福建、两广
乙酉五月，清兵渡江，南都弗守，总兵官郑鸿逵、郑彩撤师回闽。会唐王从河南来，奉之俱南，至福州，与福建巡抚张肯堂、巡按御史吴春枝、礼部尚书黄道周、南安伯郑芝龙等共会议，立唐王为监国。王，太祖后也，封南阳。初以父殀，失爱于祖，两叔谋夺嫡，未得请名。及祖端王薨，守道陈奇瑜、知府王之柱为之请嗣。后以统兵勤王，擅离南阳，锢高墙。会赦出。性率直，喜诗书，手草传檄，洒洒数千言。鸿逵请正位；不然，无以压众心而杜后起。芝龙意别有在，固争以为不可。诸大臣多言监国名正，出关尺寸，建号未迟；而李长倩有「急出关、缓正位，示监国无富天下心」一疏，不报。拥入者艳翊戴功，不数日，即定议，即帝位于福州。时闺六月十五日也。
是日郊天，大风震起，拔木扬沙。及驾回宫，尚宝司卿坐马忽惊跃起，玉玺坠地，损其一角。人咸异之。改福州为天兴府，以布政司为大内。大赦，改元隆武。封郑芝龙为平□侯、郑鸿逵为定□侯、郑芝豹为澄济伯、郑彩为永胜伯。设六部九卿：以张肯堂为吏部尚书，李长倩为户部尚书，曹学佺为礼部尚书，吴春枝为兵部尚书，周应期为刑部尚书，郑瑄为工部尚书，马思理为通政使，郑广英为锦衣卫都督。以天、建、延、兴四府为上游，汀、邵，漳、泉四府为下游，各设抚按。县升府、府升道，道转内卿，一命以上，咸与宠锡。于是敷求耆硕，起蒋德璟、黄景昉、黄道周、苏观生、何楷、陈洪谧、林欲楫、朱继祚、黄鸣俊，皆为大学士。改庶吉士为庶萃士，命观生主之，以招选贤才。又起曾樱、何吾驺、郭维经、叶廷桂，以次至，皆入阁办事。其远不能至者，如王应熊、杨廷麟等，仅列其名。阁臣至三十余人。然俱闲无事，不令票旨，皆隆武亲为之。德璟、景昉、欲揖皆力疏辞，行人以死请，乃至。德璟陛见，首以清屯练军告，然竟筑舍不成。
时内外文武济济，然兵饷战守机宜，专诿芝龙为政。芝龙，泉州人。泉州郡城南三十瑞安平镇，芝龙府故在焉。芝龙幼习海，知海情。凡海盗皆故盟，或出门下。自就抚后，海舶不得郑氏令旗，不能往来。每一舶，列入三千金，岁入千万计；芝龙以此富敌国。自筑城于安平，海梢直通卧内，可泊船径达海。其守城兵自给饷，不取于官；旗帜鲜明，戈甲坚利。凡贼遁入海者，檄付芝龙，取之如寄。故八闽以郑氏为长城。芝龙有弟芝虎，勇冠军，昔征刘香，已没于海。次鸿逵、次芝豹，一门声势，烜赫东南。
芝龙开府于福州，坐见九卿，入不揖，出不送。集廷臣议战守兵，定二十万。自仙霞关而外，宜守者一百七十处，每处守兵多寡不等，计十万。其余十万今冬精练，明春出关。一枝出浙东，一枝出江西。统二十万之兵，合八闽、两浙、两粤之饷计之，尚不给。
而粤西有靖江王者，八月称监国。隆武诏至不服，举兵将东。广西巡抚瞿式耜移书总制丁魁楚为备，又檄思恩参将陈邦传防梧，再檄星调兵止狼勿靖应。靖遣桂平道井济促式耜入，式耜不允。未几，靖提兵至梧，命式耜易朝服朝，式耜不从，且以兵胁之，卒不可夺。靖兵寻为丁兵战败返桂。时宣国公焦琏为粤西总镇扬国威旗鼓，式耜授计于琏，而邦傅亦应檄统兵至，并受令，随擒靖江王及国威与吏科给事中顾奕等，械至福州。王与国威、奕等俱斩于市。以平靖功，封魁楚为伯，晋式耜兵部侍郎衔兼副都御史。
是时浙东亦奉鲁王监国。先是，清兵入浙，潞藩以城降。贝勒散布官吏至浙东，且令薙发。山阴原任苏松巡抚祁彪佳赴池水死。原任左都御史刘宗周不食死，有绝命词云：『留此旬日死，少存匡济意。决此一朝死，了我平生事。慷慨与从容，何难亦何易』。又示婿秦嗣瞻诗云：『信国不可为，偷生岂能久？止水与迭山，只争死先后。若云袁夏甫，时地皆非偶。得正而毙矣，庶几全所受』。门人会稽诸生王毓蓍闻变，即遗书宗周，有云：『愿先生早自决，毋为王炎午所吊』；投柳桥河死。儒士潘集奔东渡桥，袖石自沉死。儒士周卜年赴东海死。原任大学士高弘图流寓绍兴城外，逃至野寺不食死。时马士英亦率所部奉弘光母妃至绍兴，绍人士犹未知弘光所在。原任九江佥事王思任上疏请斩士英，言『战斗之气，必发于忠愤之心；忠愤之心，又发于廉耻之念。事至今日，人人无耻，在在不愤矣。所以然者，南都定位以来，从不曾真真实实讲求报雪也。主上宽仁有余，而刚断不足，心惑奸相马士英爰立之功，将天下大计尽行交付。而士英公窃太阿，肆无忌惮，窥上之微而有以中之。上嗜饮，则进■〈酉灵〉醁；上悦色，则献妖淫；上喜音，则贡优鲍；上好玩，则进古董。以为君逸臣劳，而以疆场担子一肩推与史可法。又心忌其成功，而决不照应之。每一出朝，招集亡赖，卖官鬻爵，攫尽金珠。而四方狐狗辈愿出其门下者，得一望见，费至百金；得登一簿，费至千金。以至文选、职方乘机打劫，巡抚、总督见兑即题。其余编头修脚、服锦横行者，不在话下矣。所以然者，士英独掌朝纲、手握枢柄，知利而不知害、知存而不知亡，朝廷笃信之，以至于此也。兹事急矣，政本阁臣，可以走乎？兵部尚书，可以逃乎？不战不守而身拥重兵，口称护太后之驾，则圣驾独不当护耶？一味欺蒙，满口谎说，英雄所以解体，豪杰所以灰心也。及今犹可呼号泣召之际，太后宜速趣上照临出政，断酒绝色，卧薪尝胆，立斩士英之头，传示各省，以为误国欺君之戒。仍下哀痛罪己之诏，以昭悔悟，则四方之人心士气，犹可复振，而战鼓可厉、苞桑可固也』。又上书士英，言『阁下文采风流，才情义侠，职素钦慕。即当国破众疑之际，爰立今上以定时局，以为古之郭汾阳、今之于少保也。然而一立之后，阁下气骄腹满，政本自由，兵权独握，从不讲战守之事，而只知贪黩之谋。酒色逢君，门墙固党，以致人心解体，士气不扬。叛兵至则束手无策，强敌来而先期以走，致令乘舆播迁，社稷丘墟。阁下谋国至此，即喙长三尺，亦何以自解也？以职上计，莫若明水一盂，自刎以谢天下，则忠愤节义之士，尚尔相谅无他。若但求全首领，亦当立解枢权，授之才能清正大臣，以召英雄豪杰，呼号惕厉，犹可幸望中兴。如或逍遥湖上，潦倒烟霞，仍效贾似道之故辙，千古笑齿，已经冷绝。再不然，如伯嚭渡江，则吾越乃报仇雪耻之国，非藏垢纳污之区也。职当先赴胥涛，乞素车白马以拒阁下；上干洪怒，死不赎辜。阁下以国法处之，则当束身以候缇骑；私法处之，则当引领以待鉏麑』。原任山西佥事郑之尹子郑谦，杀招抚使于江上，与张国维、方逢年、柯夏卿、宋之普、陈函辉、熊汝霖、孙嘉绩等迎立鲁王于台。朱大典亦遣孙珏上表劝进。鲁王监国绍兴，国维首疏参马士英误国十大罪。士英惧，不敢入朝。时逢年、国维、之普、大典俱为大学士。封方国安荆国公、张鹏翼永丰伯、郑遵谦义兴伯、王之仁武宁伯。国安守严州，鹏翼守衢州。国维督师江上，赐上方剑行事，子世凤为平□将军。补御史陈潜夫原官，加太仆寺少卿，命监各藩镇兵马。七月复富阳，八月复于潜。时兵马云集，人治一军，不相统一，部曲骚然。国维疏请于王，谓『克期会战，则彼出此入，我有休番之逸，而攻坚捣虚，人无应接之暇，此为胜算。必连诸帅之心，化为一心，然后使人人之功罪，视为一人之功罪』。十月，清兵至。国安严阵当之，国维率王国斌、赵天祥接应，追战于草桥门，会天大风雨，火炮弓矢不得发，遂收兵。清兵营木城于沿江。会闽中颁诏至，诸求富贵者争欲应之，监国下令返台，士民惶惶。国维星驰至绍，上疏隆武，谓『国当大变，凡为高皇帝子孙臣庶，所当同心并力，成功之后，入关者王，监国退居藩服，礼谊昭然。若以伦序，叔侄定分，在今日原未假易。且监国当人心奔散之日，鸠集为劳，一旦南拜正朔，鞭长不及，猝然有变，唇亡齿寒，悔莫可追。臣老臣也，岂若朝秦暮楚之客哉』！疏出，议始定，而浙、闽成水火矣。
闽饷不足，芝龙遣给事中梁应奇入粤督饷。应奇往，参迟误者数十人，命提问亦莫应。潮州知府杨球遂止越界，不敢入。芝龙又令抚按以下，皆捐俸助饷。官助之外有绅助，绅助之外有大户助。又借征次年钱粮，又察括府县库积年存银未解者，厘毫皆解。又大鬻官爵：部司价银三百两，后减至百两，武札仅数十两或数两。于是娼优厮隶尽列冠裳，然无俸无衙，空名而已。其黠者倩轩盖、雇仆役，拜谒官府，鞭挞里邻。晋江令金允治莅讼，两造皆称职官，则立而语，互殴于庭不可制。受害者延颈清兵，谣曰：『清行如蟹，曷迟其来』！然犹苦饷不足。所招关门兵，不过疲癃数百人耳。
时廷臣请出关者，章满公交车。隆武亦欲躬履行间，而芝龙以缺饷为辞。十月，会曾后至，迎入宫，乃暂止。初，隆武孤身南来，鸿逵以所掠美人十二献。及后至，乃大兴将作，扩构宫殿，卮匜之器，悉用黄金。开织造府，造龙袍，后下体服皆织龙凤形。后性警敏，颇知书，有贤能声。每召对奏事，于屏后听之，共决进止。隆武颇严惮之。而隆武未有胤。芝龙乃令子森赐国姓（？），改名成功。每隆武意所向，成功辄先得以告芝龙。由是廷臣无敢异同者。宰相半出门下。
何楷与芝龙争朝班，不合，乞归；中途盗截其耳，诏追贼不得。兵科给事中刘中藻，亦以忤郑氏去。或密以揽权告隆武，隆武辄责芝龙。芝龙怒，佯谢事；又即固留曰：『此非朕意，乃某人言也』。于是左右无一同心，皆郑人矣。
丙戌元旦早朝，以足板掷蒋德璟，几伤。邵武知府吴炆炜、推官朱健移眷他驻，坐倡逃；建阳知县施■〈火豦〉为奸胥摘发，坐贪酷，俱骈斩市曹。龙溪知县谢泰宗以贪参，罚八千金。杭严道龚可楷，航海至闽不用，有「■〈足虖〉尔蹴尔」之疏，终被贼杀死。而南来亡赖之徒争上疏谈兵，即得召对，片言合旨，赍宝锭，赐官爵。久之渐多，部曹几及千人。所赏，芝龙亦不应。然隆武心知芝龙不可恃，卒无以制之。
芝龙亦以不出关无以压众心，乃分兵为二，声言万人，实不满千人，以郑鸿逵为大元帅出浙东、郑彩为副元帅出江西。隆武仿淮阴故事，筑坛郊拜而送之。既出关，疏称候饷，驻不行。月余，内催二将檄如雨，而切责郑彩畏缩不前，自有国法在。不得已，踰关行四、五百里而还，仍疏言饷绝，留如故。于是黄道周以师相请募兵江西。江西多其子弟，愿俱效死军前。芝龙不与一钱，隆武给空札百函为行资而已。道周以札号召门下得百人，居吉安，与杨廷麟、万元吉为呼应。出兵徽州，为清兵所擒，械送江宁。道周绝粒不食，积十四日不死。内院洪承畴疏救，言『道周清节夙学，负有重望。今罪在不赦，而臣察江南人情，无不怜悯痛惜道周者，伏望皇上赦其重罪，待以不死』。上不允。寻同中书赖雍、蔡维谨等骈斩于市。
蒋德璟自请行关，确察情形，相机督战。隆武许之。比至，则疲兵弱卒、朽甲钝戈，一无可为。德璟告病去。而户部尚书李长倩以饷不继忧死。提学御史毛协恭亦愤卒。泉州知府邹式金见事不可为，擢兴永道副使，予告去。吏部郎中赵玉成与尚书张肯堂同籍江南，疏言『臣等生长海滨，请以水师千人，从海道直抵君山，袭取金陵，以迎陛下。计陛下陆行期，会同于金陵』。隆武大喜，亟催芝龙造艘。芝龙笑诺。会有疏水师诸臣宜留其家眷以防逃归者，事不果。隆武乃决意亲征。
二月，驻建宁。楚抚何腾蛟、江右杨廷麟皆有疏迎隆武。隆武意欲往江右，犹豫未定，而芝龙固请回省。省中人数万呼拥，谓绝天下望。因驻跸剑津，而任兵部尚书吴春枝留守，晋大学士；辞不受，留驻浦城。
六月，吴炳自江右单骑入关，命以布政提调棘闱，而以修编刘以修为主考官，取中举人叶瓒等百余名，犹雍雍太平象也。皇子诞生，群臣贺表，有「日月为明、止戈为武」语。隆武嗟赏，大赦覃恩。郑氏厮养，俱得三代诰，撰敕者、织轴者日不暇给。当是之时，兵羸饷绝，当事无谈及兵事者，举期如梦如醉，不待识者而知其败坏矣。
时清朝招抚江南者为内院大学士洪承畴，招抚福建者为御史黄熙胤，皆晋江人，与芝龙同里。芝龙密遣使微行通款。而隆武独与鲁王为仇。都督陈谦奉鲁使，与行人林至关。及关，趑趄未敢入，芝龙以书招之，乃入陛见。启函，称皇叔父而不称陛下，隆武大怒，下廷议，皆下狱。芝龙疏救，不许。陈谦者，武进人也。乙酉春，赍弘光诏封芝龙为南安伯。比启读券，乃误书安南。谦谓芝龙曰：『安南则兼两广，南安仅一邑耳，请留券而易诏，更晋伯为侯』。芝龙大喜，厚赠而别。及半途而南京变。芝龙素德之。有镇江钱邦芑者，召对中旨，擢为监察御史，实出芝龙门下，而与隆武亲，最蒙信任。密启隆武：『陈谦为鲁心腹，与郑至交，不急除恐有内患』。或以告芝龙。芝龙谓刑所必经其门，临期救之未晚。至夜半，内传片纸，别移谦斩之。芝龙闻，伏尸哭极哀，以千金百布葬谦，为文以祭，有『我虽不杀伯仁、伯仁由我而死』之语。即疏称『海寇狎至，今三关饷取之臣，臣取之海，无海则无家，非遄征不可』。拜表即行。中使手敕云：『先生稍迟，朕与先生同行』。及之河，则飞帆过延平矣。芝龙既去，守关将施福尽撤兵还安平，声言缺饷；盖微闻钱塘信也。
钱塘自丙戌正月至三月，各营皆西望心碎。王之仁上疏监国，言『事起日，人人有垐直取黄龙之志。乃一败后，遽欲以钱塘为鸿沟。天下事，何忍言！臣今日计惟有前死一尺，愿以所隶沉船一战。今日欲死，犹战而死，他日即死，恐不能战也』！三月初一日，清兵驱船开堰入江。张国维命之仁统水师从江心袭战。是日东南风大起，之仁扬帆奋击之。国维督诸军渡江，会隆武使陆清源赍诏至江犒师。马士英唆国安斩之，且出檄文数隆武过。国维曰：『祸在此矣』！四月，杭州固守，坚不可克。鲁王议抽兵属国维西征；以礼部尚书余煌兼兵部尚书事，督师江上。清朝贝勒王屯兵北岸，以江涸可试马，用大炮击南营，碎方兵中厨锅灶。国安曰：『此天夺吾食也』。更念隆武曾以手敕相招，入闽必大用，即不支，便道可退入滇、黔。五月二十七日夜，遂拔营走至绍，陈兵劫监国南行。二十八日，江上诸师闻报俱溃。郑遵谦携赀入海。二十九日，惟王之仁一军尚在，将由江入海。国维与之仁议抽兵五千，分守各营。之仁泣曰：『坏天下事者非他人，方荆国也！清兵数十万屯北岸，倏然而渡，孤军何以迎敌？之仁有船可入海，公兵无船，速当自为计』！国维乃振旅追扈监国。礼部尚书余煌大张朱示，尽启九门，放兵民出走毕，正衣冠赴水死。六月初一日，清兵渡江。国维行次至黄石岩，方、马、阮兵断所过桥，桥下刻大字二行云：『方马至此，止□兵往前行』。国安、士英决计献监国为投降计，乃遣人守监国。守者忽病，监国得脱，登海舶，传命国维遏防四邑，遂过东阳，治兵再举；时六月十八日也。二十五日，清兵破义乌，众劝国维入山。国维曰：『误天下事者文山、迭山也，一死而已』！二十六日，清兵至七里寺。国维具衣冠，南向再拜曰：『臣力竭矣』！作绝命诗三章，自述曰：『艰难百战戴吾君，拒□辞唐气厉云。时去犹为朱氏鬼，精灵当傍孝陵坟』。念母曰：『一瞑纤尘不挂胸，惟哀耋母暮途穷。仁人锡类能无意，有殁衔恩结草同』。训子曰：『夙训诗书暂鼓钲，而今绝口莫谈兵。苍苍若肯施存恤，秉耒全身答所生』。从容具衣冠，赴园池死。兴国公王之仁载其妻妾并两子妇、幼女、诸孙尽沉于蛟门下，捧所封敕印北面再拜，投之水。独至松江，峨冠登陆，百姓骇愕聚观。之仁从容入见内院洪承畴，自称仁系前朝大帅，不肯身泛波涛，愿来投见，死于明处。承畴优以礼，命薙发，不从。八月二十四日，就戮西市。兵部侍郎陈函辉哭入云峰山中，作绝命词八首云：『生为大明之人，死作大明之鬼。笑指白云深处，萧然一无所累』。『子房始终为韩，穆叔生死为鲁。赤松千古成名，黄蘗寸心独苦』。『父母恩无可报，妻儿面不能亲。落日樵夫湖上，应怜故国孤臣』。『臣年五十有七，回头万事已毕。徒惭赤手擎天，惟见白虹贯日』。『去夏六月廿七，虚度一年世法。但严心内春秋，莫问人间花甲』。『斩尽一生情种，独留性地灵光。古衲共参文佛，麻衣泣拜高皇』。『手着遗文千卷，尚存副在名山。正学焚书亦出，所南心史难删』。『慧业降生文人，此去不留只字。惟将子孝臣忠，贻与世间同志』。又昨自祭文一、埋骨记一，从容笑语，扃户自经死。礼部侍郎王思任不食死。太仆少卿陈潜夫偕妻孟氏、妾孟氏，夫妻姊妹联臂共沉河死。兵部主事叶汝■〈艹〈木亘〉〉与妻王氏同溺死。兵部主事高岱绝食死，子诸生高朗赴水死。通政使吴从鲁不薙发死。原任山西佥事郑之尹沉水死。诸暨诸生方炯、山阴诸生朱玮赴水死。萧山诸生杨雪门自缢死。医生倪舜年正襟危坐磁缸内，命人掩覆，朗声诵佛死。
清兵至金华，大学士朱大典固守，攻月余不下，用红衣大炮破之。大典合门纵火焚死；其子师郑邠，武进人，亦死。总兵张鹏翼守衢州，标下副将秦应科内应，城破，鹏翼及乐安王、楚王、晋平王皆被杀。督学御史王景亮被执，不顺遇害。马士英、阮大铖等犹拥残兵，数请入关，隆武以其罪大不许。马士英遁至台州山寺为僧，随为清将搜获。阮大铖迎降，贝勒随令内院办事。方逢年、方国安及刑部尚书苏壮等俱薙发投顺。
是时旧抚田兵及方兵、郑兵，号三家兵，或离或合，逶迤而南；所至劫掠，或挟妇女坐山头，呼卢浮白，漫衍岭界者四、五日。后关门无一守兵，亦无一敌兵，寂如也。又数日，清骑数十，从容过岭。然清兵入闽，或由建、或由汀、或由福宁，俱走山谷间道出不意，不必仙霞也。溃兵先奔者，焚掠为食。至建宁，科臣黄大鹏、按臣郑为虹闭城发仓米库银以犒，欢呼而去，一郡独全。八月十七日，清兵至浦，百姓请出降，为虹不可。再请行，为虹又不可。未几，清兵至，拥见贝勒。众迫跪，为虹不屈。贝勒嘉其节，不忍杀，且劝薙发。为虹曰：『负国不忠，辱先不孝。忠孝俱亏，我生何用？宁求速死，发不可断也』。明日复召见，责输饷。为虹谓『清白吏何处可得金』？百姓争欲代输，赎以不死；为虹以民穷财尽，持不可，喷血大骂。贝勒下令斩之，为虹大喊奋跃，夺刀自刺胸不死，遂见杀。大鹏同日殉难。为虹义仆陈龙，与标下中军游击原□、浦城千户张万明及子都司张翘鸾、都督洪祖烈从死。百姓为之祠焉。
隆武自芝龙去后，乃定计幸赣。八月二十一日启行，犹载书十车以从，二十四日抵顺昌，闻清兵已及剑津，且踵至，仓皇骑而奔，从行者止何吾驺、郭维经、朱继祚、黄鸣俊数人。已而，何与郭亦散去。
清兵至顺昌，搜龙扛，得马士英、阮大铖、方国安父子、方逢年连名请驾出关为内应疏，在已降后。大铖方游山，自投崖死，仍戮尸。士英等三人骈斩延平城下，家眷百余口悉给赐兵丁。
清兵过延平而东，独陈谦之子帅数骑追驾，为其父报仇，及于汀州。时隆武将入赣，因停一日，曝龙凤衣，是以及于难。并擒曾后及护驾官朱继祚、黄鸣俊，械至福州。贝勒斩隆武及后于市。继祚勒致仕，旋为乱兵所杀。鸣俊许授五品官，以老疾辞免。礼部尚书曹学佺、通政使马思理俱缢死。别遣李成栋、韩固山略定兴、泉、汀、邵、漳州等处。九月初八日入泉州，德化知县陈元青迎降。大学士蒋德璟绝食死之。十五日，至汀州。十月十九日，入漳州。漳州道傅从龙、知府金丽泽以城降，皆仍旧职任事。不三日，乡兵起，杀从龙、丽泽。
初，清兵未至泉州，郑芝豹先至，闭城门大索饷，皆计乡绅家财勒取。不应，即枭首，至缚亲家母于庭，抵暮得数万。又具火手五百，将尽焚城中宫室，以饷未足，迟至明日。俄报固山兵将至，乃奔安平。芝龙保安平，军容烜赫，战舰齐备，炮声不绝震天地。以前遣洪、黄之信未通，犹豫未敢迎师。又自恃先撤关兵，无一矢相加有大功，而两广素属部下，若招两广以自效，闽广总督可得，犹南面王也。贝勒令泉绅郭必昌与芝龙最厚者招之。芝龙曰：『吾非不忠于清，恐以立王为罪耳』。会固山兵逼安平，芝龙怒曰：『既招我，何相逼也』！贝勒闻，乃切责固山，令离安平三十里勿驻军。而遣内院二人持书至安平，略曰：『吾所以重将军者，以将军能立唐藩也。人臣事主，苟有可为，必竭其力；力尽不胜天，则投明而事，乘时建不世之功，此豪杰事也。若将军不辅立，吾何用将军哉！且两粤未平，今铸闽粤总督印以相待。吾所以欲将军来见者，欲商地方人才故也』。芝龙得书大悦。其子弟皆劝芝龙入海，鱼不可脱于渊，不愿降。而芝龙田园遍闽广，秉政以来，增置庄仓五百余所，驽马恋栈，遂进降表。过泉州，大张播告，夸投诚之勋；犹持贝勒书，招摇得官者就议价。十一月十五日，至福州，朝见贝勒，握手甚欢，折箭为誓。遂命酒痛饮，饮三日，夜半忽拔营起，遂挟之而北矣。从者五百人，皆别营不得见，亦不许通家信。芝龙对面作家书数封，皆嘱无忘清朝大恩语。而谓贝勒曰：『北上面君，乃龙本愿；但子弟多不肖，今拥兵海上，倘有不测，奈何』？贝勒曰：『此与尔无与，亦非吾所虑也』。
芝龙既行，郑彩、郑鸿逵、郑成功皆率所部入海，张肯堂、沈犹龙等亦往舟山依鲁王，芝豹独奉母居安平。芝龙至京陛见，奉朝请。秋，郑彩、郑成功复又杀掠漳、泉诸县，皆破之，汀、邵并乱；据建宁，闽邮为阻。
戊子夏，清兵再入闽破建宁，屠之，直抵漳、泉，郑兵皆遁入海，至今沿海诸郡犹未得宁。
先是，福州既失，两广总督丁魁楚与广西巡抚瞿式耜会议监国，而阁学兵部尚书吕大器自闽至，原任兵部尚书李永茂以守制并至。式耜首言监国永明王贤，且为神宗嫡孙，应立。永明王讳由榔，桂王之子。初封衡阳，以寇乱，徙寓梧。会桂王已薨，永明犹在衰绖中也；于十月十四日监国，改元永历，以肇庆府署为行宫，推置僚署有差。魁楚、大器俱为大学士，式耜以吏部右侍郎兼阁学掌铨事；魁楚兼戎政，大器兼中枢，永茂请终制。而福建旧相苏观生、何吾驺俱遁回广东，与布政使顾元镜于十一月拥立隆武弟唐王聿■〈金粤〉监国，年号绍武，以都司署为行宫。会赣州败书至，司礼太监王坤趣永历移梧避之。式耜谓『今日之立，为祖宗雪仇耻，正宜奋大勇以号远近。东人复不靖，苟自懦，外弃门户、内衅萧墙，国何以立』？争之不得，遂移梧。寻还肇庆。
故大学士陈子壮书达式耜，请力馘苏，而趣兵东。永历遣兵科给事彭耀往谕之。耀，粤东人，旧为秦令，有能声，譬晓伦序监国先后、国家仇仇利害。观生等杀耀于市，日集兵向肇庆。右司马林佳鼎督兵靖东郊。东将诈降，陷佳鼎没于水，东人益獗。式耜疏言：『草昧之初，惟养圣德、修纪纲、慎政教、挽人心、布威武、起用人望、招徕贤俊为首务』。王坤者，固北阉，自南都失而入闽，隆武遣出，兹用司礼秉笔。有户部郎中周鼎瀚，内批改给事中。瞿式耜力言不可，不听。以粤巡使王化澄升粤督，寻代佳鼎晋少司马掌中枢。大器先以病去矣。内批升化澄为大司马。式耜疏言：『化澄诚贤，有廷论；斜封墨敕，何可为例？请补部疏，尚得体』。盖汲汲为阉预虑也。
晋永茂大学士。茂守制，佥请专知经筵，不入直。茂疏荐十五人为十五省乡望。疏上，王坤启视，殊不悦。未几，十四人皆朱之，山西道御史刘湘客一斥。永茂怫然曰：『朝廷方以经筵责茂。茂以十五省人进，非私也。斥湘客者，斥茂也』！即日解舟去。式耜疏言：『大臣论荐，新朝盛事，司礼监辄去取其间，无以服御史，何以安大臣』？王坤复疏荐海内硕卿十数人，式耜又言：『司礼抑人不可，荐人更不可』。吏部都给事中刘鼒等疏论：『坤内臣不得荐人』。永历怒，叱逐鼒等。式耜力持之，得复用。御史童琳参都御史周光夏，越资序，题差用，私乱台规，非法；命廷杖琳，式耜力救得免。升翰林院检讨方以智为中允，改御史刘湘客为编修，充经筵讲官，坤不悦。湘客且疑刘鼒疏出以智手，以智放舟去。时十二月十五日。
清朝总兵李成栋兵薄广州，命前锋数十人，以红布裹头，扮作广军，直至城下，夺门而入。副将杜永和擒绍武并周王、益王、辽王等，尽斩之。苏观生伏诛。顾元镜、何吾驺皆投诚，百姓薙发归顺。时有石、马、徐、郑四姓，联■〈舟宗〉海上，花山杨光林亦拥众数万，水陆交讧，民不聊生。成栋相机剿抚，于二十三日发兵南韶，而亲下肇庆。二十五日闻报，式耜请视师，督战士驻峡口。王坤复请永历西避之；式耜争之不听，遂驾小艇上西峡。丁亥正月朔至梧州。时丁魁楚惑于奸弁苏聘，从梧西走岑溪。王化澄走浔州。随行者止式耜一人。是月十六日，成栋克定肇庆，随发副将杨文甫、张月领兵克取高、雷、廉三郡，即于二十九日一鼓而入梧州。广西巡抚曹烨出降，梧属俱遍令纳印。及南雄、韶州二府报捷，别遣副将阎可义等前赴琼州。
二月，永历抵桂林。式耜肃殿陛，敕守御，诞告楚、蜀各镇。粤西居山川上游，桂诚可都，疏请道里之可达桂林者。王锡衮、文安之为相，周堪赓、郭都贤、刘远生为六卿。时给事中丁时魁疏论新政，烺烺石划；召掌礼科。给事中金堡素有清直声，终制，敕召还。何腾蛟晋阁学督师。而丁魁楚在岑溪，屯兵千余，清朝招之不服。乃水陆设伏，大战藤江，丁兵败，魁楚中箭死之。隰江、平乐相继投顺，高、雷、廉三府俱报捷。四月，清兵渡海，克定琼州。
方警报之迭至也，王坤又趣永历往楚。式耜上疏，言胜负存亡、山川要害甚激切；略曰：『驾不幸楚，楚师得以展布，自有出楚之期。兹半年之内，三、四播迁，民心、兵心狐疑局促，如飞瓦翻手散而复手合』。又曰：『在粤而粤在，去粤而粤危。我进一步，则人亦进一步；我去速一日，则人来亦速一日』。又曰：『楚不可遽往，粤不可轻弃。今日勿遽往，则往也易；今日若轻弃，则更入也难』。又曰：『海内幅■〈巾员〉，止此一隅。以全盛视西粤，则一隅似小；而就粤西恢中原，则一隅甚大。若弃而不守，愚者亦知其拱手送矣』。擎跪涕泣，不可挽；无已，请身留桂。乃命式耜留守桂林，各路悉秉节制。式耜仍疏请暂驻全州，以扼楚、粤之中。
当平乐之不守也，清兵直薄桂林。三月十一日，冲入文昌门，城中大恐。时焦琏自全甫归，从数人，控弦提刀，与清兵接战，稍却之。清兵屯阳朔，遍野俱薙发。式耜与琏危城孤守，疏诣全，征安国公刘承胤兵。承胤初从武岗入护，犹持正守法，逐司礼王坤为弄权，面叱周鼎瀚为奉寺鼻息；故雅重式耜，发兵数千援桂。未几，承胤请金吾郭承昊、马吉翔、严云从封伯；御史毛寿登驳参金吾无矢石功，何得援边镇例晋五等？吉翔等疑疏出湘客指，鼎瀚遂造蜚语，为董卓、■〈榷，氵代木〉、汜之议，激承胤怒，逼永历立命廷杖，而缚寿登、湘客及御史吴德操、给事中万六吉于午门外。会诸臣申救得免，寿登等俱落职。承胤益横，胁劫永历幸武岗。式耜疏留全阳，曰：『闻郊社礼成，即图移驾。不知移驾将回桂林耶？抑幸武岗、辰、沅耶？今日原以恢复两粤为心，则不徒西粤未恢不可移动，即东粤未恢亦且当驻全也』。故承胤等嗾杖湘客等，以湘主还跸桂林之议也。承胤诸部至桂，挟饷不出兵。式耜搜括库藏而外，捐囊万金，夫人邵亦捐簪珥数百。兵卒不肯出，与焦兵主客不和，哗变击斗，掠市而去，为五月十四日。永历竟驻武岗。
五月二十五日，清兵侦兵变，积雨城坏，环攻桂城；吏士皆无人色。琏负创奋臂，呼督师抚按，肘羽腹石，分门婴守，用西洋铳击中马骑。寻出城战，奋勇击杀，自辰抵午不及餐；式耜括署中米蒸饭分哺之，士卒俱乐用命。明日，复出战，清兵旋去。式耜先令路将马之骥伏于隔江，犄角接应，固圉倍慎。是三月之内，危于清、乱于兵，式耜一手指挥，琏乃得底定。琏久将桂，得桂人心，式耜国士遇之，故独得琏死力。以保桂功，晋式耜兼太子太师、临桂世伯。式耜辞不拜。疏上不允，复请告自劾，言『自二月十五以迄五月二十九，此百六日中，遇变者三，皆极危险。变故当前，总办一「死」字，亦遂不生恐怖、不起愁烦，惟是臣之病不独在身而在心，不徒在形而在神。身与形之病可疗也，心与神之病不可医也』。又疏再请返跸全阳，卒不听。乃督琏恢朔下平。邦传由宾、柳亦及浔，并复梧。至八月，具疏上言粤西全定，请还桂林，昭告兴陵。
时巡道严起恒以仪表魁梧，拜大学士。督师何腾蛟驻衡州，堵胤锡驻长沙。讵清朝三王平定长沙，而衡州相继尽失。总兵黄朝选、杨国栋等被执，尸几断流。八月二十四日，武岗复败。永历又播越入粤，次柳州。式耜屡疏，极言不可他移一步：『滇、黔地荒势隔，忠义心涣。三百年之土地，仅存粤西一线。且山川形胜、兵马糗粮，俱有可恃』。时督师何腾蛟、新辅严起恒及刘湘客咸至桂，南安侯郝永忠率兵骤至，宜章伯卢鼎亦至自楚。式耜复疏，极言：『柳州猺獞杂处，地瘠民贫，不可久驻。庆远壤邻黔、粤，南宁地偪交夷，不可远幸』。时腾蛟与永忠、鼎、琏等俱分防任汛。会土司覃裕春子鸣珂与道臣龙文明构兵，永历复次象州。式耜与腾蛟、起恒、湘客等筹划调和主客，集永忠、琏誓于神，刻期出师。宜章鼎与滇镇总兵赵印选遂各分路驻全。全州战胜，诸帅连营而军。清兵因次楚。
十一月，永历自象州抵桂。式耜与起恒并相。司礼庞天寿七月请催兵下梧，久在粤；旧司礼王坤被承胤逐者复入。自武岗至柳、至象，票拟皆金吾吉翔手也。式耜疏请永历『揽大权、明赏罚、严好恶、亲正人、闻正言，威德兼行，以服远近』。时谓名言。腾蛟再督师出全，兵益不睦。琏下平乐，永忠壁兴安。未几，永忠营被袭，疾至阙，欲撤兵；左右禁近刻期欲永历迁。式耜持不可，言『督师警报未至，营夜惊，无大恐；二百里外风尘，而遽使主露处耶？播迁无宁日，国势愈弱，兵气愈难振，民心皇皇复何依？潮回波逝，虽长年三老能逆挽其戙■〈木戈〉哉』？左右禁近周慞不能止。式耜又请曰：『无已，候督师归。果急，甲士正山立，观兵皆督战，咫尺威严，劝激将士，背城借一，胜败未知。若以走为策，桂城危，柳益危。若今日可到桂，明日亦可到南大』。反复数百言，泪下沾衣。严起恒曰：『迟至厥明五鼓』。甫夜半，而永历已行矣。是戊子二月二十二日也。
时溃兵肆掠，蹂躏公署，职官无一得免。式耜被逼登舟。黎明，刑部侍郎远生、给事中丁时魁、万六吉及湘客俱至；盖湘客奉命安抚乱亡及劝饷糈，而远生、时魁以召将入也。遇式耜于樟木港。式耜集远生等入民屋，立草檄分路四发。暂驻阳朔，催琏兵上援。楚镇周金汤、熊兆佐亦入桂。又檄翰林简讨蔡之俊、大理寺评事朱■〈氵隶〉先入桂，宣式耜令。檄按司佥事邵之骅部琏兵，定人心。式耜于初一日复入桂署。督师腾蛟自永宁至，滇镇胡一青统兵至，琏自平乐统兵至。清兵疑桂城空虚，直抵桂北门。三月二十二日，腾蛟督兵三面御之，清兵渡甘棠去，督师列营榕江。永历诏旌式耜，赐银币，又赐「精忠贯日」金图书一枚。式耜念主宵衣，南宁蛮乡，不可久驻，日为永历清道；前日所忧在内者，今更在外；督勋镇将士，直取全州。促巡抚鲁可藻下梧。会东人有反归信，令可藻缮兵以待。会可藻衔自署两广。旧例：东抚称制兼粤西，西抚称抚。式耜曰：『方今武人多自署抚军帅，一面帝制辄自命，贻远人笑。予代疏请衔，曷不可』？周鼎瀚以阁部擅，式耜亦疏正之。
当武岗之乱，言官弹鼎瀚以附承胤入直。式耜司票拟犹不苛。王沂公曰：『进贤、退不肖皆有体。瀚系大臣，应听自谢免。不谢免而复擅假，毋乃不可乎』？邦传称粤世守，牒四飞；式耜疏驳之：『今日晋五等，尚未裂土。海宇剩削，止粤西一隅为驻跸之地。楚、滇数万之师，日需食，辄曰世守，岂老成忧国所隐料』？式耜身虽在外，在廷大纪纲，极言力请。疏曰：『臣与陛下患难相随、休戚与共，原自不同于诸臣。一切大政，自得与闻。庙议可否，众指所关。本乱而求末治，马濲阤古耳』。
永历驻南宁。四月初一日，世子生，册为太子，赦天下，诏曰「万喜」。式耜念无讲官，经筵不御，石室尘封，何由闻得失。手书八箴于扇，进之。督师腾蛟复全阳，是五月二十七日事也。督师报功疏，不肯自为功，有曰：『为陛下以信臣用臣者，式耜一人也』。
六月，粤东李成栋有反向。明朝报至。先是成栋下广，收缴印信凡五十余颗，于中独取总督印藏之。有爱妾某，松江妓也，揣知其意，因朝夕怂惥。成栋抚几曰：『怜此云间眷属也』。妾曰：『我独敢富贵乎！先死尊前，以成君子之志』。遂自刎颈。成栋抱尸大哭。明日即衣冠，将总督印具疏迎驾。又江右金声桓据南昌，藏表疏于佛经部面中，遣使赍奏亦至。而粤俱称全土，式耜疏请往桂，又请永历勿遽东。又言『事权宜专，号令宜一。兹军功爵赏，文武署置，决于成栋。若归之朝廷则中扰，阃外不能专制；听之朝廷徒虚拱。且楚、黔雄师百万，腾蛟翘首威灵，如望云霓。驾既东，军中将帅谓朝廷乐新复之土，成栋亦有邀驾之嫌。号令既远，则人心涣散。请一见东诸侯，俾赡至尊音容，面为慰劳指属，然后责其尽意于东，刻期出战，咸决于外，不中扰也』。又疏令简讨蔡之俊入迎，再疏令给事中蒙正发迎。永历竟由梧入肇，先后诸疏俱不报。式耜闻，泪簌簌下。再疏谓：『前日粤东未复，宜往桂以规楚；今日江广反正，则宜往桂以图出楚。事机所在，毫厘千里』！吏部侍郎吴贞毓疏请永历往广城，式耜乃促远生入阻永历。适成栋自岭还师，修行宫，且迓驾。永历命远生诣广劳师，远生谓成栋曰：『今驾驻此，爵赏征伐，人疑有私，不可不嫌』。成栋然之，遂罢行宫，止迓驾。成栋具疏言：『式耜拥戴元臣，粤西扼御定，毋容久于外，应亟召还纶扉』。永历专命，遣官三、四召。式耜曰：『前日在南宁，桂林危。桂林危，则天下去矣。其机在外，不在内也。今江广悉定，何公督师下星沙，朝臣且辐至，予不敢忍危而即安』。具疏乞骸。再上，不允。
己丑正月，清兵破湘潭，何腾蛟被执。初，腾蛟檄各处兵马，齐集湘潭；而命马进忠等由益阳抄出长沙下，邀截上下舟船，焚掠湘阳，断绝水道。一只虎率大队复至长沙，络绎攻围。值清朝援兵合至，战胜于湘潭；腾蛟被擒，斩之。二月，清兵破信丰，李成栋殁于阵，南昌败书复再闻。先是，声桓踞南昌，清兵昼夜攻击破之。王得仁伏诛，声桓赴水死。于是先后赠腾蛟中湘王、成栋宁夏王、声桓豫章王。永历设坛挂帛，皆抆泪亲祭。专命式耜留守督师，兼江楚各省兵马。永州兵再退。式耜疏请兵科给事中吴其靁监各营军再出。
当永历驻肇庆，疏奏谆谆，以岁月稍暇，财赋优裕，用心尽力修内治以自固、严外备以自强。且积弊之后，易致中兴也。一才一艺之士，靡不收罗幕府。每慨人才凋零殆尽，凡■〈足斤〉足而至者，非怀忠抱义之人，亦乱世取功名之士。人之岁月精神，不用之于正，则用之于邪，安可驱为他人用？故人咸以桂林为稷下。
四月，云南张献忠养子孙可望遣龚彝之弟龚鼎，献黄金二千两、马四匹，移书求封亲王名号。给事中金堡固争，以为祖制无有。而广西南宁府与云南广南府错趾，可望来书，有『不允封号、即提兵出战』等语。陈邦传恐甚，先封秦王，寻封为荆郡王；可望不受后封。时楚制堵胤锡以楚败达肇庆，滇营自永、全还桂，与焦兵猜疑生隙。忠贞营自蜀转战，由楚至梧，休息甲士。
清朝遣使贻书招式耜，式耜不从。永州再报失利，兴宁侯胡一青兵还榕江。式耜复办粮械，趋出兵屯于全。民力穷竭，诛割无术，槁悴万状。永历闻，为废食；召廷臣议于慈宁宫，发东饷一万。
是时清兵围困曾庆于平和，寻出降，杀之。而诏安等处，一时俱归清朝。郑芝鹏踞石榴城，清兵至，随遁去。刘中藻在福宁，势穷自缢，福建尽失。惟延、漳、汀三府界连江右，而延平所属，皆处万山中。清兵既回，遂立德化王朱慈烨踞将军寨，先陷大田，继破龙溪，攻顺昌、将乐。至十一月，清兵讨平之，王被获。兵部尚书罗南生等降。
庚寅正月，南雄报不守，宝丰伯罗成耀弃韶州。永历震恐，戒舟西上。戎政远生奏自请行清远，给事中金堡特奏请留，争之不得。适式耜疏至，曰：『粤东水多于山，虽良骑不能野合。自成栋归顺，始有宁宇。财赋繁盛，二十倍于粤西。衣甲粮饷，内可自强，外可备敌。材官士兵南北相杂，制胜致王，可操券而求。难得而易失，莫此云急。且韶去肇数百里，强弩乘城，坚营固守，亦可待勤王兵四至。何乃朝闻警而夕登舟』？疏再上，而永历移德庆、抵梧州矣。盖自成栋首疏文武各还事权，言官正气宜奖，卤簿不得干机务，失权者意，故急欲永历移舟，弃东如屣。时词谏诸臣，正纲纪、慎名器，多失人意。而御史程源辈以攫官不得，伺权者指，攻其所必去，荧惑永历听。下给事中丁时魁、金堡、蒙正发及侍郎刘湘客诏狱。式耜闻报，上疏申救，谓『中兴之初，宜保元气，勿滥刑』。再疏争之曰：『诏狱追赃，乃熹庙朝魏忠贤弄权，锻练杨、左事，何可祖而行之』？颁敕布四人罪状，非永历意，敕出忌者之手。式耜封还，谓『法者，天下之至公也；不可以蜚语饮章，横加考案，开天下之疑。且四人得罪各有本末，臣在政府若不言，恐失远近人望，其何辞于后世』？凡七疏。遣孙昌文入见梧州，陈说粤西民贫食尽军（？）曲折。时昌文孑身由海上来也，阁试授昌文翰林简讨。
清兵再簿全州，卫国一青兵撤守榕江。时勋帅咸进公，次者侯与伯；桂林牙门相望，号令纷出。十一月初五日辰，报清兵大举入严关。印选、一青、永祚俱以分饷入桂，榕江空壁。武陵侯杨国栋、宁武伯马养麟方驰出小路军榕江，兵未战而四溃。发使趋印选，印选已出城，城中大乱，沿道驱掠。式耜令戢不得，城外溃兵云飞鸟散。一青、永祚从城外去。式耜衣冠危坐署中，适总督张同敞自灵川回，过江东，不入寓，过式耜署曰：『事迫矣！公将奈何』？式耜曰：『封疆之臣知封疆；封疆既失，身将安往』？同敞曰：『公言是矣！君恩师义，敞当共之』！遂笑与式耜饮。家人泣请身出危城，号召诸勋，再图恢复；式耜挥去，不从。厥明被执，见清朝定南王孔有德。式耜以死自誓，不复一言。命幽式耜、同敞于别所。式耜赋诗，日与同敞赓和。至闰十一月十七日斩之。其绝命诗有云：『从容待死与城亡，千古忠臣自主张。三百年来恩泽久，头丝犹带满天香』。死之日，冬雷电大发，远近皆为称异。时给事中金堡已削发为僧，上书定南王，请葬式耜、同敞。而吴江有扬■〈禾丸〉，为具衣冠棺殓，并同敞瘗于北门之园。永历上南宁，入土州，严起恒、王化澄、马吉翔、庞天寿皆随去。后未详云。