秦..，字世缨，山东单县人。景泰二年(1451)考中进士，授南京御史职务。弹劾处理内官傅锁儿的罪行，进谏停止江南采翠色羽毛和香草等差遣，权贵很忌恨他，以流言蜚语攻击他，正好碰上考察官吏，他因此被贬职任湖广驿丞。
天顺初年，经御史练纲推荐，升为雄县知县，奉御使杜坚肆意残暴地捕捉天鹅，秦..杖责其随从，获罪被关进诏狱。百姓五千人到皇宫前的楼台前为他辩冤，就调任他任府谷知县。宪宗即位，升葭州知州，调任秦州，母丧离官，州人请求留住秦..，秦..服满回任旧职。不久提升为巩县知府，调换到西安，升为陕西右参政。岷州少数民族叛乱，他率领三千人将其击败，增加一级俸禄。
成化十三年(1477)，提升为右佥都御史，巡抚山西，奏告镇国将军奇涧等罪行，奇涧父亲庆成王奇钟镒上奏章为儿辩护，并且诬陷秦..。宪宗难违庆成王的意愿，将秦..逮捕交法司处理，事情查无证据。而内宫尚亨抄秦..的家，将仅得几件破旧衣服等事奏告皇帝，宪宗叹息地说“：秦..清贫竟到如此地步吗？”赐秦..万贯纸币嘉奖。于是削去奇涧等三人爵位，庆成王也减去三分之一的俸禄，而改秦..巡抚河南，不久又调任宣府。
蒙古小王子部数万骑兵入侵大同，长驱直入顺圣川，劫掠宣府地区。秦..与总兵官周玉等举兵阻击，小王子被打败逃走。不久劫掠兴宁口，秦..等又与之接连交战，敌人退去，追还其所抢掠的物资，宪宗下玺书慰劳。升他为左佥都御史，巡抚如故。没过多久，召回任理院事，调升户部右侍郎。万安赶走尹..，诬陷秦..与尹..同党，降秦..为广西右参政。秦..后升为福建左布政使。
弘治元年(1488)，由王恕推荐，提升为左副都御史，监督漕运。第二年三月升右都御史，总督两广军务，他奏道“：宦官、武将统领，镇守两广的，都纵容家臣骚扰商贾，以私家仆人身份，擅自干涉公事，残杀无辜，勾结土官以求得到好处。而天下镇守官都擅自掌握军队职责，接受民间诉讼，这些与制度不符，请严加禁绝。总镇府原有赏功所，每年积储金钱数万，花费无法度，应听从都御史考核。广州、潮州、南雄、韶州有很多盗贼，应该设立社学，编制保甲，以此断绝盗贼之源。”孝宗全都允准。恩城知州岑钦进攻田州，赶走田州知府岑溥，与泗城知州岑应分据其地，秦..带兵进入田州赶跑岑钦，岑溥返回知府，秦..留官军驻守，内乱平定。又遣将征讨平息了黎族叛乱者陵水、瑶族叛乱者德庆。
秦..刚赴镇守任时，就弹劾总兵官安远侯柳景贪婪残暴，将其逮捕下狱。柳景也揭发秦..，经调查无佐证，司法部门判柳景死罪。柳景与周太后家连姻，有得力的靠山，不停地攻击秦..，朝廷下诏连秦..一并逮捕，经审讯终究无罪。下诏宽免柳景死罪，削爵闲住，而秦..也免官归乡。大臣王恕等请求留下秦..，孝宗并不采纳。朝臣又接连上奏章说秦..有大可用之处。过数月，起用为南京户部尚书。十一年(1498)，因病离职。
十四年(1501)秋，敌寇大肆进攻花马池，在孔霸沟打败官军，直抵平凉。有人说秦..有威名，虽然年老但仍可任用。朝廷下诏起任他为户部尚书兼右副都御史，统领三边军务。秦..急驰到固原，巡行战败的地方，亲自祭奠阵亡将士，掩埋其尸骨。奏报记载为国捐躯指挥朱鼎等五人，抚恤战死者的家属，弹劾处置败将杨琳等四人的罪，更换守将。选择壮士、兴屯田，再次申明号令，军威大振。
当初，敌寇未进入河套，平凉、固原均处内地无忧患。自孛来定居放牧后，固原为军事要冲，是平凉、庆阳、临洮、巩昌的门户，而城市狭隘民众困穷，兵力单弱，商贩不来，秦..就扩展城郭，招来商贾，建议改为州，而自己留下调度管束。向朝廷奏道：“固原主、客兵只有一万八千人，分守二十四个城堡，势分力弱，应该增兵。旧临洮、巩昌、秦州诸军每年要赴甘州、凉州设防。而其他地方如有战事，又从甘州、凉州调兵，或是派京军征讨。京师是国家的根本，边将手握重兵，而一遇有事总是动用京军，这不是强干弱枝之道。请求自今后京兵毋随便派遣，临洮、巩昌、甘州、凉州诸军也应该各还本镇，只选通晓军事的老将一二人各守其地，人以军队为家，军队服从将领的命令，心情愉快地服兵役，这样就有战斗力，计划就能实行。”
秦..见固原向北连绵千里，闲田数十万顷，旷野接近边境，无城堡可依托。主张于花马池向西延绵至小盐池二百里，每二十里筑一堡，堡周长四十八丈，役使士兵五百人。固原向北绵延各处也各筑屯堡，招募人丁屯种，每顷交赋税米五石，可以得到五十万石。规划已定，而宁夏巡抚刘宪作梗，秦..于是奏道：“我私下观察三边的情形，延绥、甘州、凉州地虽广阔，而兵强马壮，宁夏怯弱，却有河山险阻，唯花马池至固原，军队既怯弱，墩台又间隔疏远，敌骑得以长驱深入，因此应该增筑墩堡，韦州、豫望城诸处也这样。现在固原向南斜行的修筑工事即将完成，唯有花马池向北绵延二百里，应当筑十堡，而刘宪故造危言阻拦，垂成之功将被废，恳求命令刘宪掌握三边，而改换臣抚宁夏，使得以完成边防工事，办起事来也方便些。”皇帝下诏责备刘宪，刘宪伏罪，终于实施秦..的计划。修筑诸边城堡一万四千余所，矮墙濠沟六千四百余里，固原屹立成为重镇。秦..又凭自己所想制作战车，取名为“全胜车”。孝宗下诏将这种战车的形式推行于各边塞。经过三年治理，四镇安逸，前后治理西方边陲的都没有他的功劳大。
十七年(1504)，加封太子少保，召还掌户部事务。秦..以年老接连呈奏章尽力推辞，恳求辞官回家。孝宗下诏赐他敕书、乘坐驿道马车返回家乡，月粮供应和奴仆岁役一如旧制。第二年九月去世，享年八十。追赠少保，谥号襄毅。
秦..清廉忠直异于常人，妻子儿女连菜汤麦屑做的饭也常常吃不饱。他性格刚毅果敢，勇于除害，从不为自己考虑，士大夫不管认不认识他的都称赞他为伟人。在两广被逮捕时，他正在商量征讨后山的贼，将军事处理完毕，从容上路，仪仗及车后侍从一点不马虎，越过山岭，才去官服束手就囚。他对官吏、将校说“：西广少数民族杂处，总都体制尊严，突然被逮捕，有损国威，现在既然越过山岭，就是真正的囚犯了。”其如此庄重得体。正德五年(1510)，刘瑾乱政，秦..家奴对秦..内弟杨瑾不满，借秦..送内弟火炮之事向校尉告密，诬陷杨瑾收藏违禁军器。刘瑾发怒，归罪于秦..，抄其家，什么没得到。言官张九叙、涂敬等又承刘瑾之意弹劾秦..，士大夫对此嗤之以鼻。