张居正遭逢明朝皇室由盛转衰之际，承袭嘉靖、隆庆内忧外患之余绪，当前的任务，就在于转移时代的态势，奠定立国的基础；而他唯一的政治主张。就是以儒家为立足根基，采用法家精粹的法治精神，毅然以革除旧弊推动创新作为宗旨，而以综合考核名实赏罚严明为主要归宿。至于他为什么持这种主张的理由，当以李岳瑞所说的最为详细。他说：
赵宋以来，儒学愈加盛大而各种社会问题的治理愈加衰败；道德日益昌盛，国家越来越薄弱。一两个豪杰之士，不为时代的命运所转移，而特立独行，在历史朝政中大放光明；如北宋的王安石，如明朝的张居正，他们的学问和治国方案，大都以儒家为表，以名法为里。大概没有专门效法荀子、孟子、程朱一家之术，而可以达到辅佐君主恩泽百姓的心愿的。（见原书第四编《李卫公传》）
只有如此，所以张居正不惜用尽毕生的精力，以寻求其政治主张的实现。他在嘉靖时期所上陈的时政奏疏以及隆庆时期所上《陈六事疏》，本来已经粗略地说明大概的谋划；等到他执掌朝政以后，更是又身体力行，始终不放松。他任劳任怨、生死不渝就是为了如此；他甘愿冒着重大嫌怨备受攻击也是为了如此。他活着的时候不能被愚蠢的同辈人所谅解，死后又在昏庸而年幼的君主那里获罪，固然由于如此；而他卓然超出众人，自然和一般的忠臣良相有区别，巍然跻身于中国以至世界大政治家的队伍，而能当之无愧的，更是没有不系于此。现在试着撷取其集子中发表政治主张的文字，以此附录下来，以证明我的说法。
张居正有《与李太仆渐庵论治体书》，立言和上述两份奏疏互为表里，大意是说：
明朝兴国两百多年了，人们喜欢因循守旧，做事趋于粗糙劣质。另外近年以来社会风气尤其奢靡，最终导致是非毁誉，纷纷没有定论，牛马并驾齐驱而一同疲劳，乐工技拙以充数乱吹而无法辨认，议论像蜂群飞那样纷纷而起，考察实际的政绩却没有功效，这就是所谓的国君如果怠于政事，就是臣子应当鼓励他帮助他的时候。何况我鄙陋微贱又耿直方正，拥戴一个十岁的孩子做君主，站在天下群臣百姓之上，国家的权威没有振作，就会有羞辱之心。如果不稍加激励，动用祖宗的旧的法典，以惊醒迷惑懵懂之人，针疗重病，那么或许各种国家政务就会日益毁坏，违法作乱的人暗中看破，然后再想振作起来，就不可能了。所以我自从接任首辅以来，一切都给予正大公正，存心谦虚能容众物，端正自己儆戒下属。法纪所应施加的，亲贵近臣不能宽恕；有才能就可以任用，即使地位低贱，远离皇帝也不会遗弃。务必使国家强大，遏制行私请托的门路，减少批评讨论，考核名分与实际，以尊崇君主护佑百姓，率领臣下为起创新之事。我也知道法度不适用于弯曲的木头，明亮的镜子被丑妇人憎恨；但观察分析时势，估计情况的变化，治国理政本来应该如此。……而平庸之众喜欢推卸徇私，为非作歹的人畏惧精确考察。……就知道平庸的众人，很难和他们谈论平常之外的事情。
这封书信的关键一共有三点：就张居正施政的方针来看，就是所谓的“法纪所应施加的，亲贵近臣不能宽恕；有才能就可以任用，即使地位低贱，远离皇帝也不会遗弃。务必使国家强大，遏制行私请托的门路，减少批评讨论，考核名分与实际，以尊崇君主护佑百姓，率领臣下为起创新之事”的兴起；就张居正施政的动机来看，就是所谓的“人们喜欢因循守旧，做事趋于粗糙劣质。另外近年以来社会风气尤其奢靡……议论像蜂群那样纷纷而起，考察实际的政绩却没有功效，这就是所谓的国君如果怠于政事，就是臣子应当鼓励他帮助他的时候”；到就张居正施政的反应来看，就是所谓的“平庸之众喜欢推卸徇私，为非作歹的人畏惧精确考察”。综合而言，张居正施政，那只是努力实行法家综合考核名实、赏罚严明的原则罢了。
张居正持有这些原则，原因并不是出于偶然，而是被形势所逼迫导致。张居正说：
国家势力强大所作所为就没有不吉利的，国家势力削弱所作所为就没有不受到祸害的。……因此君子治理国家，致力于加强国家的根本，振作朝廷纲纪，积聚厚重而安抚，不要让它有祸乱，如果发生出乎意料之事，趁着它还细小微弱，就迅速扑灭，即使耗费很多也不可吝惜，不要让它生长蔓延，蔓延了就很难对付了（见《张文忠公全集·杂著》）。
又有人说：
天下的形势最担心在形成，形成不能够立刻扭转。和平昌盛的国势形成，想要转变成混乱不安很困难；混乱不安的时代形成，想要转变成和平昌盛很困难。混乱不是一天积累的，君上失去治国大道，百姓在下懒散狂放，贪官污吏又用暴政驱赶逼迫他们；于是不法分子就会乘机而起，堤防一旦溃决，即使有智慧的人，也没有办法了。官吏被揭发，就会以暴政毒害百姓；但遭受毒害的总不能揭发官吏，而揭发官吏的，都利用权势横行霸道乡里不畏惧国法。盗贼的兴起，是因为迫于饥寒，然而饥寒的人不能做强盗，而当盗贼的，都是一些游侠报仇不顾性命喜欢作乱打斗的人。他们正含着凶狠拿着刀来搏斗挑衅，而在上位的人又以扰乱治安的罪名驱逐他们；借他们怨怒愤恨闲暇无聊的心理，以鼓动他们喜好违法作乱的气焰，火焰烧到猛烈，一天就想要扑灭它，能做到吗？所以洞察先机而预先考虑秘密地消灭它，是上策；不幸而祸患形成，在上位的人有人能把责任归罪于自己，拯救疲劳困苦的百姓，诛杀贪婪狠毒的官吏，使天下人们，心向皇上而不分离，那么盗贼的势力就被孤立而响应他的人变少。所以趋势尚未形成……，具有中等才能的人就可以谋划保全；趋势已经形成，具有智慧的人也不能用心（见同上）。
张居正在当时混乱的局势既然认为由于贪官污吏的驱迫，那么如何对付这一趋势以求得正本清源，他在不得已才使用威权，以惩处贪污而安定百姓。所以说：
治理的方法没有比安定百姓更重要了。……在嘉靖中叶，商人在朝中掌权，财货贿赂都流往上层，百姓嗷嗷待哺，生死不保。此时景象，和曾经的汉、唐末世有什么区别呢？隆庆年间……，进身为官之路比较清明，百姓开始安稳。而朝廷纲纪不能振作，坏习气还仍然存在，虚浮的礼节越来越多，实惠越来越少。我常常想现在不一定再有所变更，只有依靠效法我们的明太祖安抚护佑百姓的一个心念，用来颂扬上帝，奠定国家的根本罢了。所以自从任职以来，……铲除强暴诛杀凶顽，剔除奸邪厘清改革，有不得已而使用威权，只是想用以安定百姓罢了。奸邪之人看到对自己不利，卑鄙地说道当时朝政苛刻严厉，用来迷惑动摇众人。……俗儒通晓治国之道的少，即使努力遵循君上的命令，而实际上内心并没有认可（《答福建巡抚耿楚侗言致理安民》）。
他使用威权的理论根据，纯粹是来源于历史的教训。他说：
三代到秦朝，天下一统再次开辟。创建的方法，到现在遵守它认为都有好处。史书上说他得到了圣人的威严。令秦始皇有贤能的子孙守持他的法度而更加振作，积累了几十年，接续的宗亲世代家族已经铲除尽了，德高望重的师长和年老的博学之士一听到就全部离开；百姓中再次兴起的，都改变原来的观念而听从皇上的命令。即使有一百个刘邦、项羽，能做些什么呢？明太祖以英明勇武平定天下，他理政重在用威权来强制，前代繁文缛节扰乱治理的坏习气，都削减殆尽。这些都铲除消灭，秦代的法令在这里不能严厉制裁，又是天下一统再开辟的人。即使经过二百多年，多次经历大的变故，而国内民心安定不为动摇，这是用威权的功效。（见《张文忠公全集·杂著》）
张居正主张用威权，他坚持要这样的。至于他的实施方法，就一方面以威权的名义寄于君上，使增强其效力；一方面以威权的实际权力集中在内阁，使发挥它的作用；其中经过的情形在前面一章已经出现，这里不再重述。特别是因为当时的“各种国家政务日益毁坏，违法作乱的人暗中窥伺”，而张居正就用威权治理，强压令其禁止，那么反动势力的发生，自会成为当然的结果。但看用威权一事，实际上是张居正施政所必需的。政治上遵循名分责求实际，固然还有待于使用威权；军事上整肃军纪经略武功，尤其是不使用威权就不能办理；下到肃清反叛，谋划统一声威，更依赖使用威权来作为后盾。大概在专制时代，要想寻求政治法令一定施行，而群臣百姓又不能像共和国人民养成服从的美德，那么和他们高谈仁义就会少有功效，宁可让他们畏惧威严而能收取成效。使用威权的举动，既然势在必行，那么反动势力的产生，张居正自然也在所不计。所以张居正在《上徐文贞论大政书》中曾有如下的解释：
我自从任职以来，日夜忧思，吃不好，睡不好，为了担忧公家的事，这样已经四年了。这期间的用心，要以尊崇君主的威严、安定国家大事、振作纲纪、剔除坏人坏事为己任，有力排除群臣的不同意见、公开触犯民众忌讳而不管。难道真的不懂得自爱而放肆以自身为众怨的聚所吗？我私下考虑，俗话说：“仅有一点挈瓶汲水的浅薄见识就能守住汲器不外借。”皇上年幼，普天下的重任委任给一个薄弱的身体。现在不致力于为主持公道，灭除私念，支援衰败，而躲避世俗的责难，以讨好一时。如果将来君主通晓国事，临朝听政，有的荒废而不修整，纲纪废弛而振作不起来，一定会说：“我把天下的事交给你，而现在却到如此地步”！那么即使我张居正躬身陇亩，埋于地下，也不够杀戮啊。因此违背众人的罪小，辜负国家的罪大，偶然的诽谤轻，将来的谴责重。御史台论说有人还是没有宰相的风度，我张居正将会怎么办呢！只有鞠躬尽瘁罢了。
“以尊崇君主的威严、安定国家大事、振作纲纪、剔除坏人坏事为己任……竭力排除各种议论使自己的主张占上风，公开触犯民众忌讳而不管”，这是张居正立志不移而昭示于天下后世的。张居正刚毅而发出此言论，不是随意做出的，大概张居正坚定相信他具有一定的功效。然而，其功效到底如何呢？张居正说：
诸葛亮说：“法度施行然后知道感恩”。现在的人不通达治理，动不动就以姑息纵容为有德，等到遭受刑辟，然后就跟着责备他，这是欺骗民众的。我执政之初，也有人认为严厉刻薄少有恩情。但是，现在几年之间，官吏注重守法循职，各种政务得以推行，贤能的人施展功用和能力，没有出息的人也得以免除罪过，不遵循法度，他所成就的有多少？安定保全的有多少？所以说：小仁是大仁的祸害。子产铸造刑书，规制农田，治政崇尚威严，而孔子称赞他说：“聪明人！”那么圣贤人的意思，决定可以认识了。（《答闽抚庞惺庵书》）
又说：
富有的人是怨恨集聚之所；利益是祸害的根源。而人们之所以能保持他的富有而大家都不敢偷窃的，依靠的是朝廷的法度罢了。他们不用法度自我检验，却依仗他的财富和势力，施利以招致怨恨；那么人们也将会不畏惧国法而挟持怨恨以肆意发怒。这些人，在太平盛世就不会被国法宽恕，在混乱不安的时代就会首先被大盗贼所窥伺，怎么能长久保有他的富有呢？现在能奉公守法，在一百个牲畜中缴纳出来一个，就能完成多年拖欠的赋税，使追逐呼叫的官吏在门庭里巷消失，和顺善良的声名就会被官府所表彰；从此秉持礼节以保持这个趋势，遵循法度以保持他的富有，即使有黄金像粮食一样堆积如山，也没有人敢偷窥，一辈子乘坐坚固的车，赶着肥壮的马，恩泽子孙后代；它的利益，不也很丰厚吗！……婴儿不理发就会肚子疼痛，不剖开疖子就会逐渐加重；而慈母爱子，一定要剃掉他的头发并且剔除疖子的，是为了使他忍受小的病痛，而令他得到最大的快乐。我私下认为他们当中在执法的官吏，当神主而祷告，又有什么诽谤议论呢？（《答应天巡抚胡雅斋言严治为善爱》）
张居正以小的仁爱为大仁爱的祸害，把严治当作和善慈爱，就是他所认为的用严法治理的功效。凡是秉持法家功利的说法的人，这个结论大致如此；而张居正用来应付当时混乱局势，他态度从容，不慌不忙，固然已经很明显了。即使这样，张居正以儒家的立场而实行依法治国，当然已经用尽心思，不逃避指责，只是他所选取的立场，只是站在儒家的立场上吸纳法家的思想对儒学进行改造，绝不是想抛弃儒家原有的传统地位。所以他论说学问，仍然一直以尊崇孔子为旨归，不过以法家的精神灌注到原有的儒家学说上，使其成为法治化的儒学罢了。所以他说：
孔子周游列国时运不遇，他提出见解或主张，也依据各个人的根器，循循善诱，固然没有专门发表一言正如目前所说的话头，大概都是方便施设。他告诉鲁哀公，说“政事在于节约财物”；对齐景公，他却说君应尽为君之道，臣应尽为臣之道，父应尽为父之道，子应尽为子之道；在官署，他就说辨正名称和名分；在楚国，他却说使近处的人受到好处而高兴，远方的人闻风就会前来投奔：也未曾单独发表一言，不考虑当前形势的需要而唠叨不休。推究观察他经纶的大概，就只是效法文王、武王，志在依从东周的礼制，以生活在现今的时代，偏要恢复古代的做法为禁戒，以身居低位不自暴自弃为准则。老死不实行古代的做法，还拿着鲁国史书以保存周礼，所以说：我“志在春秋”。他的心志是什么心志呢？志在依从周礼罢了。《春秋》所记载的，全都是《周官》的典籍。“孔子是殷商之人，难道不想实行殷商之礼吗？《周官》的礼法，难道完全超越前代而不可改变吗？生在东周的时代，身为东周之臣子，不敢背离。……现在谈论学问的人，都说遵循孔子，却不知不致力于孔子之所以安定社会树立教化，而甘愿实行复古的罪责，这还能说是学孔子了吗？”（《答南司成屠平台论为学书》）
以当代所谓儒家崇尚“复古”，而张居正就引用孔子的话，以复古为有罪，这就与法家重视效法当今的意图相符合了。至于他以孔子为例，以公开攻击儒者的罪过而暗中支持法家之说，那么又是我所说的“援引法家渗入儒学”，李岳瑞所说的“以儒学为外表，以名分法家为核心”的原因。但看张居正秉持这一立场，还不只是在面对复古这一件事，他在王道与霸道的争辩上，也同样持有同一个立场来论说。他说：
回忆过去我刚刚进入政府，要实行一两件事。吴旺湖对人说：“我们对张居正执掌朝政，应当实行帝王之道，现在观看他的辩论，不过富国强兵罢了，特别让人失望”！我听说后笑着说：“旺湖过分地称赞我了。我怎么能使国家富裕军队强大呢？孔子论说政治，开口就说粮食充足，武备修整；大舜命令十二牧，也只是说要敬授民时，不违时令；周公执政，他也是只能够治好戎服兵器；我何尝不想国家富裕而强大呢？后世学术不能辨明，高谈阔论不能实用。窃取仁义，叫作王道；初涉富强，就说霸术。不知道王道与霸道的区别，义和利之间，在心不在行动。为什么一定仁义就是王道，富强就是霸道呢？”（《答福建巡抚耿楚侗言王霸之辨》）
感慨自从孟子（字子舆）创立“以施行道德仁爱的人称为王，以势力假借仁义的人称为霸”的说法，后来的学者，不明白他为了纠正当时诸侯偷窃进攻的弊端，不得已才有这种偏激的言论，于是就被奉为一成不变的圭臬，致力于为仁义的迂腐言论，全部摒弃富强而不顾。把社会的弊端扩充到了极致，坐在朝堂之上下令，借助虚伪的恩惠来粉饰太平。在宴席之间，务必谦退礼让而奢谈美德；更厉害的是不修整武备，就称治国崇尚无为，外敌侵凌，就他们看作水塘里的小贼寇；至于说到富国裕民的方法，更是看作细枝末节，听到声音就吓跑了，就如同粮食财货这样资本，可以坐谈而致。我们国家百姓贫困国家薄弱，累积久了却没有人挽回，打瞌睡而变本加厉的，谁不是畏首畏尾小儒能够承担罪过吗？张居正高举孔子足食足兵的宗旨，义正词严，足够使小儒吃惊，他发扬儒家圣人教化的作用，并不少，当然不是仅仅援引法家渗入儒学罢了。至于他为什么使用法家的思想来努力求取富强的，却又在适应当时的形势，期望以富强防患于未然。所以他说：
财货不够就会争夺，信任不坚定就会虚伪；争夺与虚伪，是大奸大恶之徒所依赖的。如何守住最关键的？是人。如何聚集民众？是财利。财货丰富而礼义产生，就是有大奸大盗，也没有人敢乘机作乱。以前孔子论述理政，说：“只要有充足的粮食，充足的战备，人民就会信任他了”。如果不是万不得已，不敢除去其中一条。所以善于为国家着想的，不要让到了不得已的情况。要事先消除祸患，使地方安定，使人民休养生息，只在安抚爱护养育啊！只在安抚爱护养育啊！（《荆门州题名记》）
这种见解，纯粹是把仁义系在富强之中，几乎把王道与霸道熔于一炉，所以称为援引法家渗入儒学也可以，就是称为揉合法家和儒家成一体，也没有什么不可以。
张居正的政治主张，大概都出现在这里。只有张居正固然是一个亲身实践的大政治家，而不是仅仅沾沾自喜于空泛政论的宣传。有关于政策的文字，关键是上述几篇比较有系统，其他零星片段，散见于集子中的，几乎都是就事立论，不足以借取来参考验证。加上诽谤留在身后，史上有缺文，所有张居正的生平政绩，太多都无从考证。现在所记述的，有所缺漏在所难免。所就可以谈到的，就是张居正实际的政治设施内容繁多未经记录，但凡是张居正所论述的，固然没有不奋起而践行的。