张居正的一生，正像《四库全书提要》中所说，可以称是毁誉不一，一直没有确定的评价。就大体说来，他生前和身后的二百多年里，以前都是毁谤多于赞誉；直到近几十年来，他的功业开始日渐脍炙人口；到了现在，张居正的丰功伟业，已经有口皆碑，以前的流言蜚语，早就随着时代变迁而扫除净尽了。回溯张居正的一生，他少年时期的幼聪早达，为人美称，以及从政时期的勤奋学习广泛结交，驰名翰林院，当然类似赞誉了，但最终无关大局。等到他回家隐居，与世隔绝，就家庭的抱怨，师友的怜悯，自然会在所难免，而对社会来说，当初并没有毁谤赞誉可言。因为张居正在事业孕育和挫折的两个时期，学业固然没有彰显，功业也没有建立，声名还没有树立；他既然没有成为社会的中心人物，社会对他自然也无所谓毁谤赞誉了。等到他东山再起，又入仕途，再接受明穆宗特殊知遇之恩，经过徐阶密疏的推荐，他功业完成的时期就在这里开始了；于是他的政治生命就由此而飞黄腾达，而他所受到的诽谤怨恨也就随之而继续增长加高。从此他的事业就越前进越兴盛，他所受到的攻击也越演变而越严厉了。当张居正首次进入内阁，因为他“最后进内阁，却单单做出丞相的情状，傲慢地接见九卿，并不引进任何人，也不听取任何意见。间或说句话就很中肯，人们因此最害怕他，把他看得比其他丞相重”。（《 明史·张居正传》语）于是因害怕而诋毁他的人有了。张居正在内阁，以综合考核名实赏罚严明为其政治主张，而“遇事坚持”，（《行实》）于是和同僚李春芳、赵贞士、陈以勤、殷士儋等多有不合，众人的议论逐渐兴起。于是因为忌恨而诋毁他的人有了。等到高拱因得罪冯保而离职，怀疑张居正暗地里主使，于是对张居正积满怨恨，即使在病床上弥留之际，还仍然重复地喋喋不休地骂。于是因为怀疑而诋毁他的人有了。到张居正既已执掌国政，致力于扭转儒家学者因循宽纵的举措，力求以综合考核名实为己任；于是喜好谈论为政宽大的儒生，推尚自我申明的官僚下属，都深深地感到不方便。而余懋学、傅应祯、严用和、刘天衢、徐贞明、李祯、乔岩、刘台这些人，于是群起而对张居正大肆攻击，这边倒下了那边继续，历经长久不衰。于是借口尊崇儒学以诋毁张居正的人又有了。等到夺情起复的议论起来，而吴中行、赵用贤、艾穆、沈思孝、邹元标等，再借助名教的传统观念，有的人则认为夺情是“错误的行为”，（吴中行语）有的竟然骂张居正为“禽彘”。（邹元标语）于是借口名教以诽谤张居正的人又有了。此后，以御史赵应元借口有病请求退休的小事，王用汲竟然借此以攻击张居正，鼓励神宗要独自专权，不应该把政事委托给众人所依附的首辅，于是借口专权独断以诋毁张居正的人又有了。试着考察张居正招致诽谤的原因，张居正严格实行法治，综合考核名实，赏罚严明，在张居正看作施政要领挽救国家紧急事务的，不少人借此但以因循玩忽职守积弊已深的社会来搪塞，怎么会不格格不入群起而攻击他呢？因此严格惩治盗贼，盗贼怨恨，严厉惩治豪强而豪强怨恨，告诫学生，学生怨恨，裁汰冗员而冗员怨恨，谴责言官而言官怨恨，督促下属而下属怨恨，纠察内阁同僚而内阁同僚怨恨，控制宦官而宦官怨恨，抑制外戚而外戚怨恨，更有在上教导君主而君主也怨恨。至此而全国朝野上下，几乎没有一个不怨恨张居正的人，张居正却以一身而成为众矢之的。在下位的人，怨恨在心，诽谤固然随之而生；在上位的人，怨恨施加，祸患将会因此而起。于是张居正死后不到两年，小人宦官张诚，却以张居正家拥有很多金钱的缘故怂恿神宗，神宗也因为心里艳羡张居正家有很多金钱而予以没收。于是张居正就以盖世的大功，而蒙受削去官职褫夺谥号的冤屈，几乎遭到身后戮尸的祸患。唉！施加的怨恨和诽谤，当然有这样不能预测的。我们清楚地知道张居正招致祸患的原因，怎么能没有道高一尺魔深一丈的感叹呢！
即使这样，俗语有言：是非自有天理，公道自在人心。张居正蒙受不能诉说的冤屈，遇到飞来的横祸，在今天固然已经被天下知晓；就在当时，阴谋落井下石的当然不缺乏人，主持公道的也大有人在。当抄没张居正家的圣旨已下，刑部右侍郎邱橓奉命偕同宦官张诚到张居正的原籍查抄。邱橓等“籍没张居正家恐怕不符合规定，于是把他的儿子们都拘押起来，用尽极刑拷打折磨”。（周圣楷所撰《张居正传》）大学士许国曾写信给邱橓说：
旨意明确无罪及他人等等，希望推求罪责只处罚本人而不伤及妻儿的道义，以成就圣明的君主爱惜生灵的仁慈，并且令后世议论今天轻视人命而看重财货。向上累及皇上的圣德，于中对国家体统有亏，对下失去人心，奉旨办事的人又怎么能推辞他的罪责呢？（见《张文忠公全集》附录一《高以俭太师张文忠公集跋引》）
申时行也说：
圣明的君主爱惜生灵，作为张居正门客的我一定能够深入体察，不让覆盆下面有不被光照的冤屈，邻里有无罪而遭到连累的事情发生。（同上）
侍讲于慎行也给邱橓写书信，大意是说：
张居正耗尽精力竭尽心智，勤劳于国家，冥冥之中却要受到惩罚，结怨于朝野上下。当他执掌朝政时期，全国上下争相颂扬他的功绩而不敢说他的过错：现在已经势衰，全国上下争相搜求他的罪责而不敢说他的功劳：都不是事实。况且张居正一生用法治来治理天下，而间或结以恩惠，这是他的收入有限。他以盖世的功勋自豪，当然不甘心为污浊卑鄙，而以世代相传的功业期望于他的儿子，又不使他们滥于交友，他们的收入又有限了。如果想要全部彻底追究，称职尽责于君上的命令，恐怕整个荆州一带于公于私都会严重受到困扰。又张居正的太夫人在堂上，八十岁的老母亲都受牵累，他的几个儿子都是书生，没经历世事，没收以后，一定会导致落魄流离，可以说是苦楚悲痛。期望在事情消停罪责评定以后，上呈疏奏请求皇上，恳求赐给他们聚居的房屋，用安身之地来抚恤，让活着的人不致于成为栾氏、卻氏的族人，死去的人不致于成为若敖那样的鬼魂，也是皇上施恩的仁慈。（周圣楷所撰《张居正传》）
所有这些都不失为公道的主张，实在是差强人意。但邱橓得到书信，都不听许，仍然多方面罗织罪名。潘季驯以审理案件太急切，上疏请求体恤，又被言官李植弹劾而离开。从此逢迎君王的过错来毁谤张居正的，更是信口雌黄，肆无忌惮，几乎不知道人间还有所谓公道是非了。等到历时已久，张四维等务求以宽松的政治迎合皇上的心意，结交人心，全部和张居正的所作所为相反，以寻求保住俸禄官位，朝廷纲纪因此遭到重大破坏，而张居正一生耗尽精力以惨淡经营的，几乎全部归于乌有。于是人们开始渐渐回想张居正的政绩，而渐渐加以称赞。万历十八年（1590年）蔡时鼎上疏弹劾申时行，有说：
张居正的祸端，在曲从私情危害公正；但其执行法令专任国事，还足能有益于国家。现在改革他为政的优点，而继承他的私情；全部遗弃他维系天下的人心，而巧于私求他欺骗下属的伎俩；只是想着祈求赐福，不顾国家的祸患。像这样的人，怎么可以使他成为天下的宰相呢！（见《明臣奏议》）
这仍然是寓褒于贬，不敢直接颂扬张居正的功绩，但是已经足够为张居正发泄胸中不快。到万历四十年（1586年），其子张嗣修搜集遗著，以此刊行发布于世，然后张居正的功业才渐渐被人重视。如沈鲤在为张居正遗集作序中所说，就已经颂扬到了极点，大大地申明公正的言论。沈鲤说：
太岳张公集若干卷，就是张居正做宰相时的功业。当时皇上（指神宗）年幼登基，全天下大政，逐个委任张居正。张居正也感念皇上的恩遇，一直以身担重任，想要一切修明祖宗法典，而综合考核名实，赏罚严明，不避怨嫌，毁谤赞誉利益损害不予关心。朝廷内外因此凛然严明，没有不守法的官吏，而朝廷也没有革除了不实行的法令。十多年间，海内清平，少数民族臣服，不能说这不是张居正的功劳啊。只是人的常情害怕约束而喜欢因循，一旦将他们绳之以法，会被认为是苛刻。而张居正施法更加坚定，奋争更加努力，因此就与社会相抵触。但再有一两件非同寻常的事情，有很多人不容易识破的，他的行为没有不像是刚愎，像是少有宽容，像是专权，像是纯任霸术，像是与金革变礼最终不完全吻合。皇上一时虽然宽容，实际上已经不能不怀疑。这时张居正已经去世，谏言的人更加以欺骗为说辞，皇上的眷顾宠爱已经改变，而张居正的祸患就解不开了。到现在看场的人还是有很多不满的话。但看他先以公法后以情理，以国家大事为先，以身家性命为后，任劳任怨，以助成万历十年太平，我国明代宰相般的功业，确实不容易多见了。（见《张文忠公全集》附录一沈鲤《张太岳集序》）
沈鲤是张居正所选拔的士子，他作序时官至大学士礼部尚书，而他所有的言论都是这样质朴真实，并且也不会因为老师的情谊而对张居正有所隐瞒徇私，实在是难能可贵。同时张居正还有一个学生吕坤在张居正的遗集书后面，对张居正的功业和精神，尤其有精细周到的批判，大略说：
先生……丰功伟绩天下昭著，至今不可磨灭，那么用一句话来概括他说就是担当。……现在皇上以十岁登上帝位，……在这个时候，慈圣太后李氏、仁圣太后陈氏有一起被称为太后的尊贵，众宦官掌握着国家大权，外戚攀附而欺凌，而且正值汉那吉侵入，两广发起怀远之军，国内颇多颓废的政策，承当这样艰巨的重任，难道不困难吗？先生顾念先帝临终遗命的重大，蒙受圣明君主的知遇，以天下重担挑在两肩，以四海欢欣悲戚会为一体，不能推诿，坚定地承担着。但接受天下的功劳容易；肩负天下的怨愤艰难。先生以一身系国家安危，爱憎褒贬等同浮云。恐怕君主德行有亏要求有御前讲席，所以皇帝的明鉴有图说，每天的讲席有定规。以明察局势是放纵还是畏惧而施行治乱，所以交给君主，严格的约束他。建立考核体制以监督巡抚和巡按，减省驿递的破费来体恤穷困的百姓，限制进取以重视学校，核实地亩以杜绝分歧和欺瞒，规定检举揭发以阻绝行私请托，合并催收租税以禁止强征拖欠的赋税，注重诛杀贬谪以告诫贪婪凶残的人，申明宗藩的条例，裁减冗滥的官员，考察侵吞牟利的粮饷，清理自私占有的田地，严格执行死刑的处罚，使九州的人小心谨慎同心协力，轻慢放肆的官吏凛然奉法，肆无忌惮议论的士子停止歪理邪说而尊王，事情可以安守常规的，不改弦更张来开启后来的争端；时势应当变通的，不因循守旧来酿成尾大不掉的势力。国家如泰山般稳固，疆域如金瓯般完好，内忧外患都不产生，北面没有敌国的侵扰，南面没有不受节制的枭雄，五种兵器腐朽不锋利，四方百姓安居健康。这种功劳，是谁建立的呢？张先生愿意担任之心，胜任之手，果断实现敢于担任的实效。如果张先生躲避艰难的危险，考虑自身，依靠一个人的特别恩宠和关怀，联结四方百姓的欢心，国家刑赏完全足以供他使用，这谁会高兴呢？即使不是这样，过着十分悠闲自得的生活，沿袭积弊，固守陋规，全国上下习以为常而安居其中，那谁会产生怨恨？那就是张先生不作为了。噫，伊尹自以一身肩受天下的重任，难道超过他吗？（见《张文忠公全集》附录一吕坤书《太岳先生文集后》）
从此以后，私家撰史者对于张居正的评价渐入正轨。只是害怕君主专制的淫威，在神宗一朝，始终没有人敢为张居正诉说他难以昭雪的冤屈。直到熹宗天启年间，才由邹元标为张居正上奏并获得批准恢复原官以及赐予安葬和祭祀。到此，张居正有功无罪，才重新获得明朝廷的认可，然而距离张居正去世的时间，已经过去了四十年，此时明王朝也岌岌可危了。（按：邹元标在张居正生前，曾对张居正肆意地攻击，大骂他为“狗彘”——见本编第十章——而且邹元标因此而被朝廷杖责并放逐；居然在张居正死后乃以直报怨，为他洗刷冤屈，得以沉冤得雪，他也是一位有心人啊。）崇祯末年，国事愈发败坏，难以收拾，国人于是更加回忆张居正的功劳，尚书李日宣等人在崇祯十三年（1640年）上疏请求，当中说：“原首辅张居正受穆宗皇帝遗诏辅政，侍奉皇祖（指神宗）有十年之久，肩负国家重担，任劳任怨，改革整顿，助成万历初年之治。当时中外太平，海内富盛，纲纪法度，无不昌明，他有功于国家社稷，时间一长就有定论了，人们更加思念他。”熹宗批准他的奏请，这时距离张居正去世已有五十八年了，明朝危在旦夕，到此才开始追颂张居正的功德，不也太晚了！有一位诗人曾这样感慨“恩怨终结的时候才能作出公正的结论，边疆危急的时刻才能知道人才的难得”。（王启茂《谒张文忠公祠诗》，见《张文忠公全集》附录二）明朝崩溃以后，世事变迁，张居正身后的诽谤原本可随时代流逝而消逝，但是反对者却又写出史稿“而怀有私情的人为他的报复平息而高兴，追求名声的人制定或援用苛细严峻的法律条文”（见《张文忠公全集》附录二沈鲤《张文忠公论》），以导致是非不明，功过仍然没有办法判定。其中正如《明史》，正如《明史纪事本末》，正如可以借鉴的明显前例，对张居正大多都不能秉承董狐秉笔直书的做法，雪洗千古的奇冤；而谷应泰的《明史记事本末》尤其又纵容个人的偏见，做出揭露用心的言论；都不足以充当可信史书的眼目。《明史》虽然经过张居正的孙子张同奎在清朝康熙时《上六部禀帖》，请求改正。而得到将“荒谬构架诬陷的言论”删除，（见《张文忠公全集》附录二张同奎《上六部禀帖文后附记》）但在张居正的功绩，终究还是论说不详细，而且颇多不满，这在《明史·张居正传》，几乎俯拾即是，必须和同时代的几人的传赞相互参考，才能稍微看出梗概。从这以后虽然有林潞、袁枚等人略微申明张居正的论述，（林潞有《江陵救时之相论》一文，本编第十三章曾节引一段；袁枚《答洪稚存书》曾论及吴中行劾其座主张居正之不当；两文均见《张文忠公全集》附录二）但仅是片段论述，不值得转移看法。于是张居正死后沉没在《四库全书提要》中所说的“毁誉不一，一直没有确定的评价”，几乎经历二百年这么久。一直到道光年间，陶澍为他重刊全集，其序文有说：
明朝到嘉靖、隆庆时期，上下官员只知贪图安逸、吃喝玩乐，不关心国家大事，气象萎靡不振，江陵张文忠公出来而为之振奋，……他的精神气魄确实能挽救时局，而学识又足以发扬，确实是自古以来的奇才，不只是有明一代是很少遇到的。只是他的精明才干达到极点，接近于苛刻，不避劳累与怨恨，怀疑他专权独断；被不好的声名蒙蔽，于是导致抄没其家殃及子孙，这也是很悲哀的啊！在不被信任的时候，即使圣贤也难以承当，居高位的官员就算如同周公一般，依旧不免于被人诽谤，最终付出代价罢了，历经数百年，还有人执着仁智不能说尽，以议论他的后人。世上如果没有孔子、孟子，哪里有真正的是非？何况张居正不是周公，而想要把天下的重任，以伊尹的责任自居，难道不是太难了吗？（《张文忠公全集》附录二陶澍《重刻张太岳先生全集序》）
到此才能以公允的批评，矫正天下人的认知，可以说是张居正死后第一个知己。而同时陈銮也为张居正申辩，说：
世人议论张居正的人，一般都说是夺情起复，结交冯保而排挤新郑（高拱）。现在试着以公平而不偏感情地告知；夺情一节，确实是君子所不能接受的；然而中期以来，宰辅习惯成了旧事，君主年幼初立，人心疑惧不安，受恩深重，在处理的时候，人们难以言说。至于说张居正不想离开，暗示部院把他留下，这篇文章捏造的说法，不足凭信。（按此下是讨论张居正勾结冯保是出于随机应变的考虑，已经出现在本编第八章引文部分，不再赘述）唉！孔子死后，天下没有确定的评价，《春秋》散佚，天下就没有可信的史书。张居正管理边防……，考察官吏政绩，在千里之外，洞若观火，英明的策略如李赞皇（李德裕）；处于两宫后主慈圣皇太后李氏、仁圣皇太后陈氏和年幼的君主之间，心思缜密力量强大，不激进不随顺，办事干练而有成效就像吕文靖（吕夷简）。然而李赞皇被朋党（对李宗闵、牛僧孺等）所排斥，吕文靖也对范（仲淹）、富（弼）诸位君子不满。慷慨肩负重任太难了，而大臣谋求治国的心不容易表白（见同上又序）。
王闿运之《江陵书院记》，又称：
从前听曾文正公（曾国藩）说：“张居正和唐朝太尉李文饶（德裕字）都以恢宏瑰奇背负世俗的诽谤，而李文饶赶在国家强大之后，张居正正值朝政坏到极点，他的功勋更伟大”（见同上）。
又有官主事的监利人王柏心，除了将张居正遗著里进呈朝廷之外，并且写有《悯忠赋》以怀念以往。赋中警句如：“由夫子执掌朝政啊，实是身份崇高而地位危急。难道不知道亢龙有悔啊，只是担心国家为此覆没。振作朝廷颓败的纲纪啊，不惜违逆众人的心愿。遭遇危机而陷入深阱啊，只有朋党激进！”“功业隐藏而罪责彰显啊，福禄已经盈满而灾祸到来。早晨如伊尹辅佐而晚上就成了浑敦四凶之一啊，怨愤的人又以谗佞来构陷。”“功勋轻于细微尘埃啊，罪责堆积如邱山。心怀忠信而排斥污垢啊，固然自古就已经如此。”（见同上）反而被时人所传诵。王柏心又给御史朱琦写信，称张居正的功业，朱琦回信说：
张居正，是愚忠的人。大概是明显知道有害于身而去做的人了；明知道有害于身而有利于国家，又背负着天下后世的诽谤，而勇于作为的人。啊，这真是愚忠的人啊！（见同上《朱琦答王子寿比部书》）
朱琦的这几句话，正和明朝的忠介公海瑞评张居正为“善于谋划国家，拙于谋求自身”（见周圣楷所撰《<张居正传>后毛寿登附议》）不谋而合。张居正地下有知，也应该引为知己了。从此世人对张居正的看法就不再被史书所局限，可以从张居正身后留下的著作中寻找；而张居正死后沉积两百年的冤情，也渐渐得以洗刷。降到近代，名流如梁任公、李岳瑞等，折中西方的学说，对我国历史人物重新估定他们的价值，对张居正更是加倍赞扬，许他为明代唯一的大政治家。