顺治元年，夏五月，明史可法等奉福王由嵩监国南京。王神宗孙，福王常洵子也。时北京凶问至南都，诸大臣议立君，凤督马士英移书兵部、尚书史可法及侍郎吕大器，谓王于次序当立，可法以潞王常淓贤。持未决，而士英与诚意伯刘孔昭等密饬，靖南伯黄得功、暨高杰、刘泽清、刘良佐等以兵迎王至奉之监国。明日，行郊天告庙礼、发大行皇帝丧、大赦天下。以史可法、马士英、高宏图、姜曰广、王铎并为东阁大学士，士英仍凤阳等处军务，馀入阁办事明福王即帝位于南京，以马士英掌兵部，入阁办事。大学士史可法自请督师江上，上许之。士英处以为有拥戴之功，旦夕冀入相，及督师凤阳命下，大怒，率兵入朝，至江干，上疏劝进，王遂即皇帝位，以明年为弘光元年。士英讽可法出，可法亦以阳州重任使他人居之，虑有失，遂请行。京师士民哗曰：“何乃夺我史公？”太学生陈方策等上疏言：“淮阳，门户也；京师，堂奥也。门户有人而堂奥无人可乎？”疏中有秦桧在内、李纲在外语，朝野以为名言。明分江北为四镇，以高杰、刘良佐、刘泽清、黄得功分统之。可法疏请分淮阳、庐泗为四镇，泽清驻淮安，杰驻泗州，良佐驻临淮，得功驻庐州。寻进得功靖南侯，封杰平伯、良佐广昌伯，又进封佐良玉宁南侯。六月，明上崇祯帝后谥号，谥帝曰烈，庙号思；谥后曰孝节。秋七月，明遣兵部侍郎左懋第等来聘，偕使者为太仆少卿、马绍愉总兵。陈洪范以白金十万两，币帛十万匹来，并海运米十万石饷吴三桂军，三桂却之，懋第等至馆之鸿胪寺，请祭告诸陵及崇祯帝，不许，乃陈太牢寺厅，率将士三日哭奠，与南明大学士刚林往复辩论，慷慨不挠。刚林叹曰：“此中国奇男子也！”寻辽远洪范于途中密启摄政王，请留懋第、绍愉，自愿率兵归附，并反间中南诸将。既返南都，密奏黄得功、刘良佐有异心，帝曰：“此反间，不足信。”洪范又言北兵旦夕南下，帝曰：“我当自强，清之款否，原不足恃也。”懋第在北京，卒不屈死。 摄政王多尔衮致书明督师史可法，谓春秋之法，有贼不讨则新君不得书即位，且讽以形势，谓以中华全力，受制潢池而欲以江左一隅兼支大国，胜负之数无待蓍龟。可法报书，历引汉光武、照烈、晋元帝、唐肃宗、宋高宗中兴故事，且谓贵国驱乱除逆，兵以义动，若规此幅员，为德不卒，则以义始而以利终，将为贼人所窃笑。 八月，明起阮大铖为兵部添注右侍郎，巡视江防。至江上，衣素蟒围碧玉，见者嗤梨园装束。 九月，明修《思宗实录》，明大学士姜曰广、御史刘宗周罢。 明凤阳地连震。 太白画见。 十一月，明凤阳皇陵灾，松柏皆烬。 总兵夏成德取明海州。海州既破，丰、沛尽降。明督师史可法遣兵复宿迁，进援邳州。 日短至，明淮安地震。 琉球入贡于明。 十二月，豫亲王多铎统兵下河南，前锋渡河，沿河塞堡望风降附，寻入河南府。分兵南下，令沂州、济甯兵自庙湾南渡，簿邳宿、彰德，卫辉兵自孟津东渡，逼归徐。
二年，春正月，乙酉朔，日食。立春日，流星入紫微垣。 明许定国诱杀兴平伯高杰于睢州，寻叛来降。定国时驻睢州，已通款多铎，惟畏杰忠勇。杰次师徐州，感可法忠义，进取之志甚锐。闻定国有贰心，亲往睹之，为定国所诱杀。杰部将引军攻城，破之，定国奔考城，寻来降，可法请以杰甥李本深代统杰军，朝命卫允文总督其兵马，寻撤回扬州，改以刘良佐防归德。 三月，明北来太子至南京，讯之为王之明，而士民坚执为真太子。又有自称福邸妃童氏者。帝指为假冒，皆下之狱，中外哗然。刘得功、刘良佐、何腾蛟、袁继咸、史可法皆疏争之，不听，左良玉亦自武昌驰疏，言两案未结。舆论既争不得，乃以清君贼为名引兵东下，诸臣谓左兵不足虑，请备淮。帝亦谓良玉必不反，马士英瞋目大呼曰：“我君臣甯死于清，不可死良玉手。有议守淮者斩！” 夏四月，多铎取明泗州，渡淮，长驱至扬州，围之，城陷，明督师史可法死之。初可法闻左军警，驰入援，闻良玉死，折回，沿途闻盱眙、泗州皆叛降，兼程抵扬州。召河防兵，无至者，独总兵刘肇基自白洋河以兵四千至，请背城一战。可法谓野战不如凭城，与肇基入城固守，亘七画夜，可法以巨炮下击，死者数千人。忽报黄蜚兵至，可法命开城迎入，则反戈向，始知其为诈。俄而城西北崩，兵入，可法被执，多铎反复说之降，不可，且曰：“扬州既为尔有，当待以宽大。而死守者，我也，请毋杀扬州人。”多铎不答，使左右兵之，尸裂而死。肇基率所部巷战，一军尽没。多铎留军十日，屠之而南。 五月，多铎入南京，明尚书高倬等死之，叛将刘良佐追及明帝于芜湖，执之。靖国公黄得功力战死。多铎师至扬子江，两军相持三日，值夜雾，乃编巨筏，列灯火其上，放之中流为疑兵，而别以数千骑潜从龙潭之哨渡，守兵皆惊溃，遂陷镇江。由丹阳、句容直抵南京。士英拥太后西走，明帝出奔太平。时刘孔昭先遁入，帝至，闭门不纳，乃奔芜湖，夜幸得功营。得功惊泣曰：“上死守都城，各镇尚可合兵以图光复，奈何听奸人言先出乎？虽然，愿效死！”多铎驻军南京城外，纵兵大掠十日，始入城，遣良佐追袭明帝。及之芜湖，得功迎战，中流矢死。总兵田雄缚帝出，良佐挟之至南京，拘之江甯县狱。 六月，多铎遣贝勒博洛进追明潞王于杭州，王降，前大学士高宏图、都御史刘宗周、江苏巡抚祁彪佳死之。王既降，马士英走钱塘。 闰月，明张肯堂等奉唐王聿键监国福州，王太祖八世孙、唐王硕熿之孙、世子器墭之子，崇祯间以倡议勤王得罪，禁锢弘光，时释出，命移驻广西平乐，行抵杭州。而南都已覆，郑鸿达等卫之入闽，与肯堂等奉以监国。 月食既，星流竟夕。 明唐王即位于福州，以福建为京，福州府为天兴府，改元隆武，遥上弘光帝尊号曰“圣安皇帝”，以黄道周等为大学士，郑芝龙掌戎政。 明钱肃乐等奉鲁王以海监国绍兴。王太祖十世孙鲁王寿镛之子，北都陷，王南下，圣安帝命居台州。既降，馀姚、会稽、鄞县义兵错起，奉表请王监国，移驻绍兴，以张国维等为大学士。国维督师江上，画江而守。 秋七月，明大学士黄道周募兵江西，以图恢复。时闽中战守机宜，悉郑芝龙为政，廷臣日请出关，而芝龙辄以饷绌为辞，至是道周愤然请出关募兵，且籍以连何腾蛟为进取计。芝龙复靳饷不与，仅赍空敕数百道而行。 明鲁张国维复富阳于潜，国维既连克富阳于潜，树木城于沿江要害，联合诸营为持久计。 监国赐上方剑，总统诸军。 冬十月，明颁诏浙东，监国鲁王不受。时何腾蛟有兵数十万，分为十三镇，布列湖南北。而江右督师杨廷麟一军在南昌，屡战克捷，兼取吉安守之，势颇振。是时，明领土自福建、两广、云贵以外，兼有湖南及江西之一部，因遣给事中刘中藻颁诏于浙，诸将恇惑，监国将避位返台州。督师张国维驰疏闽中，言监国当大势涣散之日鸠集为劳，一旦退就藩服，人无所依。闽中鞭长莫及，猝然有变，唇亡齿寒，悔莫可追。明帝悟，寻遣部御史陆清源解饷十万至浙东犒军。时方国安守严州，马士英、阮大铖自钱塘遁至，在其军中嗾国安劫饷，执杀诏使，且檄守闽中罪。自是，闽浙水火，而唇齿之势离矣。 明鲁方国安等与贝勒博洛兵战于江上，七战皆捷，追至杭州而还。是日，国安严阵以待，张国维、钱肃乐率本部兵翼后，前锋副将锺鼎新用火攻击杀绯衣大将一，诸将吕宗忠、王国斌、赵天祥等各斩数百级，夺获军械无算。连战十日，诸军皆有功，第七阵尤捷，追至草桥门下，会大风雨，弓矢不能发而退。时浙西义旗四起，苏松嘉湖列营数百，杭州危甚。肃乐请率兵由海道窥吴，不听，说者惜之。 十一月，明帝誓师西郊，以唐王聿钊、㔁王鼎器监国福京，大学士曾樱留守。是日，驾幸西郊，行推谷礼，以郑鸿达为御营左先锋，出浙江；郑彩为御营右先锋，出江西。舟至芋江五溪，百姓壶浆迎者载道。 十二月，明督师黄道周兵败于婺源，被执，死之。道周至广信府募兵得万人，分道进兵，皆溃，道周为降将张天禄袭执。洪承畴使人进道周茶，不饮，左右曰：“相国请饮清茶一杯。”道周遽掷于地，大骂遂不屈死。
三年，春正月，交阯、日本遣使入贡于明。 三月，明鲁武宁侯王之仁与贝勒博洛兵战于钱塘，大捷，进围杭州，不克，杭州将士与博洛兵跨江相距，屡战不利，无复鬬志。之仁愤然上疏曰：“事起日，人人有直取黄龙之志，乃一败后，遽欲以钱塘为鸿沟，天下事何忍言？臣愿以所隶，沉船一战。今日死，犹战而死，他日即死，恐不能战也。”会博洛驱船开堰入江，张国信檄之仁以水师，从江心袭战，忽东南风大起，之仁扬帆奋击，碎舟无数，郑遵谦获铁甲八百馀副，诸军继之，遂大捷，乘胜进围杭州，不克而还。 明帝幸延平府，帝知郑芝龙有异志，久欲由赣入湘，倚何腾蛟，会江楚迎驾，疏相继至，遂决意行。芝龙使军民数万遮道留驾，不得前，帝不得已驻延平。 夏五月，琉球入贡于明。 明江上兵溃，方国安劫监国鲁王走台州，博洛兵以巨炮击毁国安营鼋，国安退至绍兴，劫王南行。 明圣安皇崩于北京。圣安与潞王在北京，同日见杀。 六月，博洛兵钱塘江，明监国鲁王航海，督师张国维等死之。时方国安遁去，诸将犹严守江上，值大旱，江上水寨裳可涉，全军毕渡，列戍骇溃。马士英、阮大铖劝国安执王降，王亟走得脱，航海赴厦门，寻走南澳。博洛兵入义乌，或讽国维走，国维曰：“误天下事者，文山叠山也！”赴水死。大学士孙嘉绩，武宁侯王之仁，尚书余煌、王思任，侍郎陈函辉，大理卿陈潜夫同殉焉。金华严备相继下。 秋八月，明帝崩于汀州。郑芝龙于是年五月间已通款撤兵，仙霞岭二百里间遂虚无一人。博洛长驱入，帝在延平闻警，出奔，至汀州，降将李成栋率师追至，帝与曾后同被戕于府堂。寻江西赣州亦陷，杨廷麟、万元吉皆死之。 冬十月，明丁魁楚等奉桂王由榔监国肇庆。王神宗孙，桂王常瀛子也，崇祯中封永明王，时在粤西，汀州闻变，魁楚等奉之监国。以魁楚与瞿式耜、吕大器并为东阁大学士。 十一月，明监国桂王奔梧州。丁魁楚闻赣州陷，奉王避之梧州，瞿氏耜谏，不听。 明苏观生立唐王聿𨮁于广州。聿𨮁隆武帝弟也，前大学士苏观生以桂王监国，己未舆立，会聿𨮁至广州，拥立为帝，改元绍武。自是二百里内，有两政府治兵相攻，不暇外御矣。 明桂王即位于肇庆，丁魁楚闻广州唐王之立，谓不即位无以厌人心而号召天下，乃即位于肇庆，仍称隆武二年，以明年为永历元年。是日和风旭日，有五色大鸟自南来，士民欢呼，谓中兴可卜云。 明遥上隆武帝后尊号。时闻帝后就执，未知凶讣也。上帝号曰：“思文皇帝”后曰：“思文皇后” 十二月，降将李成栋陷广州，明唐王聿𨮁殂，大学士苏观生自杀。博洛陷漳州，遣成栋取广东，连破潮、惠，急趋广州。夺门入，王方会群臣视学，君臣皆仓猝自缢，周益辽等二十四王皆遇害，明帝复奔梧州。
四年，春正月，降将李成栋陷肇庆，明帝奔平乐，寻如桂林。 二月，明监国鲁王围海潜，分兵攻漳州、福州、兴化、福清，皆不克，退入海。 三月，明帝幸全州，瞿氏耜留守桂林。李成栋袭至，总兵焦琏御却之，成栋自平乐长驱抵桂林，城中虚无甲兵，式耜急召琏于黄沙镇，琏率骑三百赴之。入城之明日，成栋兵数万猝至，数十骑乘虚突入文昌门，登楼瞰留守府，矢集留守纶巾。式耜叱之曰：“何敢尔？”呼琏，琏袒臂出，射杀数十人，急闭城，馀弃马来越城下。琏率三百人开城追之，引骑直贯其营。自寅至午，斩首数千级。冲来兵马为三，已复合而围之，琏大呼杀入，戈刃所及，血雨肉飞，杀数千骑，追奔数十里，桂林获全。论者谓南渡以来，武功第一。 孙可旺归于明。可旺张献忠养子，米脂人，土司沙定州叛明，明石屏副将龙在田招之入滇，定州大败，遁归阿迷。可旺连陷明城邑，巡抚杨畏知招安之，赐名可望。 夏五月，明帝驻跸武冈，改武冈为奉天府。 明鲁周鹤芝复海口，郑彩复长乐。 降将孔有德、耿仲明、尚可喜再攻桂林，明总兵焦琏大败之。有德、仲明、可喜皆毛文龙养孙，有德名毛永诗，仲明名毛永杰，可喜名毛永喜。文龙为袁崇焕所杀，三人皆叛，来降。有德封恭顺王，仲明怀顺王，可喜智顺王。入关后，有德改封定南王，仲明靖南王，可喜平南王。至是合军抵桂林，猝簿城。氏耜、琏分门守，以西洋铳击退外兵，琏复开城出战，以三百人，自辰至午，杀数千人。向晡，雨不息。收兵，明日复出战。琏奋力冲阵，有德等弃甲仗而奔。琏运槊提鞬，逐北二十里，有德望虞山树木，皆疑为兵。 秋七月，明新兴伯焦琏复阳朔，遂复平乐。孔有德大挫，而陈子壮、张家玉、陈邦彦同时起兵高州、东筦、端州间，于是，琏乘间尽复广西所失诸城。 八月，明总后刘承胤以奉天叛降，明帝奔靖州，大学士吴炳，尚书傅作霖，参将谢复荣死之。 明监国鲁王复罗源，又复连江。时海师破山莺、龙门、高公诸岛，进复罗源、连江，于是长乐、永福、闽清诸城皆下。 冬十月，明帝如柳州。 太白经天。 明帝如象州。 十一月，降将孔有德等簿全州，明督师何腾蛟大败之。有德等连陷湖南永州、衡州、辰州、黔阳、兴安诸府县，进逼全州，腾蛟督郝永忠、焦琏、卢鼎、赵印选诸军分战，大败有德、仲明、可喜兵，斩级无算。有德等遁返湖南，明帝还桂林。时诸师连营间道，亘三百里。
五年，春三月，安南入贡于明。 孔有德攻明桂林，败绩。有德兵抵桂林北门，何腾蛟督焦琏、胡一青、周金汤、熊兆佐分门出战，琏横矛陷阵，左右冲突，势如游龙。舆将军刘起蛟合击，杀数百人，贯营而出。一青跃马驰击，腾踯若飞，能标枪取人数十步外，百发百中。每乘马必翦其鬃，北兵误认为牛，辄相戒曰：“此骑牛蛮子，不可当也。”一青与琏合兵再战，金汤、兆佐横击之，琏标下赵兴、白贵殊死战，有德督军退二十里，几被获，乃北渡甘棠去。时金声桓据江西，李成栋据广东，先后反正，腾蛟乘隙发兵，复阮州、宝庆、常德、靖州、奉天，氏耜复梧州，而蜀中义兵纷起，川东、川西皆复，于是明帝有两广、云贵、江西、湖南、四川七省之地，驻跸肇庆。 秋八月，吕宋入贡于明，欧罗巴人进图谶。
六年，春正月，降将徐勇袭湘潭，明督师何腾蛟死之。腾蛟携吏卒三十人赴湘潭，会赤心，至则赤心去。徐勇侦知城中无兵，入执腾蛟，拥之去，遂见害。 冬十月，明监国鲁王驻舟山。先是，大学士刘中藻败殃于福安，闽地尽失，王次浙之三盘，会定西侯张名振复健跳所，迎王居之，然寄身舟中，即河艍之顶为朝房，谓之水殿，时黄斌卿据舟山，名振与荡平伯阮进、平西伯王朝先合兵击破之，诛斌卿，迎王驻跸。 降将孔有德遣兵攻道州，明永国公曹志建御却之。有德将马蛟麟攻道州，败绩遁。 冬十一月，明鲁乞师日本，不果。
七年，冬十一月，孔有德破桂林，明督师瞿氏耜、总督张同敞死之。有德说二人降，皆大骂，馆之别所优待之，如上宾，寻皆不屈死。
八年，秋九月，闽浙总督陈锦等破明舟山，大学士张肯堂等死之，监国鲁王航于海。先是，安洋将军刘世勋、左都督张名扬以精兵五百背城战，杀伤过当，会主事邱元吉等越城降，锦知城中火药尽，攻益急，城遂陷，名扬阖门自焚死。 明庆国公陈邦傅诱杀宣国公焦琏，以浔州叛降。邦传通款孔有德，说琏降，不从，自刎死，邦传率浔州文武降。琏与邦传为儿女戚也，邦传遂引兵取平乐，都督朱闵如死之。
九年，春二月，明秦王孙可望遣兵扈明帝至安隆所居之，改安隆所为安龙府。 秋七月，明西甯王李定国复桂林，杀降将孔有德。定国进攻桂林，有德出战，大败，死亡不可胜计，横尸遍野。有德遁入城，举家自焚死，惟遗一女孔四贞逸出，定国旋破沅靖、武冈、宝庆、金衡、永彬、桂诸府州县，南康王刘文秀亦取叙州、重庆。巩昌侯白文选取辰州，吴三桂退守汉中。数日间，湖南、广西、四川三省皆复为明。 冬十一月，敬谨亲王尼堪复取明衡州，追李定国，中伏，殁于阵，时定国连斩二名王，兵威大震。
十一年，夏四月，明李定国复罗定、新兴、石城电、白阳、江阳等县。
十三年，春三月，明李定国、白文选合兵扈明帝入云南，改云南为滇都。先是，明帝患孙可望跋扈，于九年十一月、十年六月两次密敕定国以兵自卫，而事机不密，朝臣吴贞毓等十六人反为可望所害，至是定国败可望于田州，进趋安降。会可望遣文选将兵迎跸入黔，文选至，定国奉帝走云南。时刘文秀守滇，迎入城，晋定国晋王，文秀蜀王，文选巩国公，馀进爵秩有差。 秋八月，大将军伊尔德袭舟山，明英义伯阮骏等死之，降将田雄引伊尔德由定海大洋攻舟山，骏连日迎战，皆大捷。是日乘涛出战，忽南风大发，舟大，胶浅不得脱，与总督陈六御，总兵张晋爵，太常卿陈九征、俞师范、刘永锡死之。
十四年，夏四月，明上圣安帝、思文帝谥号，大赦。圣安曰“安宗简皇帝”，思文曰“绍宗襄皇帝”。 冬十月，明孙可望来降。可望两次袭明滇都，皆为李定国所败，遁入长沙，投降于经略洪承畴，朝命封为义王。 十二月，明复南甯。
十五年，春十二月，命贝子洛托为甯南靖寇大将军，都统卓布泰，偕降臣吴三桂、洪承畴，缐国安等分道取明滇都。时议者以李定国等皆百战之馀，云贵川东南地险兵悍，欲止进兵，而承畴、三桂合疏请大举，遂命洛托会三桂等，分三路进兵。 夏四月，洛托入贵阳，巡抚冷孟銋死之。 吴三桂入遵义。时三桂以浮桥济黄葛江，渡綦江，历滴溜三、陂红关、石壶关诸险，皆峭壁重渊，一夫可守。守将刘正国望风，由水西逃入云南，将军郭礼受等迎降，遂入遵义。 冬十月，命信郡王铎尼统三路兵入滇，抵曲靖，明帝出奔缅甸。
十六年，春正月，铎尼等入滇都，主事刘之谦死之。 二月，明帝至腾越，吴三桂追至永昌，引兵还。过潞江〈（古怒江）〉二十里磨盘山，鸟道窔菁屈曲，仅通一骑，李定国设栅数重其间，三伏以待，约俟兵度山颠，号炮起，首尾横突截攻，必无一骑返。三桂渡江，见无守兵，不复备，队伍散乱，上山者已万有二千人。忽明大理卿卢桂生来降，泄其计，三桂以炮发其覆，皆出，三桂大败，死都统以下十馀人，丧精卒数千。明泰安伯窦民望、总兵王玺阵殁，兵士死者亦众。 秋七月，明鲁督师张煌言率师徇江南北，下二十九城，凡四府三州二十二县望风归附，东南大震。
十八年，春二月，明晋王李定国，巩昌王白文选数以兵迎明帝于缅甸，不得，败缅兵于锡箔江，进据大金沙江，缅兵十五万拒战。定国、文选兵不及十一，且戎器耗散，以长刀、手槊、白棓，当其巨象、巨炮，而军士咸奋击，大破之，缅兵僵死万计，其大将边牙𬌡死于阵。 秋九月，降将吴三桂追明帝于缅甸。明帝入缅后，朝议以不足为患，撤兵节饷，而三桂独具疏谓渠魁不翦，有三患二难，请及时进兵。乃命大臣爱星阿为定西将军，率禁旅会剿，檄缅入擒明帝。 冬十二月，缅贼莽猛白劫明帝，送吴三桂军中。先是，三桂檄缅人献帝，缅王不可，曰：“因人之危而为之利，不义，且彼天之所立，中土之所戴，我不能助而为之害，是逆天也。逆天不祥，不如全之以为后图。”会王弟莽猛白弑酋自立，戕明从官几尽，三桂兵至旧晚坡，缅人舁帝暨太后中宫入三桂营，三桂拥之北旋。
清圣祖康熙元年，夏四月，明帝崩于云南。三桂拥明帝至云南，居数月，八旗将士有阴谋推戴者。三桂闻之，大惊，辇帝及太子出，以弓弦绞于市。太子时年十二，大骂曰：“黠贼！我朝何负于汝，我父子何仇于汝，乃至此耶？”是日大风霾，雷电交作，空中有二龙蜿蜒而逝，军民无不悲悼者。丛葬于城北门外。太后马氏，后王氏皆扼吭死。是年延平郡王朱成功薨于台湾，晋王李定国薨于猛猎，监国鲁王亦殂台湾，于是明南渡三帝及监国鲁王之局以结。明自太祖至此凡十八帝，二百九十四年，至是亡。