吴元年夏四月丙午朔，上海民钱鹤皋作乱，据松江府，大将军徐达遣骁骑卫指挥葛俊等率兵讨平之。初，达攻苏州，遣元帅杨福、参谋费敬直谕松江府，守臣王立中以城降，达令立中就摄府事，既而上命荀玉珍代之。未几，达檄各府验民田，徵砖甃城。鹤皋不奉令，欲倡乱，因号于众曰：“吾等力不能办城，不完即不免死，曷若求生路以取富贵？”众皆从之。遂结张士诚故元帅府副使韩复春、施仁济聚众至三万余人，攻府治，开库庾，剽掠财物。通判赵儆仓卒不能敌，驱妻子十八人赴水死。玉珍弃城走，盗追杀之。鹤皋自称行省左丞，署旗为“元”字，刻砖为印，伪署官属，以姚大章为统兵元帅，张思廉为参谋，施仁济、谷子盛为枢密院判，令其子遵义率小舟数千走苏州，欲归张士诚以求援。至是，达遣俊讨之，兵至连湖荡，望见遵义所率众皆操农器，知其无能为也，乃于荡东西连发十余炮，盗皆惊溃，溺死者不可胜计。兵及松江城，鹤皋闭门拒守，俊攻下之，获鹤皋，槛送大将军，斩之。仁济等率余党遁去。俊怒华亭人从乱，欲屠其城。华亭知县冯荣初不屈于鹤皋，为贼缚置狱中，至是，始出，即争于俊曰：“反者钱鹤皋耳，余皆良民，纵有从者，皆由迫胁。将军必欲加兵，荣请先死。有邑无民，何以为治？”俊从之，华亭赖以安。上海知县祝挺当鹤皋猝发，怀印出将趋府治，闻知府被害，匿邑南僧舍中，寇执之，欲胁至鹤皋所。挺骂曰：“尔辈，吾编氓，吾为尔邑长，安得以贼势屈我？尔不闻单骑入兜鍪营屈渠帅祝奉使乎！吾不畏死也。”寇不敢迫，挺乃密遣人告诸巨姓里中长老曰：“逆顺祸福，惟人自取。若等宜速思之，毋为不义，以取灭亡。”闻者翕然而附，其民顾正福等匿器械舣巨艘，渡挺至黄浦，与主簿李从吉等会建义旗，集民兵，民皆从之。啮指血誓效顺，遂率其众复邑治，斩伪元帅姚大章及金万户等于市，余党释不问，函二人头并所获兵仗献于葛俊曰：“事定矣，毋劳大军。”凡三往返。俊怒犹未已，时鹤皋既就擒，衔其邑人之不附己者，诬以同党数十百，俊逮捕甚急，因窘挺。挺乃潜遣吏报复邑状于徐达，达以闻，由是，其被诬者及上海民皆得释。仁济等既脱走，率其党五千余人突入嘉兴府，劫库藏军实而去，海宁卫指挥孙虎会其守御指挥张山、知府吕用明率兵追击，悉擒之。
丁未，上以兵革未弭，生民未遂苏息，顾侍臣叹曰：“军旅未息，供馈不休，生民之劳甚矣。”起居注王祎对曰：“主上威德昭著，远近之人延颈徯苏，民虽劳而无怨。正当乘势长驱，廓清中原，乃得休息。”上曰：“建大事者，必勤远略，不急近功。故泰山之高，非篑土可成；江河之广，由勺水所积。天下之大，岂一日可定也？自古帝王之兴，皆上察天运，下顺民心，从容待成，曷常急遽？予用兵征伐，十有余年，开基江左，命将四征。今虽西平陈友谅，而扩廓帖木儿驻兵河南，王信父子窃据沂州，谭右丞、貊高辈各假息州郡。若遽欲长驱，顾张士诚未下，东吴未平。静观元臣，依违者十八九，假恢复为名，惟扩廓帖木儿耳，又为诸将所沮，势不能展，久不进兵，必生疑间，况其下皆四集之民，师老于外，人心离合之间，稍有不利，众必瓦解，将不过一匹夫耳。而彼尚拘吾信使，挠我边境，岂识时务者哉？中原数子，吾未暇与较，姑置之度外，但所念者，彼土之民，尚阻兵革，未得休息也。”
庚戌，上至白虎殿，见诸子有读孟子书者，顾问许存仁曰：“孟子何说为要？”对曰：“劝国君行王道，施仁政，省刑薄赋，乃其要也。”上曰：“孟子专言仁义，使当时有一贤君能用其言，天下岂不定于一乎？”
钱塘卫指挥同知袁洪率兵攻崇德州，擒伪将朱千户，遂取之。
辛亥，仁祖忌日。上诣庙，祭毕，退御便殿，泣下不止。起居注詹同侍侧，再三慰。上曰：“往者吾父以是月六日亡，兄以九日亡，母以二十二日亡，一月之间，三丧相继，人生值此，其何以堪？终天之痛，念之罔极！”愈呜咽不胜，左右皆不能仰视。
遣使遗河南扩廓帖木儿、陈州谭右丞、貊高、脱因帖木儿等纱罗、葛布有差。
壬子，上谕起居注詹同等曰：“国史贵乎直笔，是非善恶，皆当书之。昔唐太宗观史，虽失大体，然命直书建成之事，是欲以公天下也。予平日言行可纪之事，是非善恶，汝等皆当明白直书，勿宜隐讳，使后世观之，不失其实也。”
乙卯，中书平章政事俞通海卒。通海字碧泉，庐州巢县人，其先居濠之钟离，父廷玉徙家于巢。元季，汝頴盗起，有金花小姐者亦以妖术惑众，聚兵江淮，人多应之，通海父子亦操戈起田间，从其徒李普胜。及金花小姐败，通海以舟泊巢湖，与左君弼有隙，屡为所困，乃间道来降。时上在和阳，欲渡江无舟，得通海至，大喜即往巢湖，发其舟，遂渡江。克采石，定太平，通海战力居多，擢管军总管。时蛮子海牙以战舰列采石，陈野先合淮兵二十万屯方山，相为掎角。丙申二月，上率舟师击采石，通海与廖永安率先战败之，获其将卒、战船甚众。三月，进破陈野先，遂取集庆，克镇江，以功升秦淮翼元帅。四月，与诸将取丹阳金坛。丁酉三月，取常州，授行枢密院判官。四月，从上取宣城，复与赵戫乘胜趣水阳，下之。五月，略太湖，击败张士诚兵，通海军威大振，招降士诚马迹山守将王贵、钮津等，经东洞庭山，舣舟施口。士诚左丞吕珍舟师猝至，时大军已西，通海独率余舟与战，矢中右目下，痛剧，令从者被其甲立船上。敌以为通海也，遂不敢逼。通海由是一目眇。戊戌正月，与廖永安克江阴之石牌寇，降其元帅栾瑞，遂夺马驮沙，栅而还。己亥四月，击败陈友谅将赵普胜于枞阳，获其军校赵牛儿等及其舡舰，乘胜追杀敌众，遂复池州。是时，上亲征江东，方以枞阳为忧，及捷至，大喜，升通海佥枢密院事。庚子闰五月，陈友谅犯龙湾，通海、张德胜与战，败之，获其将佐喻国兴、李志高等及楼船。翌日，又追败之于慈湖，纵火焚其舟，论功第二。辛丑春，升同知枢密院事，从上亲征陈友谅。八月，下同安，遂进克九江，友谅遁走。癸卯秋七月，上复征友谅于龙兴，战于鄱阳湖之康郎山。时湖水浅深不同，舟师战斗往来不利，通海荐上出湖据便利以蹙之，遂以舟师出据左蠡，友谅败死，通海之功为多。甲辰正月，改立中书省，进通海平章政事，取通州、庐州，皆有功。秋七月，立江淮行省于庐州，命通海摄行省事。时江淮遭兵革，人心未宁，通海抚循劳来，一以恩惠，由是复业者众，修城浚濠，以为备御。乙巳，从相国徐达平安豊。丙午九月，又从克湖州。十一月，略太仓，秋毫不犯，民皆悦之。伪元帅陈仁寿乘百余舟遁入海，闻通海威名，皆还，罗拜麾下，愿为编氓者数千人。大军围平江，相国达檄通海以兵来会，通海至桃花坞，为流矢所中，疮剧归京师。上幸其第，问曰：“平章知予来问疾乎？”通海已不能言，上挥泪而出。及卒，临哭甚哀，从官卫士莫不感涕。寻赠光禄大夫，追封豫国公。上于诸将帅恩礼甚厚，遇疾必遣使存问，或亲往临视之；其卒，则率百官为发哀，车驾临奠；至于吊问、赙赠之仪与夫葬祭之具，皆官给之。
己未，方国珍既入贡，复阴泛海北通扩廓帖木儿，南交陈友定。王师讨姑苏，国珍拥兵坐视，屡假贡献，觇胜败为叛服计。上以国珍反覆，以书数其十二过曰：“当尔起事之初，元尚承平天下，谁敢称乱，惟尔倡兵海隅，元官皆世袭子弟，顾惜妻子，其军久不知战，故临阵而怯。尔得鸱张于海隅，及天下乱，尔遂陷三州之地，扼海道之冲，窃据山岛二十余年，朝送款于西，暮送款于北，此岂大丈夫之所为？尔过一也。吾下婺，时四方强敌甚多，岂暇用兵海岛，与尔较长短？尔自怀惧，遣子纳降，吾以诚心待人，不逆尔诈，即遣还尔子。尔乃诡诈多端，不数年间，迭生兵隙。尔过二也。近者，浙左会稽、浙右钱塘诸郡皆下，尔阴蓄异志，时遣人觇吾虚实。尔过三也。未有衅端，先起猜忌，自怀反侧。尔过四也。易交而轻侮。尔过五也。扩廓帖木儿以曹操之奸，将乌合之兵东奔西扰，倾师乏粮，为李思齐、张思道逐出潼关、三秦，已失中原，徐、宿、邳郡为吾藩篱，大河为吾门户，吾舟师往来如入无人之境。尔不能料中原事势，顾且泛海交好，声言击我，虚张声势，以速怨尤。尔过六也。彼若仓卒有事，尔隔海滨，岂能应援？败亡由尔。彼若无事，交疎礼薄，则豪杰之怨、祸乱之生由此始矣。尔过七也。尔兄弟无功于元朝，无恩于下民，盗据海隅，以势要君，以私贿下，坐邀名爵，跋扈万状。今归于我，而又不能善保富贵，欲驱民于锋镝。尔过八也。尔兵数出，掠我并海之民，上帝好生，下民思治，乃违天虐民。尔过九也。尔若有大志，尽驱温、台、庆元之民与我较胜负，此果决丈夫之志也。今不能此，徒遣数舟狗偷鼠窃小举而兴大怨。尔过十也。吾遣兵入浙，下湖州，军旧馆，张氏将士尽皆降附，遂捣姑苏，对垒深沟，民安如故。尔乃诱我海上土豪作乱，近已平定，匿其首恶，此岂良谋？尔过十一也。福建陈友定奸谋稔恶，以致阮德柔辈自相吞噬，彼可合乎？尔乃阴扇潜结，遥为声援，以诈交诈，岂能长久？如吾以诚待尔，反自疑贰，輙以诈罔，所谓‘首言为定者’何在？尔过十二也。吾为尔计，当未交敌国之先，不必送款纳降；但有豪杰，止以平礼相好。守分保民，自安海隅，临事而处，见几而作，不轻屈膝，亦不生衅，此尔之福，民之福。今大敌未至，自生疑惑，起事危身，非计之善。亮此非尔本情，或由左右所误，如左右有俊杰之士能为尔谋，择交大敌，有一无二，保全必多矣。尔其深烛成败，高览远虑，自求多福，尚可图也。”国珍得书不报。
壬戌，置太仓卫，以千户朱禹为指挥副使，蒲仲亨为指挥佥事。
丁卯，仁祖后忌日。上诣庙，祭毕，退御便殿，谓侍臣朱升曰：“昔吾母终时，吾年甫十七，侍母病昼夜不离侧。吾次兄经营家事，母遣吾呼与偕来，嘱曰：‘我今病度不起，汝兄弟善相扶持，以立家业。’言讫而终。今大业垂成，母不及见，语犹在耳，痛不能堪也。”因悲咽泣下，群臣莫不感恻。
浙江行省平章李文忠言：“浙江嘉兴、海盐、海宁等处沿海州县，皆是边防之所，宜设兵镇守。”上命文忠调兵戍之。
壬申，复以宣州府为宁国府。
改江阴州为县，隶常州府。
命江西行省选精兵二千人，充宿卫。
潭州卫遣兵攻易华余党所据山寨，克之，伪元帅伍德明等降。
是月，应天府句容县耆民施仁等献瑞麦。上下令谕民曰：“自渡江以来，十有三载，境内多以瑞麦来献。丙申岁，太平府当涂县麦生一干两岐；丁酉岁，应天府上元县麦生一茎三穗；宁国府宁国县麦生一茎二穗。今句容县又献麦，一茎二穗。盖由民人勤于农事，感天之和，以致如斯。尔民尚尽力畎亩，以奉父母，育妻子，永为太平之民，共享豊年之乐。”起居注詹同进曰：“昔在成周，嘉禾同頴。汉张堪守渔阳，麦秀两歧。今主上拨乱世而反之正，功德大矣。虽戎马之际，亦修农务，故斯民得脱丧乱，尽力田亩。天降瑞麦，非偶然也。”上曰：“天不可必，人事则当尽。为国家者，岂可恃此而自怠乎？”
五月丙子朔，徐达之围姑苏也，上初不欲烦兵，但困服之耳。至是，又久不下，乃以书遗士诚曰：“成汤放桀，武王伐纣，汉祖灭秦，历代皇帝之兴，兵势相加，乃为常事。当王莽之亡，隋之失国，豪杰乘时蜂起图王业，据土地，及其定也，必归于一。天命所在，岂容纷然？虽有智者，事业弗成，亦当革心畏天顺民，以全身保族，若汉之窦融、宋之钱俶是也。自古皆然，非今独异。尔能顺附，其福有余。毋为困守孤城，危其兵民，自取灭亡，为天下笑。”士诚不报。
丁丑，慈利军民宣抚使覃垕遣其子覃仁、夏克武遣其子夏德胜及其属张琦、甯尚仁入朝贡马二十匹及方物，遣使赍绮帛往赐之。
甲申，诸将言：“陈友定窃据闽中，擅作威福，宜乘势取之。若因循日久，使得自固，则难为力矣。”上曰：“吾固知之。然方致力姑苏，而张氏降卒新附，未可轻举；且陈友定据闽已久，积粮负险，以逸待劳，若我师深入，主客势殊，万一不利，进退两难。兵法贵知彼知己，用力不分，此万全之策。吾前已计之审矣，徐而取之，未晚也。”
己丑，湖广行省遣镇抚马国芳等讨平江花杨山寨，克之，获其将王世平等及士卒一千九百余人、马三十九匹、粮二万三千七百余石。
己亥，初置翰林院学士，正三品；侍讲学士，正四品；直学士，正五品；修撰典簿，正七品；编修，正八品；召知饶州府陶安为学士。
是月，上以久不雨，日减膳素食，谓近臣吴去疾曰：“予以天旱故，率诸宫中，皆令素食，使知民力艰难。往时宫中所需蔬茹醯酱，皆出大官供给，今皆以内官为之，惧其烦扰于民也。”去疾顿首曰：“主上一心爱民如此，今虽遇旱，上天眷爱，必有甘澍之应。”
免徐、宿、濠、泗、襄阳、安陆等郡税粮三年。下令曰：“尧舜禹之治天下，君臣皆有圣德，以天下为家，凡民有难，君臣同忧，甚于庶民之有忧也。由是，天下和平，灾害不生，其后或君圣臣贤，而天下亦治，然不如古矣。自汉唐而下，君难以天下为家，其臣则以民为民，以家为家，而有亲疎之分，甚至奸邪用事，国家倾覆，视以为常。灾害屡兴，民罹荼毒，为君臣者若不自革其过，则天下奚由治，富贵安能保乎？予本布衣，因天下大乱，集众渡江，抚定江左，十有三年，而中原之民流离颠沛，尚无所归。吾乃积粟控弦于江左，坐视民之涂炭而莫之救，岂不负上帝好生之德，而有愧古圣人爱民之心哉？今特命中书省：凡徐、宿、濠、泗、寿、邳、东海、安东、襄阳、安陆郡县及今后新附土地人民桑、麻、谷、粟、税、粮、徭役令有司尽行蠲免三年。”