二月二十一日（己未），黄仕简奏言：逆首林爽文住居彰属大里杙地方，其纠匪不法，多系乌合之众。但此等海外跳梁，必足兵力长驱迅扫，乃可以破贼胆而壮军威。若轻兵躁进，不特未合机宜，而小丑且转滋抗拒。臣初到台郡，因内地官兵尚未到齐，随将现到兵丁派拨四郊要路添防，加紧堵截，保固府城，昼夜严督擒捕贼匪。嗣官兵续到，随同日分遣前赴南、北二路，并力进剿。二十四日，据赴北路总兵柴大纪报到，克复诸罗县城池，臣业经恭报在案。现在，惟有相机调度，务期速歼丑类，并严擒首逆各要犯解究重治，以靖海疆。
同日，任承恩奏言：林爽文本系彰属窝匪，肆行不法。现在回踞大里杙一带窠巢，暗通虎仔坑贼目陈泮、吴领等，时出滋扰，焚掠泉、粤村庄。臣连日分派官兵，督同乡勇四路巡防截杀；一面谨守内渡各海口；密谕番社总通事潘明听等，通知内山生番头目悬立重赏，令其一体截拿，预防遁匿。兹闻水师提臣黄仕简督令台湾镇臣柴大纪，克复诸罗县城。惟斗六门一带，尚为贼踞，俟道路通达，南北官兵会合，臣协力进攻，无难扑灭。至臣至愚极昧，罔识事体轻重，惟有恪遵圣训，镇定持重，断不敢稍涉张皇。再，本月二十七日，接据都司马元勋禀报：『带领官兵七百名，率同乡勇前驻埔心庄堵御
贼匪。二十六日辰刻，贼众千余人由三路下山滋扰，都司随督同官兵分路迎敌，枪炮并施，打倒执旗贼目，伤毙贼党甚多，余贼逃散』等情。臣当委亲随妥弁前往确查属实。奏入。
上命军机大臣传谕黄仕简、任承恩曰：前因黄仕简、任承恩奏报各折，仅派委将弁等零星打仗，并未亲临行阵，业屡经降旨严行申饬；然尚以黄仕简或因年老多病，犹存怜悯之念。今据伊所奏折内，于现在军务情形，置若罔闻，是黄仕简竟与任承恩互相观望，迁延时日；黄仕简不宜如此，朕亦不能因其老病曲为怜宥矣。至任承恩折内有镇定持重之语，伊现在如此退缩不前，竟属怯懦无能，岂可借词持重乎？伊二人于剿捕贼匪，种种迟延，难辞贻误之咎。又任承恩知斗六门一带有贼踞守，即应督同将弁等亲往追捕，将贼众痛加歼戮，俾与黄仕简一路声息相通，庶贼人闻风胆落，首犯得以克日就擒。今伊等如此迁延观望，幸贼人亦如伊等畏葸无能，不致更肆鸱张；倘贼众侦知官兵松懈，复转相纠众逞其狡猾，致大军稍失威重，尚复成何事体耶？又任承恩奏称，接据都司马元勋禀报，埔心庄打仗杀毙贼目，余党逃散，当委亲随妥弁前往确查之处，尤属不成事体。任承恩如果亲往该处督剿，于该都司禀报虚实，何用更委员弁前往确查；岂任承恩竟思安坐彰化观望不前乎。黄仕简、任承恩著再传旨严行申饬，并着该提督等亲带弁兵，会同剿捕，勿再仍前延缓，致干重戾。
上又命军机大臣传谕常青、李侍尧曰：本日黄仕简、任承恩六百里报到，竟系覆奏谕旨，并未带兵进剿；且折内有镇定持重之语，已降旨将伊二人严行申饬矣。黄仕简之折，系正月二十七日拜发，距伊二十四日拜发之折，又有三日。此三日，自应与贼打仗，何折内竟无一字提及？若云府城紧要，从前柴大纪与永福二人尚能保护无虞，岂此时须添黄仕简在彼防守之理？前因黄仕简年老患病，朕尚为之原谅，今玩误至此，不惟不觉可原，转觉可恶矣！至斗六门为南北咽喉之地，任承恩即应带兵前往奋勇剿杀，以通要道；乃任承恩尚驻扎彰化，而黄仕简又驻扎郡城，一南一北，互相观望，以致道路不通，此明系彼此退缩畏怯，安得借词持重乎？从来用兵之道，贵于神速，官兵一到，即订期夹攻，使贼无暇抵拒，渠魁既得，其党伙自易歼擒。幸而贼匪不过么■〈麻上骨下〉草寇，亦如黄仕简等之怯懦无能；若使稍知谋略，乘隙鸱张，一路之兵稍有失制，其余兵弁虽多，自必因而气馁，扑灭为难，尚复成何事体！看来，此事断非黄仕简、任承恩二人所能办理，常青务即速赴台湾，遵照节次谕旨，相机妥办，必须坚持定见，亲督官兵，调度指挥，务使壁垒一新，以期一举集事。至黄仕简、任承恩彼此推诿，一味因循，其贻误之咎，已无可辞，岂可复行宽贷。着常青于抵台湾后，严切查明，如该提督实有逗遛观望情事，即一面据实严参，一面传旨将伊二人解任，令回内地，交李侍尧请旨办理。所有水师提督印务，交与柴大纪暂署；陆路提督印务，交与郝壮猷暂署，候朕另降谕旨。朕于军务纪律严明、信赏必罚，其有能着续成功者，必格外加恩。如阿桂在金川奏凯，赏给宝石帽顶、四团龙补服，以昭宠异。其老师糜饷临阵失机者，亦无不置之重典，历历可数；岂黄仕简、任承恩尚未之知。即常青虽擢用总督，办事未久，然历任中外多年，自当知朕用人之道，既经朕特交查办，亦不能为之瞻徇也。
同日，孙士毅奏言：闽省拿获台匪杨咏等供称，天地会根源起于广东和尚洪二房及朱姓人，前经闽浙总督臣常青咨会，臣即一面饬拿，一面行调臬司姚芬督缉查办在案。嗣将许阿协等四犯讯供，上年七月十日内，有漳州人赖阿恩、粱阿步勾引入会。且据供，歌诀内有「木立斗世」字样，匪会系起于乾隆三十二年。及讯以洪、朱二犯，不能据实指出。臣现查后溪地名，粤东饶平、潮阳、揭阳等处皆有。凡属后溪地方，臣已密饬各该州、县并选派得力弁员逐处跟查洪、朱二犯下落，均称洪姓土著之人，粤东亦到处皆有，而身为和尚及称为洪二房者，各处后溪地方并无其人。臣以闽省来咨，后溪之名虽系笼统，而凤花亭三字自属确凿。现复严饬各属将凤花亭住址密速跴访，期于必得，以便彻底究办。再，许阿协、赖阿恩、林阿俊、涂阿番四犯，节次讯供；涂阿番一犯坚供，并未入会，尚须详加研鞫。此外，许阿协等三犯，俱系供认入会，并能口诵歌词，毫无疑义。本应即日委员解京归案审办，现因严查天地会伙犯，恐该犯等党羽尚多，所供不实不尽；且现在惠来海口又盘获闽省漳州人陈孟琴等七名，或与该犯等同属一气，将来尚有应行质对之处，是以暂缓解京。奏入，报闻。
二十二日（庚申），上命军机大臣传谕常青曰：总兵柴大纪督率官兵义勇保护郡城，最为出力，可嘉；郝壮猷在南路一带，督兵攻剿，杀贼多人，亦属认真奋勉，自应酌量加恩，以示奖励。着常青查明该镇等，如未经赏过花翎，即传旨加恩赏戴，令其益加奋励，各带官兵分投剿捕，以期迅速蒇事。至黄仕简、任承恩，并不亲临行阵，贻误事机，已降旨令常青查明，即行参奏解任。将水师陆路提督印务，交与柴大纪、郝壮猷暂署。常青务须飞渡台湾，遵照节次所降谕旨，督率柴大纪等分带官兵，相几妥办。黄仕简、任承恩并着先即摘去花翎。
二十五日（癸亥），黄仕简奏言：接到节次所奉上谕，又奉到恩赏，随即叩头祗受。臣自病后，风症时愈时发。现虽心神不足、气力不能如常，惟当勉竭驽骀，督率官兵奋勇剿灭贼匪，以期克日绥靖海疆。奏入。
上命军机大臣传谕常青、李侍尧曰：连日盼望台湾捷报，甚为悬切。本日黄仕简有六百里报到，朕以为必系奏报剿贼情形，及加披阅，系接到恩赏及覆奏谕旨，于剿捕贼匪之处，竟无一字提及。而任承恩连日亦无奏报，是黄仕简、任承恩互相观望，皆属一筹莫展。朕前因黄仕简年老患病，一闻贼匪滋事，即带兵亲赴台湾，屡降温旨奖谕，并令加意调摄，勿过劳勩；并赏给荷包等物。以朕高年如此体恤周至，黄仕简宜何如感激图报，以慰朕悬切；亦应将受恩深重，虽年老病后，仍当身先士卒，剿灭贼匪，以图报效之处，恳切声叙；即非出于中诚，亦当敷衍谢恩。乃竟于此等处所，全无一言叙及，岂朕眷念老臣，而黄仕简转不知仰体高年之主，宵旰焦劳之意乎！着常青到彼，即将此旨诘问黄仕简，严行申饬。况总兵普吉保一到台湾，即率领弁兵亲往诸罗一带，会同柴大纪相机进剿。普吉保身系满洲，遇事颇能奋勉；黄仕简在御前行走，非外省提督不晓事者可比，乃安然坐视，并普吉保之不若乎。且台湾原设兵丁不为不多，乃黄仕简等屡次派兵进剿，止令郝壮猷、徐鼎士等带往之兵，分投剿捕；而于台湾本地官兵，并未将作何派拨之处奏及。现在普吉保已带延建及水师兵一千六百名，前赴诸罗，黄仕简即应督同亲往，何以仅委之该镇！黄仕简竟若置身事外者，岂竟因病气馁观望不前乎。至任承恩年富力强，尤非黄仕简尚可以老病借口，乃驻扎彰化，并不带兵亲往贼巢、奋勇剿杀；竟如温福在木果木将弁兵各处分散，以致贼众乘间窃发，遂至偾事光景。此事初起时，朕尚不甚介意，以为么■〈麻上骨下〉窃发，黄仕简一到，即可捕灭无余。乃不意伊二人竟敢如此迁延观望，殊出意料之外。现据黄仕简奏到，拿获贼匪蔡绍等讯据供称，贼首林爽文等团聚斗六门，势尚猖獗，犹思复攻诸罗。而任承恩、柴大纪俱有官兵单薄，需拨兵接应之语。虽业经普吉保率领原带兵一千六百前往协剿，但恐贼伙为数较多，黄仕简、任承恩屡派弁兵，分投堵御，零星打仗；或一路之兵稍有失利，其余兵弁虽多，自必因而气馁。倘贼匪见黄仕简等漫无筹画，乘隙鸱张，或有挫失，更为可虑！常青到台湾后，务须察看情形，如果必须增添兵力 ，即一面具奏，一面咨照李侍尧于附近各营再拨二、三千名，速渡台湾，俾资策应。李侍尧接准来咨，即行飞调配渡，无致迟误。至常青经朕特派前往台湾督办剿捕诸务，固应亲督官兵调度指挥，但伊系总督大臣，理宜特重，于临阵打仗时，亦应相度事机，筹酌轻重。此事已专委常青一人办理，当坚持定见，勇往前进，酌量事宜，运筹制胜。
臣等谨按贼匪林爽文等，团聚斗六门，阻绝南北道路。黄仕简、任承恩果能会齐官兵，并力夹攻，痛加剿洗，乌合之众，自不难克日歼除。乃彼此迁延观望，以致贼匪全无忌惮，愈肆鸱张。我皇上既屡加申饬，明正其罪，复饬令添拨弁兵，渡台策应。数千里外之情形，燎如指掌，断自宸衷，预为筹备，故能迅奏肤功也。
二十七日（乙丑），孙士毅奏言：接奉谕旨，将备调兵丁撤回归伍。所有业已赴闽之水师兵一千名，因准闽省来札，内有交界处所官兵应暂留驻之语；是以仍令暂驻黄冈及樟林两处，俟有剿除逆犯的信，即行撤回。奏入。
上命军机大臣传谕常青、孙士毅曰：前因林爽文等不过乌合匪犯，聚众滋事，各省遽纷纷征调，办理过涉张皇，恐内地人民闻而生骇，是以谕令停止。今黄仕简、任承恩二人，自到台湾后，并不亲带兵弁迅速追捕，一味因循恇怯，互相观望，以致贼匪尚未扑灭。业令常青速往台湾，实力督率会剿，自无难一鼓歼擒。但恐贼人自知罪在不赦，负嵎抗守，或又有须添兵力之处。是前此粤省已经派调之官兵，现今自未便全令撤回归伍，仍应于交界处所酌量暂为留驻。如常青到台湾后，察看贼匪情形，尚须兵力接济，即一面据实具奏，一面知照孙士毅调取应用，更为便速。此时，图萨布谅已回任，孙士毅正当在潮州一带，往来稽察，使台湾匪犯知有总督在彼督拿，不敢潜行窜入。且潮州距闽较近，该督亲督弁兵就近驻扎，更足以壮声援，而资策应；即于搜捕余匪，亦为有益。
同日，柴大纪奏言：正月初四日，水师提臣黄仕简派调臣统领本标兵丁四百名、守备邱能成兵丁一百三十名、台湾游击杨起麟、林光玉等兵丁九百名、南澳游击李隆兵丁三百名、参将潘韬兵三百名，又彰化败回兵丁二百名，共二千二百三十名，前往北剿。正在起程之间，提臣黄仕简饬臣于十六日赴大穆降、八甲等处，与郝壮猷会捕贼匪，留参将潘韬并兵丁三百名守郡城。臣统领官兵一千九百三十名，于十七日前往北剿，至湾里溪拿获贼伙黄佘等三名，押解提臣黄仕简审办。二十一日至外三部竹地方，贼匪数千蜂拥而至，臣督率官兵齐放枪炮，武举陈宗器、诸罗县知县陈良翼、笨港县丞徐英各带义民助战，枪炮打死贼匪甚多，生擒伪护驾大将军廖东一名、红马一匹、贼徒陈模、黄启等二十一名。二十二日抵田洋，贼匪总聚于此，约有万余人，冒死相拒。臣督率官兵极力攻剿，自午至酉，枪炮打死贼匪无数，杀死者亦多；生擒贼匪林老并番妇留娘等共八十二名，拿获伪军师侯辰一名、骡马三匹；夺回炮十一门，鸟枪三杆、火药一担、铅子一桶、旗刀等械甚多，余匪四散逃走。守备邱能成将城门攻开，我兵即时追赶入城，贼匪由北门而逸。饬将城内贼匪迅速搜拿，派拨官兵谨守四门。惟安平中营把总郭■〈扌叐〉萃、兵丁林勇言阵亡，臣跟丁林道乡被伤，余俱无损。随饬杨起麟等往查各文武衙署、军装库局，俱被残毁，仓库抢劫一空，各官印信，尚无下落。臣亲往街市安民，仍旧开店贸易，百姓莫不欢欣鼓舞。但扰乱之后，亟宜安抚，已飞移台湾道永福速即委员暂署知县、佐杂等缺，以资经理。查附近各庄，尚有余孽，俟搜捕净尽，即统兵前往彰属，剿洗大里杙等处贼巢。奏入。
上命军机大臣传谕常青曰：本日柴大纪克复诸罗县城一折，尚系黄仕简前日奏报情形，所奏已迟。至台湾本设有重兵，黄仕简现带有本标兵丁，未经亲临行阵，复将剿贼之参将潘韬兵丁三百名留驻郡城，祗图自为护卫，不意黄仕简恇怯无能，竟至于此。现在常青自已前抵台湾，着将柴大纪折发交常青阅看；并谕令常青致彼严查，黄仕简所带本标官兵及台湾原有兵丁，现作何用？因何复将参将潘韬兵丁三百名留守郡城之处，一并查明据实参奏。并将何日已抵台湾？作何筹办剿捕情形，迅速具奏。
同日，郝壮猷奏言：准水师提臣黄仕简移拨各营兵丁二千余名，前赴南路进剿，一路搜捕。十九日过大湖一带地方，东南有贼匪数千人前来御敌。臣督率将备弁兵施放枪炮，自巳至申，打死贼匪三百余人；官兵奋勇追赶，生擒贼伙二十五人，讯明正法。时已黄昏，就地扎营。夜间，贼匪复来扑营，被官兵施放枪炮，打死百余人。贼伙退遁。随即发兵搜捕，并差探贼匪现窝聚新园庄地方。二十三日，派令各营将备带领弁兵义民，三路夹攻，枪炮打死贼匪三百余人，夺获枪炮器械，贼匪逃散。随将贼窠草寮数百间，尽行烧毁。仍收回大湖营盘。二十四日午刻，闻东南有炮声，贼匪猝至。随即派拨官兵追杀，施放枪炮，打死贼匪数十人，生擒一名，讯明正法。臣连日发兵，在各庄搜捕。二十九日，贼人分路前来攻营，当即分兵对敌，枪炮齐发，贼即败走。官兵追赶，杀贼匪数十人，夺获炮位刀枪等械。二月初二日，贼匪复纠集数千人，大炮六、七位，从东北、东南、正南三处，来攻营盘。臣分遣官兵对敌，自卯至午，施放大炮、连环枪，打死贼匪二百余人，贼始稍退。生擒一人，讯明正法。未刻，复来扑营，随放枪炮赶杀，直至戌刻，方遁。连日打仗，我兵被贼枪炮受伤，亦有十余人。现在贼匪尚属猖獗，查南路一带庄社，俱有贼匪，倚山傍海，聚散靡定。臣急欲前进，因连日对敌，俟剿洗净尽，星即前赴凤山，恢复城池。奏入。
上命军机大臣传谕常青曰：台湾不过海外一隅，其户口不及内地之繁庶，林爽文等仓猝起事，该处民人必不肯尽被胁从。且节据该提、镇等奏，各路攻剿贼匪，俱有义民、乡勇帮同出力，是百姓中被贼胁诱入伙者，究属无多。乃该提、镇节次奏报折内，动称贼匪万余及数千不等；若如所云，岂非台湾之人，全系贼党？而每次打仗，又动杀贼数百，或称杀贼无算，如果属实，贼匪已几于歼戮靡遗，何以尚称其势猖獗？看来，皆由绿营将弁饰词谎报，既可掩其恇怯，又可借以冒功。前已有旨，令常青秉公严查。该督到台湾后，务遵前旨，确实查明，勿任朦混。至此事，总由黄仕简、任承恩因循畏葸，以致迁延时日，贼人因得乘隙，复相纠结，蚁聚成群，未得速就扑灭。常青到台湾后，务宜悉心调度，加之鼓舞，若能就现有官兵一鼓歼灭贼众，固属甚善；倘必须添兵接济，即遵昨降谕旨，一面具奏，一面飞调内地及粤省附近兵丁应用，以期妥速蒇事。若贼匪本不甚多，竟系绿营官弁增数谎报，必当据实严参示儆，勿稍回护。