研究孔子学说，不像老子那样简单了，因为他的著述和他的言论流传下来的很多。他学问的方面也很复杂，不容易理出个头绪来，所以先要将资料审查一回，再行整理。
孔子有著作没有呢？据他自己说述而不作，我们自然不应该说他有著作。然则后人说孔子删定“六经”是造谣言吗？其实亦不然。“六经”虽然都是旧日所有，经过孔子的手，便成为孔子的“六经”。所以说“六经”是孔子的著述，亦未为不可。但这六部经里头添上孔子的分子之多少，各经不同。今以多少为次序，分别论之。
（一）《礼》 《礼经》就是《仪礼》十七篇（虽有“经礼三百，曲礼三千”之说，但其书无可考）。这十七篇，都是讲的仪注，大约是一种官书，像唐的《开元礼》、清的《大清通礼》一般，内中未必有孔子手笔。孔子教人，大概是一面习这些礼仪，一面讲礼的精意。讲礼的精意，散在《论语》《礼记》等书内，至于这部《礼经》，不见得有什么改订。
（二）《诗》与《乐》 《史记》称：“古者《诗》三千余篇，孔子去其重，取可施于礼义……故曰：‘关雎之乱以为风始，鹿鸣为小雅始，文王为大雅始，清庙为颂始。’三百五篇，孔子皆弦歌之，以求合韶武雅颂之音。”（《孔子世家》）据此像古《诗经》孔子删去的很多，然《左传》所载朝聘燕享，皆有赋诗。所赋的诗，在今本三百五篇以外的甚少。吴季札聘鲁听乐，所听亦不出今本《国风》。此皆在孔子以前。可见当时通行的诗，不外此数。或者孔子把他分一分类立出风、雅、颂等名目，或者把次序有些改正。至于诗篇，怕未必有什么损益。然则孔子对于这部《诗经》有什么功劳呢？我说他的功劳不在删诗而在正乐。诗书礼乐古称四术。（《礼记·王制》）《史记》称孔子以诗书礼乐教弟子，而《论语》雅言，只有诗书执礼，何故不言乐呢？乐与诗相依，离诗无乐，离乐无诗。所以《乐经》是没有的。乐就是乐谱，如何能有经呢？《论语》子曰：“吾自卫反鲁，然后乐正，雅颂各得其所。”可见正乐即是正诗。《史记》说“皆弦歌之以求合韶武雅颂之音”，解说得最明白。大概孔子极好音乐，而且极精，他在齐闻韶，“三月不知肉味”。（《论语》）他从师襄学鼓琴，因曲推到数，因数推到志，因志推到为人。（《史记·孔子世家》）他能教导老乐官太师挚（《论语》），可见他音乐的天才和造诣，不同寻常。从前的诗，是否都能入乐，不敢断定。但这三百五篇，孔子一定都把他谱出来，或者从前旧谱有不对的，都把他改正。所以说“然后乐正，雅颂各得其所”。《庄子》说“诵诗三百，歌诗三百，弦诗三百，舞诗三百”，可见篇篇诗不惟能诵，而且都能歌能弦能舞。孔子的精力用在这里头的，怕着实不少。他把诗乐正定之后，自己很得意。他说“关雎之始，师挚之乱，洋洋乎，盈耳哉”（《论语》），很有踌躇满志的口气。诗乐之教，是孔门最重要的功课。拿现在的话来讲，就是文学音乐合为一体，用作教育基本。所以他的弟子子游做武城宰，就把全城都哄起弦歌之声来。（《论语》）这就是乐教，也就是诗教。可惜后世乐谱失传，我们只能诵诗，不能弦诗、歌诗、舞诗了。孔子在《诗经》上所费的精力，我们连影子都得不着。所以现在这部《诗经》，只能当作研究古代社会情状的资料，不能当作研究孔子学说的资料。
（三）《书》 《尚书纬》说孔子求得黄帝元孙帝魁之书，迄于秦穆公凡三千二百四十篇，断远而定近，可以为世法者，百二十篇。此说虽不甚可信，但《书经》总许是孔子从许多古书里头删选出来，因为子书中常引《商志》《周志》《商书》《周书》等文，非今本所有。就是现存这部《逸周书》，也不见得是后人伪造，大概是孔子删剩下的了。现存《尚书》二十八篇，是否孔子的足本，尚难断定。但我们从他分别去取里头，也可以推见孔子学说的一部分，即如他拿《尧典》做第一篇，一定不是毫无意义。司马迁说：“学者多称五帝尚矣，而《尚书》独载尧以来。”（《史记·五帝本纪赞》）孔子把古代神话，一笔勾销，就是他的特识。此外《尚书》的文字，或者还有许多经孔子润色过，所以研究孔子学说，这部书很应留意。
（四）《易》 诗书礼乐，都可以说述而不作，《易经》总算述而作，《春秋》便作而不述了。现存的《易经》，除卦辞爻辞为孔子以前旧本外，其他皆孔子所作。内六十四条《彖辞》，六十四条《卦象辞》，三百八十四条《爻象辞》，完全是孔子亲笔做的，毫无疑义。还有一篇《文言》，两篇《系辞》，一篇《说卦》，据《史记》说都是孔子自著。但《文言》《系辞》里头有许多“子曰”，又像是弟子所记。至于《说卦》和《序卦》《杂卦》这三篇，恐怕有点靠不住。要之《彖传》《象传》《系辞》《文言》，我们总应该认为孔子的易学。这是孔子哲学的中坚，研究孔子学说最要紧的资料。
（五）《春秋》 孟子说孔子惧作《春秋》，现行这部《春秋》，完全是孔子作的，但他的底本仍因《鲁史》，所以说他是述亦得。《春秋》是一部极奇怪的书。孔子的政治理想，都在里头，自然也是研究孔子学说最要紧的资料。这书的性质，下文再详述。
除“六经”以外，孔子别无著作。汉人说《孝经》是孔子所作。《孝经》开卷两句是“仲尼居，曾子侍”，即此可见不惟不是孔子所作，并不是曾子所作了。宋人更说《大学》是孔子所作，那更毫无凭据，不必深辩。除孔子自己著述之外，还有别的书可充研究孔子学说的资料，但很要分别审择。
（一）《论语》 《论语》的价值，人人共知，不待说明。但有一点应注意，这部书大概是有子、曾子的门人共同编辑的。所以书中记别的弟子，虽颜渊、子路，也只是呼他的字，惟独此两人尊称曰子，而且第一章是记孔子的话，第二章便是有子的话，第三章是孔子的话，第四章便是曾子的话，可见是渊源有自了。我们为什么研究这些呢？因为孔门派别不同。一派所记，不见得能包举孔学真相。《荀子》说有子游氏之儒、子夏氏之儒、子张氏之儒（《非十二子篇》），《韩非子》说有八儒（《显学篇》）。据孟子说，子夏、子游、子张以有若似圣人，欲以所事孔子事之，强曾子，曾子不可；则曾子和有子不同派，似无疑义。子夏、子游、子张，或都是有子一派，也未可知。然而无论如何，这两派都不能完全代表孔学。所以《论语》这部书，虽然是很可宝贵的资料，却不能据他来抹杀别的资料。
（二）《礼记》 《礼记》是七十子后学者所记，其中还许有汉人的手笔。平均算起来，价值自然比不上《论语》，但内中亦有比《论语》还强的。如《中庸》，如《礼运》，记许多孔子的话，都可以补《论语》所不及。其余各篇，凡引子曰子言之诸文句，我们只好信任他，认为孔子所说。此外平叙泛论之文，虽或多半祖述孔子，但越发要别择了。《大戴礼记》性质和《礼记》一样，但较粗驳，价值又低一层。
（三）《春秋》 三传《公》《榖》两传为口说传授、直接解释《春秋》之书，应认他全部为孔子学说。《左传》系记事之书，内中引孔子的话，也应绝对信任。
（四）《孟子》《荀子》 孟、荀为儒家后起两大师，两书中所述孔子言论行事，应绝对信任。
（五）其他先秦子书儒家以外各子书，所述孔子言论行事，可信的程度自然较差，但也不可抹杀。内中如《庄子》，就有许多很有价值的资料，可惜寓言十九，别择颇难。《墨子》为孔学正面的反对派，凡他所引都是拿来做批评的资料，极当注意。
（六）《史记》 《史记》为古代独一无二的史书。司马迁又是宗法孔子的人，他的话自然比较的可信。但他选择资料并非十分严确，也不宜一一盲从。
（七）其他汉以后书这类书价值越减少了，内中董仲舒的《春秋繁露》、韩婴的《韩诗外传》、刘向的《说苑》《新序》，十成中有二三成可采。至于晚出的《孔子家语》《孔丛子》，应该绝对排斥。