理学的大成和独占
理学到了北宋已经成立了一大部分了，但是若无南宋以后继起理学家的努力，则理学后来能否独占了中国的思想界，成为六七百年中唯一的正统学派，尚未可知。为什么呢？理学在北宋的成立最晚，孙复、胡瑗乃至司马光诸儒虽然笃行实践，绰有理学家之风，但系统未成，不得目为完全的理学家。到理学的真正创始人二程出来，已经快到北宋之末了，程颐身后二十年北宋就为金所灭了，因此理学在北宋并没有多大时期供他发展。并且当理学初成立的时代，正是政治上新旧两派竞争最烈的时代，理学家因为几乎全部属于旧派，受新派的压迫极力，诸君子保身不暇，何能尽量发展学派势力，因此理学在北宋实在并没有多少成绩。直到南渡以后，经继起的理学家在各方面努力，理学才深入社会的中心，虽经秦桧、韩侂胄两次的压迫，抵抗之势力反愈增加大起来，到史弥远以后权臣们对于理学便不敢再压迫，只有改用笼络的手段了。恰巧宋理宗又是个爱好理学的人，当时理学家如真德秀、魏了翁诸人也都位至显宦，经此政治上一番提倡，理学的势力遂坚固不拔。元朝又有许衡、刘因诸人，能够因时变动，利用政治的势力，因此野蛮的蒙古人不但对于理学不加摧残，反加保护。到明太祖、成祖又因与朱熹同姓的关系，特别提倡理学，以遂其专制之私心，理学因此就成了几百年来的正统了。
由此看来，南宋的理学比北宋更值得令人注意。南宋初年承北宋亡国之余，戎马流离，本无暇于学术，不过杨时、游酢、谢良佐等门人多在东南，因此理学在社会上本有一部分潜势力。高宗时代赵鼎、张浚当国，颇引用理学家，因此理学稍盛，后因张浚和赵鼎不合，荐陈公辅为左司谏，陈公辅遂奏请禁伊川之学，结果理学遂复被禁，而赵鼎也因此去职。秦桧当国以后，颇主王安石新学而排斥程学，目为专门之学，申禁极严。秦桧死后，学禁少弛，而朱、陆、张、吕诸儒复相继挺出，理学遂又重光了。
这些理学家之中成就最大的自然要推朱熹，他不但是二程以后最伟大的理学家，并且在天分上，在学力上，在气象上，都远过于二程。理学到朱熹手里才完成整个的系统，也到朱熹手里才扩大为具体的宗教，朱熹对于理学的功劳实在比二程大得多。
朱熹是安徽婺源人，他的父亲在福建做官，因此生于福建尤溪县，他的一生学术和福建的关系极深。福建在宋朝本是刻书业最盛的地方，文化因此较为发达。南宋以后，政治中心迁到浙江，福建距离较近，风气自然更为开通。程颐的最得力弟子杨时本是福建将乐县的人，南渡以后，享寿最久，成为理学的大宗。他的弟子罗从彦，罗从彦的弟子李侗，都是他的同乡，因此理学在福建就流传成一派。朱熹自幼从学于李侗，故推源其思想所自，出于杨时一系。其实罗从彦和李侗都主张从静坐中去观察喜怒哀乐未发时气象，其为学方法颇近于陆九渊一派，与朱熹的主张未尽相同，朱熹的学问实在还是他自得为多。
朱熹在思想上最大的建树是在他将程颐的理气二元论扩充成很有条理的思想。他以为理气是二物，但在物上看则二物浑沦不可分开各在一处，人性具有这两方面的禀赋，理是纯善，气则有善有恶，修养的方法在锻炼气质之性使合于天理而已。这种说法本是自二程以来就已成立的，不过怎样变气质使合于理性，周敦颐以为只要主静，程颢加了一个敬字，程颐以为还不够，提出“涵养须用敬，进学则在致知”二语，朱熹因之大加发挥，遂成为“穷理主敬”的双立修养论。他说：
讲学不可以不精也，毫厘之差，则其弊有不可胜言者。故夫专于考索，则有遗本溺心之患；而骛于高远，则有躐等凭虚之忧：二者皆其弊也。考圣人之教，固不越乎致知力行之端，患在人不知所用力尔。莫非致知也，日用之间，事之所遇，物之所触，思之所起，以至于读书考古，知所用力，则莫非吾格物之妙也。其为力行也，岂但见于孝弟忠信之所发，形于事而后行乎？自息养瞬存以至于三千三百之间，皆合内外之实也。行之力则知愈进，知之深则行愈达。
又说：
为学当以存主为先，而致知力行亦不可以偏废。
原来理学的起原本自道家演出，故周敦颐只说一个静字，完全是主内之学，到二程手里觉得这种说法不完备，才提出主敬、致知等说，逐渐向主外的方法演进，这种主张到朱熹才十分完备。他们的主张虽然和北宋李、王安石等江西派，及南宋陈亮、陈傅良等永嘉、永康派比较起来，还是偏于主内，但较之原始的理学和后来陆、王一派的主张比较起来已经是主外的了。要之穷理主敬之说，在当时实在是折衷调和之论，既不左倾，又不右倾，其所以能餍服人心者在此。
就全部理学运动史讲起来，朱熹最大的功绩还不在他对于思想内容的建树，而在他的综合工作。他是理学的集大成者，他所著书有《论语》、《孟子》集注以及《诗集传》等，在经注上是一大革命，一扫汉人支离附会之习，专以义理说经，虽然有时不免武断以致受清儒的攻击，但较之汉人实在是一种进步。此外又著《太极图》、《通书》、《西铭》解，周敦颐、张载二人之得列于理学正统是由他的提倡之力。《太极图》的宇宙观为理学所正式采用也是由于他。他又编次《近思录》、《河南程氏遗书》、《伊洛渊源录》等书，二程学说之整理和理学的渊源系统都赖他的劳作而完成。他的家礼为后来理学家的言礼所宗。他的工作实在是普及理学全部的。并且他又是个博学多能的人物，对于文学和历史都有很深的了解，甚至竟有类似近世科学的言论，如语录中有一段：
天地始初，混沌未分时，想只有水火二者，水之滓脚便成地。今登高而望，群山皆为波浪之状，便是水泛如此，只不知因甚么事凝了，初间极软，后来方凝得硬。
又说：
尝见高山有螺蚌壳，或生石中，此石即旧日之土，螺蚌即水中之物。下者却变而为高，柔者却变而为刚，此事思之至深，有可验者。
这些话虽未尽符近世自然科学的发现，但在七百年前的人物能够注意到这些道理，也可为不凡了。原来朱氏之学本从格物入手，他的穷理致知之说，实在是近代科学家的态度。他既然主张这种方法，自然与佛、道两家冥心静想的修持方法大不相同。此所以与功利派的永嘉学者尚能相合，而对于陆九渊一派的主静学却反极端不相容的道理了。
与朱熹同时齐名而学问宗旨相同的有张栻，他本是丞相张浚之子，张浚在高宗朝曾反对理学，后来被谪以后转与理学家接近。张栻少年师事胡安国，胡氏之学本从二程衍出，别成一派，张栻从而发挥光大之，由此湖南之学得在学术史上占一主要位置。张栻论学宗旨多与朱熹同，故极为朱熹所推服，但张栻死得早，学问未能大成，门人又没有得力的，其后合并于朱学不复能自成一家了。
当时与朱熹讨论学理最烈的是陆九渊，他是江西金陵县的人。弟兄三个，长九韶，世称梭山先生，次九龄，世称后斋先生，三即九渊，世称象山先生。他三人都是有名的理学家，九渊尤为著名。
九渊在宇宙论上对于周敦颐的《太极图说》很致怀疑，他以为先有无极而后太极是道家的宗旨，与儒家不类，不应尊信，为此事曾与朱熹往复辩论，在学术史上是一重大公案。他的学说的中心在“心即理也”一语。他曾说：
心，一心也；理，一理也；至当归一，精义无二，此心此理，实不容有二。
又说：
万物森然于方寸之间，满心而发，充塞宇宙，无非此理。
这种“节理”的观念实在是陆氏学说的精髓，他与朱熹学说不同之点在此，朱氏以为理虽然只有一个，但须用学问工夫去慢慢研究才能觉悟，陆氏则以为至理即在本心，只要心一觉悟，自然万理贯通，无待外求，因此对于修养方法两派主张大不相同。朱主“道问学”，以为从格物入手，物理既穷，自能豁然贯通；陆主“尊德性”，以为先立乎其大者，则自然百川会归。朱、陆二子生时彼此意见已经不同，鹅湖之会，为两家正式分离之始。陆氏先卒，故其学在宋、元不如朱学之盛，到明朝王守仁出而提倡良知之说后，陆氏之学始大显。要之陆氏之学较近于禅，为不可掩之事实，其直捷痛快，能使人勇猛进精，则似又较胜于朱学也。
当朱、陆两派争持不决的时候，能够于两家之外别树一帜的则有吕祖谦、薛季宣、陈傅良、叶適、陈亮诸人，这些人都是浙东的人，学问宗旨又大致相近，故世称之为浙学。但细分起来，又可区为三派，吕祖谦是婺学派，薛、陈、叶三人是永嘉派，陈亮是永康派。
吕祖谦是浙江金华人，宋初宰相吕夷简之后，在宋朝是个极著名的世家。他父亲吕本中也是杨时的弟子，故吕氏之学也源出于二程。但祖谦的学问宗旨却与当时理学家不尽相同。他对于当时理学家的空谈心性是不大赞成的，他主张为学当以切用为主。他曾说：
教国子以三德三行，立其根本，固是纲举目张；然又须教以国政，使之通达治体。古之公卿，皆自幼时便教之，以为异日之用。今日之子弟，即他日之公卿，故国政之是者，则教之以为法；或失，则教之以为戒。又教之以如何整救，如何措画，使之洞晓国家之本末原委，然后他日用之，皆良公卿也。自科举之说兴，学者视国事如秦、越人之视肥瘠，漠然不知，至有不识前辈之姓名者，一旦委以天下之事，都是杜撰，岂知古人所以教国了之意。然又须知上之人所以教子弟，虽将以为他日之用，而子弟之学，则非以希用也；盖生天地间，岂可不知天地间事乎！———《礼记说》
这种主张是很切当时实际的，可惜不为理学家所重视。他对于当时理学家的谿刻态度也不赞成的，他的学问宗旨与陆九渊本绝对相反，但鹅湖之会是他发起，他却绝不作左右袒，反调停其间。他曾与朱熹书说：
析理当极精微，虽毫厘不可放过；至于尊让前辈之意，亦似不可不存。
可见他对于朱熹的争辩态度是不大赞同的，朱熹也不满意他，说他太含糊了些。不过二人的交谊很好，故理学家对于吕氏也还尊重，列他于统系之内。
永嘉派的开创人是薛季宣，薛季宣是袁溉的弟子，袁溉曾师事程颐，故永嘉派的学统也传自二程，但自袁溉以后，就都注意于制度文物，不屑屑于空谈心性。薛季宣以后有陈傅良，陈傅良以后有叶適，一派相承，都是主外之学。叶適的《水心习学记言》上说：
《洪范》耳目之官，不思而为聪明，自外入以成其内也。思曰睿，自内出以成其外也。故聪入作哲，明入作谋，睿出作圣，貌言亦自内出而成于外；古人未有不内外交相成而至于圣贤。……盖以心为官，出孔子之后。以性为善，自孟子始。然后学者尽废古人之条目，而专以心为宗主；致虚意多，实力少，测知广，凝聚狭，而尧、舜以来内外相成之道废矣。
这是对于当时道学家专重内部修养的一种反响。他又说：
耳目者，视听之官也。心而无与乎视听之事，则官得守其分。夫心有欲者，物过而目不见，声至而耳不闻也。故曰上离其道，下失其事。心术者，无为而制窍者也。案孟子称耳目之官心之官，予论之已详。然则执心既甚，形质块然，视听废而不行，盖辩士之言心也；其为心之害大矣。《洪范》“思曰睿，睿作圣”。各守身之一职，与视听同；谓之圣者，以其经纬乎道德仁义之理，流通于事物变化之用，融畅沦浃，卷舒不穷而已。恶有守独失类，超忽惝恍，狂通忘解，自矜鬼神也哉！
这更是对理学家的痛加攻击了。又说：
《周官》言道则兼艺，贵自国子弟，贱及民庶，皆教之。其言“儒以道得民”，“至德以为道本”，最为要切；而未尝言其所以为道者。虽书尧、舜时亦以言道，及孔子言道尤著明，然终不的言明道是何物。岂古人所谓道者，上下皆通知之，但患所行不至邪？老聃本周史官，而其书尽遗万事而特言道，凡其形貌眹兆，眇忽微妙，无不悉具。予疑非聃所著，或隐者之辞也。而《易传》及子思、孟子亦争言道，皆为某物，故后世之于道始有异说而又益以庄、列西方之学，愈乖离矣。今且当以《周礼》二言为证，庶学者无畔援之患，而不失古人之统。
他们提出一个“艺”字，认为即是“道”的内容，这种思想正是后来颜、李学派所本。他们明白主张功利主义，认为只有功利才是道义的目的，没有无功利的道义，所以说：
“正其谊不谋其利”，“明其道不计其功”，初看极好，细看全疏阔。古人以利与人而不自居其功，故道义光明。既无功利，则道义乃无用之虚语耳。
他们这种功利思想在当时确是独有创见，可惜与时代潮流不合，就不免终于暂时受屈了。
比永嘉派更激进的还有个陈亮，他是浙江永康人，故又称永康派。陈亮本是个豪杰之士，不是讲学问之人，但因与朱、吕等为友，故也沾染谈学问的气习。他认为王霸义利有同等的价值，故对于当时理学家的义利之辨太严常认为不满。他说：
自孟、荀论“义利”、“王霸”，汉、唐诸儒未能深明其说。本朝伊、洛诸公辨析天理人欲，而王霸义利之说于是大明。然谓三代以道治天下，汉、唐以智力把持天下，其说固已使人不能心服；而近世诸儒，遂谓三代专以天理行，汉、唐专以人欲行，其间有与天理暗合者，是以亦能久长。信斯言也，千五百年之间，天地亦是架漏过时，而人心亦是牵补度日，万物何以阜蕃，而道何以常存乎？
又说：
赫日当空，处处光明。闭眼之人，开眼即是，岂举世皆盲，便不可与共此光明乎？眼盲者摸索得著，故谓之暗合。不应二千年之间，有眼皆盲也。亮以为后世英雄豪杰之尤者，眼光如黑漆，有时闭眼胡做，遂为圣门之罪人；及其开眼运用，无往而非赫日之光明，天地赖以撑拄，人物赖以生育。今指其闭眼胡做时，便以为盲，无一分眼光；指其开眼运用时，只以为偶合，其实不离于盲。嗟乎，冤哉！
他骂当时的道学尤为淋漓尽致：
为士以文章行义自名，居官以政事书判自显，各务其实，而极其所至，各有能有不能，卒不敢强也。道德性命之说一兴，而寻常烂熟无所能解之人，自托于其间，以端悫静深为体，以徐行缓语为用，务为不可穷测以盖其所无；一艺一能，皆以为不足自通于圣人之道。于是天下之士始丧其所有，而不知适从。为士者耻言文章行义，而曰尽心知性；居官者耻言政事书判，而曰学道爱人：相蒙相欺，以尽废天下之实，终于百事不理而已。
陈氏这种说法，切中当时道学之弊，可惜他的学问根柢太浅，行为又不检点，因此不为当时人所重，他的言论也就不能发生多大效力了。
南宋中年，反对朱熹的派虽很多，但都不能战胜朱学，故朱学为当时的正统，南方各省无不有朱氏的门人弟子。大致分起来，约有以下各系：
（一）金华系。以黄幹为开始。黄幹系朱熹的女婿，这一派传授很长，幹传何基，以至于王柏、金履祥、许谦，世称为“金华四先生”，到元为柳贯、黄溍、吴莱，明为宋濂、方孝孺，一脉相承，接连有四百年之久。
（二）鄱阳系。江西鄱阳饶鲁，也从黄幹传朱氏之学，其后到元朝有吴澄，世称草庐先生，为元代理学之大师。
（三）新安系。新安董梦程也是从黄幹传朱学的，其后有许月卿以节著，胡一桂以经术显。
（四）义乌系。这一派的开始人是徐侨，其后有黄溍、王祎等，皆文章之士，与金华系合并。
（五）四明系。四明传朱学的有二派：一派是余端臣，从辅广传朱学，再传有黄震；又一派是史景正，从曩亚父间接传朱学，其后有程端礼、端学兄弟等。
以上不过是就后此朱学的传授最远的系统而论，若就朱熹及门弟子中最有魄力者而言，则当推建阳蔡氏父子蔡元定、蔡渊、蔡沈等。蔡元定和朱熹是以朋友而兼师弟的，他们父子都以数理著名，能于朱学之外别有发明，《书集传》就是蔡沈做的。宋末朱学之最显者有真德秀、魏了翁二人，他二人官职都很大，所以名望甚著，但于思想都没有什么新发明。朱熹因为以穷理格物为入学之方，他自身又是个博学多能的人，故他的一派后来颇有从考据文物制度入手的，如黄震、金履祥、黄溍、王祎等，都以文献之学著名，颇接近永嘉学派，开后此清儒考据之风，这也是朱氏讲学宗旨当然的结果。
陆氏之学远不及朱门之盛。陆九渊虽是江西人，但他的学派却偏在浙东发展，如杨简、袁溉、舒璘、沈焕，都是陆学得力的传人，世称“甬上四先生”，尤以杨、袁二氏最著。杨氏之学颇流于禅，不如袁氏之笃实。到南宋末年，有徐霖者，大畅陆学，陆学为之一盛。元朝有陈苑、赵偕等，继续相传不绝。
朱学虽然盛于南方，但因当时南北分立的结果，北方学者传朱学的很少，直到宋末湖北人赵复，被元人掳去，始讲程、朱之学于北方，于是姚枢、窦默、许衡、刘因等相继闻风而起。许衡、刘因是纯粹的朱学派，元朝朱学之流行，许氏之功尤大。