以上略述朱子论此宇宙之仁，此下当再述朱子论此宇宙之神。亦可谓理与气乃此宇宙之体，仁与神则是此宇宙之用。必兼此体用四者来看，乃见朱子宇宙论之全貌。
横渠有言：
鬼神者，二气之良能。
伊川则谓：
鬼神者，造化之迹。
朱子论鬼神，大体本之张程，惟谓程说不如张。盖迹字下得粗，不如能字更深切。朱子自说己意则曰：
鬼神是这气里面神灵相似。
此意承横渠，谓气里面有一种作用，此种作用谓之鬼神，或只说神，此即是气之能。若以神与理相比，理属形而上，神属形而下。故朱子又说：
说鬼神，毕竟就气处多，发出光彩便是神。
如此则伊川说鬼神为造化之迹，亦已得之，惟不若横渠与朱子说得更精妙。朱子又曰：
神便在心里，凝在里面为精，发出光彩为神。
此谓心是气之精爽，神是气之光彩。朱子又说：
往来屈伸者气也。神伸也，鬼屈也。如风雨雷电初发时，神也。及至风止雨过，雷住电息，鬼也。
又曰：
鬼神不过阴阳消长，亭毒化育，风雨晦冥皆是。
风雨晦冥指其迹，亭毒化育见其能。就天地之生理生气生意言，可谓天地亦有心。心是气之精，发出光彩便是神。则又可说气是体，而心与神则是其用。朱子又曰：
言鬼神，自有迹者而言。言神，只言其妙而不可测识。
又曰：
且就这一身看，自会笑语，有许多聪明知识，这是如何得恁地？虚空之中，忽然有风有雨，有雷有电，这是知何得恁地？这都是阴阳相感，都是鬼神。看得到这里，见一身只是个躯壳在这里，内外无非天地阴阳之气。所以说，天地之塞吾其体，天地之帅吾其性。
如此说来，天地人物只是一体。此一体，合而言之曰气，分而言之日阴阳。阴阳相感，往来屈伸，遂演出种种造化。此种种造化，妙而不可测识，故称之曰神。神则只是一种造化之作用或功能。分而言之，则曰鬼神。在此种作用或功能之背后，则必有理之存在。故朱子又曰：
神是理之发用，而乘气以出入。
此处见张程专就二气言鬼神，朱子则又进一步兼理气而言鬼神。若要问神究该属理抑属气，则神自是属于气一边。而气之所以能神，则因气之中有理。否则此一气，纷扰错纵，将不会有神妙之作用。朱子之所推阐引发，似较张程更为详密，更为开展。其实朱子言神鬼，已与古经籍中之言鬼神者异趣，但朱子仍必追溯之于古经籍，而一一为之会合阐说，因曰：
宰我问鬼神一章最精密，包括得尽，亦是当时弟子记录得好。
是则朱子言鬼神，不仅推本之于张程，亦且推本之于孔子。骤读朱子书，一一分别而观，若其言必有本，并无创见自立说之处。朱子乃浑化其一己思想于从来之大传统中，使人不见其痕迹。换辞言之，朱子乃自从来大传统中酝酿发展其思想，而亦不自知其为创见与自立说。孔子之述而不作，信而好古，后代大儒，实惟朱子似之。
朱子又更进而分别言之，曰：
今且说大界限。周礼言，天曰神，地曰祇，人曰鬼。三者皆有神，而天独曰神者，以其常常流动不息，故专以神言之。若人自亦有神，但在人身上则谓之神，散则谓之鬼。鬼是散而静了，更无形，故曰往而不返。
鬼只指其气之散而静，往而不返者。神则指其专一发见，流动不息，妙而不可测识者。自宇宙界言，其间虽亦有散而尽之气，但综观此宇宙之大气，则只是流动不息，妙而不可测识。自人生界言，则各人之气，终必有散而尽，往而不返之时。故在天则曰神，在人则曰鬼。换言之，天地之气常在，人之气则必消散。然细言之，则天地常在之气之中亦不断有消散，人气在未消散时亦不断有流动不息之妙。此乃朱子论鬼神之本旨。其释《周礼》所言之鬼神，则一如其注《论语》之言天即理，此处可见朱子终是一卓越之理学家，因其有创见，能自立说，与标准之经学家毕竟有不同。因经学家则都不能有创见与自立说。
朱子又曰：
横渠云：阴阳二气，推行以渐谓化。阖辟不测谓神。伊川先生说神化等，却不似横渠说得分明。
又曰：
神化二字，虽程子说得亦不甚分明。惟是横渠推出来。推行有渐为化，合一不测为神。
朱子又极称横渠一故神，两在故不测，两故化，推行乎一，之四语。又自为之说曰：
一不能化，惟两而后能化。且如一阴一阳，始能化生万物。虽是两个，要之亦是推行乎此一。
朱子于横渠此数语，再三称叹。既曰说得极好，又曰说得极精。盖北宋理学诸儒，能言宇宙界者，端推濂溪康节横渠三家，二程则较逊。朱子乃会通此三家以完成其宇宙论之体系。大要言之，不外是一体两分，两体合一之两语。其论理气，论阴阳，论鬼神，皆是。又如其言仁与神之与理气，亦仍是一体两分，两体合一。其论宇宙界与人生界，亦仍还是一体两分与两体合一。识得此意，推而求之，则于朱子一切所言，自有迎刃而解之乐。
朱子又引横渠言：
物之初生，气日至而滋息。物生既盈，气日反而游散。至之谓神，以其伸。反之为鬼，以其归。
因言：
天下万事万物，自古及今，只是个阴阳消息屈伸。横渠将屈伸说得贯通。
又曰：
横渠物之始生一章，尤说得分晓。
朱子因此说：
人者鬼神之会。
是则人生即是一小宇宙，亦是一小造化。朱子又曰：
不是有此物时便有此鬼神，乃是有这鬼神了方有此物。及至有此物了，又不能违夫鬼神也。
此言鬼神，即是言造化，乃是有了造化乃有此物，不可说有此物时便有此造化也。
朱子又自鬼神而言死生，因曰：
归根乃老子语，毕竟无归。如月影映在这盆水里，除了这盆水，这影便无了。岂是飞上天，归那月里去。又如花落便无了，岂是归去那里，明年复来生这枝上。问人死时，这知觉便散否？曰：不是散，是尽了。气尽则知觉亦尽。
又曰：
死便是都散尽了。
大钧播物，一去便休，岂有散而复聚之气。
又曰：
天运不息，品物流形，无万物皆逝，而己独不去之理。
又曰：
日月寒暑晦明，可言反复。死无复生之理。今作一例推说，恐堕于释氏轮回之论。
又曰：
一受其成形，此性遂为吾有，虽死而犹不灭，截然自为一物，藏乎寂然一体之中，则自开辟以来，积至于今，其重并积叠，计已无地可容。且乾坤造化，如大洪垆，人物生生无少休息，是乃所谓实然之理，不忧其断灭也。今乃以一片大虚寂目之，而反认人物已死之知觉谓之实然之理，岂不误哉。
又曰：
儒者以理为不生不灭，释氏以神识为不生不灭，真似冰炭。
此处朱子力辟释氏之轮回说与神识不灭说，俗传人死为鬼之说，亦可不待辟而知其妄。故朱子曰：世俗大抵十分有八分胡说，只二分亦有此理。其实朱子言鬼神，虽亦一一引据古经籍，显与古经籍中观念有分歧。朱子又因而推及于魂魄义，祭祀义，要之皆是杂糅新旧，自创一说，合而组成一思想大体系。貌若陈旧，实则新鲜。故论理学家之大传统，则自当属于儒家，但亦不害其在大传统下之各有所创造。此乃凡理学家皆然，而博大精深，能于传统创造双方各臻其极，则必首推朱子。