如何规复新疆，固为一大问题，而新疆规复后如何处理，尤为一大问题。颇有人拟就各部分设置回目，分散其势力，以为如此便可获得治安，而又省事省费。宗棠独主张从根本作起，改设行省，开置郡县。(参阅三十节)当时清廷即饬宗棠通盘筹划，妥议具报。宗棠则以此事关系太重大，颇难独负其责，故当天山南路平定，而奏请下廷臣及各省督抚会议：
……新疆拟改设行省，置郡县，虽久安长治之良图，然事当创始，关系天下大局，非集内外臣工之远猷深算，参考异同，则思虑未周，筹策容多疏误。且甘肃荒瘠著名，所有兵饷，全资各省协济，相沿已久。臣前奏请敕户部将咸丰年间报销册籍全分，颁发到臣，以凭稽考，尚未见到。现复逐加询访，甘肃本省及镇迪一道饷需经费，每年常额计三百二十余万两内外。伊犁、塔尔巴哈台及吐鲁番、南八城满绿各营饷需经费，约尚需百数十万两，均系由各省拨解接济。此时虽指西征台局及各省关专款分解济用，将来应仍复旧额，以归有着。合无仰恳皇上天恩，敕下军机大臣、总理各国事务衙门、六部、九卿及各省督抚臣，将新疆应否改设行省，置郡县，从长计议，具奏请旨。并将各省关从前应解甘饷及应解新疆额饷各实数，咨部核对行知，庶微臣斟酌损益，得有凭借。……
奉诏，略谓：
……新疆应否改设行省郡县，事关重大，非熟习该地方情形，难以悬断。此时遽令内外臣工议奏，亦未必确有定见。仍着左宗棠将何处应设省份，分设郡县，及官缺、兵制、一切需用经费，妥议章程具奏，再敕廷臣悉心会议，候旨定夺。该督前请发交咸丰初年陕甘新疆报销卷册各全分，及新疆额征俸薪饷需各卷册，着户部懔遵前旨，迅速办理。并将各省关应解甘饷，及应解新疆额饷各数目，查明咨照该督核办，毋稍迟缓。……注492
嗣清廷派崇厚赴帝俄交涉收回伊犁，诏询宗棠伊犁最近情势，并谓：
……郡县之制。以民为本。现由嘉峪关而乌鲁木齐，至库尔喀喇乌苏迤西，商户、回户各存若干，由吐鲁番至南八城，缠头回各存若干，除旧有各厅州县外，其余各城改设行省，究竟合算与否，何以迟未覆奏？倘置郡县，有无可治之民？不设行省，以外有何良策？固不可因陈奏在先，碍难变计，而默尔以息。尤不可因时势所值，不易措手，而隐忍以待，总宜于万难措施之中，求一可进可退之计。该督素矢公忠，西陲形势了如，想早胸有成算。至关内外满绿制兵如何整顿，防勇征勇如何裁并，及改设营屯，节缩饷项之处，亟应通盘筹划，次第妥办。数年来，竭东南财力，以助西征，前复因善后紧要，特允筹借商款三百五十万两，俾应急需。每岁各省入款，止有此数，损彼益此，断不能持久，商款又万难再借，想亦该督所深悉也。此旨到后，着将垂询各节，并布置方略，即行密速奏闻。……
宗棠覆陈新疆应改行省有两大理由，并说明调整兵制，及新疆利源可开情形：
……臣谨按新疆之变，起于北路。迪化失守，所属相继沦陷，户口伤亡最多，汉民被祸尤酷，以逆回仇视汉人故也。比大军进剿，连拔坚城，而昌吉、呼图壁、绥来回民，又因畏剿，逃奔南路，烟户顿减。克复以来，还定安集，招徕开垦，户口渐增。迪化州各属，尤成效可睹，旧额民户共四千二百有奇，现报承垦者，已三千六百余户。昌吉县民户，旧共三千九百有奇，现报承垦者，仅四百数十户。阜康县民户，旧有三千九十余，现报承垦者，仅二百一十余户。绥来县民户，旧有三千七百余，现报承垦者，八百五十余户。奇台县旧有民户，四千三百六十有奇，现报承垦者，五百七十余户。济木萨县丞所属，旧有民户，二千八百有奇，现报承垦者，三百五十余户。呼图壁巡检所属，旧有民户，一千七百三十有奇，现报承垦者，二百八十余户。库尔喀喇乌苏旧有民户，仅八十有奇，现报承垦者，尚数十户。精河旧有民户，四十有奇，现报承垦者，一百余户。镇西厅户口无考，旧种地六万亩，现报民垦三万六千余亩，兵垦四千余亩，土客渐增。此北路民户现存实数也。久罹兵燹，户口凋耗，无怪其然，镇迪一道所属，虽孑黎仅存，频年散给耕牛种籽，酌发赈粮，广示招徕。自木垒河抵精河，除戈壁外，又均是腴区。土客民人及遣散勇丁领地耕垦，逐渐增加。署镇迪道周崇傅，勤慎廉干，事必躬亲，渐有明效。需之时日，百堵皆兴;即以目前论之，亦非无可治之民也。吐鲁番旧隶镇迪道，荒地尚少，现委道员雷声远，署同知奎绥，妥为抚辑，粮石租税，已逾旧额之半。南八城除英吉沙尔壤地褊小，乌什土性瘠薄，余均较吐鲁番为饶。而喀什噶尔、和阗、叶尔羌、阿克苏，庶而兼富，物产丰盈，又较各城为盛。刘锦棠、张曜悉心经理，现委员开河引渠，清丈地亩，修筑城堡塘站，铸钱征厘，百废肇兴，具有端绪，较之北路，尤易为功。是南北开设行省，天时人事，均有可乘之机，失今不图，未免可惜。此新疆之应改省者，一也。
北路得之准部，南部得之回部，皆因俗设施，未能与内地一道同风，久已概为边地。伊犁设将军，又设参赞大臣一员，乌鲁木齐设都统，塔尔巴哈台、叶尔羌均设办事大臣。伊犁等处，设领队大臣五员，塔尔巴哈台、乌鲁木齐、库尔喀喇乌苏、古城、巴里坤、吐鲁番、乌什、英吉沙尔均设领队大臣，哈密设办事大臣一员，协办大臣一员，叶尔羌设兼管和阗事务协办大臣一员，乌什设帮办大臣一员，喀什噶尔设换防总兵一员；是边地腹地，皆一律视之，无甚区别，与经野驭边之义不符。将军、都统与参赞办事大臣、协办与领队大臣，职分等夷，或皆出自禁闼，或久握兵符，民隐未能周知，吏事素少历练，一旦持节临边，各不相下，稽察督责，有所难行。地周二万里，治兵之官多，治民之官少，而望政教旁敷，远民被泽，不亦难哉！北路粮员但管征收，而承催则责之头目，南路征收，均由回目阿奇木伯克等交官，官民隔绝。民之畏官，不如其畏头目。官之不肖者，狎玩其民，辄以犬羊视之。凡有征索，头目人等辄以官意传取，倚势作威，民知怨官，不知怨所管头目也。内地征收常制，地丁合而为一，按亩出赋；故无无赋之地，亦无无地之赋。新疆则按丁索赋，富户丁少，赋役或轻，贫户丁多，赋役反重，事理失平，莫甚于此。货币之制，子母不能相权，争讼之事，曲直不能径达。官与民语言不通，文字不晓，全恃通事居间传述，颠倒混淆，时所不免。此非官与民亲，渐通其情实，去其壅弊。广置义塾，先教以汉文，俾其略识字义。征收所用券票，其户民数目，汉文居中，旁行兼注回字，令户民易晓，遇有舛误，即予随时更正。责成各厅州县，而道府察之，则纲目具而事易举。头目人等之权杀，官司之令行，民之情伪易知，政事之修废易见，长治久安之效，实基于此。此新疆之应改设行省者，二也。
夫立国有疆，古今通义。传曰：“天子有道，守在四夷。”周秦以前，姑弗具论。自汉以来，通道始于张骞，不能得月氏要领；求马继以广利，不能下小国坚城。汉于西域，穷天下之力以务之，卒有轮台之悔。故班固以为得之无益，弃之不为损也。今主弃地之说者祖之。臣愚非不谓然，顾龂龂于兵不可停，地不可弃者，盖以地形无今昔之殊，而建置则有因创之异。穷变通久，因时制宜，事固有不容已者。谨按，新疆开拓，肇自高宗时，移凉州、西安、热河满兵，延安、绥德、宁夏、兴安、汉中、西宁、固原、肃州、河州、安西绿营兵丁，驻守南北两路。饷不外增，各城养廉经费，则以京口、杭州等处出旗汉军俸饷、口粮、马干、及甘肃等处所减草料充之。计内地每岁节省之数，共一百二十九万两有奇，而划抵新疆养廉经费一百零七万八千四百余两外，尚余银二十一万一千五百余两，不特无糜饷之虞，且有节饷之实。论者窃以耗中事西疑之，于圣意拓边节饷，固无当也。臣自度陇以来，即留心稽考甘肃、新疆饷数，佥称承平时，每岁约银五百余万两。自变乱以来，册籍散佚，难以覆按，请部钞示成案，亦无以应。近据藩司崇保详称：“查得道光二十七年(1847)，甘肃口内外驻防满洲、蒙古旗、绿营官兵应需俸饷，红白赏恤等项银四百一十五万二千三百五十三两三钱九分九厘四丝一忽，内先一年预拨银一百四十万两外，银二百七十五万二千三百五十三两三钱九分九厘四丝一忽，由部臣照依估拨预拨完数。”以此准之，甘肃、新疆实饷五百余万两之数，虽无可考，而一岁之中，预拨正拨四百一十五万有奇，则有数可稽也。臣窃度南北两路，如行清丈之法，就亩征赋，仿什一之制，而从宽定额，民收十数分，官征其一，以给军食，尚可有余。修渠导流，以备旱潦；改铸制钱，以便民用；设局征厘，以裕课税；创设义塾，教之识字；选调匠师，教之艺事。自季春至今，次第经理，甫有端绪，容俟各处函牍到齐，即日具奏。此外南北两路物产，尚有药材、皮张、吐鲁番之棉花、和阗之玉、库车之金、铜、铝、铁均应设筹及之，是新疆利源，非无可开也。甘肃地处边陲，土旷人稀，瘠苦甲于天下。承平时，钱粮征收，不及东南一大郡，此其明征。乱后孑黎，皮骨仅存，气息仅属，虽频年拊循休养，渐有起色，究之致力多而成功少者，时地实有以限之。通省旧设额兵太多，全恃各省协款接济，自中原军兴，各省未能兼顾。于是回祸起，新疆沦陷，甘肃全省，名虽仅存，实则亡矣。幸值圣明在上，洞瞩无遗，移东南之余财，救西北之奇厄；亲贤夹辅，内外一心，先关内而后关外，次第图之，乃有今日，不可谓非幸也。此时所当亟筹者，善后之策。善后之策，当规久远，利钝所系，非仅一时。以甘肃与新疆并论，新疆利源可开，流亦可节，甘肃则开源为难，而节流尚有可议。从前额兵之多者，一则辖疆与蒙部回番杂处，兵少恐启戎心；一则新疆需由内地拨兵换防，兵少难敷调派也。若以现在局势而言，蒙部回番，已就钤束，防营可以渐减。前奏改行饷为坐饷，图节勇饷，为复甘肃制兵之渐。新疆南北，如置行省，换防之制，可以永停，预拨估拨饷银四百数十万两，俟伊犁收还，每岁约可节省百数十万两。后此利源日增，饷更可减。部臣可随时察酌，而任甘肃、新疆之事者，可随时陈奏，特恐非微臣所及见耳。此统筹甘肃节省饷需以规久远之大略也。
谕旨：宜于万难措施之中，求一可进可退之计。臣愚窃以为新疆岁需饷银二百数十万两，甘肃岁需饷银二百数十万两，本是承平时部臣预拨估拨常例。兹当全陇澄清，西域收复之时，照常指拨，于部章并无不合，承拨各省当亦无词。况承平时应拨数目内，又可节省百余万两。此后经理得宜，节省或当不止此数，实于国家经出之费，不无小补；当亦部臣与疆圻诸臣所乐闻也。臣于新疆拟办各事，皆以利民裕国为主，行省之改与否，尚未奏奉明旨。而所筹者，无论改省与否，两不相妨，可行则行，可止则止，进退尚属绰然。过蒙圣明矜谅，示以转圜之机，若不披沥直陈，上纾慈念，更何以自处。至愚衷有未尽者，不得不及时陈明，仰祈垂察。……
清廷诏以：
……事关创始，必须熟筹于事前，乃可收效于日后。刻下伊犁未经收还，一切建置事宜，尚难遽定。其余南北各城，应如何经理之处，即着左宗棠悉心筹画，次第兴办。总期先实后名，俟诸事办有眉目，然后设官分职，改设郡县，自可收一劳永逸之效。所有办理情形，并着随时详细具奏。……注493
事逾半年许，前自喀什噶尔逃窜帝俄境界之安集延各酋目，纠众窥边，喀什噶尔与叶尔羌一带杂居之种人，颇为所煽动。宗棠于报告防剿折中，又谓：“新疆地方因俗施治，政教未行，愚回信奉其汗比条勒，已成锢习。非革除旧俗，渐以华风，望其长治久安，事有难言。”诏谓：“新疆地方，愚回锢习未除，自应规画久远，移其风俗，俾就范围。该大臣所拟改设郡县，应如何办理之处，并着妥筹具奏。”注494
宗棠乃并案奏陈其意见：
……窃惟新疆南北各城，频年办理善后事宜，均有端绪，所有详细情形，业经会衔陈奏。臣与杨昌濬再四咨度，分设郡县，与时务相宜。如蒙恩旨俞允，会同筹商办理，从此边地腹地，纲举目张，城郭庐帐，群萃州处，彼此各仍其旧。治外则军府立而安攘有借，疆圉奠焉；治内则吏治修而政教相承，民行兴焉。上无鄙夷其民之心，下有比户可封之俗，长治久安之效，实基于此。臣两次钦奉谕旨，恭录咨行新疆在事诸臣，意见相合。窃计改设郡县，经出经入费用，较之从前部拨常年实数，不但无增，且可渐减。诚及此时筹议兴办，开设行省，于国计边防，不无裨补。
按新疆形势所在，北路则乌鲁木齐，南路则阿克苏。以其能控制全疆，地居天山南北之脊，居高临下，左右伸缩，足以有为也。谨拟乌鲁木齐为新疆总督治所，阿克苏为新疆巡抚治所，彼此声势联络，互相表里，足称其形势。将军率旗营，驻伊犁，塔尔巴哈台改设都统，并统旗绿各营。并拟增设伊犁兵备道一员，塔尔巴哈台拟增设同知一员，以固边防。
北路镇迪道，应仍其旧，拟改迪化州直隶知州为迪化府知府，拟增置迪化县知县一员，附郭。州属原设县四，一阜康，一昌吉，一绥来，一奇台，应仍其旧。拟升呼图壁巡检为图壁县知县，升济木萨县丞为济木县知县。镇西厅同知治巴里坤，拟改为镇西州直隶州，拟仍复原设宜禾县知县，附郭。哈密通判拟改为直隶厅同知。
吐鲁番境一名广安州，为入南疆冲要首站。拟增设广安道一员，以资控扼。其吐鲁番同知，拟改为广安州直隶州。拟升辟展巡检为辟展县知县。托克逊为乌鲁木齐通南八城冲要，拟就地置托逊县知县一员，以资联络。
南路拟设阿克苏巡道一员，喀什噶尔兵备道一员，拟设知府四员，一治阿克苏，一治库车，并隶阿克苏巡道。按阿克苏即古温宿国，拟设温宿府知府一员，温宿县知县一员，附郭。拟设尹河县知县一员，治尹阿瓦提；拟设拜城县知县一员，治拜城，均隶温宿府知府管辖。库车即古龟兹国，拟设鸠兹府知府一员，鸠兹县知县一员，附郭。拟设沙雅尔知县一员，治沙雅尔，归鸠兹府知府管辖。喀什噶尔即古疏勒国，拟设疏勒府知府一员；疏勒县知县一员，治汉城，疏附县知县一员，治回城，并附郭，归疏勒府知府管辖。叶尔羌即古莎车国，拟设莎车府知府一员；莎车县知县一员，治汉城，莎附县知县一员，治回城，并附郭，归莎车府知府管辖。喀喇沙尔即古焉耆国，拟设焉耆直隶州知州一员，治喀喇沙尔。并设库勒县知县，治库尔勒，归焉耆直隶州知州管辖。和阗即古于阗国，拟设于阗直隶州知州一员，治和阗；并设于阗县知县一员，附郭，归于阗直隶州管辖。乌什即古尉头国，拟设尉头直隶同知一员，治乌什。英吉沙尔即古依耐国，拟设依耐直隶同知一员，治英吉沙尔。
凡兹所拟建置大略，虽经臣与新疆在事诸臣悉心商订，具有规模，而地非亲历，究难信之于心。既拟置省份，设郡县，则政务繁简，地亩肥硗，物产盈虚，丁口多寡，差徭轻重，为缺分苦乐所关，非权其经出经入实数，为之斟酌损益，俾适于中，则官困而民必受其病。适奏调浙江候补知府陈宝善到营，臣留居幕中，令其熟阅新疆各局往来公牍，面为讲求，预将兴革诸务，贯彻胸中。饬三月下旬出关，遍历新疆，察验一切，一面就近禀商各总统，一面禀报，听候核示。陈宝善久官牧令，廉干耐劳，熟娴吏事，兹令参商建置兴革事宜，或有裨益。至义塾甫兴，学政及各府厅州县校官，应缓议设，其丞倅佐杂，应俟分设郡县后，再分别陈奏，请旨遵行。新疆各员应否按照边俸迁调升转，亦可缓议。至各城应安设台站驿递，增设提、镇、副、参、游、都、守、千、把外额大小武职，及额兵俸廉饷乾本折，均应俟新设督抚会同议拟具奏。而藩臬大员均随督抚驻扎，庶总汇之司，得所禀承，事无不举。凡此皆应由新疆督抚奏明次第兴办者，非臣所得预议也。
如新疆置省，分设郡县，仰蒙俞首允行，应恳天恩先行简放新疆总督、新疆巡抚，重以事权，俾得随时陈奏，径达宸听。其新疆军务，臣有督办之责，固不敢稍有诿谢也。……
宗棠此折，系将新疆建省，分置郡县，作成具体方案，然朝旨仍谓：
……左宗棠奏覆陈新疆宜开设行省，请先简督抚一折，所拟建置事宜，颇为详悉。惟现在伊犁尚未收复，布置一切，不无窒碍。所有新疆善后诸务，仍着该督因地制宜，次第筹办。原折着暂留中，再候谕旨。……注495
以上为光绪六年(1880)以前经过情形。是年秋，宗棠奉召解职入京备咨询，故新疆建省一事，未获在宗棠手中实现。惟次年伊犁收回，八年(1882)九月，宗棠在两江总督任内，复奏请建设行省，历举理由凡五：
……新疆周二万里。……从前分设将军、都统、参赞、办事、领队、帮办大臣，换防总兵各员。……已有偏重之势。……况他族逼处，故土新归，治内治外，事同草创。……诚及此时，早定大计，其便有五：
取我固有之地而自治之，疆索秩然，行国居国，相庇以安，异类无从搀越，一也；
中外交涉事件，差以毫厘，谬以千里。有督抚近驻其地，抚臣治内，督臣治外，凡可以防患未然者，先事绸缪，绝其祸本，不致潜滋暗长，难以收拾，二也；
防营未撤，将士用命，既可壮疆臣之声威，即将来设立制兵，亦可就中挑选久经战阵之才，错落布置其间，士气既扬，军威自壮，三也；
回民素性虽悍，新出水火，当为急谋安插，结以恩信，则感激易生，施之教化，则诸染渐涤，四也；
从前兴作各事，借资于勇力者居多，而不可无官以善其后，督抚睹闻亲切，黜陟分明，乐事劝工，人知自奋，五也。
否则民方有须臾无死之心，而顾等诸羁縻弗绝之列，万一强邻窥伺，暗煽拼飞，后患方兴，前功尽弃，与其抢攘于事后，曷若审愤于几先，如是则虽一时觉劳费，亦有不得而惜者。……注496
时谭钟麟为陕甘总督，刘锦棠仍督办新疆军务，但两人虽为宗棠所拔擢，主张却与宗棠微有不同。宗棠议先设总督与巡抚，俾就地商定郡县规模，合议事与任事者为一人，不致扞格。钟麟则谓设省应从州县起，然后进设督抚辖之。锦棠则以为新疆与甘肃，形同唇齿，前此宗棠以陕甘总督督办新疆军务，一切皆以关内为根本，自然应付裕如；以后彼继充督办，亦因后任总督能勉予支持，不致竭蹶。若稍分畛域，必不堪设想。今若将新疆自为一省，则以少数州县，孤悬绝域，势难自存，惟悉归甘肃节制，亦觉鞭长莫及。因议仿江苏苏属之建置，设甘肃巡抚一员，驻乌鲁木齐；另设新疆布政使一员，随巡抚驻扎；镇迪道加按察使衔，兼管刑名驿传。清廷折衷定议，由是锦棠与钟麟于九年(1883)四月，始委员试署新疆道厅州县，与宗棠原议，亦颇有出入。十年(1884)十月，锦棠被命为甘肃新疆巡抚，魏光焘为新疆布政使，行省规模，渐次备具。注497
新疆建省，乃清代平定准部、回部之一个归宿，亦为结束中国经营西域史之一页。此事虽以宗棠之不断推动，而终于在光绪朝实现，但在道光朝，早启其端倪。时值回部数度变乱，宣宗亟图彻底解决之办法，朝臣中即有以继北疆镇迪道之政制，一体设置郡县之说进者。因宣宗主于节啬，恐滋烦费，未被采纳。然其后学者研究西北史地，如魏源、龚自珍等，亦多主新疆建省，作成若干具体之建议。自珍且有“五十年中言必验”之预测。宗棠少壮时，亦好览浏西域记载，魏、龚两氏外，尝与徐松缔交。徐松亲历新疆，撰成《西域水道记》，并为松筠主编《新疆识略》，称一时名著。于是“建省尚烦他日策，兴屯宁费度支钱”。宗棠对于新疆之怀抱，亦形诸歌咏。厥后衔命西征，果有发抒此怀抱之机会。先之以实行兴屯政策，继之以推进建省运动，虽其与女夫陶桄书犹有“五十年间志愿，到今尚行之不尽”之感，顾于新疆建省一事，仍得垂老观成，亦可无憾耳。注498