隆庆六年五月，穆宗不豫，召江陵与高拱、高仪同受顾命辅政。翌日帝崩，神宗嗣立，年始十岁，诏江陵卜视大行皇帝陵寝。时江陵与高拱因太监冯保事，隙愈深。比江陵卜视陵寝归，拱已为保所构罢。高仪未几亦病卒。江陵自此乃以首辅资格，一人柄政矣。
江陵与拱原极相得，拱之再起，且为江陵所引致。自陈、李相继去位后，二人以志同道合之交，继周、召夹辅之美，允宜同舟共济，相得益彰矣。无如拱蓄意修怨徐阶，扼之惟恐不至。江陵无论为公为私，势不能助之下石。而拱以江陵未肯苟同，竟尔迁怒及之。则二人之隙末凶终，拱自不得辞其咎。至冯保之事，则尤拱刚愎之气有以自贻伊戚，而促成其反噬。据《明史纪事本末》（卷六十一）所载：
时太监冯保方居中用事，矫传大行遗诏云：“阁臣与司礼监同受顾命。”廷臣闻之俱骇。一日内使传旨至阁，拱曰：“言出何人？上冲年，皆若曹所为，吾且逐若曹矣。”内臣还报，保失色，谋逐拱。
由此可知拱之去固由保所构陷，而保之构拱，则又拱迫之使然也。拱于保之司礼监，初以恶其为人，故靳而弗予；及保矫诏自为之，又欲收其权于内阁，嗣复令科道交章劾保，意欲置之重典。保以一奄寺小人，在如此威胁之下，安得不力谋自卫，务求去拱而后快乎？信哉！陈銮之言曰：
明代奄寺之权，根深柢固，骤难转移。新郑（按：拱系新郑人，故以其地称之）当女君幼主（按：指仁圣、慈圣两宫及神宗），宫府隔绝之时，乃欲夺司礼之权，尽归内阁，其谋固已疏矣。无论不能逐保也，即使去一保，则必复用一保。此曹嵬琐，安得贤于保者而用之？且肘腋之间，持之过激，则南宫甘露之变，可为寒心。新郑愎而疏，不能安其位也必矣。（《全集》附录二《陈銮重刻张太岳先生全集序》）
观此则拱之被逐，实属咎由自取，于江陵何与焉？乃拱既因阶事衔江陵，于保事初则疑江陵与保相勾结，及其党群起攻保，又严戒江陵勿与闻，是其先以不肖之心待人，公然予江陵以难堪矣，又岂江陵之过乎？顾拱之侮江陵也如此其甚，而江陵于王大臣之狱，犹自力为拱解，始获幸免株连；及拱既殁，复赖江陵之力请，始获释神宗之怒而赐予祭葬。昔孔子有云：“以直报怨”，如江陵者，其足以当之而无愧焉。乃犹不能见谅于人，至坐以“附保逐拱”之嫌，而冤遭卖友求荣之谤，此真所谓是非颠倒，众口铄金者矣。
江陵既以元辅柄政，当主少国疑之日，值朝纲废坠之时，欲求重振君威，自非提高相权不可。盖明自洪武中胡惟庸谋叛伏诛以后，遂罢丞相之官，而以六曹分掌政务，别以殿阁词臣加孤卿之衔，司票拟之事，而名之曰阁臣，以代丞相之职。此在雄王御宇之时，原可享乾纲独振之名，免太阿倒持之患，防微杜渐，君权集中，固专制政体之极则也。无如继起之君未必尽具才略，其本身既以未谙法理，无以行兴革之宜，而阁臣复以权力轻微，自难胜匡扶之任。于是向之防相权过重者，浸且并君威而两失之；朝政之不修，其由来也渐矣。江陵洞察其弊，深知欲振君威，必先自提高相权入手。诚以在专制政体之下，君主每因世袭而倍有才难之叹，辅臣则由选拔而易获王佐之材。相权提高，则君虽庸劣，尚可赖辅臣匡襄之力，收垂拱而治之功。此在当时神宗以冲龄而君临天下，尤有其必要者也。惟当主少国疑之际，昌言提高相权，在江陵固孤忠自矢，劳怨不辞，而上自君主，下至群僚，非使诚信相孚，必至动遭掣肘。尤以自高拱去位，盈廷百僚，对江陵未能谅解，已多侧目；苟非善处其间，则不利孺子之流言，势且令江陵内不自安，而无以取得幼君及两宫之信任。江陵于此虑深筹熟，一面既力求博取君主之信从，一面复设法谋求百僚之拥护。其中经过，殊属煞费苦心，始获稍收成效。兹特略加陈述，于以见君主专制国体之下，政治家争取政权之手腕，固与民主国家迥异其趣也。
神宗冲龄践阼，两宫实有参预用人行政之大权。故江陵欲求神宗之信任，必先得两宫之信任。江陵所取之策略，即以法祖之名，使两宫信其举措之率由旧章，不复致疑于其实际之兴革。据《明史纪事本末》（卷六十一《江陵柄政》节）所载如次：
居正既柄政，慨然以天下为己任，中外想望丰采，一意尊主权，课吏实。尝言“高皇帝得圣之威者也，世宗能识其意，是以高卧法宫之中，朝委裘而不乱。今上，世宗孙也，奈何不以法主？”
又江陵《初上神宗谢召见疏》亦云：
为祖宗谨守成宪，不敢以臆见纷更；为国家爱养人才，不敢以私意用舍：此臣忠皇上之职分也。仍望皇上思祖宗缔造之艰，念皇考顾遗之重，继之益讲学勤政，亲贤远奸，使宫府一体，上下一心，以成雍熙悠久之治。
由此可见江陵盖欲以旧瓶置新酒，阳托法祖之名，阴以维新为务。当守旧势力方盛之时，非此固无以缓和反动而成改革之功，更遑论使宫府一体上下一心乎？此则江陵苦心孤诣，未足为浅人道者也。至其沟通宫府之术，则在善用冯保以为己助。江陵之用冯保，即反对者所引以指摘其“附保逐拱”之口实，实则江陵固别具苦衷，如陈銮所谓“公之驭保，假以词色，俾就羁绁，然后宫廷一气，而惟吾所欲为；制御有方，保亦不能有所过恶。夫曲逆之交驩辟阳，梁公之折节群竖，计虑至深，斡旋至大，不屑以小节自拘也”（《重刻张太岳先生全集序》）。然则江陵之于保，固在用之，而非附之，固在导之为善，而非从之为恶。此正江陵善用政治手腕之处，以视拱之一味刚愎不能容物者，固不可同日而语矣。况江陵为政，纯系自为主体，绝不肯仰人鼻息。以江陵自视之高，自信之坚，而谓其甘于附保以自辱，不亦傎乎！彼为此言以攻江陵者，顾又同时责其“威柄之操几于震主”。夫以震主之威，而犹自俯首帖耳于一宦竖之前，吾不知彼肆为诪张者，又何以自圆其说也！观夫神宗与两宫对江陵之尊礼有加，委以朝政，虽神宗于江陵身后，因误信谗间而忽变初衷，而其于江陵柄政期间，固自被以殊荣，待以师礼，历十年如一日，于以见宫府一体之说终获实现，而江陵因势利导之功诚有足多者矣。
虽然，江陵当前亟待解决之困难，固犹有什百倍于此者。盖就其当时之环境而言，不难于委曲求全，以取得神宗与两宫之信任，而难于宽猛相济，俾博取盈廷僚佐之同情。江陵于前者虽已如愿以偿，顾于后者则殊难使就范。诚以朝纲废弛，由来已久，怠玩势成，骤难振作，江陵所谓“势之既成智者不能措意者”，殆实情也。于此而欲提高相权，俾收风行草偃之功，自非徒示宽大所能奏效，而必恃用威以济其穷。据《行实》云：
太师道虽直方，中实恻怛。少读《春秋传》，慨然曰：“古称政之所予，在顺民心。有以咈为顺者，子产是也。吾殆类是乎！”其论治欲儆官邪，齐民萌，不专姑息，有救世之思。盖独见谓罔少密则莫能扞格，法可悬而不可用，特以初引纲维，不得不固握其柄而信用之。意俟天下遵制扬功，风成俗定，然后恢阔禁罔，削除烦苛，示民长厚之道耳。
观此可见江陵以儒家之立场，而犹勉循子产之遗规，偏重法家之治术者，殆亦有所不得已耳。如武侯，如荆公，其所以治乱持危，振衰起废，足以媲美管、商而无愧者，其不得已之苦衷，固亦初无二致也。江陵采用法家之治术，其初步之具体表现，厥为整饬纪纲严核官吏之一事。至其用意则不惟使群僚知幼主之不可欺，尤在使知相权之不可侮。故于柄政之始，即首请神宗颁发考察百官之敕谕，略谓：
朕初嗣大位，欲简汰众职，图新治理，南京六部等衙门四品以上官俱着自陈，去留取自上裁。（《遵谕自陈不职疏引》）
此一举动在当时实至关重要，盖既经考察，则对于失职之僚属，固可严加淘汰，俾肃官邪之戒；对于反对之分子，又可聊资警惕，借安反侧之心。诚可谓一举而两得之者矣。及百官去留既定，复请戒饬群臣集百官于午门外受谕。所拟敕谕，有如左述：
盖闻理道之要在正人心，劝阻之机先示所向。朕以冲幼获嗣丕基，夙夜兢兢，若临深渊。所赖文武贤臣同心毕力，弼予寡昧，共底升平。乃自近岁以来，士习浇漓，官方邧缺。钻窥隙窦，巧为猎取之媒；鼓惑朋俦，公事挤排之术。诋老成廉退为无用，谓谗佞便捷为有才。爱恶横生，恩仇交错。遂使朝廷威福之柄，徒为人臣酬报之资，四维几至不张，九德何由而咸事？朕初承大统，深烛弊源，亟欲大事芟除，用以廓清氛浊。但念临御兹始，解泽方覃，铦锄或及于芝兰，密网恐惊乎鸾凤。是用去其太甚，薄示戒惩，余皆曲赐矜原，与之更始。《书》不云乎？“无偏无党，王道荡荡；无党无偏，王道平平”。朕方嘉与臣民，会归皇极之路，尔诸臣亦宜痛湔宿垢，共襄王道之成。自今以后，其尚精白乃心，恪恭乃职，毋怀私以罔上，毋持禄以养交，毋阿依淟涊以随时，毋噂沓翕訿以乱政！任辅弼者，当协恭和衷，毋昵比于淫朋，以塞公正之路！任铨衡者当虚心鉴物，毋任情于好恶，以开邪枉之门！有官守者，或内或外，各宜分猷念，以济艰难！有言责者，公是公非，各宜奋谠直，以资听纳！大臣当崇养德望，有正色立朝之风。小臣当砥砺廉隅，有退食自公之节。庶几朝清政肃，道泰时康，用臻师师济济之休，归于荡荡平平之域。尔等亦皆垂功名于竹帛，绵禄荫于子孙，顾不美欤！若或沉溺故常，坚守旧辙，以朝廷为必可背，以法纪为必可干，则我祖宗宪典甚严，朕不敢赦！百尔有位，宜悉朕怀！钦哉启谕。（《请戒谕群臣疏引》）
此谕既颁，一时百官莫不惕息，纪纲为之一振焉。明自武宗失政，君威凌替，垂七十年；神宗以冲幼之君，竟获振朝纲于既坠，则江陵翊赞之功，为不可没；至相权因之而提高，固犹其小焉者也。乃佥人不谅，犹复妄肆诋毁，如高拱所言，即可见其一斑。其言曰：
人情汹汹，科道官各具本欲言，荆人（指江陵）乃只称病不出。科道以阁中无人，姑待，而荆人出，即语科道曰：“今后内边事，不要说他。”众方观望，而荆人已上揭帖，考察百官。既命下，则科道皆听处分，谁敢声言？于是但异己毫发者悉去之，而留者又示恩以收之。且既经一翻风雨，人皆以见留为幸，而前事不复说起。而彼则引用党舆，布满朝廷，尽反我所行之事。笑吟吟掌定三台印，里迎外合，挟天子以令诸侯，乾坤世界任其翻弄，无复谁何之者（《高文襄公文集·病榻遗言卷三》）。
此文可谓极丑诋之能事。以拱之不慊于江陵，其肆行丑诋，固属无足重轻。第其所持以攻江陵者，则是非公道之所关，是不可以不辩。夫江陵受命于危疑之际，图功于积弊之余，非祛除异己，不足以清反侧而谋革新，非引用同志，不足以谋合作而收实效。至于挟君自重，驭下以威，则尤所以应时势之需求，司成败之关健。凡此皆政治家施政之要图，在开明政体下固为法律之所许，在专制时期中尤属利害之所关。江陵以当机立断之姿，为正本清源之策，是盖出于不得不然，而不应引以为咎者也。况其以一介之儒臣，当钧衡之重任，对上既思有以报九重特达之知，对下更求有以慰兆庶来苏之望。且其毕生抱负，原在匡时弼君，佐成盛世。一旦朝纲在握，素愿克偿，欲求完成当前之事功，自须扫除昔人之积弊。然则拱以悉反所为责江陵者，不且愈足显示江陵除旧布新之功乎？观江陵之辞免恩命也，一则曰：
能薄而位高，则易有覆餗之虞；劳微而获厚，则《诗》有《伐檀》之刺。臣虽至愚，自量甚审。不揣分于知足，必将速咎于颠隮。（《辞免恩命疏》）
再则曰：
朝廷慎重名器，必自贵近始，所以示大公也；人臣虽竭力尽劳，不敢言功，所以昭大分也……臣受先帝顾托之重，夙夜兢兢，惟以不克称塞是惧。于凡大礼大政，皆遵率祖宗彝典，祇奉皇上英断，臣不过鞠躬仰成于下而已，又何功之有焉？（《再辞恩命疏》）
三则曰：
荷蒙皇上：信任专笃，宠以师臣之礼，日承晋接之荣，每事必咨，有言必听，是臣之志已行，愿已遂矣。……又何敢过冒非分之恩，以速必然之咎耶？（《三辞恩命疏》）
是其本心之忘情利禄，固已彰明较著。再观《明史》之称其政绩也，谓：
居正为政，以尊主权、课吏职、信赏罚、一号令为主。虽万里外，朝下而夕奉行。……太仓粟可支十年。……太仆金亦积四百余万。又为考成法以责吏治。……自是一切不敢饰非，政体为肃。……能以智数驭下，人多乐为之尽，故世称居正知人。（见本传）
是其为政之卓著功效，更属有口皆碑。以其本心之忘情利禄也有如彼，而其为政之卓著功效也有如此，可知其争取政权之动机，在事功而不在禄位，在实效而不在虚名。呜呼！如江陵者，诚可谓社稷之臣，超然不失为大政治家之风度者矣！彼悠悠之口，又何足以损其毫发也哉？