三月初一日（癸亥），上命军机大臣传谕福康安、李侍尧、徐嗣曾曰：台湾戍守兵丁，将来自仍应分班轮换。此等兵丁，籍隶漳、泉者居多；若分拨营汛时，漳、泉两处庄民即以同籍之兵派往防守，则伊等乡贯熟习，自必连为一气；即间有作奸犯科者，兵丁等未必肯举发。自应令籍隶泉州之兵，在漳州民人村庄附近一带防守；其籍隶漳州之兵，即以防守泉州各庄；庶彼此互相纠察，可以防微杜渐。而他府之兵，与之互相错处，不动声色，于抚绥防范，俱有裨益。着将此密行传谕福康安与徐嗣间，妥定章程，熟筹办理。
上又命军机大臣传谕福康安、李侍尧曰：柴大纪前在嘉义县防守，未经带兵出城一节，经福康安等查明；防守嘉义县俱系义民之力，其未经出城亦系义民不肯将伊放出，伊亦畏贼不肯带兵出城。柴大纪前次所奏，全不足信。是柴大纪恇怯无用，又复狡展欺饰，并守城亦无寸功足录矣。且此案匪逆滋事，由伊酿成激变，是其罪较之黄仕简、任承恩之仅止因循贻误者为尤重。着福康安将此一节，向柴大纪严加审讯，即行定拟，迅速据实具奏。
上又谕内阁曰：此次台湾剿捕逆匪，该处义民随同官军打仗杀贼，甚为出力。业经降旨将广东、泉州等庄，赏给「褒忠」、「旌义」里名，用示奖励。至漳州民人，虽与贼匪籍贯相同，但其中随同官兵打仗杀贼者，亦复不少。若不一体加恩，转似于伊等有所岐视，不足以示劝励。所有漳州民人各庄，着赏给「思义」村，俾该民人等咸知顾名思义，勉为国家良善，守法奉公，以副朕一视同仁之意。
臣等谨案，漳、泉民人各分气类，动以雀角鼠牙细故，辄寻私愤。林爽文籍隶漳州，竟至于诱集匪徒，肆行滋乱。究之涵濡德泽，同仇敌忾之义民，所在皆是。我皇上复不分畛域，凡义民之为粤人、为泉人者，固已特示褒嘉；而漳人之不党于贼，踊跃从军者，亦赐以「思义」嘉名，特为表异。初不因其与逆匪同籍，靳以旌扬，斯真海涵天覆之量，无所不包。而该民人等，顾名思义，勉为善良，则一视同人之中，即寓默化潜移之道者欤！
初三日（乙丑），上谕内阁曰：前因台湾剿捕逆匪，需用军粮应行宽为筹备；又福建漳、泉二郡，上年偶因缺雨，粮价较昂，节次谕令浙江、江苏、四川、江西、湖、广各省拨运米石，以资接济。经各督抚派员督办，沿途接护运送到闽，甚为妥速，业降旨将各该督抚交部议叙。现在，首逆林爽文、庄大田生获，台湾全郡平定，大功告蒇；各省陆续运到米石，足敷应用。其未经运到之米，无须再行运往，亦已谕令各该督抚即行截留，分年随带运通。至各该省承办运米之员，一经派委，俱知以公事为重，恪守功令，上紧赶运，源源相继，军糈民食，并资充裕。今仰荷上苍眷佑，南北两路贼氛尽扫，魁渠首恶就生擒，深惬朕意。所有各省承运米石之文武员弁，俱着督抚查明咨部议叙；其护送之兵丁等，俱着酌量加赏。再，此次军报往来，驰递无误，其各省驿站文武员弁，亦已有旨交部议叙。至现在逆首林爽文解赴行在，沿途管押护送甚为迅速；所有各省派出押解逆犯及沿途接护之文武员弁，并着交部议叙；其护送兵丁人等，均着查明分别酌赏。朕赏罚一秉至公，虽微末弁兵稍知出力，亦不肯没其微劳。内外大小臣工，惟当倍加感奋，益矢勤慎。
初四日（丙寅），李侍尧奏言：台湾被贼戕害各员，臣详加区别，惟彰化县俞峻，到任未及两月，居官尚无劣迹，而被难实属因公，似应照例议恤。又，理番同知长庚，当贼攻入彰化时，该员出拒，手刃数贼，为贼所害。凤山县知县汤大奎，雇募乡勇守城，因众寡不敌，即行自刎；其子汤荀业同时亦为贼所戕。署理番同知王隽，在任十月，降调内渡；上年解饷过台，派往凤山随营支放，当贼匪再攻县城，该员在石佛头地方被害。此三员，平日居官尚无狼籍之声，而起事情形亦似堪悯恻！可否一并仰邀议恤？其他，如台湾府知府孙景燧，在任三年；台防同知刘亨基，先后在任八年；原任台湾县知县程峻，先后在任五年；署诸罗县事原任台防同知董启埏，在任三年有余；署诸罗县唐镒，在任十月。以上，声名俱属狼籍；而刘亨基、董启埏、唐镒三员为尤甚。此五员，平日既贪黩敛怨，其被害亦由于自取。若复滥邀恤典，无以昭惩劝而儆官邪，应请毋庸置议。奏入。
上谕内阁曰：前因台湾逆匪滋事时，被贼戕害各员内，或有平日居官廉谨，实能抗节捐生；亦有在任贪黩废弛、殃民敛怨，遇贼猝被戕害者。若概行给予恤典，不足以示彰瘅而儆官邪。因谕令李侍尧查明被害各员，平日居官及死事情节，据实具奏，再行分别核办。今据李侍尧所奏，甚属公当。地方官有守土牧民之责，如果居官勤慎、廉隅自矢及事起仓猝能以身殉，是其在任并无劣迹，而死事实属因公；自应加恩议恤，以示旌奖；若其平日贪污肆以剥削，以致众怨沸腾激而生变，此等劣员，设其身尚在，必当明正刑诛；岂可因其被贼戕害，俾得滥邀恤典。所有此次台湾被贼戕害各员，除居官贪黩之孙景燧、刘亨基、程峻、董启埏、唐镒五员，不准议恤；其俞峻、长庚、汤大奎、王隽，均着交部照例议恤。
上又谕内阁曰：台湾孤悬海外，远隔重洋，民情刁悍，奸徒易于滋事。向来祗派御史前往巡视，职分较小，且不能备悉该处情形，殊属有名无实。着将请派巡台御史之例停止；令该督抚及水师、陆路两提督，每年轮值一人，前渡台湾严行稽察。如地方文武有骫法营私、扰累兵民之事，即可就近查明，据实参奏。福州将军亦系该省大员，自应一体轮派。至海洋风信靡常，前已降旨令该督抚等，祗须视风信平稳时，配船前往，不必拘定时日。但远渡重洋，究系涉险；如该将军、督抚、提督内有年逾七十者，着免其前往，以示体恤。
臣等谨案，台湾民习剽悍，不肖之吏又往往以孤悬海外，滋为奸利；是以有巡台御史之设。所以驯民风、肃吏治者，固为周至。第御史品秩威棱，于台湾道、府既不足以相慑，且不能久驻于闽；輶轩所至，不过一经涉历，又安在其能整饬哉？我皇上罢御史之遣，特命该省将军、督抚暨水、陆提臣，岁以一人往视，相嬗而周，着为令甲。夫督抚诸大臣，既为道、府以下之所畏惮，而皆久驻于闽，轮往巡视则以平日之所闻，核诸巡视时之所见，稽察尤易为功。较之御史之设，不更法良意美乎！而为督抚诸大臣者，当必有以仰体圣衷，俾海外之民风吏治，烝烝日上也夫。
上命军机大臣传谕福康安、李侍尧曰：前谕令阿桂讯问富勒浑，在总督任时，于柴大纪贪黩营私种种劣迹，何以置之不办？据富勒浑供称：『在总督任时，曾节次密札台湾道、府，令其时时查访，倘有废弛营伍等事，即密行飞禀查办；若通同徇隐，别经发觉，必将不行禀报之道、府一并严参，俱有案可查。该道、府等俱可询问』等语。柴大纪任意侵贪，该道、府等近在同城，岂无闻见，自当据实禀报，何以并未有人举发？着福康安即将富勒浑前此札据，吊查阅看；并询问该道、府等。如果富勒浑所供属实，则柴大纪种种劣迹，竟系道、府等通同徇隐。即使该处地方官接到密札后，富勒浑旋经调任，亦应将柴大纪款迹禀明接任之雅德、常青等；乃始终并无揭报。除孙景燧已被贼戕害，永福在台湾最久，身系满洲又任道员，于此事实难辞咎。着福康安即查明该道有无揭报，及如何通同徇隐之处，据实严行参奏。再台湾应办善后事宜，已节次谕令该督抚会同徐嗣曾熟筹妥办。今思此次搜捕逆匪，该处熟番尚为得力。将来台湾换班兵丁，前已有旨谕令酌留一半即在台湾募补，毋庸更换。今此等熟番向化日久，驯熟可用，或即照四川屯练、楚省苗民之例，酌量挑选；即于应在台湾募补兵数内，将此项熟番参半充补。既可防范地方，又足以示绥戢；而出力社番得有钱粮，于生计益资饶裕，似为两有裨益。着福康安等，是否可以如此办理之处，即行详悉妥商，据实具奏；如不可行，亦不可拘泥遵旨。又，昨讯据林爽文，有伙犯董喜带病跟伊逃至集集埔地方，因官兵追杀，不能相顾，各自逃窜。董喜实在身死与否，并未亲见等供。前经福康安讯据林爽文供称，董喜业经病故；当即以所供不足深信，谕令福康安查明覆奏。今严讯林爽文并未亲见董喜身死；是林爽文前在军营所供，自系护庇党恶，并未确实。着再传谕福康安将董喜一犯，严切查究下落，务得确据，毋任幸逃漏网。
初五日（丁卯），闵鹗元奏言：先准闽省咨会，委员都司张尔魁押解台匪内林跃兴一名，在闽省南平县地方，因病重先行正法。其林候、林棍、林琹、刘德（即林德龙）、张回、赖子玉、林水、林玉、赖敖、黄富等十名，于二月二十六日解到吴江之横江溪地方；林棍一犯患病沉重，即饬令臬司康基田驰往验明，凌迟处死。其林侯等九犯，飞速小心护解前进。奏入，报闻。
初六日（戊辰），上谕内阁曰：闽省地方文武员弁，办理军需、解运粮饷火药、照料兵丁配渡等事，尚俱妥速，并无贻误。现在大功告蒇，除该督抚已邀甄叙外，其在事出力之文武员弁，着李侍尧详悉查明，分别等第，咨部议叙。
初七日（己巳），福康安、海兰察、鄂辉同奏言：臣等将庄大田严讯，绿庄大田籍隶福建漳州平和县，于乾隆七年随伊父庄二来台湾，原往嘉义，迁居凤山县笃家港地方，种田度日。乾隆五十一年十二月内，林爽文滋事，差陈天送到南路纠人谋逆。庄大田同族弟庄大韭听纠入伙，到阿里港抢劫，逼勒铺户攒凑番银三千圆，并向布铺抢布数十疋制造旗帜。要到北路投奔林爽文，众人因道远不肯前往。庄大韭欲自为头目，众人不服，遂推庄大田为首。自称「洪号」「辅国大元帅」，以简添德为军师，许光来为副元帅，与林爽文遥相应和。而攻扰村庄、伪封官职，亦不听林爽文调遣。十二日攻陷凤山，知县汤大奎被害。二十日往攻郡城，至二十五日闻广东义民烧庄，即行撤回。二十七、八等日，林爽文来攻府城，遣贼伙前往帮助，总未攻开。五十二年正月，凤山被官兵收复，于三月初八日又往攻陷，杀害官兵一千余人。以后总在中洲、南潭、大穆降、大武垅居住，时来府城外攻围滋扰，总未得手。大兵到后，将大武垅、噍吧哖、阿里山等处，凡可通南路各隘口，俱被官兵严密防守，信息不能相通。至本年正月半后，在本县庄始知北路贼匪荡平，退守大武垅，意欲调集人众抗拒官兵；又想自行投出。正在游移，官兵已到，自牛庄、大武垅、大穆降、南潭、中洲、冈山、新园、枋寮、水底寮等处，连次抵御，俱经杀败，即由番界绕山逃至琅峤。被官兵直抵番界，四面围截，于柴城外被擒。此南路贼匪附和林爽文肆逆之大概情形也。至该犯等本系天地会内之人，此会起于何日、何地，有何识别、记认，意欲何为，反覆研讯。惟称天地会名目相沿已久，不知起自何人。入会者拜盟结义，遇有抢夺、打降，互相帮助。见面时，只说五点二十一，以为暗号，别无记认。庄大田所称「洪号」二字，即系会头名色等语。所供起会根由，较北路贼匪稍详，亦不能十分确凿。因俱系解京要犯，而庄大田又素有吼喘病症，被官兵追赶于树林内黑夜堕马跌伤颈项；及拿获时又复惊吓，不便遽加刑讯。此次拿获贼目甚多，审明并非首逆要犯，即于军前正法，毋庸解送。其贼目庄大田及著名头目庄大韭、庄大麦、许光来、简添德、许尚、陈牙、林汉等，派委总兵袁国璜、翼长六十七解交常青，暂行收禁。普尔普现在大武垅搜拿逸匪，一面飞饬普尔普迅速直至郡城，即带同巴图鲁侍卫、克升额等十员，及守备李自昌率领弁兵，迅速押解赴京；一面令普吉保前往大武垅山内严密缉拿余匪。至嘉义县地方，贼匪虽已搜查净尽，但安抚归庄民人、弹压地方，不可无大员驻札。今柴大纪业经拿问，即飞行蔡攀龙移驻该处。并将台湾镇总兵印篆，送交新任总兵普吉保接收任事。其水师提督员缺，请旨即行简放。奏入。
上命军机大臣传谕福康安、海兰察、鄂辉、李侍尧、徐嗣曾曰：前因福康安攻克大里杙贼巢后，不即带兵直入番境搜捕，仅悬立重赏，令生番将逆首擒献，办理未免失之迟缓；恐逆首得以乘间远扬，不得不加以策励。今贼首林爽文已生擒解京，并将南路肃清，贼目庄大田一里生获；该处生番等帮助官军分路搜缉，不料其竟能如此出力。现在台湾全郡贼氛扫荡无遗，筹办一切均属周密详妥，深慰朕怀，实堪嘉许！办理亦未为迟。至从前请将恒瑞仍留军营效力一节，彼时福康安因未奉到节次谕旨，故尔冒昧陈奏；今既饬令立即回京，亦可毋庸置议。福康安现系有功之人，一切过失皆可不问；且其功大而过小，岂有转加有功之人以罪之理！此时军务业经告蒇，计德成早已渡洋前抵台湾，所有应行改建城垣，福康安自已会同相度形势，详悉妥办。此外，如清厘地界、添设官弁各事宜，福康安惟应与徐嗣曾等悉心筹画，酌定章程，以期一劳永逸。即有一、二无关紧要零星逸犯，亦可交徐嗣曾、普吉保二人在彼督拿，自不难全行缉获。刻下新任福州将军魁伦，已可渡海前抵台湾。现在大功已竣，福康安酌留楚、黔官兵一、二千在彼弹压，将善后诸务、大局料理妥协，即可带兵起程回京。惟向来四月间海洋风信靡常，不无涉险之虑；福康安此时凯旋回京，尤宜慎重，不得冒险前进。竟不妨于五、六月间俟风信顺利，再行内渡，方为稳妥。即途次亦不必过于儧程，于八月万寿前赴热河瞻觐，亦不为迟也。再庄大田等供内，有黄大养、庄树二犯，现未拿获。着福康安、李侍尧即于内外各处严缉务获，毋任漏网。又据庄大田供，林爽文曾差陈天送到南路纠合伙党，有庄大田族弟庄大韭听从入伙等语。现讯之林爽文，据供，并不知有陈天送其人。所供恐不足信，着福康安即查明陈天送下落，务将该犯拿获，毋任兔脱。
十一日（癸酉），上命军机大臣传谕福康安、李侍尧曰：此次剿捕台湾逆匪，军书筹笔，宵旰焦劳，一切紧要机宜，朕思虑所及，随时指示。福康安等禀承方略，擘画周妥。仰赖上苍眷佑，于三月之间生擒二逆首，全郡贼氛扫荡无遗。现届大功告蒇，所有办理此事颠末，曾亲制「纪事语」二篇及「平定台湾功臣像赞序」一篇，备述用兵机要及赏功罚罪诸大端。而一本于敬天勤民，孜孜不怠之一心，宜勒之贞珉，以昭彰瘅。着将御制文三篇，用清汉字书写，发交福康安、李侍尧，于台湾府城及厦门二处，建碑碣三座，照依尺丈，慎选石工，妥为镌刻。俾岩疆海徼咸喻朕勤政爱民、明慎用兵之意。
十二日（甲戌），上命军机大臣传谕福康安曰：该处熟番协同官军搜剿贼匪，俱属急公奋勉。而生番等自逆首穷蹙逃窜之后，经福康安明白晓谕，各社生番咸知顺逆，帮同官兵、义民分路堵截贼匪，林爽文、庄大田无处逃匿。现在二逆首俱已先后就擒，所有打仗出力之熟番等，着赏给「效顺」匾额；交福康安仿照各村庄义民之例，于所居番社一体颁赏，以示旌奖。至生番等虽与内地语言不通，亦不能辨识文字；但伊等素性好利，如内地布疋、盐、茶等物，皆所嗜好。着福康安查明帮同搜拿逸贼之生番等，就其所好内地物件，酌量从优赏给，俾伊等益加感激，烝烝向化。
十三日（乙亥），上命军机大臣传谕福康安、李侍尧、徐嗣曾曰：前因台湾剿捕贼匪，官军节次打仗；据该提镇等奏报，不知存亡者甚多。屡经降旨交福康安等严查，此项兵丁作何下落，尚未据查明具奏。兵丁等奉派出征，如果临阵捐躯，或为贼所害，事后查明，不特应行赏恤，并当将其子弟等挑补兵缺，俾资养赡。如遇敌溃散，除投回军营仍复随同官兵打仗者，免其查究外；若事定后始行逃回，查无从贼情节，尚可贷其一死。倘竟甘心从贼，甚至助贼打仗，今见贼匪平定，私行逃回，或被拿获；即当立行正法。虽其子孙等，将来亦不准挑补兵缺，以示惩儆。从来用兵之道，贵在赏罚严明。现在大功虽已告竣，但兵可百年不用，不可一日无备，此事，如福康安业已查明，即遵照前旨分别严办；若因人数众多，福康安回京以前不及查奏，即着交与李侍尧、徐嗣曾，各在内外逐一严查办理，毋得稍事姑息。
十四日（丙子），常青、徐嗣曾同奏言：总兵袁国璜、健锐营翼长六十七，将庄大田解到。臣常青、徐嗣曾察看该犯，病势已就奄息；又饬医诊治，亦说难以再生。不便任其因病而毙，幸逃显戮，随将庄大田绑赴市曹，凌迟枭示。郡城内外民人，观者不下一、二万，同声欢忭。
同日，李侍尧奏言：领队大臣普尔普带同侍卫弁兵，押解匪犯林勇、林汉、庄大麦、庄大韭、许光来、许尚、简添德、陈牙等八名，由厦门入口。臣查林勇系首逆林爽文之胞弟，其余许光来等亦皆有名贼目，屡与官兵打仗之犯，均应慎速解京。除已专派文武护解外，并严饬沿途地方官小心护送；一面知会前途，一体防护，以期妥速行走。再，侍郎德成前往台湾勘估城工，于本月十八日抵蚶江登舟，二十六日得有顺风，即带同司员等开驾放洋。均奏入教闻。
十六日（戊寅），上命军极大臣传谕福康安、李侍尧曰：据福康安委员解到从贼匪犯内萧悟天供，上年五月内，被贼目水沙连监军林旧拿去入伙等语。林奋为林爽文招集匪徒，党逆助恶，亦系紧要贼目，未据拿获具奏。着福康安即将该犯迅速查拿务获，毋任漏网稽诛。至各犯家属，均例应缘坐。现据赖应供称，伊父赖笺、母张氏、妻林氏、子赖际会，俱在平和县内地居住。着李侍尧严饬该地方官查拿办理。其林顺、石南、林良、胡真各犯家属，虽据供称在台湾地方被兵冲散，究难凭信；并令福康安、李侍尧于内外地方饬查，务得各该犯等家属实在下落，按名查拿，照例办理。
十七日（己卯），李侍尧奏言：运送军米船只，前后遭风失水者，共十七号。内蔡球琳等六船，有抢出捞起米石，并淹毙水手，自属可信。其余曾长镒等七船，船米俱失，而船户水手并未据报淹毙，恐有盗卖捏饰情事；现移咨抚臣就近提讯。又，外委蔡永胜、从九品官正邦二员，于转递军报，畏怯风涛逗遛湾泊，以致耽延；现咨部斥革，枷号示惩。奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、徐嗣曾曰：运送军米，如并未遭风，捏报沉失，自应查明治罪。但海洋风信不常，船只破溺在所不免。且船户等运送军米，事属因公，今遭风沉破，并有一船淹毙水手十七名，殊堪悯恻！着传谕李侍尧等，即将淹毙人口，照漕船失风淹毙之例赏恤。其余送递文报等船，如有因风淹毙者，亦照此赏给，以示轸恤。至蔡永胜等，因畏怯湾泊，耽延军报，怠玩已极，非发遣不足以蔽辜。俟枷号满日，即发往伊犁乌鲁木齐等处，充当苦差。