当左宗棠入浙前之形势，江西及皖南之池州、徽州两府属已肃清。宗棠受曾国藩命，驻婺源，负责戒备徽州府属及赣东之广信、饶州两府属。及宗棠奉诏入浙，国藩以为仍须顾全此三府属地，以通严州、衢州之后路，宗棠亦同此意见。于是国藩以广信与徽州之防军及内河水师，悉听宗棠节制，以期指挥灵活(参阅十六节)。注232顾太平军亦颇着眼于此一隅地，不时加以袭击窜扰，故终宗棠平定浙江，未尝稍弛其警戒，名为援皖赣，实所以自援也。
宗棠督师浙江时期中，援皖与援赣之军事，可分为三个阶段。
第一阶段，在宗棠入浙时，其先太平军本已在皖南夺踞数城池，复肆猖獗。咸丰十一年(1861)十二月，太平天国辅王杨辅清更由宁国府进围徽州府城，有众十万，号称二十万，意在阻挠宗棠入浙。宗棠命刘典率三千人出婺源，而自将军出屯玉山拒之。同时，在浙之太平军，由遂安、开化西犯婺源，与辅清遥相呼应。盖婺源居徽州、广信两郡之间，为太平军与清军所必争也。宗棠则遣王开来由白沙关扼华埠，自率亲军趋婺源，大败之，扫平敌巢二十余处，毙悍敌千余。会徽州防军亦破太平军于岩寺，徽州解严，而婺源之防并固。宗棠乃于同治元年(1862)正月，安然入浙。其时，池州、铜陵先已由杨岳斌水师于上年(1861)八月中克复。嗣是鲍超军又先后克复青阳、石埭、太平、泾县、宁国府城，更因宁国县城之降，收广德州城，曾贞幹军先后克繁昌、南陵，张运兰军克旌德，而曾国荃军亦先后克太平、芜湖，直逼江宁省城。皖南大局，重复粗定，然太平军在皖赣间之余党，固未根绝也。注233
第二阶段，在宗棠入浙后。同治元年(1862)五月，太平军陷湖州府城，西与广德、宁国，一气可通。十月，苏州、常州太平军西上，围攻国荃进取江宁省城之军。已而解围南下，走入宁国，于是皖南太平军之势又骤张。二年(1863)正月，宗棠先后克浦江、桐庐，其轶出之太平军亦多窜入宁国。于是皖南太平军之势益炽盛。此对于曾左两军后路，均为莫大之威胁。溯自曾军入苏，左军入浙，原在皖南之兵力，固已削弱，其驻防皖南各军，又适患大疫，将士均疲敝已极，控制之力大弛，殊不足以应付。驯至西而池州，东而广德，北而宁国，南而石埭、太平、黟县、旌德，纵横四五百里间，所在骚然。兹专就宗棠后路所在之徽州言之，则太平军先陷绩溪，再陷祁门，更踞黟县，而又屡侵徽州、休宁，无非冀断宗棠粮道。宗棠亟遣王文瑞军驰往，会防军援剿，幸即克复绩溪、祁门，嗣复调刘典军驰往，增厚实力，一面屯军遂安、开化一带，严防浙皖之边。而太平军尤意在取徽州、休宁后，经婺源而入江西之德兴、乐平。一面则以黟县为据点，欲越祁门而入江西之浮梁、景德镇。故王刘二军既坚屯草市、屯溪、万安、渔亭一带，复夺取岩寺、潜口一带，且再度克复黟县，以固祁门、休宁、徽州、绩溪一线之防。而江西军亦力防玉山讫景德一线。且北上以协助王刘二军。在如此形势之下，太平军虽几番向南奔冲，卒莫得逞，且损失实力甚大。三月，宁国、旌德太平军西窜建德，会池州太平军，南掠江西之饶州，浮梁告急。刘典军亟出婺源，会江西军力战，太平军始复北窜湖口、彭泽，还窜青阳。九月，宁国太平军东窜浙江之昌化、於潜，不逞，退至宁国，复突窜浙江之孝丰，以趋临安，图拊宗棠进攻余杭一带之背。既被阻于新城之防军，卒驰入湖州，与彼处太平军合流。时国藩命鲍超军由芜湖南下，又命江忠义所在湖南新募之军，由九江东进。其在石埭、太平、旌德之太平军，更请降于鲍超，由是皖南之太平军势又渐蹙。而宗棠则益严衢州、严州之防，惧其在皖被迫而群趋入浙也。先是，宗棠既下桐庐，将士多乐于直下杭州省城，不愿回援皖赣，宗棠则谕之曰：“击寇以殄灭为期，勿贪克省城之功，冒进而忘大局，勿惮江西皖纡阻之劳，就易而昧戎机。”并为请于清廷，将来皖南肃清，无论曾否克复省城，总以杀贼多少为劳绩高下，一体甄叙，借以鼓励回援皖赣之军心。按由徽州沿新安江顺流而下，数日抵杭州，苟徽州不保，则虽得杭州，仍难扼守。故宗棠本军三万余人，留浙者仅三分之一，而回皖南者竟占三分之二。注234
第三阶段，在宗棠进攻杭州省城之际，时太平军侍王李世贤盘踞江苏之溧阳，与其东句容，其西广德，其南湖州之太平军相倚，势颇不弱。其地又正为窜入皖南与赣东要冲，亦可由此窜入浙江西境。宗棠因建议于国藩，皖南防军由宁国攻广德，宗棠军由昌化、於潜进孝丰，攻湖州，先合力以解决此一区，以免后患。国藩自以兵少，不敷游击，仅饬各防军谨守皖赣城隘。已而李鸿章军克苏州、无锡，别枝入浙，克平湖、嘉善、海盐等县，乃策西进之师攻常州，东进之师攻嘉兴，冀以前者保固苏州、无锡，后者保固松江、上海。宗棠则议鸿章应由无锡急攻宜兴及溧阳西北，与国藩驻溧水军相联络，更由国藩军攻取广德，俾通一气。以为如是纵未能即时扑灭，犹胜于空此一路，一任太平军窜过，国藩是其说，而未能实行，以鲍超军方守东坝，一动即影响国荃围江宁省城之师，而他军则调拨不及，无法同时进攻广德也。注235同治三年(1864)正月，于是李世贤以江宁省城情势危急，拟先赴江西，预为布置，纠广德太平军，突由宁国南陷绩溪，东趋昌化、淳安。既不逞，李世贤折回溧阳，余党由林正祥领导，回至深渡，又折入遂安，经开化、华埠，入江西，取道玉山、德兴边界，向南直达建昌、南丰、广昌、石城间。宗棠为益军严州、金华、衢州以拒之。其后江浙各路太平军，由此经皖南或浙边入江西者，络绎不绝。虽经宗棠拨军揽截于浙皖之交，国藩与江西亦各拨军袭击，要均无法围歼。其最著者，约为四起。其一，同治三年(1864)二月，宗棠克杭州、余杭，此两处太平军首领陈炳文、汪海洋，合武康、德清、石门余党，西走孝丰，入安徽，取道深渡，折至遂安，复折至屯溪，复折至开化，入江西，经玉山、铅山，直达贵溪、安仁、东乡间。其二，李世贤之被扼于昌化也，退归溧阳。不久，鸿章克溧阳，则入湖州，余杭既被克，又迎陈炳文、汪海洋西行，既被阻于孝丰，与陈、汪分道，由昌化入绩溪，经婺源而直奔江西，由德兴、弋阳，以达贵溪、金溪间。其三，同治三年(1864)四月，鸿章克常州，轶出太平军与宜兴、溧阳等处余党，由广德南下，直奔婺源，入江西，以达德兴、弋阳、铅山间。其四，七月，宗棠、鸿章会克湖州，太平军首领堵王黄文金军，奉由江宁省城被陷时逃往之幼主洪福瑱，分奔广德、孝丰，又合奔宁国。黄文金被中途击毙，余党由宁国至昌化，由昌化至绩溪，由绩溪道出遂安、开化之交，卒经常山、江山奔入江西，经广丰、铅山、广信分达贵溪、泸溪、新城间。于是赣水以东，无复完土，惟常州、杭州之两股太平军旋被击散，独李世贤踞崇仁，陈炳文、汪海洋踞东乡，势特盛。而林正祥出没石城，丁太洋出入瑞金，尤为诸太平军入闽与入粤尾闾。先于正月间，宗棠料由广德、宁国轶出之太平军，如浙江遏之严，非入福建，必入江西。会张运兰授福建按察使，假归在籍，当奏准饬带所部二三千人，即赴本任，以为戒备。刘典丁忧在里，亦奏准特旨起复，募新兵三千人，督同到赣，以供防剿。及事急，更奏准以杨岳斌督办江西皖南军务，而以刘典为帮办。刘典于八月间师抵贵溪。其间，宗棠仍命在皖南之王开琳等军，由南入赣，在浙皖间之王德榜等军，由西入赣，并会同席宝田、鲍超诸军，相与戮力追剿。复调林文察、康国器两军，由浦城驰往奉宁、建宁、宁化一带。而张运兰亦于八月终行抵汀州，以防闽赣之边。时则江西诸被踞城邑，逐次收复，鲍超更降陈炳文于许湾。由是所有残余之太平军，由瑞金悉奔广东，由广东折入福建，运兰在武平陷阵，被执遇害，宗棠乃亲往督师。注236