南疆之变乱，经过若干阶段。
最初，库车土回马隆，结外匪田拉满、苏拉满作乱，共推黄和卓为首领。既夺踞库车城，复进陷阿克苏城，旋更东取喀喇沙尔，西并乌什。伊犁援师至冰岭，为回众所扼，末由南下；乌鲁木齐援师至乌沙塔拉戈壁，陷回众所设伏，全军覆没，于是东四城均为黄和卓所据。注429
继之，为叶尔羌之叛。其首领为阿布都拉门，已而英吉沙尔、喀什噶尔汉回亦谋变。均以驻军先发制人，一网打尽，未成事实。又已而喀什噶尔回目金相印，纠合布鲁特头目思的克同叛踞回城，马福迪、哈比布拉等亦叛据和阗。金相印攻喀什噶尔汉城，不下，求援于浩罕。其阿来姆苦汗遣张格尔子布素鲁克，偕帕夏阿古柏以应。阿古柏先后进攻英吉沙尔与喀什噶尔汉城，驻军守战均穷，于是西四城全部沦陷。注430
最后，阿古柏既控制喀什噶尔、英吉沙尔，复先后攻灭阿布都拉门而并有叶尔羌，诱杀马福迪、哈比布拉而并有和阗，战败黄和卓而并有东四城，于是南疆全归阿古柏。阿古柏之来，本为布素鲁克之辅，惟布素鲁克溺于声色，无所作为，而又恶阿古柏专权，两人龃龉日甚。阿古柏乃迫布素鲁克参谒天方，而自立为汗，称毕条勒特汗。及降北疆之清真王妥明，而版图益扩大。注431
原来准部并有回部时，尽迁回教首领于伊犁，其中一人，为阿布都实特。康熙朝，战败准部，阿布都实特自拔来投，护归故土。阿布都实特子玛汉木特，苦准部压迫，企图独立，复与其两子称大小和卓者，被羁伊犁。乾隆朝，平定准部，遣大和卓博罗尼都，回定南疆，留小和卓霍集占，使统率北疆回教徒。逾时，清廷欲服属南疆，始抚大和卓，未得要领。适小和卓自伊犁脱归，遂共议定独立。清军击之，败窜入巴达克山，被杀。其子匿居浩罕，浩罕庇护之。嘉庆朝，大和卓孙张格尔，勾结受政治压迫而流亡于浩罕之南疆回众入寇，战败被擒，剥皮处死。清军更令浩罕缚献两和卓后嗣，浩罕以格于回教经典拒之，清廷绝浩罕互市。道光朝，浩罕入寇，战败请和。未几，小和卓孙迈买的明，勾结浩罕入寇，复为清军所败，仍窜匿浩罕。故同治朝浩罕之助张格尔入南疆，仍含有报复意味。浩罕本有四部，此时，其三部已为帝俄所吞并，惟安集延一部独存，故阿古柏拥有之武力，亦为安集延人。注432
中亚诸国，与新疆同奉回教，素嫉中国之统治，对于阿古柏之建国极表同情。布哈尔汗闻之，尊阿古柏为阿达里克式，义取圣道爱护者。土耳其亦封阿古柏为天山南路爱米儿，译为摩诃末之后裔。而阿古柏更与英国及帝俄签订通商条约，两国承认其为一国元首。注433
然当左宗棠进规天山南路时，阿古柏在北路之势力已消灭。阿古柏既自杀，次子海古拉又被戕，故即在南路，亦惟有其长子伯克胡里尚踞喀什噶尔。此外则曾附于阿古柏之白彦虎，尚踞开都勒。初，新疆回众本认阿古柏为同类，故于其初至，一致欢迎。然浩罕如狼，回人如羊，阿古柏与安集延专视群回为鱼肉，群回饱受蹂躏，对于阿古柏，久已失去同情，故宗棠预言：
……回部内讧，已成瓦解之势。计八城中，除喀什噶尔尚须重烦兵力外，此外师行所至，当无敢再抗颜行者。……注434
乃命刘锦棠之老湘军，先行分起西进，张曜之嵩武军随后继发。其徐占彪之蜀军调回巴里坤、古城子间防守，而别派易开俊带楚军数营驻吐鲁番镇抚。一面咨会乌鲁木齐至精河一带西北驻军，严密注视白彦虎行踪，阻遏其北入伊犁边界，东出昌吉、玛纳斯。注435
光绪三年(1877)八月，锦棠雄师南指，先至曲惠，然后分兵两枝：余虎恩、黄万鹏等一枝取道乌沙塔拉，傍博斯腾淖尔，西出库尔勒之背，为奇兵；锦棠自率一枝，由大道向开都河，为正兵。时开都河水，为白彦虎所壅阻，漫流百余里，绕行一百二十里，始达东岸。至喀喇沙尔城，则白彦虎已掠缠回，合安集延人西走，故不战而复之。城中水深数尺，庐舍荡然。更进，知白彦虎又已由库尔勒劫缠回而西，会傍博斯腾淖尔前进之奇兵从间道至，同入库尔勒城，则城中空无一人。更向西追踪，凡六日，行九百里，收库车城，获羊一万二千头，西瓜有重一百二十斤者，足证南疆之富。沿途拔出难民十万计，宗棠遣员设善后局安抚之，筹籽种，招耕牧，治涂造船以通商贾，缠回附者益众。其间敌两度回抗，均不逞，第二度且死千余人。白彦虎过拜城，更欲劫回目阿克奈西徙。阿克奈木不应，为白彦虎所戕，诸回遂皆撄城固守。白彦虎攻之不下，焚掠城外村庄而去。及官军踪至，而诸回皆开城出迎。复蓐食乘冰夜进，风烈霜凝，人马冻皲。行八十里，及敌于铜厂，方驱缠回约二万人渡河，令见有骑者即杀。顷之，人马僵积，水为不流，官军随亦乱流渡。敌分众两道前拒：左路为安集延人，右路为白彦虎陕回。官军与战，白彦虎本不欲斗，见右路已败，遽率死党先走，众益大溃，尸委属数十里。追至察尔齐克台，斩首数千级，生擒百余。遂渡沙漠一百四十里而抵阿克苏城，城中回十万开城出迎。尔时，敌分两道续窜，安集延人西南趋叶尔羌，白彦虎西北趋乌什。官军定计，舍安集延人，专追白彦虎，踏冰渡胡玛纳克河，斩寇数十人。白彦虎赍金宝自结于帝俄，而由布鲁特边遁喀什噶尔。又追九十里，弥望沙漠，始还，收乌什。由是自喀喇沙尔而库车，而阿克苏，而乌什，所谓天山南路东四城者，均先后收复。一月驰驱三千里，成功之迅速，殆无伦比。宗棠本在病中，得捷报，为之霍然，竟啖全羊。注436
天山南路东四城收复后，宗棠将军事重行布置。自肃州至嘉峪关以抵吐鲁番，自托克逊以抵库车，均作为防军。自库车至阿克苏、巴尔达克，为且防且战之军。自巴尔楚克、玛纳斯尔什以西，则为作战之军。常山率然势成，首尾相应，数千里一气卷舒，将士心目中皆有全局洞贯之象。注437
当官军之南下也，和阗伯克呢牙斯遽纠所部回众，图叶尔羌以应。阿古柏长子伯克胡里得讯，留阿里达什守喀什噶尔，而自率五千骑驰援。既行，白彦虎至喀什噶尔，而阿里达什不纳。叛弁何步云，初以其女改名色哩玛罕，妻阿古柏，故得任用。至是，乘隙以汉城反正，伯克胡里至叶尔羌，大败呢牙斯，复取和阗，由英吉沙尔回喀什噶尔。途次，悉官军已下库车，何步云又反正，则大怒，尽杀英吉沙尔汉民，令阿里达什纳白彦虎，并力攻汉城。何步云求救于官军，官军方回抵阿克苏，依宗棠预计，本应先取叶尔羌，再规喀什噶尔、英吉沙尔。锦棠闻喀什噶尔汉城已反正，则分军两道，一向西南，经巴尔楚克玛纳巴什而进，一向西北，经乌什及布鲁特边界而进。十一月，先后行抵喀什噶尔满城之北部，与东部相距九十里。时伯克胡里守城东北，白彦虎守城东，而所裹缠回闻官军至，相率逃，杀之不能止，乃各谋先遁，留党踞城，以缀官军。白彦虎走西北，伯克胡里则向西走，其夜城中纵火，光如白昼。驻城东官军先进，敌犹图抗拒，则与驻城北官军合而击之，敌大败。何步云凭汉城助势，敌益汹惧，开西门狂奔，官军遂克喀什噶尔满城。再分两军，一追白彦虎，至岌岌槽已及之，白彦虎拨众后拒，亦悉歼之。复穷追至哈玛纳，为帝俄布鲁特人所阻，白彦虎遂得至纳林河。俄人收其兵械使渡。其后清廷虽迭与帝俄交涉引渡，而帝俄峻拒。又一军追伯特胡里，及之明要路，惟伯特胡里本人已先一日窜过路峡而入帝俄境，仅获其眷属四百余人。伯特胡里后居阿来。惟安集延南境故地，在喀什噶尔城西外卡伦，官军引兵徇定之，先后搜获阿古柏之妻并余子四人，及前引阿古柏入境之金相印父子，连窜匿陕回一千一百六十六人。阿古柏眷属解宗棠大营审办，余悉诛夷之。先是，官军既拨援喀什噶尔，策敌已内讧，宜乘不备击之。遂以别部进叶尔羌城。逮闻喀什噶尔复，又收和阗、英吉沙尔两城，由是自喀什噶尔而英吉沙尔，而叶尔羌，而和阗，所谓天山南路西四城者，亦均先后收复。查获敌银七万四千九百八十两强，即以拨充办理地方善后之用。注438
于是天山南路悉定，宗棠晋封二等侯。注439相传宗棠在嘉应州，平定太平军，班师福州省城，凯旋牌坊题“一品当朝”。宗棠见之，若夷然不屑也。或窥其意，为易“万里封侯”，宗棠乃色然喜。充国未老，班超非稚，宗棠至此，可谓有志者事竟成矣。
是时，中国声威远慑，诸外侨在南八城者，皆翕然听命。凡获英吉利商官一人，随从商贾九人，乳目洋操教习二人，商三人，阿剌伯三人，温都斯坦三十余人，鄂勒推帕二十余人，克什米尔一千七百余人，巴达克山三千余人，巴尔替一千余人，科拉普一百五十余人，哈普隆二百五十余人。锦棠以诸种人自称商贾，杀之不武，悉宥弗诛。其英人与乳目人，给文返国。布鲁特十四部落愿隶中国者，纳之。布鲁特都十九部落，在西四城卡伦外，其中五部落，投附帝俄，余十四部落，投附安集延。至是，见安集延失败，复请归中国。宗棠以喀什噶尔形势介葱岭支干之中，安集延与布鲁特地居西偏，逾山而东，乃达喀什噶尔，本中外天然界划，遂南自英吉沙尔，北至布鲁特界，按照卡伦地址，改筑边墙，于冲要间以碉堡，并固形势。注440