以上略述朱子学之流衍，以下当再略述研究朱子学之方法，以终斯篇。
朱子读书多，著书多，所著书中所牵涉之问题多，此三多，为古今诸儒所莫逮。故治朱子学而求能尽其条理，得其会通，事大不易。今言研究朱子学之方法，则莫如即依朱子所以教人读书为学之方，以读朱子之书，求朱子之学。
朱子教人读书，必以熟读其人之本书正文为主。如读《论语》，古今说《论语》者何限，而读《论语》者，自必以《论语》本书正文为主。其他诸说，则仅能作参考，不能作正主。至于舍却本书正文，不务参考旁求，而仅主自创己见，其事乃更为朱子所力戒。朱子距今八百年，衡评及于朱子之学者，何止数百家。或尊或斥，其间相去，有如霄壤。今于此数百家异说之外，更创一说，亦不因而见多。默尔而息，不再创说，亦不因而见少。若欲求明朱子学之真相，则莫如返求之朱子之书。多所涉猎于述朱诤朱之间，而于朱子本人之书不精不熟，势将泛滥而无归，亦如治丝之益纷。
朱子书，可分为两大类。一为其著述书，最为后世传诵者，如《四书集注章句》，《易本义》，《诗集传》，《近思录》之类。又一为其《文集》与《语类》，《文集》一百卷，又续集再续集各二十卷。《语类》亦一百四十卷。此两百八十卷书，后人能首尾循览终卷者殊不多。然若专读其著述书，而不读其《文集》与《语类》，则如朱子教人常云吃馒头仅撮一尖，终不得馒头之真味。本人为《朱子新学案》，于其《文集》《语类》两百八十卷书，逐篇逐条均经细读，乃见朱子著述各书，其精义所在，其余义所及，多为只读各书所未易寻索者。又见朱子为学之会通处，有在其各种著述之上之外者。乃知不读《文集》《语类》，即无以通朱子之学。
除理学家外，率多鄙视语录。一则谓此体袭自禅宗，一则谓既非语者亲笔，录者容有误记。即在理学家中如二程，常戒来学者勿只重听说话。在其门人中，亦有疑他人记录有误，不加重视者。然朱子则极不以为然。朱子深究二程之学，即从语录参入。固亦有疑其门人误记处。然苟无语录，试问二程之学，又将于何处窥寻。
朱子之殁，其门人竞出平日所记加以刊布，黄幹直卿序之日：
记录之语，未必尽得师传之本旨。而更相传写，又多失其本真。甚或辄自删改，杂乱讹舛，几不可读。
然又曰：
先生之著书多矣，教人求道入德之方备矣。师生函文间，往复诘难，其辨愈详，其义愈精。读之竦然如侍燕间，承謦欬也。历千载而如会一堂，合众闻而悉归一己，是书之传，岂小补哉。
又李性传成之序曰：
池录之行，文肃黄公直卿既为之序。其后书与伯兄，乃殊不满意。且谓不可以随时应答之语易平生著述之书。性传谓记者易差，自昔而然。和靖称伊川之语曰：某在，何必观此书？文公先生则曰：伊川亡，则不可以不观。愚谓语录与四书异者，当以书为正，而论难拄复书所未及者，当以语为助。与诗易诸书异者，在成书之前亦当以书为正，而在成书之后者，当以语为是。非特此也，先生平日论事甚众，规恢其一也。至其暮年，乃谓言规恢于绍兴之间者为正，言规恢于乾道以后者为邪，非语录所载，后人安得而知之。
伯兄谓李心传微之。直卿虽有不满《语类》之意，成之所云可谓正论。如《论》《孟》集注成于朱子四十八岁，此后二十余年递有改易，其最后所定，固是观今本而可知。然其二十余年中不断改定之曲折层次，则幸有《语类》可资钩稽，此性传所谓当以语为助也。又如《易本义》成稿后即未有改定，而《语类》论《易》，多有在本义后与本义异者，此性传所谓当以语为是也。
抑且著书作文与对面言谈自有不同。流落人间者，泰山一毫芒，学者千里从师，不以读其书为足，必以见其人为快。不仅可以质疑问难，亦必有闻其所未闻者。《朱子语类》，尤与其他理学家之语录不同。理学家语录，大率多谈性理，《朱子语类》，则上自天地之所以高厚，下至一物之微，几于无所不谈。今《语类》一百四十卷中，轶出于其著书范围者甚多。性传指其言规恢一端，诚如沧海之一粟而已。直卿重其师之著述，而轻其同门之所记录，窃恐将使后人无以真得朱子学之大精神所在。直卿之言曰：历千载而如会一堂，合众闻而悉归一己，是书之传，岂小补哉，斯可谓直卿对《语类》一书价值最恰当之评论。
袁桷清容有言，朱子门人当宝庆绍定时，不敢以师之所传为别录，以黄公勉斋在也。勉斋既没，夸多务广，《语录》《语类》争出，而二家之矛盾始大行。窃谓此说亦颇易启后人对《语类》之误会。朱陆之争，朱子贻书友好，常嘱勿传布，恐多增纷呶。其随时面告门人，亦必戒其勿多宣扬。并屡以集两家之长，补自己之短为训。然两家之有争论，则为不可掩之事实。直卿《朱子行状》有曰：
求道而过者，病传注诵习之烦，以为不立文字，可以识心见性。不假修为，可以造道入德。守虚灵之识，而昧天理之真。借儒者之言，以文佛老之说。学奢利其简便，诋訾圣贤，捐弃经典。猖狂叫呶，侧僻固陋，自以为悟。
此其斥陆学，可谓辞严义正。又为书《朱子行状》后有曰：
流俗之论，以为前辈不必深抑，异说不必力排。称述之辞，似失之过。孔孟诸贤，至谓孔子贤于尧舜，岂以抑尧舜为嫌乎？孟子辟杨墨而比之禽兽，卫道岂可以不严？夫子尝曰：莫我知也夫，又曰知德者鲜矣，甚矣圣贤之难知也。知不知，不足为先生损益，然使圣贤之道不明，异端之说滋炽，是则愚之所惧，而不容于不辨。
此处言异端，正指陆学。直卿方以尊师斥陆为不容己之辩，乌有如清容之所云。
抑且《语类》中直指二程解经误失，不下三四百条以上，其驳正二程之自立说者亦复不少。其于程门诸儒之走失师传，更多指摘。此皆不见于《文集》及著述中。文集著述发明大义，其与门弟子之谈说，则转多微言。若置《语类》不读，岂能得此曲折细微之所在。
惟读《文集》《语类》，有一点最当注意者，即为《文集》各篇《语类》各条之年代先后。《文集》起自朱子二十余岁，先后共历四十余年。《语类》起自朱子四十余岁，先后共历二十余年。其间多有明白年代可据，亦有可推勘而得。亦有虽不能得其确年，而可断定其在某年上下数年之内者。朱子历年思想见解之递转而递进，与夫其言辨考索之愈后而愈密，皆可由此觇之。其间容有记录错失，然果错纵以求，会合而观，亦将无所遁形。惟如吴坚所云：但涉猎乎《语录》，而不玩味于成书，几乎而不为入耳出口之资，此则亦所当戒。
清儒朱泽沄止泉论《朱子语类》极为有见，兹录其语如下。
语类一书，晚年精要语甚多。五十以前，门人未盛，录者仅三四家。自南康浙东归，来学者甚众，诲谕极详。凡文词不能畅达者，讲说之间，滔滔滚滚，尽言尽意。义理之精微，工力之曲折，无不畅明厥旨。诵读之下，謦欬如生。一片肫恳精神，洋溢纸上。在当日诸门人，前后各得一说，彼此各闻一义，而后人读之，反聚前后彼此之各闻者，汇萃参伍，这处那处，表里始终，真有登高自卑，行远自迩，渐进渐高远之妙。是安可概以门人记录之不确而忽之。
此最为能道出《语类》价值所在。盖《语类》乃是朱子五十后晚年学问思想所荟萃，而又随问流露，活泼生动，委悉详备。《语类》之在朱学全部系统中，正如画龙点睛，使人读之，有破壁飞去之感。朱子之精神笑貌，毕寓于此，千年如会于一堂，众闻悉归之一己，较之亲炙，亦何多逊。治朱学而期于深山之得宝，则《语类》一书，断不可忽。本书所收材料，以《文集》《语类》为主。属晚年者，则更以《语类》为多。至于朱子之著述，有待学者循书寻索，首尾备究。本书所引，力求简省。即《四书集注章句》，亦复如此。学者幸勿以本书不多引及而忽之。
惟有一事最当提及者，门户之见，实为治朱学者一绝大之障蔽。明程敏正《篁墩著道》一编，证朱陆两家之始异而终同。王阳明《朱子晚年定论》继之。其说之非，同时罗钦顺整庵已疑之。此后陈清澜《学蔀通辨》对王说力肆诋辩。此下言朱学者则必称清澜之书。然朱子成学在晤象山以前，其为学自有根抵与其独特之精神所在，初不为针对象山而发。今于学术大范围之内，单划出理学一小圈，又于理学一小圈之内，专钩出朱陆异同一线，乃于此一条线上进退争持。治陆王学者，谓朱子晚年思想转同于陆，此犹足为陆学张目。治朱子学者，仅证得朱子晚年并无折从于陆之痕迹，岂朱子学之价值固即在是乎？孙承泽著《考正晚年定论》，谓朱子四十五以后，实无一言合于陆氏，亦无一字涉于自悔。李绂穆堂又著《朱子晚年全论》，谓尽录朱子五十一岁至七十一岁论学之语见于《文集》者一字不遗，共得三百七十余篇，其言无不合于陆子。同时王白田辑《朱子切要语》，陈兰甫讥之，谓其书专为排陆王而作。而夏炘心伯论穆堂《晚年全论》不过为《学蔀通辨》报仇。此等诚是学术界一大可骇怪之事。治陆王学者以陆王为中心，而治朱学者则以反陆王为中心。孟子有言，能言距杨墨者圣人之徒，一若朱子之得列为圣学，亦只为其能与象山持异。窃谓朱学之晦而不彰，有四大害。其一害于科举之陋儒，志在名位，不在学术。其二被祸于清帝王之表扬，与夫承望恩泽之一辈伪学者之希旨而邀宠。然此二者，尚皆在学术之外。其三更甚者，则为治朱学而专务于争门户，一若只于陆王之反面求之，即为朱子精旨所在，此则尤为治朱学之绝大障蔽。
而又有第四害，自有朱子，理学大盛，道家固已不振，而释氏禅宗亦如强弩之末，更不能与理学相争衡。于是诤朱反朱者，乃亦只限于儒者与理学之一大传统之内，更无超出于此以起与朱子持异者，此尤为朱子学不能大发明大振起之一大障蔽。今则西学东传，国内学术思想界又引起一激动，或者朱子学转有复兴重光之机，此则为本书著者所深望。
黄梨洲为《明儒学案》，其书阐扬王学，颇见精彩。晚年有意为《宋元学案》，既非夙所究心，殊难胜任愉快。其子百家主一承其家学，以王学余绪衡量两宋，宜于不得要领。全祖望谢山本于理学寝馈不深，又濡染于李穆堂之偏见，其修补黄氏父子之《宋元学案》，所费工力甚为深博，然于平章学术，考镜得失，则多有偏阿。于陆学则每致回护，涉及朱学，则必加纠弹。其语散见，不易觉察。治理学者每先窥此书，凭之入门，而不知其已引导入于歧途。非惟不足升堂奥，亦将无以窥门墙。本学案多引朱子原书，颇少牵引他说。惟黄全《学案》乃学者所必治，虽不能一一加以驳正，然于紧要处亦偶有提及。读者举一反三，可知本书与黄全《学案》着眼不同，持论有别。然亦并不专在朱陆异同一问题上立意，则深望读者之加察。
学案旧例，仅是散摘诸条，略加评案，易使读者如看格言集，或读相驳书，几如理学家言非属教训，即系辨诘。学术气味不免冲淡，思想条理更难体究。使人对理学诸家易生厌倦。在理学盛时，其病尚不易显。今值理学已衰，学案旧体例急待改进。本书多分篇章，各成条贯，使人每读一条，易于了解其在一家思想全体系中之地位与意义。分而读之，固可各见其有然。合而思之，乃可尽见其所以然。自可知一家学术，必有其根抵所在，与其精神所寄。固不轻为教训，亦非专务辨诘。因名本书为《新学案》，亦只指其体例言，非敢标新而立异，以期哗众而取宠。学者其谅之。
学者初看理学家语录，每易感其枯燥。学案中又加以摘录，则枯燥之病益见。本书钞撮朱子《文集》《语类》，每不厌其繁，又不厌其重复，有一义而辗转引述至十数条数十条之多。并亦一仍原文，不轻删削。期使读者低徊循诵，反复思绎，得其浸灌膏泽之润，达于欢畅洋溢之趣。抑且朱子书繁重难读，尝一脔知鼎味，此一脔则必求其味之腴者，乃可使人虽不见鼎而无憾。斯亦求读者之谅察。
治一家之学，必当于其大传统处求，又必当于其大背景中求。本书采录朱子所言，止于组织条理，读者自可因文见义，不烦多所阐申，此亦窃师朱子教人解经注书之遗意。惟作者私人仰止赞叹之情，则亦时有不能已于默者。嘤鸣之求，理宜有此，读者当不以煖煖姝姝于一先生之言而加以菲薄。其他苟有所发挥，则胥于大传统处，大背景中，稍作指点，使读者于传统中见朱子之创辟，于背景中见朱子之孤往。
知人论世，自古所贵。治朱子学，则必求明朱子其人及其时代。自昔有《朱子年谱》，始作者为其门人李方子果斋，然原本已不传。此下有明儒李默古冲，清儒洪璟去芜，递有所作。其最后最著者，则为王白田本。其书经二十余年四易稿而后定，较之李洪两谱，所胜实多。然白田《年谱》用力虽勤，而识解容有未透，又不脱门户之见，亦未能窥朱子学之深邃，其同时友好朱止泉曾贻书力辨，而白田未能接受。夏心伯著《述朱质疑》十六卷，于白田《年谱》颇多纠正。然王夏两氏，姑不论其于朱子学术大体未能深窥，即就考订事迹言，亦尚不免各有疏失。本书因治朱学者必读王谱，故于其书亦多驳正，而兼及于夏氏书。此亦犹如驳正黄全《学案》，皆不得置而不谈，非欲泛滥旁及。
本书初欲分为三编，一思想之部，一学术之部，又一则为经济之部。凡朱子仕宦所及之政绩，及其对当时之政论政见皆属之。今成思想学术两编，篇幅已多，其第三编，自问无以远出乎王氏《年谱》夏氏《质疑》之上。此两家书纵有疏失，亦易考见，故不复作。而于朱子对当时之政论政见，则散附其一二于史学篇，虽不能详，要亦可见其大体。
本书既成，为其卷帙之已多，又为《提纲》一篇冠诸首。《学案》求详，重在记叙。《提纲》求简，稍加发挥。庶使读者易入。然真能发挥朱子学之本意者，宜莫如朱子本人。他人所发挥，或反易失朱子之本意。读者傥由《提纲》进读《学案》，更由《学案》进读朱子之原书，于朱子学术思想自多启悟。斯而后，可以各自有所发挥，此在古人，谓之自得之学，必如是始为可贵。否则只读《学案》，《学案》既力求详尽，虽不睹未学之全貌，亦可窥朱学之概略。于此而求自得，亦不中不远。《提纲》仅为入门，若徒诵《提纲》，即谓已知朱子，而遽欲自有所发挥与评骘，此乃朱子平日教人最所力戒之事。是则余之为此《提纲》，正恐将因之得罪于朱子。惟若读《提纲》者，由是而知朱子思想之邃密，与夫其学术体系之博大，而因以知于旷代大儒，不当轻施己见，即属赞扬，已属逾分，妄作弹斥，决难确当。是则虽不治朱子之书，不修朱子之业，读此《提纲》，亦足为博学知服之一助。
《学案》与《提纲》，皆于朱子之学术思想分途叙述。其思想方面，虽片言只辞，皆出朱子所躬行实践，亲体默证。读者当反求诸己，心领神会，得一善而拳拳服膺，可以终身享受。此乃理学之所以为可贵处。至于学术方面，则不论经学史学文学及其他诸端，在朱子亦自有此成就而止，学者当不以其所成就而自限。只求得此集范，明此途辙，鸢之飞，鱼之跃。海阔天空，将一任学者之自极其所至。朱子精神充满，气魄宏大，故能立大规模而兼斯两者。尊德性而道问学，致广大而尽精微，极高明而道中庸，四通六辟，成此一家。学者则贵各就才性所近，各自求有成立。若徒务博涉，不知反己，此恐不为能善学朱子，并亦将为朱子所不许。