感发而愈激其天良也。
同日，李侍尧奏言：台湾额征地丁、庄租、盐课等项，每年计银五万九千三百余两；应行解司兵马建旷扣缺养廉并文武各员借支各杂项，每年又不下三、四万两，历系扣存府库划兑戍兵饷银。如上两年奏销之银，于下两年请领兵饷内扣收，以省彼此运解之烦，着为成例。上年台湾请领五十二年分官兵俸饷养廉银共一十七万五千一百余两，经署藩司李永祺照例划扣司库银一十万二千五百余两，饬令将收存府库银两拨出支放在案。兹据布政使觉罗伍拉纳等详称，前项存贮府库银两，故守孙景燧任内垫用无存，兵饷不敷支放，请先行给发。臣查贼匪滋事，系在上年十一月以后，而本年台湾兵饷应动支五十年完解之银。该年征收银两，业经奏销全完，实贮府库；并应行解司各杂项亦俱扣收在库，与本年官庄地亩贼匪扰害无可征收者，全不相涉。乃据称孙景燧任内垫用无存，其垫作何项，系何员任内垫用，并未有报案，显系亏空。本应查明参奏，分别追赔，但现当剿捕逆匪之时，不便遽行查办。一面飞饬藩司将划扣银一十万二千五百余两照数拨出，委员迅解台湾，以备支放。并行令查明阵伤、亡故、未回兵丁，按照出缺日期，将饷银扣贮府库，归入下年支放之用。仍饬将支放日期、官兵花名清册并扣除亡故兵丁名数造报查核，以杜影射挪移情弊。又，泉州府马巷通判陆士锟于该厅地方米船被窃，并不上紧严拿盗犯，任听家丁、差役私卖赃米，及事主认领，又不全行给领。请将陆士锟革职。奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧曰：台湾库贮银两，原存为兵饷支放之用，且系五十年征收钱粮实贮在库之项，与去岁冬底被贼滋扰官庄无涉，何得称垫用无存。孙景燧在任酿成事端，又复任意亏缺，即应参奏查办，乃该督请于事竣后再行办理，试思孙景燧业已身故，将来又复向何人查究乎？现已降旨谕令琅玕将孙景燧原籍资财，严密查抄，以抵官项。至陆士锟当军务倥偬之际，并不严防盗贼，乃于商船被劫转从中侵渔吞匿；是不但因该商被盗，乘人之隙肆行侵隐；而且乘国家有事，任意贪婪。似此居心，真与盗贼无异，仅予革职，不足蔽辜。着李侍尧将陆士锟即行革职拿问，仍计赃科罪。至李侍尧现值闽省地方废弛之时，正当实力整饬，乃于此二案办理失之宽纵若此，殊属非是。着传旨严行申饬。用兵之际，诸事宜严，李侍尧不宜如此从宽办也。
上又命军机大臣传谕琅玕曰：台湾府库贮兵饷等款银两，系五十一年奏销，以前征收钱粮实贮在库，与本年被贼扰累官庄无涉，何得借称垫用无存？明系孙景燧挪移亏空无疑。孙景燧系台湾知府，平日于地方事务既漫无整顿，以致酿成林爽文等纠众不法，肆行滋扰之事，而于库贮银两，又复任意亏缺。是其侵渔敛怨激成事端，不可因已被贼害而宽其罪，使其家属仍坐享丰厚。着琅玕即将孙景燧家产查封，以抵官项。
同日，李侍尧、徐嗣曾同奏言：本年应办乾隆五十一年奏销，因台匪林爽文滋事，先准台湾镇道等以淡水、诸罗、凤山、彰化等厅县被陷，恢复仓库款项，必须逐一清查，方可核实造报。请俟剿匪事竣，另行详报。而内地各案奏销，因逆匪尚未剿灭，现在进兵一切军火、银米分派各属办运，自上年至今，各员或支应差务、或碾运军粮、或稽查口岸，均须亲身经理，而于盘查仓库、核造册籍等事，一时难以兼顾；且司道等又随同在泉州办理接应军需事务，所有奏销案内应造册籍，俱未能随时核办。请将闽省应办乾隆五十一年分奏销各款，展限两个月。其台湾府属各款，仍俟剿匪事竣，另行饬查造报。俾得宽其时日，庶办理不致错误。奏入，报闻。
二十五日（庚寅），李侍尧奏言：现在粤、浙等兵，正当东渡，臣更拟多拨银米、火药等项，趁此兵船配渡之时，委员随同解往，尤为妥协。将来如更有续解银米，该二处既各有派往防护之兵船，当亦不致疏失。至就漳泉两处募补兵丁二千名，现在情愿入伍者甚多，不过旬日，即可足数。所有拟调之浙兵二千，已咨明浙省抚提二臣停止调遗。再，台湾殉难各官，或素系贪残，则殒命亦难赎酿祸之罪；或尚称廉谨，则捐躯自当邀死事之褒。事关劝惩，未可草率，现在留心细访，务得确实，再行陈奏。有查前调之闽兵二千、粤兵二千，目下已早到台湾。又，续调之粤兵四千，本日头起五百名已到厦门，其余各起，有路远未能即到者，准孙士毅札称，现在严催进发。又，浙省之驻防满兵，已据报于六月二十六日起程。粤省驻防满兵，虽未报起程日期，大约本月下旬俱可到厦。臣现在厦门料理，自当令其随到随即登舟，俾迅速前往。至北淡水一带，近据同知徐梦麟禀称：『逆首林爽文遣贼在彰、淡交界之大甲溪等处滋扰，副将徐鼎士已带兵来援；蓝元枚亦遣守备潘国材带兵由海路前来，率同该处义勇于六月十八及二十一、二等日，连次接仗』等语。查所调漳州兵往蓝元枚处者，现已在途，俟粤兵到时，再分拨二千前往，则蓝元枚处新，旧官兵，亦不为少。现令常青、蓝元枚等多募义民、乡勇，并从贼而自拔来归者，亦准食兵粮。常青、蓝元枚等，自必共相协力，定可逐段摧廓。臣惟有料理粮饷宽裕解往，俾足供支给，不敢稍有缺误。奏入，报闻。
二十六日（辛卯），上命军机大臣传谕常青、恒瑞曰：本日，询问常青之赍折差弁饶成龙，据称：『将军扎营在小南门外十里之桶盘栈地方，自五月二十四日以后，与贼人打仗数次。因贼人四路抵御，未能前进。贼目庄大田所据南潭，距桶盘栈营盘只有五里』等语。常青等自驻扎台湾已经数月，其桶盘栈营盘相距南潭不过五里，该将军等早应统领大兵将贼目庄大田先行剿除；乃惟知结营自守。似此肘腋之间，任其逼处，竟不思乘势攻剿，实不可解。前以为南潭离大营尚远，故屡次谕令该将军等酌留官兵固守营盘，亲统大军舍南趋北，与柴大纪、蓝元枚会同进剿。此时如尚未启行，该将军等即行带领官兵速将五里外南潭屯聚之庄大田痛加剿洗，以清肘腋。岂有近在数里之内，而束手坐待之理？且此次续调兵丁，其粤兵二千，昨据李侍尧奏，业经配渡前往。其余浙、粤官兵，自已陆续到彼。常青等正当乘其新到锐气，相机进取，讵可旷日持久，坐失事机。
上又命军机大臣传谕李侍尧、徐嗣曾曰：前因台湾剿捕逆匪需用军糈，且漳、泉一带地方缺雨，恐米粮市价昂贵，民情不无拮据，已有旨谕令该抚查明妥办。并节经降旨于浙江、江西、江南、四川、湖广等省，派办米共一百余万石，令该督抚等迅速运闽接济。是闽省米石日逐充盈，除应付军糈之外，尽有多余。漳、泉二府如有缺雨成灾处所，该督抚务须详悉查明，一面奏闻，一面即行督饬所属妥为抚恤。俾闾阎均沾实惠，毋使一夫失所，以副朕轸念民依至意。
二十七日（壬辰），常青、恒瑞同奏言：南路之贼，仍在南潭一带负嵎不散，显系北路贼势鸱张，故敢有心窥伺。臣等于二十八日，令侍卫乌什哈达等率同游击孙全谋并参将瑚图里管带弁兵，台湾道永福亦派同知杨廷理、守备衔庄锡舍督率义民，协同官兵前往搜捕。由鲫鱼潭至埔姜头庄，见贼数百；向前追杀，直至蜈蜞潭沟，焚毁贼寮十数间。当有南潭贼匪三、四千拥来。官兵齐放枪炮，打死贼数十人，杀贼十余人，贼遂败退。因该处沟径崎岖，不便追赶，随即收军。夺获贼械十余件。受伤委署骁骑校哈郎阿一员、兵丁一名、义民二名。阵亡兵丁四名、义民四名。均各分别记功、赏恤。惟被贼冲散不知存亡兵丁十五名，俟查明另办。又接据驻守盐水港游击杨起麟禀称：『二十五日，贼众千余由芦竹坑来攻盐水港。商令守备黄象新带领弁兵、义民，由东北势港墘堵截，施放枪炮打死贼百余人，余贼败走。于各贼尸身搜出伪将军封条』。又据柴大纪禀：『二十日，贼匪攻县，兵、民奋力抵御，打死贼数百人。内骑马贼目一人。二十四日，贼忽分攻四门。督率将备分方堵御，枪炮并施，打死多人，贼始惧退。二十五日黎明，贼匪拥众环攻西北营盘。大炮叠发，打死骑马贼目二人，歼贼十余人；其余贼匪冒死进攻。官兵、义民力战，至未刻稍退，仍遥屯未散，四野积水泥泞，未敢进剿。申刻雷雨盆倾，至戌刻贼始散归各庄。现在多方雇觅熟识路径之人，连夜札调鹿仔草官兵前来协助，至今尚未见回信』。各等情。又诸罗县知县陈良翼禀称：『逆匪聚众八、九千人，于二十八日辰刻，扛抬枋车，上蒙湿绵被，蜂拥围攻西北两门营盘。东南两门山顶，各有匪众六、七百人，遥为声援。即分拨僚属守城，亲率各义民同将备弁兵往来御敌，施放枪炮。贼匪枪炮甚多，抵死拥攻，官兵、义民奋力攻杀，贼人退而复进者三次。我军大炮轰击，碎其枋车数座，打死贼二、三百人，北门打死骑马贼目一人，西门杀死贼目一人，枭回首级。至申刻，贼始溃散。官兵、义民损伤数十人。贼虽暂退，差探尚欲纠贼攻城』等语。查诸罗一带贼匪，浃旬不退，柴大纪等既能固守，又经屡次剿杀贼众，自不敢久逼围攻。但该县系二十九日具禀，是 日游击田蓝玉才到新店，是以尚未得有该游击带兵协助魏大斌之信。臣等已三次严催魏大斌、田蓝玉等，务即通知柴大纪迅速由鹿仔草起兵前进，内外奋击，开通道路。并已饬该道府添解饷银、火药、铅子等项，委妥员运往接济。又，柴大纪及署县陈良翼禀称：『现在县城四面道路、田洋积水，皆有逆匪阻截，遍插竹签，官兵难以行动，积存文报，不得递送。城中粮饷、铅药，存剩无多；大炮铅子随时铸造，已用过一万三千余斤，现今铁炭渐缺。设法加意防御。二十五日，贼目蔡福被炮打穿领颊，伤重，抬回打猫街；二十八日，贼目叶省被炮打中右腋，扛回牛稠山毙命，各庄民奔报属实』。游击田蓝玉禀称：『鹿仔草由东边往诸罗，系埔心、大仑等庄，路被贼削小，田水堵满；由南边往诸罗，系后寮一带，各路口亦是贼匪屯扎之所，俱有蔗园、深沟阻碍去路。现与魏大斌妥酌，分兵前往』。又据魏大斌禀：『初三日寅刻，同副将詹殿擢、游击田蓝玉等带领官兵、义民前赴诸罗，行至半天厝，见埔心、大仑各庄贼匪突出，约有数万分路杀来。遂令排列队伍，施放枪炮，打死贼匪不计其数，内有骑马贼一名。但贼匪愍不畏死，尚敢围拢，官兵、义民奋勇力战。至未刻，贼匪退聚各庄路口，拦截官兵、势甚猖獗，难以前进。查阵亡兵丁一名、义民一名，受伤兵丁十二名、义民十九名。随将队伍收入鹿仔草营盘，再商计策前赴』各等语。臣等细阅各禀，魏大斌已接柴大纪书函，则彼此自可关会。其贼目蔡福、叶省，若果被炮伤毙，则贼势亦应稍减。惟是，已抵鹿仔草之各官兵，屡前复却，皆因贼匪削小官路，乘夏令多雨灌为水田，又遍插竹签，以防官兵进剿，为此困守诸罗之计，殊属狡恶。但查鹿仔草距诸罗仅二十余里，若我军并力奋勇能透过十余里，城内兵民亦奋力接应，尚似可以打通。且埔心、大仑等贼庄，在诸罗西南一面十余里之外，并非四面围住县城，若募熟识路径之人，无论水陆亦可间道疾趋，期于必克。臣等以柴大纪望援甚殷，而该镇将等设法应援，自以兵多为善，是以再行添派参将特克什布、张万魁，署都司邵振纲带兵一千四百名，并派令健锐营章京官保、德成额协同前往，即于初八日早，仍配船由水道前抵鹿 仔草。并饬镇将等务即悉心筹画，彼此熟商，或拼力直前，或觅途驰赴，总期速达诸罗，痛歼丑孽。至续添之闽省兵二千名，于六月十九、二十一等日先到。粤省兵二千名，惟配渡兵八十五名船一只，尚未到来，余已于七月初七日齐到军营。再参赞蓝元枚统领北路官兵，亦以仅能守御，不敷攻剿，是以奏请添兵。臣等俟请添各兵陆缤到齐，即相机前进，一经擒获贼首、贼目，即随时驰奏，不敢稍迟。奏入。
上命军机大臣传谕常青、李侍尧、蓝元枚、柴大纪曰：贼匪虽挖沟壕，不过十余里，止系为自守之计，并非险阻。即官兵结营拒敌，亦岂无沟壕自卫？此乃行军之常事。常青等统领大兵何难督率兵民填平沟堑，奋力攻击！况官兵剿贼，即遇深沟、高垒，劲敌当前，亦将奋勇争先，直前摧破，岂有见此么■〈麻上骨下〉草窃挖有沟壕，即畏葸不进、株守坐视之理。南潭近在肘腋，常青等自应先将庄大田等痛加剿洗，不使负嵎窥伺，再行统领大兵直趋北路。况续调兵丁业已陆续全抵大营，声势倍为壮盛。今常青等接据柴大纪处请援之信，始则仅派魏大斌带兵千余前往，及魏大斌在鹿仔草被贼拦截，又派田蓝玉带兵一千接应，仍不能直抵诸罗。似此零星派拨，于事何益？且常青等如见南路贼匪屯聚窥伺，实有难以远离郡城，不能前往北路之处，亦应将该处情形据实奏闻。乃自驻扎台湾以来，业经数月，既未挪移尺寸，而于如何运筹决胜、擒杀贼匪及定于何路进兵之处，总未据奏报。似此株守因循，何日可以集事耶！柴大纪驻扎诸罗，屡被贼人围扰，其势甚为着重；常青等早应亲统大兵前往援应，歼杀贼匪，会合进剿。况常青、恒瑞俱在府城营盘，即该处亦属紧要，不能一同前往，若以一人留守，以一人统兵前往诸罗援应，有何不可？岂伊二人必须同在一处，不能分身耶？贼目蔡福、叶省既被官兵放炮打伤，又抬回打猫、牛稠等处，该处村庄若非贼党，则贼目受伤不应抬至彼处；若该庄民人业经从贼，又不应赴官奔报。乃贼目受伤既抬回各庄，而庄民又以贼目伤重毙命奔报，岂有贼与义民同居一庄之理？若该庄民人并未从贼，俱属义民，是该处即不应有贼匪屯占，何以魏大斌等带兵到彼又复被贼拦截？殊不可解。究竟该庄民人，是否贼党？抑系义民？着常青等查明具奏。
上又命军机大臣传谕长麟、李世杰、琅玕、李侍尧曰：现已令福康安前来行在陛见，面受机宜，前赴台湾督办剿捕事务。并已派海兰察等先行带领侍卫章京拜唐阿等，分起由驿前往，每起约二十余人。所有需用车辆、马匹，着长麟、李世杰、琅玕、李侍尧等即预为筹备，并令前派出管理驿站大员帮同照料。但此四起侍卫章京等，不过百人，需用车马等项为数无多，该督抚等务须妥协办理，毋得稍涉张皇，致滋扰累。
同日，何裕城奏言：协济闽米，筹办之始，原定于五福陆路转运，祗以该处溪河、山路，节节起驳、肩挑，惟恐不速，拟照从前办过成例，陆、海分运。嗣准督臣李世杰咨覆，始知江苏亦有运闽之米，海船不敷，咨商浙省协济。臣恐运米到彼等候，欲速转迟、随将碾就之米十五万石，全由五福陆路运往。该处先经爬沙挖浅，多备竹筏、小船，兼幸上游得雨，足资浮送，又于旱路平治陡隘，转运尚觉迅速。现在抵闽省光泽县水口者，已有六万四千余石，其余接续运赴。臣仍严切督催，务令克期竣事，不敢稍有迟缓。再江西运闽米石，计至九月初旬可以运竣。所有湖北省运闽之米，行抵五福水次之日，适当江西运竣之时，堪以接续转运，两不相妨。一面预饬各属候湖北委员押米入境，帮同悉心料理，协力挽运，一如江西运米成规，不许稍存岐视。再查闽省民人广种番薯以代米谷；江西向不广种，臣今春劝民广为种植，兹届成熟之时，收获颇丰，已有成效。臣思江西今岁麦禾二收，俱属丰稔，尚不借番薯为食。台湾现在用兵，食口众多，番薯堪佐米谷之用，随陆续收买积有十万斤，于运米完竣之日，带运前去，交闽省督臣李侍尧查收酌用。奏入，报闻。