张居正援引法家渗入儒学，以使用威权作为他施政的主要手段，我当然曾谈到的。他之所以极力主张使用威权，当然在实行他的“综合考核名实，有功必赏，有罪必罚”的一贯主张，而他所处的时代环境的客观条件，也有以使他不得不从使用威权的这一条途径。自从明世宗崇信道教以来，对于监狱的囚犯极力主张宽容厚道；对于犯罪较轻的罪犯固然不必论究了，即对于触犯刑律罪在不赦的重罪，就如杀人抢劫悖逆叛乱的各种罪犯，也有许多不依照惯例按照年度处决，有时甚至滥施法外之恩，特别赦免。刑罚的不公正已经达到了极端，那些懦弱的人靠什么而所受的冤屈难得昭雪，那些强悍的人又有什么畏惧而不肆无忌惮的呢？张居正深知这一弊端，所以在治理囚犯上就极力主张从严处治，借此以纠正以前的错误。他关于这一方面的见解，具体表现在《论决重囚疏》的奏疏上，在万历五年（1577年），神宗将要举行大婚的时候，慈圣皇太后李氏下令暂时赦免执行刑罚，张居正于是乘机上呈这份奏疏来极力劝谏从严处治。张居正说：
圣明的帝王奉行如天道，他的刑罚赏赐给予追夺，都奉行天意来行事。……如果放弃有德而不任用，释放有罪而不惩处，那么刑罚就会失当，宽严用法不同，这不是上天所用立君王治理百姓的用意了。……周文王看待人民犹如身上的伤痛一样，古代称为仁圣的君主，而对这些（不孝顺不友好）的人，也必须惩处而不赦免，确实作恶的人，他自己犯了刑罚，即使想要活着也不可能。并且坏人不除，善人不会多，冤枉愤恨不倾吐，逆流之气不会消除。现在慈圣皇太后李氏只看见犯罪者被杀戮的可怜，却不知道被他所害的人都含冤积愤于阴间，……为什么不忍心面对有罪的罪恶之人，反而狠心对待无辜的好人吗？他发仁慈也发错了！更何况这样的人，经过法司评审，九卿大臣在朝廷上审讯，大家都已经验证明白，认罪服输没有理由，即使今年处决，将来也没有活着的道理，不过拖延时间，死在监狱罢了。但和他暗地里死在监狱，人们都不知道，还不如依照法律处以极刑，还值得惩处奸邪而伸张国法呢？（《论决重囚疏》）
看到张居正这份奏疏的恳切陈述，就可以知道他在平时所信服的法治主义，推行不遗余力，而几十年来无原则地宽容，助长坏人作恶、法令不能实施的积弊，也将会随着狱囚扫荡无余了。
到关于盗贼方面，张居正这样做的起因虽然承认是由于贪官污吏的逼迫，而极力主张惩处贪污以安定民众（见本编第十一章）；就他请求免除拖欠的赋税，也因为长江南北大片饥荒，有的百姓相聚为贼匪，所以张居正引起担心而多次为这个请求；然而不法之民既然已经挺身而做了盗贼，张居正针对这种情况就仍然本着除恶务尽的精神，厉行违反就一定要诛杀的禁令。所以他说：
巡抚、巡按（应）严格督察兵备等官，整顿武备，不时体察访问，如果有盗贼暴发，一定要立即切实上报，重大的奏闻朝廷，限期宽泛设法缉捕（《答应天巡抚孙小溪言捕盗》）。
由此可见张居正治理盗贼是多么严格。至于他之所以主张治理盗贼从严，张居正自然有他自己的说法。张居正说：
用杀戮以制止杀戮，以刑罚期望没有刑罚，没有听说释放有罪说是宽仁的。“如果你不想，即使赏赐给你，你也不会偷窃”，这是孔子治疗病患的言论。当时鲁国政治混乱，宠幸贿赂日益明显，所以用这个来警告他。如果说只是不想可以消除的，没有道理。人们可以纵情恣意，想要得到而没有得不到的，没有超过强盗了；而执持耒耜拿着锄头，努力耕田快速劳作，用礼制法度束缚，这是世上最苦的。耐得住自己的辛苦，无所畏惧而自己不做坏事的人，只有伯夷、许由、曾参、史鱼是这样。现在不说我用严厉的刑法明确的规定可以制止贪欲禁止奸邪，而仅仅只是以不贪求引领，使百姓都放弃享乐，而依从他们最苦的，这是天下人都成了许由、伯夷、曾参、史鱼后才可以。……将来，有关部门不敢捕捉盗贼，因为盗贼捕获不一定被杀。不杀，那么他们还会用武力攻击官府，以毒害仇敌而团结他的同党。所以盗贼越多，违犯的人越多。现在则不是这样，圣明的天子在上面振提纲纪，而执政的人遵循法规而执行，法律已经制定颁布就一定要切实执行，奸邪之人不加赦免。讨论的人说：只用懦弱的人纵容的说法，在衰败的时局敷衍了事的政治来阻挠，其结果难道不会背离英明的诏示，违反国家法律吗？（《答周友山言弭盗非全在不欲》）
“用杀戮制止杀戮，以刑罚期望没有刑罚”；“法律既已颁布就一定要切实执行，奸邪不加赦免”。这和韩非子所说的“皇上设置重的刑罚而奸邪都会禁止”，商鞅所说的“用刑法刑”，大概是互为表里。审讯囚犯治理盗贼的要诀在于此，法家运用法治最高也没有不在这里的，在此可见张居正法治主张的坚决。而它的结果究竟怎样呢？《明史》固然已经说了。说：
当时太平已久，盗贼纷然而起，以致进入城市抢劫府库，有关部门一直隐瞒。张居正严格禁止。隐藏不报的人，即使是循吏也一定废黜。抓到盗贼立即处决，有关官员没有人敢掩饰实情。盗取沿海钱粮达到一定数目的，按例都要被杀，但往往长时间囚系，有的在监狱中病死。张居正认为只有尽快杀了他，而追捕他的家属。盗贼才会减少。（《明史·张居正传》）
张居正针对盗贼，既然以惩治贪污安定百姓澄清源头，再以极刑严治堵塞流弊，那么囚禁的盗贼减少也很自然。观察明代盗贼猖獗为祸，这种现象几乎不断见于记载，而明朝却最终被盗贼所覆灭。而在张居正执政的时候，盗贼得以肃清，朝廷内外因此得以安宁，难道不是张居正惩治贪污安定百姓刑罚严治的功劳吗？“婴儿不剃头就肚子痛，不除去疮就会逐渐严重，而慈母对于爱子，一定会剃头并且除去疮疥，令他忍受小的苦痛，而让他得到大的快乐。”张居正的行为，坚持使用威权而接近严酷；但是张居正坚持以严格管理作为善待关爱，想要令他们忍受小的苦痛，而使之得到大的快乐。那么张居正的动机，和那些无原则地宽容，助长坏人作恶相比较，仁慈的大小是怎么样的呢！