一、宋明理学家，全祖望《宋元学案》，黄宗羲《明儒学案》两书，都称其别号，如周称濂溪，二程称明道、伊川之类。其熟稔者较易知，其疏僻者则称其号往往不知其姓名。本书一律改称姓名。其援引旧说，则概依原文，不复改易。
二、本书取材，十之八九根据两《学案》。兹为便利读者之寻检，于本书目录下，分别附注两《学案》卷数，以资对勘。
三、本书取材，间有逸出两《学案》外者，皆凭平日笔记。流寓中手边无书，不易一一详列其出处，概予节略，不复添注。
四、本书虽多援据两《学案》，而取舍详略，排比条贯，别有会心。大抵两《学案》以材料为主，而本书则以各家思想之体系为重。作意不同，翦裁自别。
五、理学家主张各别，派系纷歧，本书力求客观叙述，各还其本来之面目，各显其特殊之精彩。精粗互见，得失并陈，既详其相互间之辨难，亦采摘后人之评核。间复私附己意，总求就各家思想之本身，批窾导隙，以助读者之研讨。门户党伐，入主出奴，是所力避。
六、求明一代之思想，必当溯源竟流，于全部思想史中迹其师承，踵其衍变，始可以明此一代思想之意义与价值。往年曾著《中国思想史》，虽篇幅有限，而纲宗粗立。读者治此书，必与上书并观，始不为此一代之思想之所囿，亦可明此一代思想之所辟。
七、前著《中国思想史》，宋明理学主要诸家，均已序列。本书遇与前著重出诸家，取材详略，力避重复。阐发要点，亦求互显。大体虽同，节目各异。读者必就此诸家，合观两书，始较近于诸家之全貌。
八、旧著《近三百年学术史》，适与本书年代相衔接。读者治此书竟，再阅《近三百年学术史》，于中国近代一千年之学术思想，大体已具，可资识途。
九、知人论世，为治史之首要条件。《近三百年学术史》有附表一通，于诸学者生卒年月，仕宦出处，师友交游，著作先后，爬罗抉剔，一一备载。观此一表，必可对书中叙述，更多启发。作者曾著“宋、元、明三代学者生卒出处著述通表”一编，大体亦如前表，而繁委过之。积稿已历年岁，尚未成书。当俟将来续补，单独刊行，作本书之补编。
十、本书较之《中国思想史》，篇幅已增，但视《近三百年学术史》，则犹见简陋。流亡穷窘，聊示学者以途辙，无当著作之规模。大雅君子，幸希垂谅。其有纰缪，乐闻教正。