朱子名熹（西历一二〇〇年卒），其学系以周濂溪之《太极图说》为骨干，而以康节所讲之数，横渠所说之气，及程氏弟兄所说形上形下及理气之分融合之。故朱子之学，可谓集其以前道学家之大成也。关于形上之道与形下之器之分，朱子云：“凡有形有象者，即器也；所以为是器之理者，则道也。”（《与陆子静书》，《文集》卷三十六）所谓道，即指抽象的原理或概念；所谓器，即指具体的事物。故朱子云：“形而上者，无形无影是此理。形而下者，有情有状是此器。”（《语类》卷九十五）又云：“无极而太极，不是说有个物事，光辉辉地在那里。当初皆无一物，只有此理而已。……惟其理有许多，故物有许多。”（《语类》卷九十四）以现在哲学中之术语言之，则所谓形而上者，超时空而潜存（Subsist）者也；所谓形而下者，在时空而存在（Exist）者也。超时空者，无形象可见。故所谓太极，“不是说有个事物光辉辉地在那里”。此所谓“无极而太极”也。朱子云：“无极而太极，只是说无形而有理。”（《语类》卷九十四）
“惟其理有许多，故物有许多。”无此理则不能有此物也。朱子云：“做出那事，便是这里有那理。凡天地生出那物，便是那里有那理。”（《语类》卷一百一）不仅天然之物各有其理，即人为之物亦各有其理。朱子云：“天下无性外之物。阶砖便有砖之理，竹椅便有竹椅之理。”（《语类》卷四）天下之物，无论其是天然的或人为的，皆有其所以然之理，其理并在其物之先。朱子云：“若在理上看，则虽未有物而已有物之理。然亦但有其理而已，未尝实有是物也。”（《答刘叔文》，《文集》卷四十六）如尚未有舟车之时，舟车之理或舟车之概念已先在。然其时只有概念而无实例，所谓“但有其理而已，未尝实有是物也”。所谓发明舟车，不过发现舟车之理而依之以做出实际的舟车，即舟车之概念之实例而已。故凡可能有之物，无论其是天然的或人为的，在形而上之理世界中，本已具有其理。故形而上之理世界，实已极完全之世界也。
一事物之理，即其事物之最完全的形式，亦即其事物之最髙的标准，此所谓极也。《语录》云：“事事物物，皆有个极，是道理极至。蒋元进曰：‘如君之仁，臣之敬，便是极。’先生曰：‘此是一事一物之极。总天地万物之理，便是太极。太极本无此名，只是个表德。’”（《语类》卷九十四）太极即天地万物之理之总和，而亦即天地万物之最髙标准也。朱子云：“太极只是个极好至善的道理。……周子所谓太极，是天地人物万善至好的表德。”（《语类》卷九十四）
由此而言，则太极即如柏拉图所谓好之概念，亚力士多德所谓上帝也。
每一事物，不但具有此事物之所以然之理，其中且具太极之全体。朱子云：“人人有一太极，物物有一太极。”（《语类》卷九十四）又云：“盖统体是一太极。然又一物各具一太极。”（《语类》卷九十四）
由此而言，则一切事物中，除其自己之所以然之理外，且具太极，即一切理之全体。太极在一切物中，亦“不是割成片去，只如月印万川相似”（《语类》卷九十四）。此与华严宗所谓因陀罗网境界之说相似。朱子想亦受其说之影响。不过彼所谓因陀罗网境界，乃谓一具体的事物中，含有一切具体的事物，所谓“一即一切，一切即一”。此则谓一具体的事物，具有一太极，即一切事物之理。一切事物之理，并非一切事物也。
形而上之理世界中只有理。至于此形而下之具体的世界之构成，则赖于气。理即如希腊哲学中所说之形式（Form），气即如希腊哲学所说之材质（Matter）也。朱子云：“天地之间，有理有气。理也者，形而上之道也，生物之本也；气也者，形而下之器也，生物之具也。是以人物之生，必禀此理，然后有性；必禀此气，然后有形。”（《答黄道夫书》，《文集》卷五十八）又云：“盖气则能凝结造作；理却无情意，无计度，无造作。只此气凝聚处，理便在其中。且如天地间人物草本鸟兽，其生也莫不有种，定不会无种子白地生出一个物事。这个都是气。若理则只是个净洁空阔的世界，无形迹，他却不会造作。气则酝酿凝聚生物也。”（《语类》卷一）理世界为一“无形迹”之“净洁空阔的世界”。理在其中，“无情意，无计度，无造作”。此其所以为超时空而永久（Eternal）也。此具体的世界为气所造作。气之造作，必依理。如人以砖瓦木石建造一房。砖瓦木石虽为必须，然亦必须先有房之形式，而后人方能用此砖瓦木石以建筑此房。砖瓦木石，形下之器，建筑此房之具也；房之形式，形上之理，建筑此房之本也。及此房成，而理即房之形式，亦在其中矣。
依逻辑言，理虽另有一世界；就事实言，则理即在具体的事物之中。《语类》云：“理在气中发现处如何？曰：如阴阳五行错综不失条绪，便是理。若气不结聚时，理亦无所附著。”（《语类》卷九十四）气不结聚，则理无所附著，即理不能实现为具体的物也。具体的物中之秩序条理，即理在气中之发现处。至于理气为有之先后，朱子云：“或问：‘必有是理，然后有是气，如何？’曰：‘此本无先后之可言。然必欲推其所从来，则须说先有是理。’”（同上）盖依事实言，则有理即有气，所谓“动静无端，阴阳无始”。若就逻辑言，则“须说先有是理”。盖理为超时空而永存者，气则为在时空而变化者。就此点言，必“须说先有是理”。
太极中有动静之理，气因此理而有实际的动静。气之动者，即流行而为阳气；气之静者，即凝聚而为阴气。朱子即濂溪《太极图说》言之云：“阳变阴合，而生水、火、木、金、土。阴阳气也，生此五行之质，天地生物，五行独先。地即是土，土便包含许多金木之类。天地之间，何事而非五行？五行阴阳七者滚合，便是生物的材料。则寄旺四季。”（《语类》卷九十四）气即生物的材料。具体的物之生，气为材料，理为形式。材料一名，正柏拉图、亚力士多德所谓Matter之意。
理与气合而成为具体的物。此气中之理，即所谓性也。故不惟人有性，物亦有性。朱子云：“天下无无性之物。盖有此物则有此性，无此物则无此性。”（《语类》卷四）
上文谓一物有一太极。每一物中皆有太极之全体。然在物中，仅其所以为其物之理能表现，而太极之全体所以不能表现者，则因物所禀之气蔽塞之也。此具体的世界中之恶，皆由于此原因。《语类》云：“问：‘理无不善，则气胡有清浊之殊？’曰：‘才说著气，便自有寒有热，有香有臭。’”（卷四）又云：“二气五行，始何尝不正。只滚来滚去，便有不正。”（同上）盖理是完全至善的。然当其实现于气，则为气所累而不能完全。如圆之概念本是完全的圆，然及其实现于物质而为一具体圆物，则其圆即不能是一绝对的圆矣。实际世界之不完全，皆由为气所累也。惟气是如此，故即人而言，人亦有得气之清者，有得气之浊者。朱子云：“就人之所禀而言，又有昏明清浊之异。”（同上）禀气清明者为圣人，昏浊者为愚人。朱子以为如此说法，可将自孟荀以来儒家所争论之性善性恶问题，完全解决。
朱子谓：“凡人之能言语、动作、思虑、营为，皆气也。”（同上）《语录》又云：“问：‘知觉是心之灵固如此，抑气之为耶？’曰：‘不专是气，是先有知觉之理。先聚成形，理与气合，便能知觉。譬如这烛火是因得这脂膏，便有许多光焰。’”（《语类》卷五）一切事物，皆有其理，故知觉亦有知觉之理。然知觉之理，只是理而已。至于知觉之具体的事例，则必“理与气合”，始能有之。盖一切之具体的事物，皆合材料与形式而成者也。理必合气，方能实现，如烛火之必依脂膏。吾人之知觉思虑，既皆在此具体的世界之中，故皆是气与理合以后之事也。吾人之知觉思虑，即所谓灵处，“灵处只是心，不是性。性只是理”（同上）。盖心能有具体的活动，理不能如此也。
朱子又论心、性与情之关系云：“性、情、心，惟孟子说得好。仁是性，恻隐是情，须从心上发出来。心统性、情者也。性只是合如此底，只是理，非有个物事。若是有底物事，则既有善，必有恶。惟其无此物，只有理，故无不善。”（《语类》卷五）性非具体的事物，故无不善。情亦是此具体的世界中之事物，故须从心上发出。性为气中之理，故亦可谓为在于心中。所以谓“心统性、情”也。朱子又论心、性、情与才之关系云：“才是心之力，是有气力去做底；心是营摄主宰者，此心所以为大也，心譬水也，性水之理也。性所以立乎水之静，情所以行乎水之动，欲则水之流而至于滥也。才者水之气力，所以能流者。然其流有急有缓，则是才之不同。伊川谓性禀于天，才禀于气，是也。只有性是一定，情与心与才，便合着气了。”（《语类》卷五）凡人所禀之理皆同，故曰：“只是性有一定。”至于气，则有清浊之不同，故在此方面，人有各种差异也。“欲则水之流而至于滥也”，理学家以欲与理，或人欲与天理，对言，详下。
在客观的理中，存有道德的原理。吾人之性，即客观的理之总合。故其中亦自有道德的原理，即仁、义、礼、智是也。吾人之性中，不但有仁、义、礼、智，且有太极之全体。但为气禀所蔽，故不能全然显露。所谓圣人者，即能去此气禀之蔽，使太极之全体完全显露者也。朱子云：“圣人千言万语，只是教人存天理，灭人欲。人性本明，如宝珠沉溷水中，明不可见。去了溷水，则宝珠依旧自明。自家若知得是人欲蔽了，便是明处。只是这上便紧著力主定，一面格物，今日格一物，明日格一物，正如游兵攻围拔守，人欲自销铄去。所以程先生说敬字，只谓我自有一个明底事物在这里，把个敬字抵敌，常常存个敬在这里，则人欲自然来不得。”（《语类》卷十二）人得于其理而后有其性，得于其气而后有其形。性为天理，即所谓“道心也”。而因人之有气禀之形而起情，其“流而至于滥”者，则皆人欲，即所谓“人心”也。人欲亦称私欲。就其为因人之为具体的人而起之情之流而至于滥者而言，则谓之人欲；就其为因人之为个体而起之情之流而至于滥者而言，则谓之私欲。天理为人欲所蔽，如宝珠在浊水中。人欲终不能全蔽天理，即此知天理为人欲所蔽之知，即是天理之未被蔽处。即此“紧著力主定”，努力用工夫。工夫分两方面，即程伊川所谓用敬与致知。只谓我自有一个明底事物，心中常记此点，即用敬之工夫也。所以须致知者，朱子云：“所谓致知在格物者，言欲致吾之知，在即物而穷其理也。盖人心之灵，莫不有知，而天下之物，莫不有理。惟于理有未穷，故其知有不尽也。是以大学始教，必使学者即凡天下之物，莫不因其已知之理而益穷之，以求至乎其极。至于用力之久，而一旦豁然贯通焉。则众物之表里精粗无不到，而吾心之全体大用，无不明矣。”（《大学章句·补格物传》）“格，至也；物，犹事也。穷至事物之理，欲其极处无不到也。”（《大学章句》）此朱子格物之说，大为以后陆、王学派所攻击。陆王一派，以此工夫为支离。然就朱子之哲学系统整个观之，则此格物之修养方法，自与其全系统相协和。盖朱子以天下事物，皆有其理，而吾心中之性，即天下事物之理之全体。穷天下事物之理，即穷吾性中之理也。今日穷一性中之理，明日穷一性中之理。多穷一理，即使吾气中之性多明一点。穷之既多，则有豁然顿悟之一时。至此时则见万物之理，皆在吾性中。所谓“天下无性外之物”。至此境界，“则众物之表里精粗无不到，而吾心之全体大用无不明矣”。用此修养方法，果否能达到此目的，乃另一问题。不过就朱子之哲学系统言，朱子固可持此说也。