北府兵与荆扬内争 桓温死后，东晋孝武帝司马曜年幼，世族大地主陈郡谢安当国[1]，桓氏让出了扬州，由桓温弟桓豁、桓冲相继出任荆州都督，继续掌握上游大权。桓冲不像桓温那样野心大，不十分干涉下游的事权，因此，荆、扬之间的矛盾，又暂时缓和了下来。
桓温因为集中在今镇江、常州一带的当时北来侨民——南徐州、南兖州侨户，“人多劲悍”，在土断之后，就有把他们编成一支新军的计划，可是计划还没实施，桓温病死。谢安继温当国，为了充实长江下游的军事力量以拱卫首都、抗衡上游起见，就筹募成立这支新军。公元377年，东晋政府任命谢安兄子谢玄为南兖州刺史，负责筹组新军。谢玄又把南兖州的军府，从京口移到广陵。南徐、南兖两州侨户，纷纷应募入伍，彭城刘牢之“与东海何谦、琅邪诸葛侃、乐安高衡、东平刘轨、西河田洛及晋陵孙无终等，以骁猛应选”（《晋书·刘牢之传》）。这一支新军，经过七年以上的长期训练，成为一支精悍能战的军队，号为北府兵（当时称京口为北府）[2]。北府兵的兴起，它不但成为长江下游的主要军事力量，改变了荆、扬的形势；而且在淝水会战中，在江、淮以南广大人民的支援下，粉碎了苻秦南侵的百万大军，把江南从苻秦的铁骑下抢救出来。
淝水战后，东晋的统治阶级满足于偏安的局面，没有恢复失地的要求和决心，以致不能扩大战果，乘胜逐北，收复中原。虽以北府兵之善战，收复了徐、兖、青、司、豫、梁六州（今山东、河南、陕西南部等广大地区），但当东晋外部的威胁消除的时候，东晋统治阶级内部的矛盾却日益尖锐化。王室内部和王室和世族——主、相之间，中央与方镇——荆、扬之间，展开了错综复杂的斗争。他们不但不能通力合作，收复失地，反而互相牵制，破坏北伐。后燕终于攻入临淄、滑台；南燕且在青、兖一带建国；不久，洛阳又失守；淮、汉以北，悉为后秦所占；最后谯纵据益州称成都王（公元405—413年）。淝水会战后所收复的失地，就这样地次第失去，“鹄立南望”的中原地区人民，不但没能获得解救，而且在北方再度大分裂、少数兄弟族再度大移动之中，在各族统治者的残酷统治下，半为奴虏，辗转死去。
谢安在淝水会战胜利之后，进位太保、太傅，都督扬江荆司豫徐兖青冀幽并宁益雍梁十五州军事，声望极高，因此招致了皇帝的猜嫌，主相之间，渐渐隔膜起来[3]。他于是请求北征，出镇广陵，实际上是在孝武帝同母弟会稽王司马道子的排斥下，被迫离开朝廷。不久安病死，司马道子遂以司徒、录尚书事、兼领扬州刺史、都督中外诸军事，代安为相。
当时孝武帝沉溺于酒色。司马道子更是宴饮无度，经常“蓬首昏目”，“政刑谬乱”（《晋书·简文三子传》）。孝武帝与司马道子兄弟之间——同时也是主相之间，逐渐又发生了摩擦。孝武帝任命王恭（太原王氏，世族大地主，王皇后之兄）为南兖州刺史，镇北府；又以殷仲堪（陈郡殷氏，世族大地主）为荆州刺史（淝水战后，桓冲死，桓豁子石民继任荆州刺史；石民死，王忱继任荆州刺史，时亦病死），掌握上游事权。孝武帝想培植方镇的力量，来牵制朝廷中的权臣，结果加剧了统治阶级内部的分裂。
公元396年，孝武帝死，子司马德宗继位，是为安帝，司马道子以太傅摄政。史称安帝“自少及长，口不能言，虽寒暑之变无以辨”，奉这样的一个白痴来做皇帝，宰辅司马道子的权任自然更重了。道子又引用主张削弱方镇的王国宝（太原王氏，世族大地主。祖述，尚书令；父坦之，中书令；弟忱，荆州刺史。国宝，谢安女婿）、王绪（国宝从祖弟）为心腹，以对抗王恭、殷仲堪等。国宝位至中书令、尚书左仆射，“参掌朝权”。
公元397年，王恭（这时他又成为皇帝的舅父）从京口举兵，以诛王国宝为借口；殷仲堪也在荆州举兵，与恭相应。东晋政府成立的北府兵，本来是为了拱卫首都、充实长江下游力量的，现在北府兵在王恭统率下反而联络荆州军来对抗中央，司马道子自然无法抵御，只得把王国宝、王绪等杀死，请求王恭退兵。
公元398年，王恭第二次举兵，荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄（桓温子，时在荆州）等起兵响应，使南郡（治江陵，今湖北荆州市区）相杨期率舟师为前锋，沿江东下。司马道子以子司马元显为征讨都督，统兵抵御。那时王恭以北府将领刘牢之为前锋，元显派人往说牢之倒向中央，答应事成后用牢之代恭任南兖州刺史，于是刘牢之倒戈袭击王恭，王恭兵败而死。殷仲堪、桓玄等闻恭被杀，仓皇退走，至寻阳（今江西九江市），共推桓玄为盟主。公元399年，桓玄又火并了殷仲堪、杨期，据有荆州上游，东晋以玄为都督荆江襄雍秦梁益宁八州军事、荆州江州刺史。桓氏世镇荆楚，故旧甚多，因此桓玄“树用腹心，兵马日盛”（《晋书·桓玄传》）。
元显自击破王恭以后，又用手段把扬州刺史的职位攘夺到手，同时他又总录尚书事，当时称“道子为东录，元显为西录”（《晋书·会稽王道子传》）。道子昏醉多病，“政无大小，一委元显”，由是“西府车骑填凑，东第门下可设雀罗”，中央大权实际操在元显一人手中。
元显考虑到荆州上游的威胁和北府兵的难以控制，想建立一支由自己来指挥的新军。因为当时兵源缺乏，于是下令强制征发东土诸郡（浙东）其本身或父祖本来是奴隶，而已获得放免为佃客的壮丁，集中京都，担任兵役，称之为“乐属”[4]。这一措置，不仅仅造成世族对政府的普遍不满，因而使东晋政府失去部分世家大族的支持；而且从本来是奴隶而已获得放免为佃客身份的农民来说，更是绝大的迫害。因为这一部分佃客，他们已经有自己的经济，有自己的生产工具，具有为耕种土地并从自己收成中拿出一部分实物缴给封建主所必需的劳动兴趣，现在却被征发为兵，而兵士的身份，自魏、晋以来，就已非常低落，“兵驺”之名，至与奴婢并列，“谪兵”、“补兵”又是世代相袭，真是一成兵士，“辱及累世”，他们是绝不乐意去当兵的。因此这一命令一颁布，就搞得“东土嚣然”，终于变成孙恩、卢循领导的浙东农民起义的直接导火线。
孙恩领导的浙东农民起义 上面提到的东晋政权发东土诸郡免奴客为乐属，只是浙东农民起义的重要原因之一。这次农民起义的主要原因，还是由于北来的世族大地主的庄园集中在浙东一带，而他们对佃客所进行的剥削又是超乎依附农民所能忍受的限度所致。
以王、谢为首的北来世家大族为了避免和江东世家大族在经济上发生冲突起见，他们把庄园安置在浙东一带。据《晋书·王羲之传》称：“羲之……与……谢万书曰：‘……当与安石（谢安字）东游山海，并行田视地利，颐养闲暇。衣食之余，欲与亲知时共欢宴……其为得意，可胜言邪！……’”可见他们的能够“颐养闲暇”以及“与亲知时共欢宴”，就是建筑在这种“行田视地利”的基础上的。南渡的世族如琅邪王氏、陈郡谢氏、太原王氏、高平郗氏、太原孙氏、陈留阮氏、高阳许氏、谯国戴氏、鲁国孔氏等[5]，他们的田业，多集中在东土一带，明白这一点，而后对孙恩领导的农民起义以后从海上登陆，获得浙东农民的积极响应，而且孙恩也以这一地区为根据地，也就不难了然了。
自东汉于吉以来，五斗米道就在会稽、吴郡一带传播。晋孝武帝时，有钱塘人杜子恭传教授徒。琅邪大族孙氏，“世奉五斗米道”（《晋书·孙恩传》），孙氏南渡以后，至孙恩叔父孙泰又师事杜子恭，子恭死，泰继子恭为道首。道教的教义本身并不含有反抗黑暗统治的企图，不过在缺乏经济联系的封建社会里，它却是联络农民发动革命的较好工具。孙泰就是借宗教去联络农民群众的，《晋书·孙恩传》称“百姓……敬之如神，皆竭财产、进子女以祈福庆”。孙泰固然出身大族，但他这种做法，也会引起东晋政府对他的怀疑，于是把他流放到广州。当时东晋统治阶级上层也有不少人信奉五斗米道。孙泰到了广州以后，被广州刺史王怀之暂任为代理郁林（郡治布山，今广西贵港东）太守（公元393—394年）。不久东晋政府又把他召回来，任命为徐州主簿，迁新安太守。王恭举兵，孙泰以讨恭为名，私合兵众，得数千人，“三吴士庶多从之”。东晋政府害怕孙泰作乱，司马道子父子便诱斩了孙泰和他的六个儿子，泰兄子孙恩逃入海岛。
孙泰的信徒，听说孙泰被杀，不肯相信是真的，都以为孙泰好像蝉一样蜕壳成仙——“蝉蜕登仙”。他们纷纷给逃亡海岛的孙恩馈送资财。这样，孙恩就在海岛上团聚了一百多个决心反晋的伙伴。
公元399年，东晋政府下令“发东土诸郡免奴为客者……充兵役”，一时激起浙东依附农民普遍骚动，孙恩就在这一年的十月中，带了一百多人从海上登陆，攻下上虞，杀上虞令，袭破会稽，人数发展到好几万。“于是会稽谢鍼、吴郡陆、吴兴丘尪、义兴许允之、临海（郡治章安，今浙江临海东南）周胄、永嘉（郡治永宁，今浙江温州市）张永及东阳（郡治长山，今浙江金华）、新安（郡治始新，今浙江淳安西北）等凡八郡，一时俱起”，“旬日之中，众数十万”，“畿内诸县，处处蜂起”（《晋书·孙恩传》）。会稽内史王凝之、吴兴太守谢邈、永嘉太守谢逸、乌程令夏侯等被杀，吴国内史桓谦、临海太守新蔡王司马崇、义兴太守魏隐等，纷纷放弃郡城逃走。此外南北世家大族如南康公谢明慧、黄门郎谢冲、张琨、中书郎孔道、太子洗马孔福等，也都被农民起义军先后杀死。
孙恩自称征东将军，以会稽郡山阴县（今浙江绍兴市）为农民军的活动中心，称他的部下为“长生人”。
浙东是以王、谢为首的世族大地主庄园所在地，现在浙东陷落，直接损害到世家大族的经济利益。东晋政府要派遣大军去镇压，选择元帅，也自然以物色王、谢两族中人物来担任为适宜。北府兵宿将、卫将军谢琰（谢安子）正是那时王、谢两大族中最有威望的人物，东晋政府乃任命谢琰为会稽内史兼督吴兴、义兴军事，去收复浙东。当时北府军著名将领南徐、南兖二州刺史刘牢之亦发兵前往浙东，协助谢琰镇压农民军。
谢琰于公元399年十二月率军攻下义兴，击杀农民军头领许允之。接着进兵吴兴，击走农民军头领丘尪，屯兵乌程（今浙江湖州南二十五里）。分兵配合刘牢之，向钱塘江推进。
孙恩见刘牢之率北府兵精锐将渡钱塘江，乃率男女二十余万口向东撤退。官军攻破山阴，杀农民军所任命的吴郡太守陆、吴兴太守丘尪、余姚令沈穆夫。刘牢之纵容军队烧杀抢掠，东土“郡县，城中无复人迹，月余乃稍有还者”（《资治通鉴》晋安帝隆安三年）。
孙恩率众退入海岛。公元400年五月，孙恩从浃口（在今浙江宁波市镇海东南）登陆，入余姚，破上虞，进至邢浦（今浙江绍兴市北三十五里），被谢琰派兵击退。几天后，起义军再度进攻邢浦，官军失利，孙恩乘胜追击，山阴（今浙江绍兴市）一战，阵斩骄傲自恃的谢琰及其二子，朝廷大震，增派北府兵将领高雅之等堵击起义军。这年十一月，孙恩大败官军于余姚。东晋政府紧急任命刘牢之都督会稽、临海、东阳、永嘉、新安五郡军事，统兵进击孙恩。恩又退至海岛。次年二月，孙恩又自浃口以水军进攻句章（在今浙江宁波市南），转而进攻海盐，都被刘牢之部将刘裕击破。五月，恩率军北上，攻下沪渎（今属上海），杀吴国内史袁山松。六月，又浮海疾进至丹徒（今江苏镇江市东丹徒镇），有战士十余万，楼船千余艘。建康震惧，内外戒严，东晋政府赶忙下令驻扎江北的军队入卫京都。刘牢之也派刘裕自海盐兼程赴援。孙恩知道建康已有防备，不打算硬攻，便派兵攻破广陵（今江苏扬州市）；自己率领水军浮海攻下郁洲（今江苏连云港东云台山一带），生擒东晋将军高雅之。但与刘裕三战三败，死伤万余人，于是又从浃口远航海岛。
这时由于东晋政府加强了沿海地区的防务，起义军得不到给养，又发生疫病，“死者大半”（《宋书·武帝纪》）。最后于公元402年三月，孙恩进攻临海失败，起义军损失很大。孙恩及其家属和部下一百多人，一起投海而死，人们便传说孙恩成了“水仙”（《晋书·孙恩传》）。起义军余众还有几千人，推孙恩妹夫卢循为首领。当时东晋政权已经落入桓玄手中，桓玄正想代晋称帝，力求稳定局势，乃发表卢循为永嘉太守。卢循在大起义失败之后，也想争取一个喘息的机会，所以表面上接受了永嘉太守的任命，实际上并没有停止对东晋统治阶级的斗争。
卢循，范阳涿（今河北涿州）人，出身于北方大族。孙恩领导农民起义时，循即参加起义军。孙恩投海死后，循取得余部的领导权。公元403年正月，循出兵进攻东阳，被刘裕击败。同年八月，刘裕进攻永嘉，卢循接战不利，退往晋安（郡治原丰，今福建福州市）。次年十月，又泛海攻下番禺（今广东广州市），活捉东晋广州刺史吴隐之。卢循自称平南将军，摄（代理）广州刺史事。派他的姊夫徐道覆攻下始兴（今广东韶关市西南）。在这期间，北府兵后起将领刘裕掌握了东晋政府的大权，正在消灭桓玄的残余势力，无暇南顾，就在公元405年的四月，正式任命卢循为广州刺史，徐道覆为始兴相。卢循也答应了东晋政府提出的要求，把俘虏的前广州刺史吴隐之和流寓在广州的世族大地主王诞一并放回。
孙恩所领导的浙东农民起义，它不仅是为了推翻东晋在江南的统治权而进行的斗争，同时由于参加的起义群众多半是浙东世族庄园里奴童佃客，作为领导者的孙恩虽然自己出身世族，但为了满足起义群众要求，因此也必须无情地打击或消灭以王、谢为首的世族大地主。消灭的对象如谢琰是谢安之子，谢肇、谢峻是谢琰之子，谢邈是谢安幼弟谢铁之长子，谢冲是谢邈之胞弟，谢明慧是谢冲的亲生儿子而又过继给谢石（谢安弟，谢铁兄）子谢汪为子的（所以袭封南康公），王凝之是王羲之的儿子，又是谢安的侄女婿。孙恩还下令悬赏通缉谢方明（谢冲子，因为谢方明组织地主武装的缘故）。这正可以说明浙东是王、谢的天下，而这次浙东的农民运动所要消灭的对象也正是他们。
东晋王朝的衰亡与刘裕的当国 沈约在《宋书·孔季恭传》论里说过：江东“外奉贡赋，内充府实，止于荆、扬二州”，而会稽“带海傍湖，良畴亦数十万顷”，浙东是东晋的剥削渊薮无疑。自从浙东农民起义发生之后，政府派大军进行镇压，除了大肆抢掠以外，还放手屠杀，把江浙地区，搞得残破不堪，所谓“三吴……编户饥馑，公私不赡”（《晋书·简文三子传》），“饥馑疾疫”，“歼亡事极”（《宋书·孔季恭传》论），扬州的生产事业遭到破坏，荆州的势力自然驾御扬州而上。因此，荆州都督桓玄乘“东土……饥馑，漕运不继”（《资治通鉴》晋安帝元兴元年），东晋政府财政粮食都非常困难的时候，封锁长江，不让上游的物资向下游运输，“商旅遂绝”。于是下游的粮荒更加严重，兵卒的食粮至以（谷皮）、橡实代替。东晋政府迫不得已，下令讨伐桓玄，以司马元显为征讨大都督，刘牢之为前锋都督，率军讨玄。桓玄也上表指斥司马元显罪状，举兵东下。公元402年三月，刘牢之为桓玄收买，北府兵不战而降于桓玄，因此桓玄取得了决定性的胜利，长驱入建康，司马道子、元显父子先后被杀。以后桓玄又逼安帝退位，公元403年十二月，桓玄自己登位做皇帝，国号楚。
表面上是改朝换代了，实际还是危机四伏。东土诸郡，还是有无数农民在“饥馑疾疫”中死去，所谓“会稽饥荒……百姓散在江湖采稆”，“顿仆道路，死者十八九”（《晋书·桓玄传》），“三吴大饥，户口减半，会稽减什三四，临海、永嘉〔死散〕殆尽”（《资治通鉴》晋安帝元兴元年）。这样严重问题，新王朝不但不能予以及时解决，相反危机还在加深。
荆州军的成功，是由于北府兵将领的倒戈迎降，以当时实力而论，能与荆州军为敌的，也就是这支北府兵。无怪桓玄认为要巩固自己荆州系统的新政权，削弱北府兵将领的力量是他的主要任务了。因此桓玄在进入建康之后，首先剪除北府将领，夺刘牢之兵权，转牢之为会稽太守，牢之想举兵反抗没有成功，自缢而死。玄又先后杀北府将领吴兴太守高素、辅国将军竺谦之、高平相竺朗之、辅国将军刘袭、袭弟彭城内史刘季武、冠军将军孙无终等。同时桓玄又不得不提拔一些北府后起的将领如刘裕等，来作为他的爪牙，使北府兵能够对他效忠，北府兵依旧能成为拱卫下游的力量。
刘裕，原籍徐州彭城（今江苏徐州市）。曾祖混，渡江侨居丹徒的京口，做过武原令（侨县，无实土，寄治武进，属南徐州南彭城郡）；祖靖，东安太守；父翘，郡功曹。刘裕虽说是士族，可是北来侨民的生活本来就不优裕，而裕父又早亡，故裕“尝自新洲（在今镇江市西，长江中小洲）伐荻”，“躬耕于丹徒”，“樵渔山泽”。土断以后，侨州郡的编户齐民又加重了兵役的负担，裕以士族，为北府将领冠军将军孙无终府司马，其后为前将军刘牢之府参军，随牢之镇压浙东农民起义有功，累官至建武将军、下邳太守。桓玄剪除北府将领，北府中下级军官人人危惧，可是刘裕知道他自己还不够格，并不恐惧，对人说：“今方是〔桓〕玄矫情任算之日，必将用我辈也。”（《宋书·武帝纪》）果然，桓玄任命从兄桓脩（桓冲子）为南徐、南兖二州刺史镇北府（京口）以后，桓脩就以刘裕为参军，把他当作北府中下级军官中培养的对象。桓玄将要做皇帝，桓脩兄桓谦想了解北府将领对这一重大事件的看法，曾单独和刘裕谈话。刘裕对桓谦说：“楚王（玄时封楚王），宣武（桓温谥宣武）之子，勋德盖世。晋室微弱，民望久移，乘运禅代，有何不可！”这种“劝进”的表示，获得了桓氏对他的信任。可是另一方面，刘裕却在团结北府中下级军官，密谋推翻桓玄。
公元404年二月二十八日，刘裕与北府兵中下级军官何无忌（刘牢之甥）、魏咏之、檀凭之等百余人，在京口起兵，斩桓脩。同日，北府兵中下级军官刘毅、孟昶、刘道规（刘裕弟）等，也在北府兵另一根据地广陵起兵，斩桓玄所任命的青州刺史桓弘（桓脩弟）。毅等集兵渡江至京口，与裕会师，进攻建康。
桓玄听到北府兵叛变，恐慌异常，派兵堵击，又被北府兵击溃，桓玄只得放弃建康，退往荆州军的根据地江陵。撤退时，还把退位的东晋皇帝司马德宗一起带走。到了江陵之后，桓玄又“大聚兵众”，准备浮江东下，结果在峥嵘洲（今湖北鄂城）一战，水军主力两万都被刘毅所统率的北府兵击垮，桓玄败退江陵，不久被杀。桓氏的残余势力，还在荆、湘一带继续骚扰，过了一年左右，才完全消灭。白痴的东晋皇帝司马德宗也被迎回建康，重又登上皇帝的宝座。
刘裕起兵成功，以侍中、车骑将军、都督中外诸军事、领南徐、南青二州刺史，镇京口；随后又解除南青州，加领南兖州刺史，于是北府重兵，都掌握在刘裕一人的手中。公元408年，裕又入为扬州刺史录尚书事，实际掌握了东晋政权。
这时，南燕主慕容超乘东晋衰乱之际，派骑兵侵入东晋边境，劫掠晋人充作奴婢，称为“吴口”，分送给后秦各国。公元409年二月，慕容超又派将军公孙归等率骑兵攻破宿豫（今江苏宿迁），掳东晋阳平太守刘千载、济阴太守徐阮，大掠而去；在所掠晋人中挑选出男女二千五百人，补为乐工。随后公孙归等又侵扰济南，掳去太守赵元及男女千余人。刘裕于是出兵北伐南燕。刘裕的对外用兵，一方面想满足江南人民抗敌的要求，以缓和国内的阶级矛盾；另一方面，刘裕也企图利用对外用兵的胜利，建立更高的威望，使得和他同时起兵的北府将领（如刘毅、诸葛长民等）以及世家大族俯首帖耳，不敢与他抗衡。
公元409年四月，刘裕率水军自建康出发，沿中渎水、泗水到达下邳（今江苏睢宁西北），留下船舰、辎重，走陆路到琅邪，越过大岘（今山东沂水北穆陵关），六月，进围广固（今山东青州西北八里）。慕容超向后秦求救，姚兴派了个使臣到刘裕那里警告刘裕说：“今当遣铁骑十万，径据洛阳。晋军若不退者，便当遣铁骑长驱而进。”刘裕的答复是：“语汝姚兴：我定燕之后，息甲三年，当平关、洛。今能自送，便可速来。”（《宋书·武帝纪》）当然，后秦姚兴不过是虚声恫吓而已。公元410年二月，刘裕攻下广固，生擒慕容超（送至建康市斩首），灭南燕，收复了青、兖广大地区。刘裕的功业，这时已超轶祖逖、桓温，东晋政权中，没有人能和他抗衡了。
卢循北进的失败 当刘裕北伐南燕，获得胜利的时候，卢循所领导的农民军，正从广州向江州（州治豫章，今江西南昌市）推进。
卢循到了广州以后，在广州住了五年零四个月。农民军进行了休整补充，待机再起。在刘裕北伐南燕期间，徐道覆派人劝卢循乘虚袭取建康，卢循犹豫不决。徐道覆亲自到番禺对卢循说：“本住岭外……正以刘公（指刘裕）难与为敌故也。今〔刘裕〕方顿兵坚城之下，未有旋日。以此思归死士（指三吴旧部），掩袭何〔无忌〕、刘〔毅〕之徒，如反掌耳。不乘此机……若〔裕〕平齐（指南燕）之后，小息甲养众……自率众至豫章，遣锐师过岭……恐必不能当也。今日之机，万不可失。”（《宋书·武帝纪》）又说：“君若不同，便当率始兴之众，直指寻阳（今江西九江市西）。”（《晋书·卢循传》）卢循勉强同意了徐道覆的意见。
徐道覆是一位坚定果敢的农民起义将领。他攻取始兴之后，就派人到大庾岭一带斫伐大量船木，运至始兴（治曲江，今广东韶关市）贱卖给居民，这时又依据原先的卖券收购船木，赶造船舰，积极准备北进。
公元410年二月，卢循和徐道覆在始兴会合，随后分兵两路，西路由卢循率领，从始兴攻下长沙，推进至巴陵（今湖南岳阳市），准备攻取江陵；东路由徐道覆率领，破南康（郡治赣，今江西赣州市），连下卢陵（郡治石阳，今江西吉水北）、豫章（郡治南昌，今江西南昌市），兵锋直指建康。农民军的战士，不是“三吴旧‘贼’，百战余勇”，便是“始兴溪子，拳捷善斗”（《资治通鉴》晋安帝义熙六年），战斗力极强。东晋江州刺史何无忌自寻阳（今江西九江市西）引兵南下，抵御徐道覆。三月，何无忌战死于豫章。刘裕得到消息，慌忙班师南归，自己只带几十个人，于四月间赶回建康。
卢循到达巴陵以后，接受徐道覆的建议，自巴陵浮江东下，与道覆会师，集中力量攻取建康。于是两路农民军连旗东下。东晋江、淮驻军纷纷入卫建康。豫州刺史刘毅率水军二万，从姑孰（今安徽当涂）溯江而上，阻击农民军。五月，农民军在长江中的桑落洲（在今江西九江市东北）大败晋兵，刘毅丢掉全部船只和辎重，带了几百人狼狈逃走。农民军接连打败北府兵重要将领何无忌和刘毅，声势大振。史称“战士十余万，舟车百里不绝”。“别有八槽船八枚（艘），起四层，高十二丈。”（《宋书·武帝纪》）十多万大军乘胜直逼建康，进抵淮口（秦淮河入江之口，在今江苏南京市西北）。
这时东晋方面，刘裕“北伐始还，士卒创痍，堪战者可数千人”。建康人心惶惶，“众议并欲迁都”（《宋书·王懿传》）。刘裕认为“若一旦迁动，便自土崩瓦解”（《宋书·武帝纪》），坚决不同意迁都。当农民军到达淮口时，东晋政府宣布内外戒严，同时征发居民修筑防御工事，沿江置栅、筑垒。稍后江、淮入卫军队陆续开到，其中有一千多强悍的鲜卑骑兵，分兵守卫各个军事据点。农民军到这时候便丧失了“攻其无备，出其不意”（《孙子·计篇》）的有利战机。
卢循在北上进军中，常处于被动地位。他开初不愿意出兵。后在行军途中得悉刘裕已经回到建康，立刻大惊失色，竟想退还寻阳，再占领江陵，“据〔江、荆〕二州以抗朝廷”。经过徐道覆力争，“疑议多日”（《宋书·武帝纪》），卢循才同意继续进兵。这样，刘裕便赢得了周密部署的时间。
徐道覆曾经向卢循建议，水军从新亭（在今南京市西南）到白石垒（在今南京市西北）一线登陆，登陆后焚毁船舰，使士兵下决心死战，力争胜利。卢循认为徐道覆的建议太冒险，不是万全之计，而把战船停泊在蔡洲（在今南京市西南十二里大江中），等待晋军自行“溃乱”。等到刘裕完成其防备部署后，卢循方才发动进攻，率兵与晋军相持于查浦（在今南京市清凉山南），进至丹阳郡（在今南京市东南），转攻京口等地，并无所得。刘裕则统率北府兵主力列阵于秦淮河南岸的南塘一带，坚壁不战。
卢循自五月乙丑（五月十四日）到达蔡洲，到七月庚申（七月初十日），顿兵建康城下两个月之久，师老兵疲，粮食给养都发生困难，只好从蔡洲南撤，退守寻阳。欲西取荆州，再与刘裕决战。这年十月，徐道覆率水军三万西攻江陵，大败于破冢（在今湖北江陵东南），损失万余人，道覆退回湓口（今江西九江市西）。十二月，卢循、徐道覆又率众数万，连舰而下，先后与晋军战于大雷（今安徽望江）、左里（今鄱阳湖口），农民军方面又损折了数万人。卢循乃收散卒数千人，向其根据地广州转移；徐道覆也退保其根据地始兴。次年二月，晋军攻破始兴，徐道覆被杀。三月，卢循率部到达广州，但广州州城番禺早已被晋军占领，循围攻番禺二十余日不下，于四月间南袭合浦（今广西合浦东北），转战至交州（州治龙编，今越南慈山、仙游地区），兵败投水死。
从公元399年十一月孙恩领导浙东农民起义起，到411年四月卢循在交州失败止，东晋末年的这次农民起义，前后持续了十一年零五个月之久。农民起义军转战东南半壁，人民自己所建立起来的舰队，曾经溯洄赣江，纵横长江上下游，乘长风破巨浪于汪洋大海之上，开农民战争战略战术上未有之前例。
以孙恩、卢循为首的这一次农民起义的失败，除了因为没有也不可能有先进阶级的领导这一主要原因外，其他原因是：（一）孙恩在浙东登陆，一时获得八郡人民的响应之后，未能及时地建立根据地，成立农民自己的军政府，一见战争形势不利，便仓猝退入海岛，这样，不但失去了与大陆广大群众的联系，而且众至二三十万的农民军以及妇孺，无计划地向海岛撤退，粮食等给养得不到保证，给农民军造成很大的困难。（二）卢循取得农民军的领导权后，虽然采用各种手段巩固了根据地——广州，可是他实际上是企图割据一方，并没有推翻东晋王朝的决心和信心；等到刘裕北灭南燕，初步满足了江南人民抗敌的要求之际，他迫于三吴战士的思归要求和徐道覆的严正态度，迟迟北进，使得农民军不容易保持其战略主动地位。（三）卢循在作战指导上往往举棋不定，“多疑少决”，不能利用有利战机力争胜利。农民军在建康城下从优势变为劣势，从主动变为被动，最后竟一败涂地，这主要是卢循主观指导错误所造成的。
在卢循交州战败投海死后，东晋末年农民战争的最后一幕已经结束[6]。江南各地农民再度屈服于世家大族与新兴的北府军将领的统治之下，他们重新受着残酷的剥削与压迫，虽然他们在过去已被榨取得几乎一无所有了。
这次农民战争，给了东晋王朝严重的打击，从此它就名存实亡了。
在这次农民战争中受到沉重打击的，还有东晋政权的主要支柱——以王、谢为首的北来的世族大地主，他们的仓廪被打开，他们在浙东的庄园和财产遭到严重冲击，他们丧失了数目众多的奴客。王凝之、谢邈的被杀，谢琰的阵亡，又在在说明了他们削弱到简直不能抵抗。固然，“百足之虫，死而不僵”，他们的社会地位，因为“凭藉世资”，还是极高，然而他们今后在政治上只是饰演配角，当庶族出身的新兴北府系统的将领夺取帝位之际，他们就只能饰演捧玺绶、上劝进表角色，“将一家物与一家”这一流的角色。从此，他们被剥夺了北府兵的领导权；他们顾问中枢大权，以后也逐渐被寒门庶族出身的中书舍人所替代。寒门庶族出身的新兴将领做了皇帝以后，为了集权中央，也毫无顾忌地对他们加以打击，如刘裕杀太原王愉（王坦之之子，愉官至尚书仆射、前将军）、陈郡谢混（谢安孙，谢琰子，混官至中书令、领军将军、尚书左仆射）、高平郗僧施（郗鉴曾孙、郗孙）等，都足以说明高贵的世家大族，至此不得不落到北府将领统治之下了。
在这种情形下，唯一得利者是新兴的北府将领，他们在农民战争的结局中得到利益，他们不仅从以王、谢为首的世家大族手里，夺得了北府兵的领导权，消灭了以桓玄为首的荆州系统的方镇势力，而且他们在因农民战争而崩解了的东晋王朝废墟上，重新建立起新的王朝来。
* * *
[1] 谢安，陈郡阳夏（今河南太康）人，伯父谢鲲，渡江任豫章太守；父裒，太常卿，都是流寓江表的世族大地主。以王、谢为首的北方世家大族，到达江东之后，为了避免和江东世家大族发生经济上的冲突起见，他们的庄园都在东土——浙东，所以谢安早年多居会稽（郡治山阴，今浙江绍兴市）。那时谢安从兄谢尚（谢鲲子）官至尚书仆射、都督豫并幽冀四州军事、镇西将军、豫州刺史。尚卒（公元357年），安兄奕继尚为都督豫兖冀并四州军事、安西将军、豫州刺史。安弟万又继奕任都督司豫冀并四州军事、豫州刺史。真是“家门富贵”，江东数一数二的世家大族。由于谢安有这些兄弟先后参加东晋政权领导工作，可以代表他们这一阶层和他这一家族的利益，因此，谢安可以“放情丘壑”，“出则渔弋山水，入则言咏属文”。东晋政权既是代表世家大族的利益的，那么，这些世家大族为了本阶层和家族的利益起见，每家至少有一人或一人以上参加东晋政权领导工作，这一世家大族的政治地位愈高，社会地位就愈巩固，经济利益也就更能获得一定的保障和长足的发展。每个世家大族如三世以上冠冕不绝，那就成为“天下盛门”、“奕世膏粱”；倘或偶然有一代接不上来，不能继续保持原有的爵位，于是便有称为“门户中衰”或“衰门”的危险。同时，东晋王朝既然以北方流播南下的世家大族为其主要支柱，那么必须随时注意培养世家大族中的后起之秀，通过九品官人等等方式，吸收他们参加政权领导工作，统治集团内部人才愈充实，统治权自然也愈巩固。以谢安这个人物而论，自是过江以后的第一流，作为东晋政权而论，是应该把他拉出山来的，于是便产生出“东山不起，如苍生何”的话来。可是谢安呢?仍然高卧东山（今浙江上虞西南四十五里），度着他山林隐遁的生活，尘世事没有扰乱他的心胸，因为尘世事自有他的门生、典计（庄园的管理者）去替他处理，并不用他操心，政府几次三番请他出山，他都“高卧不起”，政府甚至采取“禁锢终身”的手段，来对他进行威胁，他还是漠然无动，“吟啸自若”。到了谢安四十多岁的时候，安兄谢奕、从兄谢尚先后逝世，弟谢万受命北讨，兵溃单骑逃归，废为“庶人”，这么一来，谢家就要“门户中衰”了。由于门户中衰，社会地位受影响，经济的利益首先会受到损害，陈郡谢氏处在这种不利形势下，要保持家门富贵，便只有谢安出山之一法。桓温在这时请他去当自己幕府的司马，安黾勉从命。王、谢两族，是当时世家大族中的冠冕，只要谢安肯做官，获致高位，是不成问题的，何况谢安一“释褐”，就和桓温建立了僚属的关系，这对于他以后进身之阶，甚为有利：以后谢安入辅中央，由侍中而吏部尚书、尚书仆射、后将军、扬州刺史、中书监、录尚书事；桓温死后，孝武帝年幼，安更独综朝权，政由安出。
[2] 《世说新语·排调篇》注引《南徐州记》：旧徐州都督，以东为称。晋氏南迁，徐州刺史王舒加北中郎将，北府之号，自此起也。
《世说新语·捷悟篇》注引《南徐州记》：徐州人多劲悍，号精兵，故桓温常曰：“京口酒可饮，箕可用，兵可使。”
《资治通鉴》晋海西公太和四年胡三省注：“晋都建康，以京口为北府，历阳为西府，姑孰为南州。”又晋孝武帝太元二年注：“晋人谓京口为北府。谢玄破俱难等，始兼领徐州，号北府兵者，史终言之。”
按南徐州刺史多兼北中郎将，故时称南徐州为“北府”，因此，在京口招募之侨民亦称之为“北府兵”。
[3] 《晋书·桓宣传族子伊附传》：伊……善音乐，尽一时之妙，为江左第一。……时谢安女婿王国宝专利无检行，安恶其为人，每抑制之。及孝武末年，嗜酒好内，而会稽王道子昏尤甚，惟狎昵谄邪，于是国宝谗谀之计稍行于主相之间。而好利险之徒，以安功名盛极而构会之，嫌隙遂成。帝召伊饮宴，安侍坐。……伊便抚筝而歌怨诗曰：“为君既不易，为臣良独难。忠信事不显，乃有见疑患。周旦佐文武，《金》功不刊。推心辅王政，二叔反流言。”声节慷慨，俯仰可观。安泣下沾衿，乃越席而就之，捋其须曰：“使君于此不凡！”帝甚有愧色。
[4] 《晋书·会稽王道子传》：世子元显又发东土诸郡免奴为客者，号曰乐属，移置京师，以充兵役。东土嚣然，人不堪命，天下苦之矣。
[5] 《晋书·王羲之传子徽之附传》：居山阴，后为黄门侍郎，弃官东归。《世说新语·任诞篇》：王子猷（徽之字）居山阴。刘峻注引《中兴书》曰：徽之弃官东归，居山阴也。（这是琅邪王氏王羲之一房居会稽之证。）
《宋书·谢灵运传》载《山居赋》自注：大小巫湖……并是美处。义熙中，王穆之（王导孙）居大巫湖，经始处所犹在。（这是琅邪王氏王导一房中居会稽之证）
《晋书·王传子胡之附传》：胡之，字修龄。《世说新语·方正篇》：王修龄曾在东山，甚贫乏。刘峻注引《王胡之别传》曰：胡之常遗世务，以高尚为情，与谢安相善也。
《宋书·谢灵运传》载《山居赋》自注：白烁尖者最高，下有良田，王敬弘（王曾孙）经始精舍。
《南史·王裕之传》：晋骠骑将军之曾孙。……所居余杭舍亭山，林涧环周，备登临之美，故时人谓之王东山。……孙秀之，营理舍亭山宅，有终焉之志。
《南史·王镇之传》：晋司州刺史王胡之之从孙……桓玄辅政……乃弃家致丧还上虞旧墓。
《南史·王镇之传弟弘之附传》：家在会稽上虞……始宁（今浙江上虞西南）沃川有佳山水，弘之又依岩筑室。《宋书·隐逸·王弘之传》：谢灵运与庐陵王义真笺曰：“会稽既丰山水，是以江左嘉遁，并多居之。但季世慕荣，幽栖者寡，或复才为世求，弗获从志。至若王弘之拂衣归耕，逾历三纪；孔淳之隐约穷岫，自始迄今；阮万龄辞事就闲，纂成先业，浙河之外，栖迟山泽，如此而已。……”（以上是琅邪王氏王一房居会稽之证。）
《宋书·王素传》：高祖翘之（王彬子），素住东阳，隐居不仕，颇营园田之资。（这是琅邪王氏王彬一房居会稽之证）
《世说新语·雅量篇》注引《中兴书》：〔谢〕安玄居会稽，与支道林、王羲之、许询共游处，出则渔弋山水，入则谈说属文，未尝有处世意也。《世说新语·赏誉篇》注引《续晋阳秋》：初谢安家于会稽上虞县，优游山林。
《宋书·谢弘微传》：从叔峻，司空琰（谢安子）第二子也，无后，以弘微为嗣。……所继叔父混（琰第三子）……诛，妻晋陵公主……以混家事委之弘微。混仍世宰辅，一门两封，田业十有余处，童仆千人……〔元嘉〕九年，东乡君（即晋陵公主，晋亡，降为东乡君）薨，资财巨万，园宅十余所，又会稽、吴兴、琅邪诸处，太傅（谢安）、司空琰时事业，奴童犹有数百人。（以上是陈郡谢氏谢安一房居会稽之证）
《水经·渐江水注》：浦阳江自山东北径太康湖，车骑将军谢玄田居所在。右滨长江，左傍连山，平陵修通，澄湖远镜。于江曲起楼，楼侧悉是桐梓，森耸可爱，居民号为桐亭楼。楼两面临江，尽升眺之趣，芦人渔子，泛滥满焉。湖中筑路，东出趋山，路甚平直。山中有三精舍，高甍凌虚，垂檐带空，俯眺平林，烟杳在下，水陆宁晏，足为避地之乡矣。
《南史·谢灵运传》：祖玄……灵运父祖并葬始宁县，并有旧宅及墅，遂移籍会稽，修营旧业，备山带江，尽幽居之美。……灵运因祖父之资，生业甚厚，奴童既众，义故门生数百。（以上是陈郡谢氏谢奕一房居会稽之证）
《世说新语·仇隙篇》：王蓝田（述）于会稽丁艰，停山阴治丧。
《世说新语·识鉴篇》：王大（王忱小名）自都来拜墓。（王忱为王坦之子，王述孙，王述一房坟墓在会稽，其田宅当亦在会稽）
《世说新语·文学篇》：支道林、许〔询〕、谢〔安〕共集王〔〕家，谢顾谓诸人曰：“今日可谓彦会。”《言语篇》注引《王长史别传》：字仲祖，太原晋阳人，其先经汉、魏，世为大族。
《世说新语·文学篇》：许掾（许询）年少时，时人以比王苟子，许大不平。时诸人士及林法师并在会稽西寺讲，王亦在焉。注：苟子，王脩小字也。《文字志》曰：“脩字敬仁，太原晋阳人。父，司徒左长史。”
《世说新语·德行篇》：王恭（王孙，王脩子）从会稽还。（以上是太原王氏王一房居会稽之证）
《宋书·谢灵运传》载《山居赋》自注：五奥者，昙济道人、蔡氏、郗氏、谢氏、陈氏，各有一奥。……漫石在唐磁下，郗景兴（郗超，字景兴，一字嘉宾，高平郗鉴孙，郗子）经始精舍，亦是名山之流。（这是高平郗氏居会稽之证）
《晋书·孙楚传》：子纂，纂子绰，居于会稽，游放山水，十有余年。《世说新语·言语篇》注引《中兴书》曰：孙绰，字兴公，太原中都人。……历太学博士、大著作、散骑常侍。《遂初赋》叙曰：“余经始东山，建五亩之宅，带长阜，倚茂林。”《世说新语·言语篇》：孙绰筑室畎川。《世说新语·赏誉篇》：孙兴公、许玄度共在白楼亭，共商略先往名达。注引《会稽记》：亭在山阴，临流映壑也。
《世说新语·任诞篇》：刘尹云：“孙承公（孙绰兄孙统，字承公）狂士。”注引《中兴书》：承公家在会稽。（以上是太原孙氏居会稽之证）
《世说新语·栖逸篇》：阮光禄（裕）在东山，萧然无事，常内足于怀。《德行篇》注引《阮裕别传》：裕……陈留尉氏人。祖略，齐国内史；父，汝南太守。裕累迁侍中，以疾筑室山阴会稽剡山。
《宋书·隐逸·阮万龄传》：祖思旷（阮裕字），左光禄大夫；父宁，黄门侍郎。万龄……家在会稽剡县。……永初末，自侍中解职东归。（以上是陈留阮氏居会稽之证）
《世说新语·言语篇》注引《续晋阳秋》：许询，字玄度，高阳人，魏中领军允玄孙。《世说新语·栖逸篇》：许玄度隐在永兴（今浙江萧山西）南幽穴中。《世说新语·文学篇》：时诸人士及林法师并在会稽西寺讲，……许〔询〕便往西寺。《世说新语·雅量篇》注引《中兴书》：〔谢〕安玄居会稽，与支道林、王羲之、许询共游处。（这是高阳许氏居会稽之证）
《世说新语·栖逸篇》：戴安道既厉操东山，而其兄欲建式遏之功。注引《续晋阳秋》：逵（安道之名）不乐当世……隐会稽剡山。又引《戴氏谱》曰：〔安道兄〕逯，字安丘，谯国人，祖硕，父绥，有名位，逯以功封广陵侯，仕至大司农。（这是谯国戴氏居会稽之证）
《宋书·隐逸·孔淳之传》：孔淳之……鲁郡鲁人也。……居会稽剡县。……元嘉初，复征为散骑侍郎，乃逃于上虞县界。（这是鲁国孔氏居会稽之证）
[6] 《宋书·褚叔度传》：高祖版行广州刺史，仍除都督交广二州诸军事、建威将军、领平越中郎将、广州刺史。……义熙八年（公元412年），卢循余党刘敬道窘迫，诣交州归降。交州刺史杜慧度以事言统府，叔度以敬道等路穷请命，事非款诚，报使诛之。慧度不加防录，敬道招集亡命，攻破九真，杀太守杜章民，慧度讨平之。