吾于清初大师，最尊顾、黄、王、颜，皆明学反动所产也。顾为正统派所自出，前既论列，今当继述三子者。
余姚黄宗羲，少受学于刘宗周，纯然明学也。中年以后，方向一变，其言曰：“明人讲学，袭语录糟粕，不以六经为根柢，束书而从事于游谈，更滋流弊，故学者必先穷经。然拘执经术，不适于用，欲免迂儒，必兼读史。”（《清史·黄宗羲传》）又曰：“读书不多，无以证理之变化。多而不求于心，则为俗学。”（全祖望·《鲒亭集·黄梨洲先生神道碑》）大抵清代经学之祖推炎武，其史学之祖当推宗羲。所著《明儒学案》，中国之有“学术史”自此始也。又好治天算，著书八种，全祖望谓“梅文鼎本《周髀》言天文，世惊为不传之秘，而不知宗羲实开之”。其《律吕新义》，开乐律研究之绪。其《易学象数论》，与胡渭《易图明辨》互相发明。其《授书随笔》，则答阎若璩问也。故阎、胡之学，皆受宗羲影响。其他学亦称是。
清初之儒，皆讲“致用”，所谓“经世之务”是也。宗羲以史学为根柢，故言之尤辩。其最有影响于近代思想者，则《明夷待访录》也，其言曰：“后之为君者，以天下之利尽归于己，天下之害尽归于人。...使天下之人，不敢自私，不敢自利，以我之大私为天下之公。...视天下为莫大之产业，...凡天下之无地而得安宁者，为有君也。...天下之人，怨恶其君，视之为寇雠，名之为独夫，固其所也。而小儒规规焉以君臣之义无所逃于天地之间，至桀纣之暴犹谓不当诛。...欲以如父如天之空名，禁人窥伺。”（《原君》）又曰：“后之人主，既得天下，唯恐其子孙之不能保有也，思患于未然而为之法。然则其所谓法者，一家之法，而非天下之法也。...夫非法之法，前王不胜其利欲之私以创之，后王或不胜其利欲之私以坏之，坏之者固足以害天下，其创之者亦未始非害天下也。...论者谓有治人无治法，吾谓有治法而后有治人。”（《原法》）
此等论调，由今日观之，固甚普通甚肤浅，然在二百六七十年前，则真极大胆之创论也。故顾炎武见之而叹，谓“三代之治可复”。而后此梁启超、谭嗣同辈倡民权共和之说，则将其书节钞印数万本，秘密散布，于晚清思想之骤变，极有力焉。
清代史学极盛于浙，鄞县万斯同最称首出。斯同则宗羲弟子也。唐以后之史，皆官家设局分修，斯同最非之，谓：“官修之史，仓猝成于众人，犹招市人与谋室中之事。”（钱大昕《潜研堂集·万季野先生传》）以独力成《明史稿》，论者谓迁、固以后一人而已。其后斯同同县有全祖望，亦私淑宗羲，言“文献学”者宗焉。会稽有章学诚，著《文史通义》，学识在刘知几、郑樵上。
衡阳王夫之，生于南荒，学无所师承，且国变后遁迹深山，与一时士夫不相接，故当时无称之者。然亦因是戛戛独有所造，其攻王学甚力，尝曰：“‘侮圣人之言’，小人之大恶也。...姚江之学，横拈圣言之近似者，摘一句一字以为要妙，窜入其禅宗，尤为无忌惮之至。”（《俟解》）又曰：“数传之后，愈徇迹而忘其真，或以钩考文句，分支配拟为穷经之能，仅资场屋射覆之用，其偏者以臆测度，趋入荒杳。”（《中庸补传衍》）遗书中此类之论甚多，皆感于明学之极敝而生反动，欲挽明以返诸宋，而于张载之《正蒙》，特推尚焉。其治学方法，已渐开科学研究的精神，尝曰：天下之物理无穷，已精而又有其精者，随时以变，而皆不失于正。但信诸已而即执之，去何得当？况其所为信诸己者，又或因习气，或守一先生之言，而渐渍以为己心乎！”（《俟解》）夫之著书极多，同治间金陵刻本二百八十八卷，犹未逮其半。皆不落“习气”，不“守一先生之言”。其《读通鉴论》、《宋论》，往往有新解，为近代学子所喜诵习。尤能为深沉之思以绎名理，其《张子正蒙注》、《老子衍》、《庄子解》，皆覃精之作，盖欲自创一派哲学而未成也。其言“天理即在人欲之中，无人欲则天理亦无从发现”（《正蒙注》），可谓发宋元以来所未发。后此戴震学说，实由兹衍出。故刘献廷极推服之，谓：“天地元气，圣贤学脉，仅此一线。”（《广阳杂记》二）其乡后学谭嗣同之思想，受其影响最多，尝曰：“五百年来学者，真通天人之故者，船山一人而已。”（《仁学》卷上）尤可注意者，《遗书》目录中，有《相宗络索》及《三藏法师八识规矩论赞》二书（未刻）。在彼时以儒者而知治“唯识宗”，可不谓豪杰之士耶？