太平天国幼主洪福瑱既授首，余众旋被逐出瑞金，然犹存四大股，即侍王李世贤、康王汪海洋、黄旗丁太洋、花旗林正扬(林伯焘)。黄旗与花旗，亦称黄白号衣党，皆汪海洋所豢死士，平昔遇之厚，遇危急则麾之前，自号无敌。同治三年(1864)九月，相率由瑞金窜广东之南雄、连平、嘉应，而陷平远，陷镇平，然皆不踞。由是分为两股，窜入福建，李世贤一股由嘉应东移，陷大埔、永定、龙岩、平和，更由龙岩而陷漳州、云宵、南靖。汪海洋、丁太洋、林正扬由嘉应北上，连陷武平、长汀、连城、上杭。于是李世贤据漳州，有众十余万。汪海洋据长汀、连城、上杭三县中心之南阳及新泉，有众一百八十五队，每队五百人，合共九万有余。丁太洋、林正扬出没漳州、龙岩间，有众各约数万。要之，以李世贤之众为最盛，汪海洋之众为最强。李宽而易，汪狠而谲，众皆乐李而惮汪。惟汪精悍善斗，狡狯多谋，能以严驭众，为众所畏。已又攻陷长泰、诏安、漳浦、平和等县。福建之龙、漳、汀、泉、厦，广东之潮、嘉，向称盗匪渊薮，至是益从乱如归，闽粤间一片寇氛。注237
同时，左宗棠以闽浙总督，策动其进剿之师。命黄少春、刘明灯两军四千五百人，由衢州取道浦城，赴建宁，以趋延平，是为中路，扼敌北窜，兼顾浙江、江西。命刘典所部八千人，取道建昌，以趋汀州，南以王德榜二千五百人继之，是为西路，扼敌西窜，兼顾江西。命高连升一军四千五百人，驰赴宁波，乘轮船，由海道直趋福州，先顾省城，再出兴化、泉州，赴漳州，是为东路，扼敌东窜，均分投追击，或相机迎剿。最后，宗棠继黄少春等，移节延平，居中调度。友军会剿者，娄云庆之霆军，由江西向东压迫；郭松林等之淮军八千人，浮海而下，在厦门登陆，向西压迫；方耀等之粤军，以镇平为中心，戒备闽粤边界，并局部越境向北压迫；护浙江巡抚蒋益灃复遣刘清亮率所部三千人，进驻浦城，备援应；而福州海关税务司英人美里登亦携带开花炮，由厦门、海澄助剿。至同治四年(1865)四月中，楚淮军会克漳州。李世贤由永定出走，不知所之，或云遁上海，余党退入广东。漳州居腹地，又菁华聚积之区，自被李世贤据有，林文察进攻败殁，全局为之震动。自漳州复而太平军气夺，官军益胜算可操。五月初，刘典降丁太洋，收编一千人，余悉遣归。林正扬一股亦擒斩殆尽，惟汪海洋虽迭受重创，精锐丧失过半，而所部仍有十万之数，至是亦窜广东，所有其余沦陷各城，次第收复，福建全境肃清。于是宗棠就漳州好景山松关磨崖勒铭曰：
率师徒，徂闽峤，犁山穴，截海徼，龙岩平，漳州复，寇乱息，皇心宁。
咨遣淮军回江苏，而饬王开琳率所部入江西之赣州，高连升、黄少春、刘清亮所部暂驻武平，刘典将各部驰回汀州。宗棠以为汪海洋志当仍在江西，故驻武平者，将趋长宁、安远，以固江西东部。驰汀州者，将由赣州趋南安，以固江西西部，兼固湖南也。注238
汪海洋之入广东也，首陷镇平而踞之，以李世贤之败，归咎于其宗人李元茂，则杀之以立威，乃不为部下所悦服，始相携贰。先是鲍超之霆军，自逐出太平军于江西，奉命以一部由娄云庆统率留江西助防，余由鲍超亲率北上，将出征陕甘，行至湖北之金口，鲍超假还夔州，所部忽借口索饷哗变，溃卒窜江西入广东，与惠、潮、嘉一带土匪，均合于汪海洋，约共十余万，于是汪海洋之势又振。李世贤亦于此时掩至，顾为汪海洋所刺毙。两人在太平天国，李为二等王，汪为三等王，李位望较高，故汪忌之。久之，粮储渐匮，霆军溃卒又以与太平军争食，归降广东军。时宗棠已移节漳州，督师乘之，竟复镇平。汪海洋走江西，诸军穷追六昼夜，行至宜黄之黄波墟，为土匪所绐，深入伏中，亡参将以下十余人，兵数百，辎重军火，丧失甚多。汪海洋遂得远飏，由定南、信丰而西，为江西军击败。又南走广东，过连平，攻城三日不下，欲窜广州，亦未得逞，乃又东趋和平、兴宁，终于陷据嘉应州，附近土匪争附之。十月终，宗棠进驻大埔，受诏节制福建、广东、江西会剿之师。促鲍超移师入广东，由平远趋嘉应西北；刘典由武平、上杭，出松口，延扎嘉应之东南；高连升、刘清亮进扎樟树坪，当嘉应之东北；而以郑绍忠之广东军屯长沙墟，扼嘉应之西南；更檄广东炮船数十艘，驶驻三河坝，以遏梅江通汀州、潮州之水路。部署既定，始进攻州城，汪海洋中炮死，群情始惶惧，议归降，然犹推太平天国诸王中硕果仅存之偕王谭体元主城守。十二月中，城围益合，谭体元遁，州城复，谭旋为黄少春所获，磔死。此太平天国最后之一役，结束于黄沙幛，被击毙一万六七千，坠崖死者无算，生擒数千，归降五万余，太平天国嫡系军队乃无复孑遗。宗棠益解散难民万余，并扑灭土匪之附太平军者。宗棠先策，应付此残局，当由内而外，由东北而西南，结果正如所期。捷闻，诏宗棠赏戴双眼花翎。同治五年(1866)正月，凯旋福州省城，注239幕客吴观礼为作嘉应班铙歌：
金盘堡，班师回，金盘岭，率师来，七岁徂征五行省，东南澄镜无纤埃。嘉应潮州作战场，残寇并灭归堵康(原注：贼杂号)，大憝先摧李铁枪，以次削平黄与汪，允哉末劫在钱塘(原注：嘉应州有钱塘墟)。父老欢迎窃相语，元戎勋业照古今。呜呼，父老今快睹，岂知在山云，早为天下雨(原注：嘉湖作战场，末劫在钱塘，皆毖纬家言)。注240
概括宗棠出山典兵至东征告成，词无溢美。
按太平军虽起于广西，而洪秀全等本出生于广东，杨秀清等且籍隶嘉应州，今其余党卒覆亡于此，此一奇也。太平军初起于广西，仅土匪之雄，及入湖南东下而始大，此时宗棠已在湖南巡抚幕府，开始与太平军角逐，自是相与周旋者十六年，卒结束于宗棠之手，诚如刘长佑所谓“中兴戡定之功，惟我公发其谋于始，而要其成于终”，注241此又一奇也。
抑于此须连带一述者，当宗棠在福建扫荡太平军，一面剿除当地土匪，盖福建之下府属如兴化、泉州、永春、漳州等处，向有乌白旗、红白旗、小刀会、千刀会等匪党。上府属之南平、永安、沙县、顺昌等处，亦常有悍匪出没。至闽浙洋面，尤多海盗，彼等均凶顽成性，愍不畏法，肆意劫掠，久为闾阎患。宗棠分区派兵搜剿，痛加惩创，于是及太平军覆灭，而土匪亦诛夷殆尽。注242乃宗棠方于二月十八日回抵福州省城，而“斋匪”同时暴动。“斋匪”者，源于宋时之吃菜祀魔教，其始以戒杀放生、消灾避劫为言，愚民动于祸福之说，多为所惑，人数既众，浸为不轨。其巢穴在江西铅山之封禁山，旧名铜塘山，盘亘广信、建昌两府之交，延袤数百里，岩谷幽邃，常为逋逃之薮。比由江西突入福建，于五日内，连陷崇安、建阳两县城。宗棠所部，犹在凯旋途次，省防较空，故一时大震。宗棠檄饬黄少春、张福齐分向崇安南北并进，张树菼直赴建宁，以向建阳，唐熊飞、王德榜、吴得凤等进延平，分路兜剿，浃旬而复，此则宗棠东征之余波也。注243