肃州“回乱”，在左宗棠进讨以前，历经若干滑稽之变化。
初，甘州提督索文，自以回民，欲尽用其种人，乃悉隶众回于各标，其余令充猎户(即乡兵)，分置南山诸口，防藏人。同治三年(1864)八月，陕回妥得璘陷乌鲁木齐，肃州回兵蓝吉珍等谋响应，假御敌名，潜造军火。赤金猎目马四为河州回民，善叉子枪，三百余步外，发无不中。四年(1865)二月，请饷至肃，密约蓝吉珍等同举事，归途乘游击出城，据嘉峪关叛。安肃道恒龄，侦知肃回亦将作乱，欲先发制之。肃州镇总兵成桂、知州陈墉持不可，墉且自请出城抚谕。墉颇能文，在轿中犹朗诵太史公书，回因俘之，夺其仪仗，明烛呵殿，赚入城中，城遂陷，恒龄战死。自余文武大小官员殉职者百余人，成桂、陈墉独免。马四恐孤城被围，又假投游击，请征肃回自赎，成桂、陈墉亦信之，马四乃得与肃回合。成桂更别出心裁，指马四原名马忠良为逆首，为易新名曰马文禄。奏称据关叛城，皆马忠良所为，马文禄随同官军剿办，奋勇出力，复城关，诛马忠良，皆文禄功，保为镇标都司，领城守，冀借以钤制回众。于是同一马四，忽由国家叛逆，化身为朝廷命官。马四招降纳叛，以肃州为渭南、金积、河州、西宁群回逋逃薮，又私受妥得璘封，为肃州元帅，通关内外花门消息。注357
其后，甘凉道黎献继任，肃州镇总兵黄祖淦、凉州镇总兵王仁和，屡次进剿，黎、王均败绩，祖淦阵亡。乌鲁木齐提督成禄出关过肃州，清廷因命督办甘肃西路军务，便道督剿，亦师久无功。成禄为胜保部将，耽于淫乐，颇有胜保遗风。本惮于出关，用借此督办名义，盘踞高台，剥削民财，以供挥霍，蓄养戏班，广置姬妾，以边方为安乐窝。注358
同治七年(1868)五月，甘州提督杨占鳌督十二营征肃回，意甚自矜。肃回与战，佯退示弱，占鳌意肃回不足平，直抵城下。回出老民，顶香罗拜乞抚，请速入城。左右虑其诈，争止之。占鳌曰：“彼实惧我而投我，何畏哉？”方过吊桥，伏回突起，赤身缚拥入城。马四盛设供张，亲释其缚，与誓结为兄弟，媾和罢兵。占鳌以为奇功，而恐成禄揭其短，因推成禄为功首，以收复肃州，联衔入告。占鳌又请马四以回勇三百，充作提标亲兵，马四乃纵之归。甫至甘，而三百回勇叛，占鳌归咎汉民，诛数人慰之。已而成禄所部溃，亦因占鳌与马四连和，自是官倚马四为心腹，马四玩官于股掌，鞭笞州县，纵暴兵勇。升遣调委，悉杨、成二提督为主，穆图善虚署陕甘总督，无如之何也。注359
汉武帝为切断匈奴右臂，先后设置河西四郡，此四郡之地，遂为中国通西域要道。所谓四郡者，试自东向西计之，曰武威，曰张掖，曰酒泉，曰敦煌。在清，武威为凉州治，张掖为甘州治，酒泉则为肃州治，与敦煌隔一嘉峪关。故关以内当以肃州为西端尽处，其东端尽处之武威，则已在黄河以西，故曰河西。甘肃各地，雨泽稀少，故农村贫乏。惟河西赖祁连山雪水以灌溉，谷产丰盈，且山林中茂草长林，宜于畜牧，故地方富庶，号“金张掖，银武威”。其地势则南限于祁连山，北限于沙漠，形成狭长之一条，故又有“河西走廊”之称。其后方以兰州省城为中权，西宁为左翼，宁夏为右翼。西宁由平番通河西，宁夏由镇番通河西，故欲巩固河西走廊，须同时能控制西宁与宁夏。自宁夏、西宁为回所制，河西走廊即在两翼威胁之下。自肃州为回所制，关内外交通，久受阻隔，即迤东至省城之交通，亦常虞遮断，故宗棠西征，列规复肃州于最后。注360
同治十年(1871)五月，帝俄借口新疆“回乱”影响俄境安全，遽派兵占领伊犁，而美其名曰代中国收复。旋又进窥乌鲁木齐，已行至精河，为当地民团首领徐学功所击败，遂退回伊犁，仍扬言当代为收复乌鲁木齐。此恶消息于七月传至北京，清廷震恐，亟命逗留高台之乌鲁木齐提督成禄迅速出关，会同驻扎巴里坤之乌鲁木齐都统景廉，规复乌鲁木齐。驻扎塔尔巴哈台之乌里雅苏台参赞大臣兼署伊犁将军荣全，规复伊犁。防守陕西乾州之淮军统领刘铭传，就近移师西行，节节出关，规复新疆其余各城。惟金积逸出陕回，其时正窜河西，撒拉回亦有潜结河西回作乱之说。故清廷更命宗棠抽调劲旅，前往扼剿，替出成禄，俾得早日成行。宗棠认为：
……以陇省局势言之，自宜先规河湟，杜其纷窜，然后壹意西指，分兵先扼玉关，断其去路，乃策全功。此时兴师远举，大非稳着，然当此强邻觊觎，狡焉思逞之时，则未有可拘执者。……
遂指派原驻靖远一带之徐占彪，统所部马步十二营，先赴兰州防堵。同时，仍进规河州、绥靖、西宁。马四在名义上已受抚，肃州已收复，闻宗棠派兵西行，公然复叛。注361
占彪所部，于九月间陆续开拔，十月抵高台，与成禄晤商接防。同治十一年(1872)二月初，抵肃州，战事随之开始。占彪先占领城东南三十里之红水坝，遏肃回南窜之冲。城西南地势较高，肃回于距城三十里之塔尔湾，坚筑堡垣，环以壕卡，与肃城为犄角。复一路立垒，绵延直至黄草坝。占彪将此一带堡垒百余座，悉荡平之。扎营沙子坝，离城仅三里。城东有朱家堡，城坚壕深，肃回所恃以为固。城南枯树地方，有三堡大墩，亦负城设险。城北北岸头，有废堡，尚为肃回所踞，均为占彪陆续攻拔。盖经过半年之战斗，而环城各据点，尽入官军掌握。马四等数度乞抚，占彪知其诈，概置不理，然此时成禄已拔队出关，刘铭传病归，曹克忠接统其军，正待整理，河州之役尚未完全结束，而西宁抚局不成，还须用兵。于是肃州之师，仅有占彪之十二营，而刘锦棠规西宁，亦仅十八营，均感实力不足，又无法相互调拨增援。缘肃州回与西宁回呼吸相通，官军一有抽调，即虑其乘机出窜，以扰官军后路。故宗棠只能以此两军同时分投作战。占彪乃分马步一营为二营，缘城联扎，距城一里、半里不等，相间里许，终以城大兵少，仅由城西迤逦而南，又绕城东迄城北角，尚余北门一面，不能合围。注362
自是占彪军独与肃回搏战，虽仍屡胜，而城终莫下，成相持之局。清廷遣金顺由宁夏驰援，而不能及时至。宗棠调宋庆由神木驰援，而为山西巡抚所留，俾顾全河防。又穆图善移驻泾州、邠州一带，撤兰州西北之防军，由宗棠调杨世俊之奇捷营骑兵填扎。其一部分奇营不愿西行，行至马营监而溃，河西后路，一度更感纷扰。及西宁平定，宗棠始得抽拨陶生林所部马步五营，赴肃州助剿。注363
肃回屡败之后，伏匿不出，惟分股于城西礼拜寺附近，添筑坚垒为犄角。占彪分派各营，轮班攻扑，一面阴掘地道，引炸药轰之，遂夺得礼拜寺。礼拜寺者，据肃回相传，系伊先辈祖茔，初入中国时死者，即多藏魄于此，故敬护甚至。今为官军所占领，在肃回不但损失一战略据点，精神上亦大受打击。时金顺等于同治十一年(1872)底，陶生林军于十二年(1873)初，先后到达。金顺军扎北崖头，城围始合。占彪更于城西北添筑六垒，扼肃回出入要路。而肃回亦于北门河滩单家屯废垒，筑成墙垣坚厚之大堡一座，壕沟二道，其外又加木城二道。占彪以此堡不破，则城北之围，犹有罅漏，因复力战克之。注364
肃州回为抗拒官军，亦号召两种外援。一为关外之回，包括缠头回一批，由魁头老四带领，凡马步三千余人。红庙子土回一批，约四千人，屡次参战，伤亡过半，彼此怨恨，急思弃城逃窜，奈不能突出重围。一为陕回，计有大小数批。占彪初赴肃，即遇一批于清水，为崔伟、禹得彦、胡天喜等三四千人，经中途击溃，此批原系赴援肃州，时则方回西宁就抚。又一批为毕大才、马五九等二千人，由大通北出，图赴肃州助战，为甘凉驻兵所击溃。西宁复后，更有一批，为白彦虎等，又附入西宁回马庄，大通回马正清等，合共三四千人，窜至塔尔湾，图入肃城助守，马四亦遣回出城接应。世俊、占彪合师败之。白彦虎乘夜扑出长壕，占彪又径袭塔尔湾，白彦虎知巢穴已倾覆，亟奔关外，由是马四内外援绝，肃州益成为孤城。注365
同治十二年(1873)五月，宋庆五营又到，肃州城围益密。顾肃城高三丈六尺，厚三丈有奇，环城壕阔十四丈，深二丈有奇，肃回更筑坝蓄水，以益壕深，故欲破此城，仍非易易。自来攻坚，本无善策，于是宗棠命尽量利用西洋大炮。占彪先已在南梢门等处，筑有炮台，至是，复在城西礼拜寺修筑一座，高出城上，一日连放一百五十炮。次日，又连放一百五十炮，然仅轰坍城墙若干，肃回随即堵塞，无隙可乘，官军未能冲入。占彪视察东关附城土较薄，利于轰击，当就关外丛冢中，逼筑营堡，并修建炮台一座，一日放一百二十炮，旋将东关克复，毙其关外来援巨酋马六元帅，即马正国，而占彪亦被敌弹中伤左腿。嗣更于大南门外及城西苦水堡等处，各筑炮台，准备多面轰攻。此时官军所用炮，均为普鲁斯后腔螺丝炮，所用弹，均为开花炮子。管放者，先为守备陈文英，生林同行，后又加派副将邓增、赖长，两人均精于炮术，而赖长尤谙制造。于是城中粮食，因接济断绝，益形匮乏，回众不堪饥饿，间有潜出投诚者，然破城固犹有待也。注366
八月，宗棠念肃州劳师久，统将受创，决计亲往督师。既抵城东，躬阅防御工事，马四在城望见宗棠威仪，汹惧殊甚，遣人赍禀乞抚，愿出关讨贼自效。宗棠亦虞其诈，不加批答，第出示晓谕城中回民，老幼妇女免死，其诚心投诚者，准诣营自首，分别审办。马四奉到示谕，犹匿不张贴，时诸军填土石城壕中以渡，掘地道入城，复以炮猛轰城垣，势不可遏。城中老弱投出者相继，马四之处境益穷蹙。九月，锦棠率老湘军五营应调至，惟锦棠以肃城垂克，不欲分诸将以往之功，未参加作战，仅令其所抚回马福寿等逐日驰马城下，呼马四及诸酋告曰，死期将至，好自为谋。又遣入城谕之曰，或战，或守，或降，一言决之。马四自知生路已绝，卒只身诣宗棠大营，泥首请降。宗棠谕以罪在不赦，严令悉缴马械，分籍客土回口以献，马四唯唯听命，肃州遂平。马四初与马占鳌议款时，城中犹存汉民三万余人，陆续为诸回残杀，至是男女存者仅一千一百余人，想见荼毒之惨，而缴出叉子枪一千一百七十余件，劈山炮、过山炮、鸟枪、狗头炮、抬枪数百件，矛千余杆，刀叉无数，又想见实力之雄厚。惟战马仅缴七十余匹，据称连日饥荒，已将饿瘦之马，悉数宰食，所剩止此，更想见抵抗之顽强。于是磔马四等罪首九人，诛悍党一千五百七十三人，自余土回五千四百余名，除拔出老弱妇女九百余口外，亦于官军入城时焚杀净尽。注367
肃州沦陷逾七年，宗棠调兵围攻，亦历一年半，然陕甘全境，由是敉平，犹未越宗棠预测五年之约。捷书闻，诏宗棠以陕甘总督协办大学士，晋骑都尉世职为一等轻车都尉世职。清制之大学士，相当于前代之宰相，其资格虽未明文规定必为翰林出身，然在有清一代二百数十年中，汉人之以非翰林而为大学士者，实寥寥可数。宗棠由一举人，遽获大拜，不能谓非异数矣。注368
肃州城前有祁连山，层峰屏峙，后有讨来河，曲折萦绕，其西七十里，则为嘉峪关，自昔称西陲重镇，欲保障河西，固须守肃州，即控制新疆，亦须守肃州。而宗棠平肃州，多赖大炮之力，尝耗弹一千数百枚，城既复，乃留三炮镇此北门。然所丧将士亦甚众，城东有五塔，列峙其下，白骨累累，即忠骸丛葬所也。注369