程朱学的衰落与王学的兴起
宋儒理学到朱熹才算大成，自朱熹以后理学就取得正统的位置。元朝虽是野蛮民族，对于理学也不曾反对摧残过，并且相当的加以提倡，如元仁宗时定制，以宋儒《四书》注及经注试士，是宋学获得政治地位的开始期，因此理学就越加发达。到了明初，仍然是他们的世界。明太祖时代的开国文豪宋濂，也就是明朝提倡理学的第一人，他是金华朱学的嫡系，他的门人方孝孺在当时也有程、朱复出之誉，不过后来以节义显，对于理学思想上反没有什么发明。因为社会潮流仍然趋向理学，所以帝王们也就利用这个趋势来表彰宋儒，藉以保护他们专制的地位。明成祖御制《性理大全》、《四书大全》等书，将宋儒的学说为系统的编集。因为有科举制度的保障，所以明、清五百余年之中，朱注的经书在学校内始终奉为规范，虽经过阳明学派及清代考据学者的屡次批驳，而实际上丝毫不能发生影响，可见其潜势力之大了。
宋濂、方孝孺以后，承继宋儒理学的正统者有曹端、薛瑄、吴与弼、吕柟诸人。曹端是河南渑池人，为学以躬行为主，在思想上无甚新发明，但因他是明代正式讲理学的第一人，在他以前，宋濂、方孝孺虽言行近于理学，但均不以理学家名，故后人颇有推尊他的。薛瑄是山西河津人，也是以躬行实践著名，他在当时声名极大，门生也很多，故为明代程、朱学派的唯一大宗。吴与弼是江西崇仁人，也是明代程、朱学派的大师，他的学问自言多从五更枕上汗流泪下得来，可见其用功之刻苦，但其学以涵养天趣为主，与薛瑄之一味实践不同，故再传到陈献章遂超出程、朱的范围自成一家了。吕柟是薛瑄的四传弟子，其学仍是薛学风采，不过更加严紧一点。他是陕西高陵人，故关学受他的影响自成一派。
总之明朝中叶以前，思想界大体仍是程、朱理学的世界。这些程、朱派的理学家共同的长处在躬行实践，一毫不肯苟且，短处则在谨守古训太甚，思想上毫无新的发挥，并且因为拘谨太过，演成迂阔的行径，处处惹人讪笑而无补于世务。况且朱熹的学说本从格致入手，格致是要他们“即物以穷其理”，这本是科学的方法，而不幸后来的程、朱学派儒者，忽略了他这种治学的方法，只知道拿些空虚不着边际的理气等说翻来覆去“玩弄光景”，因此人心自然不免要对之厌倦起来，而有别寻途径的要求了。
在这个宋学不能餍服人心的时候，第一个首举别帜的是陈献章，他是广东新会人，学者称白沙先生，曾受学于吴与弼，但其学能于与弼之外，别有创获。黄宗羲《明儒学案》说他：
先生之学，以虚为基本，以静为门户，以四方上下、往古来今穿纽凑合为匡郭，以日用、常行、分殊为功用，以勿忘、勿助之间为体认之则，以未尝致力而应用不遗为实得；远之则为曾点，近之则为尧夫，此可无疑者也。故有明儒者，不失其矩矱者亦多有之，而作圣之功，至先生而始明，至文成而始大。
又说：
有明之学，至白沙始入精微，其吃紧工夫，全在涵养。喜怒未发而非空，万感交集而不动，至阳明而后大，两先生之学最为相近，不知阳明后来从不说起，其何故也。
他自己复赵提学书，论其生平为学之经过说：
仆年二十七，始发愤从吴聘君学，其于古圣贤垂训之书盖无所不讲，然未知入处。比归白沙，杜门不出，专求所以用力之方，既无师友指引，惟日靠书册寻之，忘寐忘食，如是者亦累年，而卒未得焉。所谓未得，谓吾此心与此理未有凑泊吻合处也。于是舍彼之繁，求吾之约，惟在静坐。久之，然后见吾此心之体，隐然呈露，常若有物，日用间种种应酬，随吾所欲，如马之御衔勒也；体认物理，稽诸圣训，各有头绪来历，如水之有源委也。于是涣然自信曰，作圣之功其在兹乎。有学于仆者，辄教之静坐，盖以吾所经历，粗有实效者告之，非务为高虚以误人也。
可见其宗旨之一斑。大抵白沙的气象天分皆与阳明为近，但较阳明更为疏阔一点，所以结果成为狂者一派，专以天趣为主，有类乎宋之邵雍，而末流就变成道家思想了。
陈献章的门人最有建树的是湛若水，学者称甘泉先生，是广东增城人，与王守仁同时，彼此交好，而学问宗旨不同。湛氏的学主张随处体认天理，注重学问思辨的功夫，他批评阳明学说的弊说：
……兄之格物云正念头也，则念头之正否，亦未可据，如释、老之虚无，则曰应无所住而生其心，无诸相，无根尘，亦自以为正矣。杨、墨之时，皆以为圣矣，岂自以为不正而安之。以其无学问之功，而不知所谓正者，乃邪而不自知也。其所自谓圣，乃流于禽兽也。夷、惠、伊尹、孟子亦以为圣矣，而流于隘与不恭，而异于孔子者，以其无讲学之功，无始终条理之实，无智巧之妙也。则吾兄之训，徒正念头，其不可者三也。论学之最始者，则《说命》曰“学于古训乃有获”，《周书》则曰“学古入官”，舜命命禹则曰“惟精惟一”，颜子述孔子之教，则曰“博文约礼”，孔子告哀公则曰“学问思辨笃行”，其归于知行并进，同条共贯者也。若如兄之说，徒正念头，则孔子止曰“德之不修”可矣，而又曰“学之不讲”何耶？止曰“默而识之”可矣，而又曰“学而不厌”何耶？又曰“信而好古敏求”者何耶？子思止曰“尊德性”可矣，而又曰“道问学”者何耶？所讲所学所求所好者何耶？其不可者四也。
此说切中王学之敝，王氏之所谓良知，其实并无一定的标准，野蛮人杀人为祭也自以为是良知所许，何尝是真可靠呢。湛氏随处体认天理之说，即朱熹即物而穷其理之说，宗旨原不差，可惜没有穷理的方法，因此不能战胜王氏罢了。
王守仁自然是对于程、朱学派最大的革命家，他是浙江余姚人，学者称为阳明先生，故他的学派亦通称阳明学派。他自幼豪迈不羁，出入佛、老之学，为刑部主事时因触犯权奄刘瑾，谪为贵州龙场驿丞，他的平生学问基础即筑于此时。后巡抚南赣，平宸濠之乱，声名大起，而学问也遂成熟。黄宗羲说他：
先生之学，始泛滥于辞章，继而遍读考亭之书，循序格物，顾物理吾心，终判为二，无所得入。于是出入于佛、老者久之。及至居夷处困，动心忍性，因念圣人处此更有何道，忽悟格物致知之旨，圣人之道，吾心自足，不假外求。其学凡三变而始得其门。自此以后，尽去枝叶，一意本原，以默坐澄心为学的，有未发之中，始能有发而中节之和，视听，言动，大率以收敛为主，发散是不得已。江右以后，专提致良知三字，默不假坐，心不待澄，不习不虑，出之自有天则。盖良知即是未发之中，此知之前更无未发；良知即是中节之和，此知之后更无已发。此知自能收敛，不须更主于收敛；此知自能发散，不须更期于发散。收敛者，感之体，静而动也；发散者，寂之用，动而静也。知之真功笃实处即是行，行之明觉精察处即是知，无有二也。居越以后，所操益熟，所得益化，时时知是知非，时时无是无非，开口即得本心，更无假借凑泊，如赤日当空而万象毕照，是学成之后又有此三变也。
这段话说阳明的学问经过，很有道理。
王氏之学，虽有三变，龙场得道以后，专讲收敛，江西以后，始提出“致良知”三字，晚年则更有进步，但其主要宗旨仍在“致良知”之说。什么叫良知呢？试看他自己说：
夫良知之于节目时变，犹规矩尺度之于方圆长短也。节目时变之不可预定，犹方圆长短之不可胜穷也。故规矩诚立则不可欺以方圆，而天下之方圆不可胜用矣；尺度诚陈则不可欺以长短，而天下之长短不可胜用矣；良知诚致则不可欺以节目时变，而天下之节目时变不可胜应矣。毫厘千里之谬，不于吾心良知一念之微而察之，亦将何所用其学乎？是不以规矩而欲定天下之方圆，不以尺度而欲尽天下之长短，吾见其乖张谬戾，日劳而无成也已。吾子谓，语孝于温凊定省孰不知之，然而能致其知者鲜矣。若谓粗知温凊定省之仪节而遂谓之能致其知，则凡知君之当仁者皆可谓之能致其仁之知，知臣之当忠者皆可谓之能致其忠之知，则天下孰非致知者耶？以是而言，可以知致知之必在于行，而不行之不可以为致知也明矣。知行合一之体，不益较然矣乎？夫舜之不告而娶，岂舜之前已有不告而娶者为之准则，故舜得以考之何典，问诸何人而为此耶？抑亦求诸其心一念之良知，权轻重之宜不得已而为此耶？武之不葬而兴师，岂武之前已有不葬而兴师者为之准则，故武得以考之何典，问诸何人而为此耶？抑亦求诸其心一念之良知，权轻重之宜不得已而为此耶？使舜之心而非诚于为无后，武之心而非诚于为救民，则其不告自娶与其不葬而兴师，乃不孝不忠之大者，而后之人不务致其良知以精察义理于此心感应酬酢之间，顾欲悬空讨论此等变常之事，执之以为制事之本，以求临事之无失，其亦远矣。———《答顾东桥书》
因为他以为“良知诚致，则不可欺以节目时变”，所以才有“知行合一”之说：
知行原是两个字说一个工夫，这一个工夫须着此两个字方说得完全无弊病，若头脑处见得分明，见得原是一个头脑，则虽把知行分作两个说，毕竟将来做那一个工夫，则始或未便融合，终所谓百虑而一致矣；若头脑见得不分明，原看做两个了，则虽把知行合作一个说，亦恐终未有凑泊处，况又分作两截去做，则是从头至尾更没讨下落处也。———《答友人问》
这个头脑是什么呢？就是良知。
王守仁的才气在历来儒者中算是杰出的，他的地位又高，故能号召一时的人心，造成一个新派。他的主张致良知，是从内向外的工夫，与朱熹的穷理主敬尚注重外面工夫者，颇有不同，故他对于朱氏特别攻击，他解《大学》“格物而后知”的“格”字是“感格”之格，与朱熹的训格物为“研究物理”之意不同，他并提出“大学古本”以为证，又搜集朱熹的言论与他宗旨相近的，名之为“朱子晚年定论”，这都是他的习气未净之处。但在当时迂拘矫诈的程、朱理学空气中，得此一番新的洗刷，人心自然不能不为之一振，故他身后不久，王学遂遍于南方，许多光明俊伟之士都出在他的门下了。
王守仁是浙江人，而其一生事业多在江西，故他身后弟子虽遍于长江以南各省，但以浙江、江西两省为最多，无形中也就分为两派。浙江的王门弟子之著名者，有徐爱、钱洪、王畿诸人，除徐爱先死，未及闻良知之说外，钱、王二人对于良知之说发挥甚力。他们学风偏于直捷活动，以为良知是不待修养而成的，故不主张从静处去用功。钱氏说：
未发竟从何处觅。离已发而求未发，必不可得。
王氏说：
寂者心之本体，寂以照为用，守其空知而遗照，是弃其用也。
这都是针对主静过甚的流弊而言的。故此派的末流勇于任事，富于责任心，颇能发挥王学的长处，但也略近于禅宗。王畿常提出阳明的四句教以为教学的宗旨，四句教是：
无善无恶心之体，有善有恶意之动，知善知恶是良知，为善去恶是格物。
“无善无恶心之体”，这实在是含有佛学色彩的话。
较浙江派更彻底近于主动的，还有一个泰州派，这派的首领是王艮，他所标的宗旨是“自然”，是“学乐”，他是有志于用世的，他的弟子中也纯向这面发展，他们都是平民哲学家，樵夫、陶匠都有，末流如颜山农、何心隐虽不免过于放荡，但精神的勇猛却为前此哲学家所不及。阳明学派所以能在思想史占很高的位置者，就靠他们能和实际发生交涉的这一点上，这是我们所不可不注意的。
浙江派和泰州派这样过于主张向外活动而忽视修养的结果，自然引起正统派王学的不满，因此江西一派的学者便起来纠正他们。这一派的著名学者有邹守益、罗洪先、聂豹、邓以赞等，邹氏拈出“戒惧慎独”四字，罗氏拈出“收摄保聚”四字，都用以主补救浙江派的偏荡的。盖浙江派把“致良知”三字只记得“良知”二字而忽略了“致”字的工夫，故其末流小人得以假借之肆无忌惮去作恶，而以良知为辩护之具；江西派则特注重“致”字，以为良知不能忽略修养的工夫。就王学本身而言，江西派实在是正统，流弊较少些。
自明朝中叶以后，王学虽然披靡一世，然而实际上不满于王学的还是很多，试引几段评论于下，可以见当时反王学议论之一斑。如汪俊说：
道一本而万殊，夫子之一贯是矣。以学言之，则必有事于万殊而后一者可幾也。曾子之随事力行，子贡之多学而识，皆亲受业于夫子之门者也。颜子之博文约礼，而后如有所立，《易》之知崇礼卑，而后成性存之，皆一说也。程子论学曰：“涵养须用敬，进学则在致知。”朱子伸明之曰：“主敬以立其本，穷理以致其知，本立而知益明，知进而本益固。”可谓尽矣。陆氏之学，盖略有见于道体，虽欲单刀直入，以径造夫所谓一者，又自以为至简至易，立跻圣域，故世之好异者靡然趋之，而不知其相率而陷于异端之说也。张子曰儒者穷理，故率性可以谓之道，释氏不知穷理，而自谓之性，故其说不可推而行。程子有言曰格物而充之，然后可以至圣人，不知物格而先欲意诚心正者，未有能中于理者，据此可以断陆氏之学。
如何瑭说：
儒者之学，当务之为急，细而言语威仪，大而礼乐刑政，此物之当格而不可复者也，学问思辨一旦卓有定见，则物格而知至矣。由是而发之以诚，主之以正，然而身不修家不齐未之有也。至究其本原为性命，形于著述为文章，固非二道，特其缓急先后各有次第，不可紊耳。今曰理出于心，心存则万理备，吾道一贯，圣人之极致也，奚是外求；吾恐其修养治平之道反有所略，则所学非所用，所用非所学，于古人之道不免差矣。
如黄佐说：
德性之知本无不能也，然夫子之教必致知而力行，守约而施博，于达道达德，一则曰“未能一焉”，一则曰“我无能焉”，未尝言知而废能也。程子曰“良知良能，皆无所由，乃出于天，不系于人”，又曰“圣人本天，释氏本心”，盖《大学》言致知系于人之问学者也，孟子言良知必兼良能，本于天命之德性者也。惟宋吕希哲氏独以致知为致良知而废良能，则是释氏以心之觉悟为性矣。《圆觉经》以事理为二障，必除而空之，则理不具于心，心不见于事，惟神识光明而已。反身而诚，似不如是。
以上这些说法都切中王学之敝。大抵王学虽提出“良知”二字，当下指点，可以启悟人，然究其所谓良知者实在并无此物，不过在光景恍惚间耳。所以在当时就已经有很多反对的论调，这一般反对的潮流，一直到明末清初才光大起来成为后此三百年的主潮。
王学到了明朝末年，势力虽披靡一世，而流弊也就渐渐发露了。许多有革命性的青年固然打着良知的旗子，到处勇于为善，但矫伪的小人也可以打着良知的旗子，到处勇于为恶，因此弄得所谓“酒色财气不碍菩提路”的狂禅，滔滔于天下，结果自然会使人心不满。因此王学到明末便有了两个新方向。一派是刘宗周的证人学派，刘氏是以继承王学自命的，但他鉴于王学末流之失，故特拈出“慎独”二字以为宗旨，他的慎独的意思是：
盈天地间皆气也，其在人心一气之流行，诚通诚复，自然分为喜怒哀乐，仁义理智之名因此而起者也。不待安排品节，自能，不过其则，即中和也。此生而有之人人如是，所以谓之性善，即不无过不及之差，而性体原自周流，不害其为中和之德。学者但证得性体分明，而以时保之，即是慎矣。慎之工夫只在主宰上觉有主是曰意，离意根一步便是妄，便非独矣，故愈收敛是愈推致。然主宰亦非有一处停顿，即在此流行之中，故曰逝者如斯夫，不舍昼夜。
这种说法，虽仍未脱王学的窠臼，但不失为一种改革运动，可惜刘宗周死后，明祚已移，学风也改了方向，故这种运动实际上没有多大的影响。另外有一派却影响很大，这就是东林党的干政运动。
东林党的主持人物是顾宪成、高攀龙。他们都是神宗朝的大臣，因为时政紊乱，退归林下，遂讲学于东林书院。他们的讲学的宗旨是：
官辇毂念头不在君父上，官封疆念头不在百姓上，至于水间林下三三两两，相与讲求性命，切磨德义，念头不在世道上，即有他美，君子不齿也。
他们的宗旨既然是要与世道发生关系，因此自不免臧否时政，而当道忌之也日甚。顾、高二人死后，东林的运动仍不停止，其时明熹宗专任魏忠贤，与君子为敌，凡与魏不合者，无论与东林有无干涉者，一概指为东林党人，因此东林的声势反倒日张起来。到明毅宗末年，又有继东林而起的复社、幾社等运动。这一般人，在思想上直接并没有什么建树，思想的体系仍承之王学，但后来清初的经世致用思想却由此开其端，故讲思想史的，也不能忽略了他们的位置。